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20190424

Kozo Nishida edited this page Apr 23, 2019 · 6 revisions

15th Workflow Meetup

今回は、大阪、東京、同時開催です。

Workflow Meeup概要

まとめ

まとめ

案内

趣旨:ワークフローシステム、再現性、自動化、アノテーション、自然言語処理、画像処理、AIの利用など、関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程:2019年4月24日水曜日

時間:10時から19時

インターネット環境:理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です

大阪会場

大阪会場:理化学研究所、A棟 3階 303会議室

アクセス:生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟

注意 「大阪大学 生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。

東京会場

東京会場:理化学研究所、東京連絡事務所(15階)

第3会議室(会議室2から変更になりました2019-04-18)、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。

アクセス:東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所

  1. 地下鉄できたときは、1階まで行く
  2. 1階から6階まであがるエレベータにのる(ドラッグストアの近くのエレベータです。)
  3. 6階から15階まであがるエレベータにのる(会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです)

プログラム

時間 内容 備考
10:00-11:30 作業
11:30-12:30 昼食 東京は、まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました
12:30-15:00 作業
15:00-15:30 中間報告、問題点共有
15:30-17:00 作業
17:00-18:00 まとめ
18:00-19:00 作業 東京

予定

ワークフローの紹介

八谷さんより以下の紹介です。

ヒトゲノム(whole genome sequencing)データのワークフローで、入力=配列データ(FastQ形式)、出力=多型データ(genomic VCF形式

事前計画

西田孝三 (理研BDR)

  • E-Cell4 の Azure Batch 対応の改善
  • 自分が関わるprojectへの Azure Pipelines の導入

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

  • CWLを、Docker, Singularity で、動かす

具体的な開発予定

  • CWLのLanguage Server Protocol の実装
  • Yacleの実装(CWLのGolang実装)
  • Nextflow

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
  2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど

その他

  • Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
  • セキュリティ関連
  • 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
    • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
    • Java, Python
    • Galaxy, CWL
    • 各種エディタでの、言語ハイライト

雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

  • 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

  • なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

#WorkflowDevMeetup - Twitter検索

メール

西田(大阪): kozo.nishida@gmail.com

石井(東京): manabu.ishii.rb@gmail.com

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