20180713

Kozo Nishida edited this page Jul 20, 2018 · 25 revisions

第6回研究会開催案内

今回は、大阪、東京、同時開催です。

また、開催時間は未定ですが、CWLのコア開発者たちとの、テレカンファレンスも予定(17時からを予定)しています。

開催後、まとめ

https://hackmd.io/6aQ-K0S0R0KcVyidUFZPSw

以下案内

趣旨:ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程:2018年7月13日金曜日

時間:10時から19時

インターネット環境:理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です

大阪会場

大阪会場:理化学研究所、生命システム研究棟 (3階)    大会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある貼り紙があります。

アクセス:生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟

注意 「大阪大学 生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。

東京会場

東京会場:理化学研究所、東京連絡事務所(15階)    第4会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。    14時より、第3会議室になります。(7月13日12時半更新)

アクセス:東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所

  1. 地下鉄できたときは、1階まで行く
  2. 1階から6階まであがるエレベータにのる(ドラッグストアの近くのエレベータです。)
  3. 6階から15階まであがるエレベータにのる(会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです)

東京連絡事務所に入った後、第4会議室への行き方

プログラム

時間 内容 備考
10:00-11:30 作業
11:30-12:30 昼食 まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました
12:30-13:30 作業
14:00-14:20 BioRubyの紹介 トーク
14:20-14:40 2018 SysMod meeting @ ISMB 報告 トーク
14:40-15:00 GCCBOSC2018報告 トーク
14:00-15:00 作業
15:00-15:30 中間報告、問題点共有
15:30-17:00 作業
17:00-18:00 CWLテレカン
18:00-19:00 まとめ

予定

CWLのコア開発者と、テレカンファレンス予定。

トーク

阪大、後藤直久

理研、西田孝三

ISMB2018のSYSMODというCOSIのレポートなどを話します https://docs.google.com/presentation/d/1-Gtn_j6-M_aHIrnaYAQJXiTEUVmRbqe-e1KizWzAebU/edit?usp=sharing

DBCLS、大田達郎

GCCBOSC 2018 のレポートを話します https://docs.google.com/presentation/d/1lNN8PhvHrL0ZALzdLMH2DAcFL9_EPbvC-Bb6XIgC7h8/edit?usp=sharing

事前計画

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

具体的な開発予定

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
  2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
  3. uDockerの中身、具体的な挙動

その他

  • Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
  • セキュリティ関連
  • 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
    • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
    • Java, Python
    • Galaxy, CWL
    • 各種エディタでの、言語ハイライト

落合展(国立がん研究センター)

具体的な開発予定

  • awsubプロジェクトの名称変更
  • awsubのCWL対応
  • (awsubのHIPAA対応)

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. CWL〜 😄

その他


大田達郎 (DBCLS)

具体的な開発予定

  • CWL-metrics 改良
    • runtime metrics data の収集と Jupyter notebook での可視化
  • workflow meetup の GitHub pages つくりませんか

情報提供/調査

  • CWLprov
  • どなたか一緒に "Rabbit Composer で CWL を書いてみる" 的なドキュメント整備しませんか

その他

  • 論文はよ書かないかん

丹生 智也 (国立情報学研究所)

具体的な開発予定

  • cwl-inspector の総書き換え

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. CWL!

その他

  • 早くエンジンを公開したい

雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

  • 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

  • なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

#WorkflowDevMeetup - Twitter検索

メール

西田(大阪): kozo.nishida@gmail.com

石井(東京): manabu.ishii.rb@gmail.com

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