From e8378dadc3d0fe039828530c53b5e6787f8bf682 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Irwin Jungreis Date: Thu, 28 Aug 2014 15:34:58 -0400 Subject: [PATCH] Added parameters for 21mosquitoes and 7yeast. --- PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes.nh | 61 ++++++++++++++++++++++ PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_coding.ECM | 72 ++++++++++++++++++++++++++ PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_noncoding.ECM | 72 ++++++++++++++++++++++++++ PhyloCSF_Parameters/7yeast.nh | 1 + PhyloCSF_Parameters/7yeast_coding.ECM | 71 +++++++++++++++++++++++++ PhyloCSF_Parameters/7yeast_noncoding.ECM | 71 +++++++++++++++++++++++++ 6 files changed, 348 insertions(+) create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes.nh create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_coding.ECM create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_noncoding.ECM create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/7yeast.nh create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/7yeast_coding.ECM create mode 100644 PhyloCSF_Parameters/7yeast_noncoding.ECM diff --git a/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes.nh b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes.nh new file mode 100644 index 0000000..7224695 --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes.nh @@ -0,0 +1,61 @@ +( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + ( + AgamP3:0.0215614, + AgamS1:0.024477 + ):0.0043965, + AgamM1:0.024387 + ):0.0104818, + AmerM1:0.0629455 + ):0.0030002, + AaraD1:0.0345156 + ):0.00779665, + AquaS1:0.0388612 + ):0.00756063, + AmelC1:0.049445 + ):0.139682, + AchrA1:0.289475 + ):0.0351051, + AepiE1:0.352782 + ):0.131654, + ( + ( + ( + AminM1:0.118983, + AculA1:0.144847 + ):0.0740457, + AfunF1:0.187614 + ):0.10651, + ( + ( + AsteS1:0.0111593, + AsteI2:0.010706 + ):0.142114, + AmacM1:0.173187 + ):0.131043 + ):0.19121 + ):0.0834903, + ( + AfarF1:0.233662, + AdirW1:0.181989 + ):0.291437 + ):0.150112, + ( + AsinS1:0.266825, + AatrE1:0.244782 + ):0.29688 + ):0.261338, + ( + AdarC2:0.163002, + AalbS1:0.152404 + ):0.261338 +); \ No newline at end of file diff --git a/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_coding.ECM b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_coding.ECM new file mode 100644 index 0000000..13c9a37 --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_coding.ECM @@ -0,0 +1,72 @@ +0.856979977161 +21.3799807399 0.243048702626 +1.07282632554 23.2891199352 0.417014024371 +1.70189173492 0.188155975062 0. 0.179377976204 +0.0606628059885 1.25594389172 0.0229550444473 0.00328435713687 18.1364766697 +0. 0. 0.566942262009 0.137821071867 31.7666032929 13.2859098957 +0.363302169127 0.3216200572 0.0779713622622 2.07370722097 27.2607785838 28.7642437906 21.1732174575 +11.2727606341 0.582021939541 0.450519061187 0.520525692578 2.87314674986 0.160184415377 0.0417616105268 0.392943810626 +0.197373806562 3.66356232072 0.129128041228 0.379280117156 0.326199666848 2.74555693992 0.150499848254 0.667770340927 1.87830419013 +1.86834815872 0.345363208373 7.04665342055 0.577755480658 0.355521388131 0.0612681556016 1.5212484594 0.479173384021 91.0051457762 1.3573969268 +0.568971981177 0.457370202419 0.104759904219 3.91042274811 0.352600386489 0.20108530169 0.150446124992 5.47395727586 2.78281874049 33.1384407846 1.6359111141 +0.796825184123 0. 0.0403648471502 0.101591604765 2.6530525349 0.199481018682 0. 0. 1.47135196603 0. 0.224999116277 0.0620080781057 +0. 0.416451433015 0.0365778147437 0.024970392227 0.100800143598 0.874204165608 0.130583286588 0. 0.141999370164 0.485936631223 0.110543922695 0.0881051473082 16.2840553339 +0.12641874075 0.065507193128 0.253613039853 0.0876476849427 0.354732481143 0.0224235730108 1.13456690845 0.205922054122 0.256670135609 0.0609082999619 0.993578689887 0.102531431492 2.2112993571 0.489455389074 +0.142167147587 0.0841528499849 0.00545185023752 0.468645974403 0. 0. 0.0245735447417 2.73514077321 0.0321517883643 0.0681718672235 0.190961252265 0.564971900021 24.1383229355 25.0045526655 0.960565154999 +2.61068586388 0.212857299965 0.0161926638881 0.436376510995 0.488945589229 0.0490126748638 0.0436777528509 0.118779224993 0.825672501796 0.248397282773 0.124449316407 0. 0.189414008686 0.0401485471222 0.0881524691569 0. +0.101975766087 1.1738270611 0.127110430158 0.28355571795 0.014758840992 0.189405643318 0. 0.108577951241 0.15192674656 0.262657678883 0.186613378152 0.243660589481 0. 0.103957104833 0.0352873054316 0.00482802362259 1.79658789534 +0.0314277315691 0.169819246298 0.71866826475 0.165419543032 0.0377534774895 0.0241395904101 0.254563562124 0.0674618895841 0.0993905843497 0.0137652380848 0.619525928607 0.195521335534 0.026722114036 0.0130894039763 0.151205759774 0.0269324846295 24.088796861 0.961987674941 +0.344940619174 0.305455398829 0.0709676514016 1.60031795914 0.0704789063483 0.0159279589167 0.0877851061075 0.250696459521 0.0910258661535 0.17314633403 0.0620955543552 0.22104611078 0.0349971452587 0. 0.0470746037141 0.110016087229 2.54181455243 40.8651006557 1.46068774674 +0.306136639675 0.0365068756611 0. 0.0217224466725 2.73433734021 0.110586423354 0. 0.0381219899006 0.151571445904 0.0326945160705 0.267764377037 0. 0.441539418948 0. 0.0665640592016 0. 2.58642595246 0.109367108497 0.14611246525 0.118659911293 +0.000573614519137 0.104253395908 0.0250383204733 0.0533636462092 0.073014643704 0.473103940343 0.257984331274 0. 0.00615865469376 0.150482492584 0.00442777476089 0.0945035122737 0. 0.251993614389 0.00524930812503 0. 0. 0.603166504243 0. 0. 19.5110085343 +0. 0.0326516117459 0.105921316773 0. 0. 0.218109844754 0.880892812609 0.0206567660033 0.135717490267 0.0100217453445 0.0691830645025 0. 0.265895553088 0. 0.131840210044 0.0385783794127 0.0903101309711 0.0618145555718 1.02475793811 0.0557339105725 35.1407733276 15.6280698007 +0.114378433963 0.0755380229992 0.0334696841663 0.234076002893 0.109622016168 0. 0.043579809404 4.14976553074 0.124020445748 0.0276682901455 0. 0.420860301583 0. 0.0337486778241 0.0482465610908 0.384833201848 0.259016000851 0.0333608744166 0.0967913002381 1.77059360242 32.5414384022 37.4249875733 23.6322118109 +0.76872051314 0.0518496635313 0.206790445458 0.0103357986514 0. 0.0648947518157 0.155573814444 0. 41.6367496355 0.00897871779297 8.10178576716 0.0463408459908 0.010090972335 0.0200177545988 0.0153924623022 0. 4.03988737059 0.223383788962 0. 0.346561611784 1.15593423028 0. 0.0565558183642 0.0376120984804 +0.176940860673 0.0966444861601 0. 0.0785592690521 0. 0.0772313331586 0. 0. 4.89241326509 0.483964741726 5.93138982216 0. 0.0179416028768 0.059548694535 0. 0. 0.101310940279 1.40994629437 0.043866333123 0. 0. 0.309580947376 0. 0.0507115815889 21.2902489182 +0.0629795298351 0.0473604696912 0.688318325575 0.0412159006215 0.168097795855 0.0101942613411 0.0337230410753 0. 6.16756316069 0.0735969582839 42.0857806752 0. 0. 0. 0.0832000654832 0.0846535128153 0.379681833159 0.263413123194 2.16045669637 0.351469470996 0.0788557433647 0. 0.826518430639 0.128090672973 58.0453855015 20.923641997 +0.076094298316 0.135288219525 0.091294048816 0.0922485327941 0.0209863103834 0. 0. 0.226369136758 6.18143228454 0. 5.15573649415 1.07125192286 0. 0. 0.00125691002419 0.0937402627757 0.189747523371 0. 0.0665289703423 2.24488710932 0.0379550972204 0.0159773467171 0. 1.01770296266 37.3377363307 36.4584471667 29.0745428077 +0.158160420516 0.0120556276078 0.0238578426229 0.0160045795938 0.492716547477 0.0131875041541 0. 0.0403949866778 0.453580964347 0.00926804861436 0. 0. 3.34467930183 0.162615843816 0.670668819393 0.285564105445 1.96192533786 0.0700417989899 0.0707320089966 0.121981173462 2.44581946984 0. 0. 0.0576424452148 1.16342540608 0.011075412755 0.158559659269 0. +0.0193224380447 0.0923148288235 0.00365268936531 0.0102066825968 0. 0.316452253978 0. 0.0163413226077 0. 0.0900658323965 0.0912448768615 0.00658190908684 0.689809618606 1.64922141668 0.179746039009 0. 0.115396665688 0.717152347661 0.0138497664298 0.0176041997189 0. 0.667969566413 0.0655661331862 0. 0. 0.418688777634 0.0945356085407 0.053164878132 20.4544469922 +0.00863512879095 0. 0.0369467829568 0.0019694946879 0.0365641334362 0. 0.13284384295 0.0243929829242 0.0517560523386 0.0189830161506 0.0335419847401 0. 0.137834606237 0.135640691099 1.08284486544 0.26921951135 0.0109947403896 0.0402028321664 0.514219812106 0.0267652516336 0.0695645290054 0. 0.494204070935 0. 0.04564276207 0. 0.466875712102 0. 24.3036054086 11.1181661776 +0.0665448209559 0.0548921830946 0.0255372736646 0.1507258224 0.0917147710424 0.108998077057 0. 0.714672482528 0. 0.0329706332436 0.143626874104 0.24454328392 0.454910519719 0.19417661262 0.486820556809 3.68990164995 0.330541181565 0.0645236037793 0.0890425798061 1.62529759913 0.0855851253897 0. 0. 4.55168880801 0.408631955389 0.0763223679712 0. 0.997577985124 33.009352379 41.648977566 14.3264529944 +2.36523488606 0.149863093615 0. 0.388052184684 0.52351318356 0.0445107931652 0.0361304571772 0.146675648637 0.99510305123 0.252054393805 0.140935161049 0. 0.18178207578 0. 0.0469925022234 0.0740502996711 2.51861283466 0.0877276849259 0.01053357318 0.170037651281 0.332126116503 0.0147257337575 0. 0.114800469765 0.249414968805 0.0054522238743 0.0234992906199 0.0284634729163 0.161617184985 0.0132888628625 0. 0.0387208308101 +0.101044364903 1.12349591734 0.0964056709973 0.2949678621 0.0362440735034 0.209698409121 0. 0.115482498535 0.138591958729 0.347197050615 0.153933364371 0.186391760757 0. 0.0478883109412 0.0165935750516 0.0401249768569 0.114390244071 0.49073782611 0.102735060828 0. 0.0353325854985 0.0724307861011 0.0317606016453 0.0186358072982 0.00708915904149 0.0667930926635 0.0365349171106 0. 0. 0.0491828806638 0.000975790213379 0.0211275510994 2.2053619905 +0. 0.125850443125 0.469382098904 0.107088504706 0.0211899645054 0.012870331311 0.184537424832 0.0724449792169 0.0673464126781 0.00496543008336 0.444779446067 0.185963125037 0.0352736521034 0.0262935981441 0.0696281314347 0.00380919013691 0. 0.0789108992446 0.80195467336 0.073867922517 0.00129773029579 0.0152333914511 0.123120315853 0.0284519012919 0. 0.0107614194593 0.150140280137 0.00385025472898 0. 0.00301557967663 0.0454687658394 0.0154784915455 19.7948511659 1.21145935309 +0.232011173528 0.189044125172 0.0671282746214 1.4109043465 0.0604442877758 0.00258249629862 0.0744724196011 0.297633359298 0.121744849668 0.0995804707507 0.0631436303072 0.346908534413 0.0238862732448 0.0141354459264 0.0184355860263 0.0442828901294 0.161643875125 0. 0.10663812361 0.54656952131 0.0150492508722 0.0294819232815 0.00857969312713 0.178824935467 0.0273276064468 0.01153190045 0.00718248290439 0.0860298814355 0.0105820559511 0.00157089298236 0. 0.0834596470596 2.70870019447 22.1270471209 1.31422399551 +0.50529296361 0.133370235344 0.0498469357135 0.0867569048185 8.82982471481 0. 0.106854987591 0.315354807755 0.937948880112 0.100630138883 0.0469600368516 0.108537395112 0.609587756716 0.107449051201 0.202699480512 0. 0.464926806749 0.0274366896291 0.0685629106518 0.0267324573674 3.59299923769 0.130531963383 0.0440063078142 0.395885476632 0.338260573182 0.0014435613204 0. 0. 0.436574638249 0.0363221474819 0.0508433777347 0. 1.75460515603 0.158313429179 0.10276476705 0.0621464281103 +0.0284461790952 0.212253431123 0.0262704624699 0.119807369257 0. 1.69439137847 0. 0.0238200232328 0.0499311140125 0.42812763174 0.0433483934406 0.0779343651887 0.124238771678 0.21961026491 0.0394061124296 0.00784799084073 0.0370027169509 0.0818947112047 0.0252533899205 0.021747647579 0.0113094179791 0.724512682025 0.134472285662 0.0310957722831 0.0167745448161 0.057197304014 0.0272889977886 0. 0. 0.204127343375 0. 0.0576450975873 0.0922046679477 0.353390774491 0.041312983612 0.042153189286 12.3630468079 +0.0608058541496 0.148482722226 0.207943699078 0.027915342068 0.208619559066 0. 3.91408287845 0.0952994427658 0.0239980660381 0.103208669958 0.542149892427 0. 0.00398056690156 0.180172992896 0.396999764442 0. 0.101691932539 0.0381385297924 0.286539177894 0.0133204803183 0.101634701266 0.219858353351 1.59519726774 0.231309758435 0. 0.0118070853546 0.270096461369 0. 0. 0. 0.125163131058 0.0331786840056 0.209190222596 0.181921325117 0.779148128217 0. 29.3362421982 10.5727352608 +0.104224724824 0.149896543597 0.0408462440613 0.351541033243 0. 0.0470545780751 0. 6.29767077478 0.0638605912434 0.0203328796665 0.17882849221 0.863911458009 0. 0. 0.0945005781775 0.716896467078 0.0594344511385 0.0112326757614 0.0486622115963 0.155235197328 0.170785316863 0.0397408684506 0. 3.70884461498 0. 0. 0. 0.198998766469 0.187561459576 0. 0.0383346884399 0.655329719253 0.204713395657 0.0710634862878 0.0957111473389 0.724858046892 21.5035212342 20.2117021205 17.0975384559 +0.243814221546 0. 0.108824678522 0.264420182206 0.364793101017 0.108006155671 0.0205920780887 0.170326493076 4.50859744421 0.269800396052 0. 0.173323615768 0.225395739418 0. 0.0520477021147 0. 0.284281705356 0.0953344886278 0.0515911206625 0. 0.234186592483 0.0289777763915 0. 0.161158840873 0.796843962108 0. 0.115827793356 0. 0.0987136739611 0.00029047619079 0.0112748855466 0.0121835662905 1.77155307137 0.0169763500914 0. 0.18823403339 3.31343536517 0. 0.101946039966 0.368466135555 +0.105733514394 0.55778792064 0. 0.0456698894765 0. 0.152841815427 0.0976274621557 0.114331444121 0.138690469977 2.07292580293 0. 0.0995490839043 0. 0.11553472201 0.00936734365735 0. 0.0639926611674 0.0711496517083 0. 0.072945462527 0.0165240972727 0.0563383181792 0.0301863217865 0.072033684696 0.0895041669733 0.234873522908 0. 0. 0.00334416438512 0.0658256490442 0. 0.0201119425472 0.0142221784569 0.796802944169 0.00644729862263 0. 0. 0.969675795578 0. 0.259312270938 16.7988341937 +0.123747011131 0.148762152389 0.448086643454 0.341823632575 0.34476022895 0.110877804612 0.468103639003 0.0517409316386 0. 0.472120665461 6.98729985985 0.569550979079 0.129146686061 0.0224600289171 0.282942379039 0.0547809756015 0.0529083010131 0.126121884865 0.464817592539 0.0563535784111 0.157848239294 0.0690716512742 0.284621038424 0. 1.26223251509 0. 0.425919459795 0. 0.021314959391 0.040206047527 0.10390150134 0. 0.474503890347 0.253280616196 1.80381788864 0.35821099567 0.457002815235 0.154061170371 4.27766696355 0.386090358293 47.9325619303 19.6808295645 +0.0940392483601 0.156428897336 0. 0.555747149715 0.265719451989 0.0591439377268 0. 0.388837541416 0. 0.092604306386 0.707672059766 4.16244419308 0. 0. 0.017844959855 0.191326971468 0.0214867140775 0.038793811958 0.0231011617586 0.178575314934 0.0264742042909 0.0665555390941 0.00974038240155 0.233148293816 0. 0. 0.312691113373 0.796448296354 0.0276668298469 0. 0.00576986511196 0.161257921724 0.0740679232858 0.0435058827918 0.0146785759452 0.935073559881 0.130985969118 0.150459907519 0.104142974561 2.2937251156 25.9167566891 27.9672543534 30.3671736585 +0.434058116582 0.0243009357809 0.0664865836138 0.0549805741932 1.85695152847 0.145837441361 0.119526026661 0.451736279288 0.93810077143 0.0667330549159 0. 0.0784036993055 9.77530236961 0.436725089765 0.58316203681 0.977490399744 0.341726863473 0.0390561119246 0.0380593521652 0.0286543721396 0.781823693643 0.00218133774376 0.0685003177396 0. 0.271085249245 0.0104602785429 0. 0. 3.47120842402 0. 0. 2.30786650813 1.50791862083 0.0483963919454 0.0300621606704 0.0735252786412 5.61717661886 0. 0.634793867133 0.742661472684 1.55918666263 0. 0.841314002074 0. +0.0113667677619 0.139097021802 0.0266279055959 0.0649110059928 0.271165225002 0.356374200249 0.462447049335 0.0812554110799 0. 0.261906579666 0.214962406813 0.150876194512 0. 4.85246662164 0.112885739127 0.128479081658 0.00382441531228 0.0963471511583 0.0288968160516 0.0380575513004 0. 0.460646796364 0. 0.0526747725656 0. 0.0635182874082 0.0624795281108 0.0496585258215 0.249922297538 0.880126512364 0.104923430442 0.0475178691005 0.0469942044593 0.377726315 0.02396015719 0.0058029211923 0.400818155317 1.88399437755 0.0249683518635 0.276514482787 0.0333431132158 0.479895695338 0.0844193920514 0.0624254941258 21.7592101953 +0.0331799427383 0. 0.0666993209566 0. 0.0659147301184 0.256960995461 0.286462654957 0.0701466885296 0. 0.0107854883592 0.295165736711 0. 1.21447464954 0.180018476203 1.01556150887 0.426925008475 0.0425154209715 0.0198069960443 0.0949639914014 0.00626698048332 0.10953938333 0. 0.300853421045 0. 0. 0. 0.0831189682586 0.00455574777414 0.229147001649 0.243060751563 0.659201322877 0.00153006753369 0.0140756082878 0.0077442567221 0.264077928925 0.00835488167252 0.342760335106 0. 1.80433636682 0. 0. 0. 1.1713441614 0. 31.8153346162 13.500934857 +0.0753651521978 0.0829572682127 0.0469876926104 0.213057044827 0.276108755483 0. 0.205795926871 2.07448463232 0.414603494325 0.108654113555 0. 0.42829121982 0.438401644702 0.326753757929 0.233179693471 7.21268221952 0.0721202274211 0.0136132175223 0.0214700972484 0.181444564043 0.0226930454947 0.0998250535633 0. 1.02344251681 0.27821255631 0.0066081187679 0. 0.0411768797912 0. 0.18792017758 0.056173201874 2.58754316069 0.240544111649 0.0391893694734 0.0120639862744 0.591089276474 0.41302815344 0.0800084271644 0.145503183728 5.00734758378 0.188951138852 0.0153168225304 0.00275019000738 1.24518227851 30.5503637373 34.0462233841 18.6930893112 +3.5612805718 0.185576667155 0. 0.261882000557 0.552498356896 0. 0. 0.0454188913343 2.18033142306 0. 0.913055260815 0.148167561548 0.979499033508 0. 0.0276967036387 0.0462666186648 6.87550522201 0.409269139199 0. 0.385739048816 1.2307998883 0. 0.175887843684 0.0906161829493 0.735716867884 0. 0.600993186416 0. 0.729833033914 0. 0. 0.026483433212 2.74504384982 0.155811527469 0. 0.123461266078 0.427731161393 0.0289604446028 0. 0.0303196385124 0.493373112815 0. 0.222411828762 0. 0.699369865327 0. 0.00201358602267 0.0716169942232 +0.104325456084 0.463481189267 0. 0. 0.0326564812186 0.0193838763331 0.0364109108089 0.0460004723167 0. 0.098968148224 0. 0.0447017063462 0. 0. 0.0257930407901 0.263414933857 0.206483480307 1.24027101417 0.00160980668212 0.258419493927 0.0376900584074 0.045732253611 0. 0.0414234180165 0.064309867278 0.0667778675875 0.0394817700222 0.0782429690108 0.0462470882557 0.145607151232 0. 0.124089860161 0.120025598718 0.113313102447 0. 0.0293429859405 0. 0.0944873791495 0. 0.0538686904815 0.237650500843 0. 0.145663879182 0.0422859300375 0.0328957650127 0.0011783331156 0.0268609220906 0.109848171138 0.708962533642 +0.0440826539721 0.183543317224 1.31985453104 0.29760797105 0.0134450303614 0.0627229514106 0.31279883249 0.0806111169421 0. 0.157442294141 0.297999910948 0.109689823 0. 0.282760962173 0.218720526434 0.0560052611502 0.251959973649 0.420273990731 3.41918753696 0.491882578276 0.0896406707367 0.186494631066 0.439708062254 0.197947369192 0. 0.497223431254 1.2424461357 0.258879085594 0. 0.00808306260146 0.0470148067102 0.17542811997 0.0509391703359 0.148001904375 1.04860067906 0.194814679614 0.115927749447 0. 0.449370327984 0.0200324395713 0. 0.0892899979766 1.23078140878 0.079658732789 0. 0.0477979550569 0.168444216083 0.0449592501719 352.932298864 0.757542891626 +0.0260133112348 0. 0.0533392790958 0.709830630177 0. 0.0772589390514 0. 0.102456250928 0.164849778116 0.0404640512768 0.190001520841 0.135220074865 0.314847205215 0.153220567324 0.0365803390517 0. 0.060206598525 0.364682449198 0.133569747889 1.93244338701 0. 0.0246104772359 0.0254103916945 0.227563058626 0.0076539393152 0.0631550795105 0.0293457012601 0.108828143742 0.0226945449551 0.0322923760681 0.0514989763176 0.297520720886 0. 0.0872796679636 0.0728170451125 0.210120628582 0.0723105238391 0. 0.187833239399 0.0353299664323 0. 0.176256670958 0. 0.0721598798001 0.0450225348449 0.13074927379 0. 0.0585416392465 1.78059816087 39.161107698 1.08904133074 +0.32285906089 0.0859967474225 0.0561149741506 0.0997333958055 6.22297209977 0.0880669876225 0.726694491183 1.01646558779 1.08531977553 0.28612993001 0. 0.315673439399 0.410167922953 0.131920417886 0.104283886065 0. 0.778552681658 0.0466109104441 0.0770193625443 0.0954793310376 5.88489430467 0. 0.189290015679 1.20033163478 1.04257180512 0.0240800875658 0. 0. 0. 0.258693504552 0. 0. 0.410407385613 0.0417471510459 0.0229055164516 0.0633805100821 6.20291445659 0.268643999351 1.00503843064 0.172686305629 0.447784867539 0. 0.134286796325 0.220374931404 0.988209249538 0.132976168404 0. 0.323609598337 4.25915133684 0.0849966076834 0.374585594363 0.00669084346932 +0.0592120190495 0.317137404498 0.00996511224837 0.024970726587 0.184469819546 2.22580329794 0. 0.361810497613 0. 0.982607661126 0.136268953756 0.2043280624 0.45640423584 0. 0.0106817429255 0.0328444321006 0.0648093172502 0.237096986804 0.0178648037634 0.0197756543926 0.0919299997176 1.2554947586 0.164755867238 0.454088869701 0. 0.112459471987 0.0808505600423 0.0371170702525 0.169759857654 0.2913277705 0. 0.237002712084 0.0475003073893 0.184783472255 0.0192972493559 0.00777830381048 0.314901795686 2.11204235155 0.159218972699 0.385608776687 0.0617656827024 0.219401023947 0.0421932203634 0.0692095788129 0.0936204368 0. 0.21065062495 0. 0.146933837691 0.28561463973 0. 0.0412013552127 21.1669501142 +0.0214242844445 0. 0.0890509476222 0.106347387581 0.50477863564 0. 3.09784136779 0.0459525854663 0. 0.165204710987 0.445843862583 0.278213722528 0. 0.210736910449 0.177706552924 0.0380595760919 0.058570696183 0.0201420132449 0.258429258273 0.0560705901873 0.0251972854114 0.140893674403 1.42610603808 0. 0. 0. 0.317799605587 0.0506989312525 0.255831368443 0. 0.0806293001956 0.0168824151148 0.00475962470686 0. 0.0971995733402 0.0437031245498 0.500973292004 0.0774839884335 2.90438537811 0.202071520986 0.0937165711889 0.0216420775447 0.46085520615 0. 0. 0.386212730776 0. 0.0439111871227 0. 0.00142019617832 1.72372488346 0.00353564686792 39.2916179068 18.2449713723 +0.12772333616 0.202937477234 0.0456262887699 0.384240827481 0.750471298595 0.566716666735 0.329482300209 7.9730276104 0.348733256117 0.416616268506 0. 1.60604961709 0.153626160452 0. 0.051816532713 0.517553659832 0.191648788308 0.0783717598123 0.0620273916294 0.517147043007 0.757054829915 0.271320901834 0.0610169937309 7.83805440567 0.26049598552 0.0116099054579 0. 0.271192109703 0. 0.269401620363 0. 0.869217204478 0.173886539068 0.101559401417 0.0513360463705 0.25313978055 0.814021622311 0.542152688427 0.661009268928 6.26229632635 0.0789158873422 0.140136062493 0.459696135584 0.449218526527 0.242718586153 0. 0.036411591094 1.15509068397 0.3893585454 0.0424108621429 0.560890848122 1.09144238728 32.8955493322 38.4940460748 24.077551687 +0.892146421339 0.105792977881 0. 0.203727471191 0.937054097698 0. 0.11392298206 0.0306223345718 9.42292304392 0.368889170803 1.66077364659 0.579325085445 0.114146365789 0.149157964404 0.0775871861269 0.0452777917467 1.87236487125 0.253819545628 0.136018977537 0.389932585883 1.67509605282 0.0552503571781 0. 0.161064385475 15.4813846104 0. 0.20972813964 0. 0.675574459504 0. 0. 0. 0.942992935462 0.141984025502 0.0271301662091 0.0830153582675 0.959015469118 0. 0.279990642381 0. 5.26272896639 0. 1.3089471879 0. 0.932609036265 0.0129723246839 0.0293439782823 0.0631589397541 280.629762483 0.33921123514 61.6326568199 0.574254177642 6.51206780811 0. 0.154805300534 0.571105398762 +0.0543459569035 0. 0. 0.175082894371 0.0300029311488 0.152289336153 0.0213642624993 0.0474803694279 0.272378780882 1.11185426229 0.195192906777 0. 0. 0.0422434128828 0.0236417440157 0.153894931667 0. 0.159478557231 0.0581249296853 0.0888637596587 0.00774711463909 0.0797019570098 0.0220358018891 0. 0. 0.788772412095 0. 0. 0.0125193864137 0.157865057283 0. 0.053199968005 0. 0.103059554852 0.0214087156837 0. 0.036253294775 0.171112602984 0.0185506897953 0.0201440173115 0.180508780553 0.379647848599 0.165082219653 0. 0.0387162959041 0.17589011491 0.0166076794048 0.0888466997722 0.278144013414 0.516232169639 0.134276520095 0.0356284139123 0.110707261879 0.765365154596 0.0484784571802 0.105517140489 1.956996971 +0.0426453273696 0.0191205668943 0.0368964641593 0.0195993734266 0.020426687841 0.0071332799582 0.052440437308 0.0188225003564 0.137720655499 0.050220433979 0.791577703309 0.0569744636126 0.0490397005783 0.0154243449821 0.0854117057841 0.0247958613472 0.0837332655223 0.0474247246812 0.120026567666 0.0690972261089 0.0520473599944 0. 0.0770543128608 0.0275746063381 0.105528767172 0. 1.05765165507 0. 0.0503584622369 0.00540933675393 0.0512677354683 0.0567514547181 0.0241550573068 0.00713138366743 0.0322524761285 0.00510242031931 0.0275438433454 0.00454715835838 0.0660427342198 0.010682243118 0.066443063198 0. 1.06220346525 0. 0.0369033385963 0.0104664832187 0.053823143186 0.0247144334391 0.396443415435 0.162886463316 2.81533142291 0.303786834202 0.122329738726 0.0197654206404 0.301045311419 0.0927439142057 4.07574873867 0.297231398254 +0. 0.387694492842 0.0566264290759 0. 0.0420389430627 0.0372263203947 0.0284009571392 0.391280067504 0. 0. 0. 2.62120940939 0.235208821229 0.174126629446 0.0377333685393 0. 0.266507634665 0.140780997735 0. 0.274461791044 0.024251685869 0.0123437067252 0. 0.42174418179 0.386142599092 0. 0.280878402933 2.26656277487 0.0668300289241 0.00484107193822 0.0120421621438 0.467512964536 0.140861595319 0. 0. 0.152886951063 0.0726618429342 0.00881337066215 0.0765283799663 0.323564236667 0. 0.104293437079 0.0656777320123 1.27568533433 0.0936900727309 0.114534588299 0.0388409803721 0.261207870269 0.539598476857 0.057248937284 0.709959826108 1.31873341905 0.149748324813 0.0137692137083 0.021682240931 2.67377221412 3.34744003832 63.6215057037 0.552099970733 +0.262658101564 0.0330856130484 0.0318435467419 0.06434557919 0.956294914676 0. 0.0362010379979 0.210563484821 0.649823236136 0. 0. 0.178067726788 6.14046266775 0.484508818038 0.969822459383 0.0908273537571 0.569261086804 0.0475523632477 0. 0.0356114691876 1.12898507341 0.0473037858179 0. 0. 0.60621623873 0.00374427661168 0. 0. 49.6159095859 4.68022066218 5.91403524205 12.128423537 0.343023643831 0.0170291972708 0. 0.0286948987936 1.10355826045 0. 0. 0.247628287953 0.256927506886 0.00389918558072 0.0386987944657 0.0462994870786 4.38167122112 0.749142928044 0.326128125834 0.155704509341 6.93877030376 0.243950655216 0.795264519656 0.219296014971 6.28903338562 0.253404687172 0.350852805934 0.514188082347 7.10336662893 0.17185837391 0.250117723726 0.310340196655 +0.0836251079889 0. 0. 0.0759521765583 0.025061096046 0.128763746911 0.0365471490099 0. 0.0513270168229 0.115390559489 0.0136726811189 0. 0.494123395556 0.738187904377 0.113320681627 0. 0. 0.172946985827 0.0634101240401 0.0303155000782 0. 0.113804414616 0.0536675968956 0. 0. 0.0934146779956 0. 0. 0.157608968678 1.11946201469 0.163383148328 0. 0. 0.0151230114653 0.0171489957776 0.0145945353819 0.015584347954 0.11246152727 0.0672202658176 0. 0.102939183862 0. 0.0860115508942 0. 0.0968596103594 0.564102323427 0.0442859710728 0. 0.114886652857 1.58908101447 0.0640408949033 0.904737091043 0.0464952209978 0.55079298779 0.0350352055003 0. 0.223792473206 0.138240250676 0.128815431027 0.47979472309 1.00317623422 +0.0291577441272 0.00710949998472 0.0678309421565 0.0296178528991 0.0382507639617 0. 0.440552472665 0. 0. 0. 0.41775879454 0.0882600115553 0.481363126311 0.40262892409 2.18167671879 0.22263115552 0.0849711406145 0. 0.121560618927 0.0125624650954 0. 0.0428371422818 0.191018400085 0.137560451816 0. 0. 0.250171892144 0.0477011893207 9.6100077808 4.83686618095 20.5612112307 6.14952831179 0.0434614128121 0.00814219912045 0.0536473772114 0.00722447169821 0.0567220784066 0.0346109731334 0.477257172205 0. 0.0159230494094 0.00672775637493 0.312424461243 0. 0.926206563236 0.170008698136 1.00901362295 0.595253476155 0. 0.0829218608049 1.88426764212 0.0861787526896 0.826858434307 0. 1.08578916825 0.406345336454 0.693518216334 0.0723512495772 0.686787071396 0.139318568235 37.7467182911 0.407872757386 +0. 0.118017675903 0.0516491740649 0. 0.0245749501147 0. 0. 0.515743121688 0.00349160199675 0. 0.0461156753177 0.227277037273 0. 0. 0.195669278198 1.81813346514 0.222473192805 0.0396850438219 0. 0.267936923992 0.111696900826 0. 0. 0.551653259568 0.081951854164 0. 0.082737441961 0.133720495134 0.299280716335 0. 0. 3.68142435956 0.070474856968 0.0253494371084 0. 0.0186977483264 0.0484115177612 0. 0. 0.364949634323 0. 0.0637057162944 0. 0.118085161486 0.136351224149 0. 0.0098593477854 1.37279032042 0.347644700635 1.0187663532 0.267201375923 2.77745201989 0.207254836317 0. 0. 2.06876811139 0.505268712448 0.346609972923 0.303669059181 0.251430422297 3.04304016233 34.0403102714 1.13479757826 + +0.0181562543195 0.0237541470812 0.0374678167352 0.0229356112767 0.0128689037304 0.0198976366858 0.0146655632375 0.00919594319685 0.00472893318106 0.0211913632303 0.0055799304347 0.0110186011298 0.011298864648 0.0212572494848 0.0236085461411 0.0174040193786 0.0162290051584 0.0148443207067 0.0353528716219 0.0119611294267 0.0135951768286 0.0180305546134 0.0153945069058 0.0065457378099 0.0078695600931 0.0191529378739 0.0083646520671 0.0103291428757 0.00819577204868 0.0151009637038 0.0395263872133 0.00821847799094 0.0207915459753 0.0230931017409 0.0422829154308 0.0282726539789 0.0135792875468 0.0329056051667 0.0141017924951 0.0139740807157 0.0140824034252 0.0275383935595 0.00496476036542 0.0118834390088 0.00615824907675 0.0144300896903 0.0275466491572 0.0105317037816 0.000922468535899 0.0174195794121 0.000696348080875 0.01351829124 0.0078555121632 0.0176405660316 0.016049381888 0.00653336051055 0.000634022586315 0.0136299552106 0.0103827981635 0.0061971613548 0.00498147886533 0.021300710268 0.0173922639928 0.014968849752 + + +AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT +CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT +GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT +TTA TTC TTG TTT + diff --git a/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_noncoding.ECM b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_noncoding.ECM new file mode 100644 index 0000000..6b40287 --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/21mosquitoes_noncoding.ECM @@ -0,0 +1,72 @@ +2.60522165174 +5.52510067718 3.46892355586 +2.06752205896 4.87084817478 2.21791845944 +2.3195381658 0.29942855373 0.528228212208 0.26648971101 +0.330068073364 4.34832138922 0.432834075405 0.566200533823 4.59841842144 +0.552416252538 0.261795105 3.90539440681 0.215698594141 8.6764671226 4.28639980545 +0.295548791599 0.827336939107 0.393001102173 2.30234170923 3.81729458011 9.33029881664 4.31982049419 +5.82573631847 0.801834999525 1.86182286498 0.602393752325 3.81311102277 0.474788400945 0.721304810831 0.329054451704 +0.595892512437 9.69926539657 0.842946055917 0.971814913776 0.399337020469 5.15799117581 0.236792300614 0.73713375116 5.37263336106 +1.05273301983 0.621797096011 10.3561262134 0.615594998571 0.720352431384 0.636012240368 4.08598201643 0.288342417197 12.6654887488 4.68843038831 +0.511007461668 1.27482190234 0.770931708347 5.14006094873 0.263064404428 0.72057905066 0.31199670561 4.78418938995 4.77782550368 8.79650954363 4.02459238797 +2.45614751139 0.368323546282 0.896011440009 0.345330822663 6.38445607882 0.812447241133 1.22688836396 0.89846227661 3.86123785872 0.054624957844 0.807672411047 0.284218649159 +0.297071771517 3.3301080317 0.294244712813 0.594387565738 0.630325090791 8.22791956827 0.60941585104 1.39405066498 0.518559738627 3.74891441167 0.432486622264 0.886834747439 3.57278649553 +0.491952797003 0.211319243882 3.22926300477 0.288114933896 1.46193024122 0.664041941702 8.73877116939 0.711829787348 0.610050659555 0.26177882384 3.52009446056 0.282194809626 6.51970381022 2.46888502102 +0.270311769619 0.53701253113 0.253466034556 2.07899632569 0.389073083667 1.18867330633 0.366846269651 5.2275473054 0.266988648959 0.45562665342 0.293347630878 2.23924111386 2.99584349371 5.01115562509 2.53862842844 +2.54429183679 0.208897902088 0.690631250814 0.202027264705 0.244791690551 0. 0.102010744231 0.068623129321 0.718867473979 0.0861791543005 0.200678256294 0.0277198677359 0.358710455289 0.0198590262246 0.0727513233457 0.0181667907683 +0.205741251989 3.54878426463 0.282535784093 0.442820226573 0.0371097332821 0.472702213865 0.00924159247056 0.0270547897495 0.217166271741 0.809157527615 0.0731064332526 0.167555106759 0.0823809711156 0.233703673635 0.0507150524041 0.0118325287932 2.79594212608 +0.454462784752 0.221619695452 3.94980098948 0.192503544533 0.20057130093 0.110679640482 0.366954674621 0. 0.294065885262 0.0422692166612 1.19442307203 0.136885521587 0. 0.00705222137801 0.38732889744 0.0336198621798 7.61431848979 4.1790760497 +0.250017930855 0.600751819008 0.2532882811 2.48072248044 0. 0.096910416293 0.033071836568 0.3330380543 0.106896588224 0.221471925649 0.184154952423 0.71515124614 0.0787027589041 0.197544782653 0.00291609470126 0.293131845465 2.57577732798 6.94208324896 3.27585074853 +0.267538861181 0.0782973620584 0.140990405947 0.0415135512486 3.26788735517 0.391466887355 0.584485074743 0.223924105786 0.53967272806 0.030939550127 0.104490034188 0.0907393878631 0.706815630064 0.118344611019 0.181283524607 0.00908489560399 3.65214779623 0.43161700393 0.963510202506 0.268388623877 +0.122528796445 0.403492967439 0. 0.0753976110614 0.345763756346 7.95722267283 0.351981375839 0.660662480024 0. 0.519980399021 0.311961640455 0.087688748179 0. 0.665982021083 0.153361405173 0.157150510133 0.289733588913 4.91280159829 0.597746315167 0.783123601521 6.85421562286 +0.157896529141 0.125849840503 0.258837222819 0.0262407555021 0.546585213019 0.250136220871 6.1023022464 0.27858435627 0.0965962927904 0.0837203126736 0.41309497354 0.0651975505063 0.167610924662 0.0863019690749 0.523540972714 0.0356231133228 0.524246028168 0.427565464426 5.77089638668 0.309151292801 14.7964854058 6.03102821436 +0.170436883784 0.101171673737 0. 0.235477601463 0.290761451767 0.986145223945 0.298849243214 4.18240167889 0.0838301866341 0.217688815126 0. 0.367784454716 0. 0.171407551321 0.172665624586 0.622087066397 0.206350807788 0.679113628723 0.477771364745 3.59103421041 5.56204335797 17.2297122913 6.90886230132 +0.637707469457 0.0980845253209 0. 0.0386222159964 0.23291610923 0. 0.133387182059 0.140114698057 6.19099261505 0.286769228317 0.917424235416 0.222350439907 0.196014430766 0.0438704080348 0.171320870319 0.029495951056 8.61610724776 0.740338142792 1.897591966 0.504461228772 3.89883392169 0.303737900124 0.940750518231 0.582602259878 +0.0552030861191 0.406515753038 0.126757954568 0.17902632355 0.0429018761926 0.167792025667 0.088308826142 0. 0.397029203581 4.18595899237 0.361569523204 0.629291039745 0.012095057946 0.218555477593 0.0338811067771 0. 0.714975070526 9.88809944498 0.73947683568 1.01131929346 0.212139146705 4.47739869358 0.282032128892 0.788958556228 5.0147010624 +0.142317397722 0. 0.858132236596 0.0524028347981 0.0845413370276 0.223285798859 0.477504820704 0.0313574645896 0.741621629651 0.381515213112 6.79910727345 0.185605422378 0. 0. 0.307194239723 0.0334611209093 1.51778663185 0.633300960636 12.5139215776 0.52321566535 0.907058407988 0.803636621863 5.54890362758 0.353466300082 11.6791489514 5.62326450239 +0.0632604351817 0.293940871922 0.120172031706 0.408175611648 0. 0.168880218778 0. 0.226461793393 0.424688374337 0.644519008495 0.35940974446 4.21139730687 0.0533289483047 0.179151278901 0.0389341139928 0.233983621214 0.450540732963 1.44704264599 0.891610313991 8.79731335796 0.453587541817 0.501626596963 0.419745943993 4.04719461146 5.37510573152 11.5732278696 5.93235816792 +0.271934817808 0.0220389805083 0.360919166698 0.0306140044835 0.752318321992 0.463319481404 0.0237920653271 0.0472648305889 0.410951022594 0. 0.206617433612 0.0490180837447 4.19715565416 0.331859055831 0.636355522299 0.327688640142 3.84097030894 0.240503800507 0.665107401131 0.398453372736 9.89885147868 0.797924695707 1.41658091675 0.962105284807 4.14390656934 0.185723871788 0.927757405015 0.447505455533 +0.0441422651003 0.351697700152 0.0540161434958 0.0395732774663 0.203771372951 0.550631712994 0.174017431879 0.41203269941 0. 0.58734824068 0.119062840479 0.144323912746 0.232310518672 4.00520653295 0.346972105194 0.468054735393 0.25509398801 5.26566329901 0.623159418873 0.565609802428 0.854434133855 14.9117484413 0.845802974661 1.85608265587 0.403055949032 6.4442609397 0.519341640143 0.848589689817 5.39834773416 +0.0732180070149 0.0968521775348 0.228828756215 0.0184219094418 0.135688516825 0.0237881831167 0.859989660933 0.163967324751 0.0963793084962 0.050979981086 0.468537052022 0.0523032717653 0.495209908214 0.192641952809 3.0982481819 0.17865921222 0.416996695586 0.345414736546 5.03705465074 0.330159736313 1.67298903994 0.841108082877 11.9450323105 1.20722675626 0.740920305434 0.26598753344 5.3213295419 0.35148359416 11.7501313957 4.96184490401 +0.0221615561397 0. 0.18053780639 0.232847292427 0.0886419985582 0.311519768132 0.0782740903323 0.768657876222 0.20478676049 0.104330422709 0.0149957938401 0.355174837782 0.401325655323 0.669743397933 0.240594251687 2.21617894499 0.239479204102 0.463301114039 0.257639362336 3.21848934944 0.614917578254 1.24161518748 0.753701089267 10.3962486969 0.4724551404 0.72561003943 0.346683864076 3.8853095069 4.48167836817 11.5738315211 3.84920008886 +6.46152443068 0.688877807506 0.907244785869 0.467331091131 0.611857479133 0.38000697963 0.274957472129 0.0417115243384 1.78039895393 0.0931120924274 0.92558963629 0.11139615157 0.719672704195 0.108813780714 0.14630642316 0.108187658319 3.08393052516 0.224878585989 0.620023085921 0.308954907803 0.492547578464 0.174234124077 0.0130567187595 0. 0.675106424614 0. 0.254520863205 0.206575237598 0.501861233193 0.157443454569 0.0158713688637 0.0253774110209 +0.383814344165 6.97508651301 0.535744016959 0.869608553356 0.125634803092 1.1992165745 0.0482168945747 0.166215809035 0.385867165096 1.79183536119 0.134729159035 0.42852869417 0.0405646931802 0.896198342106 0.110650667529 0.062369015921 0.167364953657 3.41846809715 0.263196922934 0.481586151241 0.062064983602 0.31960756476 0.056698891866 0.0686419515445 0.163067764246 0.637468886748 0.0931119682843 0.152959353192 0.103874145219 0.320755915959 0.0585407497123 0.159114390453 3.3705044899 +1.05022340326 0.581026804078 11.2240678679 0.470465861776 0.317218721951 0.0630525248766 0.778161858589 0.181788766574 0.277449520997 0.361212044249 2.08515796396 0.43619236315 0.452696901317 0.173696696033 0.642502390054 0.0404014311909 0.682778351182 0.544672566316 5.21922208324 0.355151721135 0.107162523901 0.062248643198 0.663306402484 0.19162270899 0.522764714146 0.0335688758657 0.782763482094 0.163106673887 0. 0.0465122608892 0.585116516325 0.0171956340661 9.69575537066 5.40056188954 +0.463555302185 1.36885645104 0.629145708589 5.01894573147 0.116251331227 0.0907081671292 0.202939025922 0.905680697885 0.304403966397 0.432168130854 0.187380395451 1.35467307484 0.114572366551 0.0821882529413 0.176377339242 0.592215505168 0.305818323259 0.543871427782 0.216286614077 2.53109375099 0. 0.153558117059 0. 0.542581004971 0.20674612679 0.192504536483 0.0298525823301 0.547588985676 0.0805929436176 0.128518226387 0.0298694150466 0.255215461869 3.37416853428 8.46230911018 4.07152778919 +0.480383982717 0.113564278539 0.255623640736 0.00307653945662 7.39516897953 0.599690149253 1.27957922996 0.551895856538 0.710140444653 0.11711866548 0.203456778477 0.0768765888675 1.03022447997 0.13889393181 0.360875415287 0.143429116955 0.192790074292 0.0229978012169 0.0474128199143 0. 4.07431891567 0.348455094593 0.615092758097 0.2789288752 0.231998468985 0.16665458539 0.0999114485727 0. 0.545458431919 0.140425511194 0.252964601793 0.0641235109003 3.45150022822 0.25341181581 0.85537272809 0.336373802126 +0.0498994970469 0.659298255503 0.120756811598 0.110625856911 0.499397078742 13.156694884 0.527902627276 1.17450655751 0.0979999890977 0.783058133349 0. 0.234245741379 0.242028577174 1.27297503647 0.198144716023 0.226456646017 0.0392688783335 0.310112026688 0. 0.0478714335742 0.362254930416 5.85652628067 0.393384006798 0.85767141986 0.189282416135 0.204461461925 0. 0.249713282975 0.063213200208 0.772616833904 0.0880407062257 0.0621511474181 0.267377413205 4.93887836005 0.75208565002 0.499218431241 3.95581023001 +0.178490254361 0.113243779052 0.680601416525 0.0123851259926 1.07307674091 0.663960519495 11.4793867882 0.595067811349 0.255354019327 0.112138018559 0.72108127423 0. 0.2947402588 0.171527002844 1.04678252153 0.166942144533 0.0207482608192 0.0515545866334 0.294103848407 0.00675470149663 0.722558600771 0.21081306386 5.61878406624 0.353707057708 0.143153986138 0.0295066441118 0.27082080531 0.036527617573 0.392923461837 0.0543021739285 0.73796041319 0.111898158653 0.607469043142 0.42658669437 6.48078550527 0.214897870972 8.25817958502 3.64643404483 +0. 0.208975293263 0.113922477378 0.454907336945 0.527947416158 1.52290075472 0.499491662628 8.81867782892 0.162144537939 0.176899300708 0.339150496892 0.68155736895 0.243904893911 0.392613238257 0.235077576555 0.989929641162 0.0598904480749 0.0274939063586 0.0573185360404 0.220558213277 0.421217145809 0.469155144997 0.277763898137 4.77918871671 0. 0.0794382166745 0.130631183539 0.276353468502 0.158423765967 0.375150759131 0.0250784177391 0.818554705267 0.423651854092 0.932897423151 0.511556304679 3.77771578835 3.94974067907 10.060749705 4.3142715615 +1.06919091118 0.176544118626 0.62815843859 0.106929919545 0.625172320518 0.0983476708752 0.321057017741 0.0707726923527 13.0461448409 0.740214098892 0.5323200039 0.662033161825 0.555671637344 0.167882921301 0.254232048068 0.100907764286 0.612709770406 0.242146767217 0.324412275851 0.0715175841763 0.541526056137 0. 0.0203467517845 0.128916507747 4.65809384137 0.181788404383 1.09871502383 0.370878527838 0.517539462064 0.00597018697316 0.027004886244 0.130423699596 9.71419503953 0.996475979239 2.30362027852 0.771326354775 3.68110740354 0.574069449478 0.667747864717 0.357518830067 +0.124255890974 1.29327498652 0.049216033785 0.222982127914 0.0604731034924 0.80299117925 0.336520079351 0.239465907053 0.668765775192 10.0008088688 0.89905029628 1.10329562756 0.0812623827644 0.521666447963 0.020478509012 0.0788716826363 0.0723017837057 0.627028740646 0.0793409847722 0.183569879309 0. 0.535168096864 0. 0.154780680418 0.339970756151 3.70808312049 0.271651366993 0.458888099002 0.0631968307521 0.60855138889 0.000969590450287 0.129408342384 0.74578001827 10.9642335764 0.809321015463 1.26043846525 0.443541303106 6.32079872143 0.187046545446 0.779603904702 5.78656154224 +0.430633667495 0.216900752581 1.22423556589 0.1379606532 0.423782004361 0. 0.465596630589 0.125839128325 1.57018052588 0.499595707407 17.1424388709 0.630510821719 0.0770546407886 0.184781829392 0.80194232831 0.0778331486629 0.272675568284 0.154344824097 0.816164640218 0.181261351779 0. 0.289203423792 0.724311118449 0.430547822512 0.640397034316 0.185400847809 6.06769299227 0.336957380147 0. 0.0785717850552 0.563809365013 0. 0.879107248925 0.570402654692 15.1934005002 0.692558665128 0.543186719362 0.656469474346 4.55015113356 0.455496393966 14.8406602979 5.87378021279 +0.10782961655 0.397922832562 0.303043906275 1.15134235508 0.204418853685 0.371359365018 0.0922161117302 0.671905577877 0.407876429368 1.49131224744 1.22316074924 9.31364010052 0.0659344552593 0.144574201112 0.0925735408299 0.582475702388 0.0363355228639 0.297656428736 0.138440193879 0.659881107176 0.131631371164 0.0386775112254 0.149568084225 0.15703864353 0.245809837971 0.604325605926 0.462539132915 4.32018874731 0. 0.241384207368 0.00943776558503 0.474622377065 0.930923295825 1.57505991892 0.448160445025 8.27984902319 0.212526985917 0.662027832874 0.271951734254 5.3932152289 7.01796079889 13.2819260064 7.73152824174 +0.785114366281 0. 0.190582516962 0.0437245001644 1.60902617329 0.267703675237 0.172723544963 0.203174364247 0.24840311051 0.23889140142 0.287781434575 0.029901601348 8.72032227161 0.809949936009 1.27012921147 0.646006066362 0.263858017466 0.0911580000312 0. 0.0649890857122 0.588978777883 0.0593159278304 0.11311914885 0.127673720151 0.547537065571 0.00890813618702 0. 0.0160219806526 5.36614341439 0.321823878762 0.433766701507 0.153232412137 3.70023837835 0.451404912321 0.667859184893 0.381159496482 7.15133975759 0.765693663643 1.16326409239 0.756193823975 3.97556787065 0.0739449366022 1.30928853238 0.487292257318 +0.0932330048649 0.626458702051 0.147020840639 0.0783894286927 0.261572302761 1.54108436263 0.0203356376929 0.435931519232 0.163874623407 0.857984858575 0.215844705736 0.132020661072 0.581596595914 8.440142681 0.489582070011 0.887531645778 0.0330134663461 0.273150370312 0.142226319085 0.0929907118425 0.046271815886 0.616275281387 0.029319930779 0.139365079455 0. 0.44593197596 0.16281235461 0.131885848282 0.137662554377 5.38384064088 0.231910649926 0.405129195554 0.249998695284 4.60624374682 0.259025590052 0.940729844945 0.70354790234 10.809106611 0.673222830015 1.76599423259 0.383056109368 4.94461024512 0.324289399806 1.27641294791 3.64226215594 +0.115671087631 0.11099052262 0.523966729459 0.00825619242947 0.355096190579 0.273626760734 1.42924086577 0.190326900145 0.383735854706 0. 0.652083379392 0.0276221627974 1.28837929594 0.522186746577 6.74328786096 0.446545887313 0.109097648858 0.0210803305946 0.363099787521 0.0189067390323 0.207581570135 0.160645760092 0.651889079029 0.075801742214 0. 0.0473877911129 0.468659407859 0. 0.462535958607 0.518887856133 4.02344182321 0.297666753421 0.682490917891 0.251494236206 5.17276559213 0.229920577423 1.30998499607 0.620950341384 9.80097842168 0.792641443266 0.716049028897 0.340371268778 4.75383838917 0.398584556613 10.8895201843 3.39222524377 +0.0848119993015 0.0497111753355 0. 0.529676147046 0.218063169303 0.393785170806 0.389534896176 1.37035309167 0.181035586425 0.20545759066 0. 0.856323451482 0.631963013807 1.3992801786 0.563353589371 4.87278695277 0.0211020424287 0.0819252907359 0.0456965121717 0.197177035324 0.051473249901 0.188027970631 0.0844195663027 0.611932893809 0.0856434000193 0.161610141343 0.0593737882724 0.270441938039 0.169490119886 0.559077869937 0.245904264031 3.55100653969 0.328551756953 0.604424375658 0.392278042947 3.38035008941 0.520756692006 1.35443032822 0.371276014057 9.72265927134 0.398852401405 0.681732161833 0.397171209847 4.22304365899 4.28169336076 7.01100597142 3.51268072128 +2.2963661213 0.163164534263 0.572357770823 0.268914073677 0.329726654283 0. 0. 0. 0.618819652738 0.0340760214334 0.15660069592 0.137629051393 0.464863762542 0.0482339350431 0.0765141331328 0.0223618722052 4.93641399381 0.53919507183 0.778870379206 0.469274391055 0.529410506384 0.0102089226755 0.22936863473 0.00911296317807 0.951615777102 0.152092158452 0.195633518988 0.299143403733 0.792403150648 0.136536824369 0.292380158659 0.0634072465286 2.67929976566 0.111090266371 0.397993600546 0.273477085143 0.20004454144 0. 0. 0. 0.772323580557 0.0460467490792 0.274422295287 0.180438769889 0.345031512095 0.1169411809 0. 0.0862887154545 +0.36221886721 4.43749633365 0.198705602053 0.648323746956 0.068704432249 0.279665861526 0.00260402382336 0.141985679692 0.0423421376083 0.801368750052 0.223824905685 0.277391236847 0.0381087967915 0.497983733464 0.0469589556908 0.0268327207866 0.551348074861 10.1600786946 0.532862806093 1.2972973744 0. 1.35996071209 0. 0.457780412711 0.390328433347 1.35639448115 0.0821727427381 0.153319290359 0.407256454251 0.513142352844 0.0111661994826 0.336157828438 0.527409566821 3.84832736431 0.239717899947 0.829973779517 0.0644161274506 0.182748240199 0.0127517474922 0.174565348311 0.013411761878 0.849321327846 0.114319422746 0.116665223506 0.0177312509882 0.353509116466 0.108648716676 0.0492162804168 3.55997377287 +0.662844734956 0.24718672961 4.44643944812 0.312155165897 0.125249804856 0. 0.452865252824 0.0902557562959 0.780092420005 0. 1.08300931948 0.13064833238 0. 0.151981557649 0.403639021805 0.0102513824782 1.33684469853 0.5338563919 10.3812633396 0.691151745857 0.216592999189 0. 0.988823139793 0.297160088089 0.590577033043 0.412386887601 1.4165299385 0.0504868122996 0.308776833086 0. 0.765724055981 0.289704632468 0.598650479144 0.0352777339578 5.83174099423 0.37437356017 0.130108430271 0.114499334124 0.176488935715 0. 0. 0.281216744974 0.678643505586 0.216726769023 0.437232408654 0.0169010207316 0.193734873381 0.107114237976 7.62089842807 5.82215745173 +0.39718927436 0.582256314986 0.447372089267 3.00510556006 0.00523208328632 0.192717126765 0.0504732351332 0.271183148591 0.0739618424566 0.297135925765 0. 0.857837202389 0.0136678015112 0.112114970511 0.065541380167 0.354750352898 0.584297791039 1.24696119807 0.528300740757 6.53236720694 0.101472510413 0.110976638701 0. 0.70469406721 0.143001511783 0.292934968547 0.217703115206 1.18711697484 0.00759432390077 0.575520856236 0. 0.860908450835 0.326804098134 0.652075620805 0.265602198793 3.54052358699 0.0529274692445 0. 0. 0.13065909266 0.0921045261971 0.222944690332 0. 0.904397126722 0.0339390870035 0.0493798526259 0.077727243165 0.350455381219 3.06691219618 9.43091121002 4.23747456331 +0.266754024104 0.00650093716495 0.12800911926 0.0772980128718 2.86683009967 0.234582115115 0.445501850035 0.157126406069 0.290399172749 0.107595239865 0.108077202261 0.161561897413 0.699113848226 0.191697057858 0.162509316102 0. 0.607692951274 0.0469956221946 0.198918977485 0.0922159160776 7.58433037129 0.368490961564 1.08674774904 0.496812861248 0.666102043238 0.0990191396224 0.0920136908503 0.0821908436717 1.49081558785 0.154597741226 0.174755637165 0.146478461101 0.269216683997 0. 0.253567617568 0. 2.98327563942 0.233736190464 0.351757273558 0.139263081868 0.239430381403 0.0208928742124 0.222252319178 0.0175789101065 0.810861806823 0.279608431283 0.179458188958 0.195866758858 2.6854820791 0.398053984532 0.89809834227 0.247935202602 +0. 0.350679119366 0.171770055102 0.104925151245 0.27569187295 6.94829024374 0.334803148398 0.67706013313 0.193350480379 0.412581822479 0.0992653935902 0. 0.10635427699 0.699016591819 0.0539186926384 0.138446373546 0.153056250509 0.713312843099 0.0600509965939 0.255963010535 0.977892604151 14.4889648601 0.9706502979 0.881312161472 0.0346182115187 0.64545890404 0.134577713879 0.290715313336 0. 2.39103151387 0.273437271363 0.464611330894 0.246713626684 0.40332369024 0. 0.145163680564 0.372829638364 5.88638743233 0.226345198689 0.660313641705 0.190871514078 0.468824543611 0. 0.342786925459 0.0289876816848 0.926564298096 0.264713948349 0.168913634851 0.247713670257 4.30894205465 0.435130299606 0.538207204466 4.09158908846 +0.0852410654989 0.0511030057169 0.509274844394 0.0373529090687 0.702993747187 0.420627472897 5.42647743174 0.131536971718 0.0544918473889 0.0128070613042 0.524612151038 0.126370441821 0.153615064327 0.18902932533 0.51889155516 0.0343168562204 0.177500342967 0. 0.829123397045 0.142488350733 1.72654391503 0.629020310446 11.7406994673 0.890649274227 0.0675687379755 0.11742638392 1.01918916916 0.169065502496 0.563238316532 0.404080301794 1.757981046 0.033475292508 0.116203786627 0. 0.327480025776 0.0230249387485 0.594810129652 0.230254744366 5.0646899971 0.418798741428 0.104334665716 0.104697825563 0.407467483724 0.0406246231031 0.348189622419 0.21390374221 0.705834513063 0.0642328453938 0.553054947903 0.513442901514 4.26222018466 0.208573091283 10.5015585013 4.79812930239 +0.016450712606 0.216977814459 0.196903475283 0.251042590329 0.381360395441 0.413738227705 0.369887142101 4.88259977716 0.188049445316 0.176146965588 0.0503173213445 0.269668758345 0.0782349657847 0.280488056823 0.120251545162 0.618000796657 0.126134853645 0.401182869233 0.114756316467 0.597468154008 0.532005117974 1.72633341664 0.896161496941 12.3577660392 0.126652444404 0.183007805123 0.0120862345708 0.810724156403 0.546614503908 0.381149400912 0.262332528854 1.85559847553 0. 0.149062776866 0.0200114447219 0.530378592208 0.310737212864 0.615825997783 0.409391933973 5.39308092496 0.200657743084 0.0952515324537 0. 0.521862066811 0.0957681689554 0.441655874781 0.173274569629 0.711991153156 0.264993223104 0.150780925398 0.398721418433 3.85456065949 4.25450384849 13.2346289613 6.0736547061 +0.440603456097 0.175073392063 0.119622864329 0. 0.241873704132 0.0710770145015 0.0666045777945 0.13396754322 4.24467760612 0.219451207928 0.47068741368 0.159446593493 0.26107084768 0. 0.101681207607 0.0920335638825 1.24654760408 0.189595106863 0.221227691285 0.169635541932 0.565777108883 0.24512236772 0.122082481977 0.106034887959 10.4509269008 0.388387008742 1.12670684035 0.421873919179 0.887638019557 0.230073415723 0.215867259065 0.141579391234 0.747688670763 0.322956986932 0.151769782551 0.145090356887 0.19983239471 0. 0.138068910759 0.162894030212 4.12944027014 0.222269703418 0.334749332402 0.304982463476 0.380209684032 0. 0.0599817853084 0. 5.64715544394 0.843531318989 1.49518330985 0.696491513928 2.82691991286 0.272897891241 0.647969513561 0.270271138196 +0.0368326690502 0.516163584717 0.0402954019228 0.182113461448 0.0267329337356 0.295453650877 0. 0.0391106979068 0.346195590601 3.90722002563 0.251453752135 0.499977068872 0.0438768001794 0.3121885514 0. 0.0101561918638 0.194163815105 1.35154136626 0.256764960023 0.351956461653 0.170903537116 0.571102158636 0.106497372506 0.146134689188 0.650963876986 8.25974889116 0.620138351612 1.28022944042 0.122665881254 0.902940935388 0.0514628555172 0.223518006413 0.0584356644606 0.677203763896 0.159679451097 0.12007911109 0.00334815605962 0.3959196116 0.174551188289 0.159757167432 0.400908679613 3.8883577563 0.339738184481 0.655622431939 0.0665622505526 0.301088437109 0.0532895087776 0.074214780687 0.467362675757 7.53716823196 0.459313777385 0.972487425198 0.169797309845 3.67327701095 0.226350163374 0.743267916615 2.90494533079 +0.171217381999 0.0497713256843 0.703690916737 0.00377987735703 0.0210415170442 0.0860663292958 0.467325777053 0.128714715206 0.496303416213 0.423708568916 5.52927750422 0.209280636062 0.0873057422167 0. 0.259365039118 0.0275367980795 0.383471027046 0.204822857403 1.80740883282 0.200378182483 0.40275582395 0. 0.892186378848 0.0663342198387 1.69920321307 0.698565335305 14.5160708517 0.633401751827 0.234001345722 0.147947342925 0.935226991803 0.0778740557829 0.250771561241 0.0176325172834 0.747036852503 0.101064900471 0.139891600514 0.0267744784649 0.156853529895 0. 1.03113066727 0.393691514117 6.82845384705 0.361457674159 0. 0.0227540771818 0.432779186274 0.121581588911 1.00417952833 0.528467331925 10.1998063449 0.70292632121 0.575173027014 0.53026533446 3.85919571034 0.583793843694 7.55826014247 3.99957544825 +0.11046481743 0.259409163754 0.0640200209963 0.387824432047 0. 0.116530780141 0. 0.269206680089 0.396274595634 0.501678979087 0.285561984975 3.75701797435 0.0203002997396 0.117638129845 0. 0.276900338114 0.209721834182 0.425937609857 0.160289713534 1.42478289884 0.0133090770313 0.356482366509 0.0707080376994 0.809766978853 0.717499678142 1.05863963611 0.545701151656 8.66185832183 0.108602644392 0.230637865059 0.207292284638 0.538602837775 0.105996038363 0.180389920988 0.186551695414 0.654473921306 0.0307507719021 0.155170777697 0.0354792755932 0.326333864235 0.281965140344 0.534045303356 0.36860222882 4.52696158832 0.0512746128742 0.109908902216 0.031024119875 0.337401611895 0.399978877574 1.62914608647 0.776194566993 6.37590575281 0.26209124539 0.628104114236 0.229319936808 3.77378987738 2.82365702231 7.35426366874 3.24606543855 +0.28348427334 0.0699109092497 0.0115243665938 0.0247539692896 0.417015450631 0.135875392068 0.268295082193 0.145629497336 0.260780495373 0. 0. 0. 3.10401749226 0.233910519211 0.50550031745 0.274249624795 0.502928793045 0. 0.30256369977 0.102945787798 0.992034505912 0.241353238048 0.198457172634 0.154684893909 0.573358343749 0. 0.227077915261 0. 7.45434830156 0.424948012815 0.712630951997 0.524185596935 0.361367267025 0.0744190424464 0.112792427081 0.0734282242981 0.484091834767 0.111218952303 0.150743797934 0.0021339917222 0.293650150546 0. 0.02116599467 0. 3.38903656196 0.112898399837 0.478710281107 0.129217440647 3.21303018321 0.333544983719 0.784623002124 0.447344524196 5.70524160401 0.749006476972 0.94290384194 0.635394355901 2.6809463432 0.190350416362 0.506824958659 0.311522768636 +0.0441271017621 0.295578059389 0.00538296576352 0.110839307911 0.0967261383251 0.879962963336 0.239929977946 0.130401327035 0. 0.340950951096 0. 0.137440936288 0.346025987669 3.47636446237 0.278642779927 0.470025718811 0.112692964798 0.619099122427 0.00242780561576 0.173907015881 0.201742176005 0.999189599873 0.219477527941 0.921815929995 0.131841137033 0.676395318803 0. 0.194240135011 0.609370026677 9.57208990388 0.584905018757 0.898643131352 0.0236332695617 0.208932252302 0.217701165002 0.178589346395 0.0707708189865 0.75565077833 0. 0.0793080592395 0.179063482307 0.379112828132 0.176743685886 0.103537317554 0.461838184221 3.38109025265 0.227764370549 0.711382935742 0.33354958253 4.06165867022 0.524877361639 0.658211390383 0.735233306573 9.7497109579 0.731821772009 1.73956580152 0.265634075375 3.47770284375 0.463685252076 0.662645060954 2.65607159046 +0.0683387462584 0.0219629130994 0.277538132256 0.0218956105837 0.206201631706 0.0684822381157 0.407023501116 0.0451269026509 0.123393342911 0.072966956579 0.247768523847 0.0483266332068 0.606740463055 0.29820535935 2.6061321606 0.175109875588 0.144201033078 0.0824589690667 0.503437283862 0.0753138053082 0.392349366718 0.255603880722 1.52451708358 0.172409143922 0.189011576962 0.0325607363443 0.588467389971 0.0933720092444 1.2780171571 0.690762189525 7.24187169913 0.644942406325 0.0762203715741 0.045675693536 0.286183717598 0.0152119119626 0.180745081545 0.0659332293219 0.690175236215 0.126163675168 0.128302974079 0. 0.318741829473 0.0326199410537 0.498619723618 0.187967114517 2.82346513173 0.227608501656 0.505109007998 0.258054431799 3.92125357864 0.364902097321 1.24245726327 0.602397752765 8.63586700945 0.759728453173 0.583845430492 0.20994437703 3.64889395544 0.242635624424 4.90403632008 3.05311621448 +0.0306716260713 0.0814321197009 0.0263314010054 0.272678801329 0.106013680564 0.129532610405 0.0907157735716 0.532493488287 0.0109148306893 0. 0.162164771732 0.265180903915 0.392021613007 0.447741723488 0.282872330359 2.08107153488 0.0784322946977 0.148287907702 0.0731834628584 0.480938701331 0.194862987879 0.41943849415 0.136885175806 1.07543696247 0.0733045890116 0.170090519611 0.152154070687 0.575338518819 0.651042513614 0.990533484602 0.402752307023 5.51178277187 0.0423383577472 0.114394597746 0.0322564050447 0.290883488614 0.0176772594012 0.130997979349 0.0554591676 0.600771271188 0. 0.0290669346423 0.130598018554 0.373034762049 0.33093489787 0.412308156247 0.201480408382 2.63346193838 0.288284729936 0.743880049931 0.285467677785 2.4778577813 0.413816264532 1.08713768724 0.625062767287 5.87760116803 0.261761111281 0.472862376536 0.281657222631 2.33927651605 2.25924727523 6.49703836519 2.52893187835 + +0.0436588705204 0.0180416592111 0.0172705049816 0.0313059619256 0.0204318574391 0.00866565654901 0.00855826696922 0.0141519128344 0.0142075650725 0.0143506931474 0.00948176289506 0.0144385885967 0.0225118414231 0.0129557312092 0.0174966181456 0.0312026568728 0.0239028750731 0.014100885263 0.0142807205131 0.0174958592717 0.0150062262476 0.00953963818715 0.00766268420971 0.00948917307515 0.0109028479501 0.00974640899548 0.00766468852951 0.00853983079827 0.00982133662971 0.0113346471791 0.0146598494319 0.0173023151885 0.0185232762774 0.00942946755785 0.0112331321758 0.0129178678673 0.0182808830371 0.0124702528141 0.00976065350432 0.0142632664142 0.0110575600113 0.0125490239213 0.00953313419174 0.00870953731425 0.0110807056641 0.00941450435082 0.014224693302 0.0178827153121 0.0237376950165 0.0107759910236 0.00965035342006 0.0224624342706 0.015863351958 0.0110733401237 0.0109487196432 0.0142092703067 0.0157160768607 0.0182943776 0.015043406603 0.0204114839078 0.0240554444316 0.0186483208344 0.0239797623875 0.0436191635614 + + +AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT +CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT +GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT +TTA TTC TTG TTT + diff --git a/PhyloCSF_Parameters/7yeast.nh b/PhyloCSF_Parameters/7yeast.nh new file mode 100644 index 0000000..8dda6a9 --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/7yeast.nh @@ -0,0 +1 @@ +((((((Scer:.0836,Spar:.0617):.0432,Smik:.1154):.0165,Skud:.1731):.0275,Sbay:.1594):.0770,Scas:.1099):.0550,Sklu:.2034); diff --git a/PhyloCSF_Parameters/7yeast_coding.ECM b/PhyloCSF_Parameters/7yeast_coding.ECM new file mode 100644 index 0000000..adaa933 --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/7yeast_coding.ECM @@ -0,0 +1,71 @@ +0.581210 +15.563110 0.478004 +0.632709 21.431688 0.529454 +0.749020 0.077211 0.197225 0.159506 +0.095275 1.032016 0.010836 0.389958 15.753929 +0.134920 0.099137 1.110098 0.146316 49.318435 21.193136 +0.093855 0.266767 0.000000 0.915935 15.814609 32.905174 15.876484 +2.687463 0.062497 0.556006 0.147354 0.612457 0.000000 0.000000 0.021614 +0.409508 5.014965 0.399427 1.883728 0.428255 3.005682 0.000000 1.242239 0.517978 +1.739711 0.418899 5.309414 0.122260 0.072084 0.161638 1.648589 0.000000 40.487998 1.275128 +0.257829 0.843298 0.212030 3.434994 0.000000 0.875068 0.313143 2.308739 0.331741 46.143335 0.863468 +0.308499 0.034663 0.222327 0.000000 1.647203 0.530892 0.391866 0.522821 0.277582 0.000000 0.306026 0.000000 +0.008095 0.697456 0.022813 0.000000 0.191011 1.071397 0.000000 0.411128 0.000000 0.549492 0.082179 0.111141 11.541455 +0.104394 0.083716 0.272127 0.088265 0.432972 0.000000 2.943965 0.000000 0.054686 0.145827 0.492993 0.139564 3.147210 0.459307 +0.047091 0.000000 0.000000 0.464352 0.007182 0.380534 0.247606 0.766087 0.011549 0.100558 0.000000 0.370674 11.003782 27.760545 0.568313 +0.910273 0.334042 0.301939 0.133802 0.187701 0.000000 0.114210 0.134237 0.000000 0.153931 0.814700 0.110467 0.060661 0.000000 0.099956 0.073124 +0.262213 1.650487 0.352155 0.268885 0.080474 0.184282 0.000000 0.053395 0.000000 0.846812 0.655845 0.000000 0.000252 0.000000 0.059180 0.236031 0.855325 +0.486331 0.000000 1.122447 0.487166 0.117094 0.260023 0.338839 0.000000 0.698496 0.226905 0.000000 0.181440 0.120316 0.178966 0.134563 0.000000 32.534553 2.495203 +0.286895 0.148017 0.255525 1.196662 0.045141 0.052327 0.120422 0.130288 0.000000 0.000000 0.000000 0.482767 0.000000 0.209644 0.031002 0.000000 1.046003 58.410734 0.961689 +0.066199 0.016481 0.044313 0.000000 0.728036 0.072765 0.000000 0.024678 0.046264 0.007519 0.063470 0.000000 0.000000 0.103493 0.077039 0.081201 0.738042 0.028871 0.191031 0.000000 +0.040067 0.206127 0.015669 0.000000 0.180330 0.583841 0.077471 0.279440 0.000000 0.000000 0.068522 0.490914 0.601179 0.462959 0.000000 0.000000 0.067797 1.040454 0.031001 0.251090 20.159234 +0.052950 0.000000 0.060574 0.061778 0.000000 0.000000 2.194430 0.178304 0.077773 0.000000 0.000000 0.011175 0.000000 0.000000 0.138892 0.125348 0.147478 0.025787 1.829750 0.075639 46.887092 39.633304 +0.022091 0.000000 0.033558 0.132681 0.097633 0.262964 0.051213 0.455749 0.000000 0.408639 0.000000 0.058674 0.556299 0.000000 0.000000 0.152429 0.000039 0.230734 0.095356 0.741125 22.763060 49.492507 18.490177 +0.944127 0.000000 0.843122 0.552476 0.047695 1.070144 0.000000 0.000000 17.187125 0.757537 1.015590 0.000000 0.258196 0.000000 0.105490 0.085306 7.314215 0.000000 0.000000 0.732925 1.291685 0.623259 0.000000 0.579306 +0.229394 1.915409 0.789940 0.000000 0.135078 0.727031 0.003531 0.000000 5.794902 3.482350 1.218529 0.310979 0.039164 0.000000 0.053583 0.441751 0.591085 14.418730 0.859429 0.466483 0.057566 2.640641 0.002621 0.037862 20.618005 +1.517375 0.797452 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.752398 1.551200 2.248566 0.000000 44.061056 0.899375 0.152647 0.451626 0.029082 0.000000 0.000000 0.051836 17.017765 0.514944 0.000000 0.000000 7.166142 0.431489 150.361161 55.270133 +0.009896 0.000000 0.000000 0.639135 0.000562 0.000000 0.000000 0.141571 4.984891 0.000000 5.396914 0.829176 0.000000 0.149664 0.004566 0.000000 0.103796 0.000000 0.066265 4.116663 0.000000 0.000000 0.000000 0.690723 20.304468 98.868462 26.296639 +0.076185 0.000000 0.000000 0.286589 0.224284 0.060457 0.021870 0.000000 0.039925 0.000000 0.000000 0.162746 1.568783 0.417423 0.739826 0.137057 0.410596 0.000000 0.518875 0.234408 1.110975 0.000000 0.000000 0.439714 1.081426 0.806999 0.523769 0.000000 +0.000000 0.000000 0.067671 0.249910 0.555469 0.000000 0.000000 0.231677 0.000000 0.525589 0.297108 0.091708 1.736653 4.899255 0.412733 0.000000 0.000000 1.510406 0.717409 0.428116 1.475873 2.332245 0.000000 0.000000 0.000000 4.634631 0.442689 0.004883 12.733571 +0.059779 0.000000 0.042869 0.533397 0.183715 0.072118 0.274229 0.000000 0.000000 0.000000 0.161290 0.291983 1.034426 0.722227 1.564296 0.000000 0.000000 0.000000 2.225157 0.160754 0.523704 0.000000 0.837382 1.178229 0.000000 2.758903 2.687397 0.000000 34.614559 15.129294 +0.049996 0.317931 0.000000 0.000000 0.356306 0.000000 0.486823 0.000000 0.000000 0.306962 0.000000 0.300807 1.827523 0.000000 0.213560 2.509984 0.250805 0.405624 0.000000 0.713324 0.385827 0.000000 2.337610 0.290645 0.690732 0.000000 0.058561 1.456656 11.227375 39.457012 12.904200 +0.987910 0.207730 0.000000 0.271599 0.277918 0.164910 0.067738 0.000000 0.114197 0.213350 0.000000 0.249641 0.124566 0.146009 0.012716 0.000000 1.249151 0.462433 0.000000 0.000000 0.119174 0.083300 0.032816 0.000000 0.449821 0.291481 0.000000 0.052229 0.018576 0.061246 0.030042 0.000000 +0.155840 3.158621 0.140173 0.000000 0.009189 0.518859 0.113705 0.000000 0.000000 1.806903 0.010675 0.000000 0.007381 0.081087 0.009648 0.000000 0.404504 1.063950 0.000000 0.000000 0.000000 0.539935 0.305632 0.000000 0.216981 0.000000 0.000000 0.116171 0.216011 0.600828 0.788736 0.000000 1.292750 +0.000000 0.336075 1.441360 0.303222 0.162858 0.000000 0.448497 0.228369 0.000000 0.374496 0.641901 0.133087 0.109522 0.000000 0.103542 0.208657 0.000000 0.000000 3.747700 0.547344 0.050998 0.000000 0.252905 0.118388 0.000000 0.000000 0.892253 0.153856 0.111432 0.000000 0.019578 0.040944 20.688427 2.273031 +0.119965 0.000000 0.102133 2.261594 0.056324 0.000000 0.037167 0.311712 0.000000 0.000000 0.000000 0.853791 0.002873 0.007741 0.024273 0.049773 0.104988 0.000000 0.425768 0.487591 0.035713 0.000000 0.000000 0.184667 0.000000 0.407509 0.206089 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.263377 1.133080 23.651072 1.384351 +0.221583 0.106956 0.100740 0.083688 4.006297 0.407657 0.000000 0.449088 0.194676 0.096544 0.060718 0.000000 0.521904 0.027122 0.325806 0.000000 0.218561 0.000000 0.108089 0.000000 0.903898 0.324377 0.000000 0.318105 0.000000 0.000809 0.000000 0.049001 0.171605 1.054405 0.023873 0.337838 0.624720 0.018192 0.224498 0.038672 +0.000000 0.107133 0.132738 0.220992 0.090073 3.924319 0.178088 0.000000 0.098026 1.165314 0.000000 0.195615 0.014375 0.031834 0.018956 0.423232 0.000000 0.239858 0.148558 0.000000 0.298245 0.307821 0.000000 0.560624 0.000000 0.043917 1.143561 0.042065 0.660493 0.000000 1.175586 1.225266 0.098629 0.572943 0.000000 0.055702 16.830036 +0.125299 0.090062 0.290758 0.100231 0.000000 0.475077 8.873984 0.389810 0.006809 0.000000 0.591616 0.298536 0.449019 0.000000 0.814238 0.060188 0.090764 0.015783 0.288974 0.000000 0.000000 0.294032 3.462958 0.167758 0.000000 0.000000 1.087950 0.072984 0.034194 0.000000 0.335123 0.838866 0.129048 0.102170 1.427760 0.097373 54.926871 23.740868 +0.079728 0.193276 0.015683 0.183531 0.106547 0.000000 0.065435 2.317427 0.000000 0.245919 0.176927 0.809508 0.000000 0.465597 0.023674 0.160960 0.076264 0.000000 0.000000 0.106577 0.040440 0.540362 0.465913 0.338494 0.481099 0.223491 0.000000 0.030650 0.000000 2.319882 0.000000 0.000000 0.000000 0.069241 0.132037 0.388986 16.496601 33.395296 14.732489 +0.480661 0.303715 0.083047 0.196624 0.488275 0.000000 0.000000 0.824541 1.550415 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.355596 0.082294 0.000000 0.283191 0.096306 0.000000 0.005266 0.000000 0.376161 0.000000 0.407138 1.999530 0.482876 0.000000 0.000000 0.031756 0.138489 0.003763 0.000000 1.945803 0.005497 0.623839 0.180562 1.791773 0.626305 0.000000 0.000000 +0.017167 0.000000 0.190885 1.152310 0.012930 0.864321 0.100982 0.000000 0.421233 7.881538 0.000000 0.559986 0.037409 0.000000 0.019720 0.216379 0.000000 1.000745 0.016604 0.000000 0.290029 0.000000 0.000000 0.517306 0.652268 0.410752 0.000000 0.482156 0.008488 0.546516 0.315243 0.000000 0.000000 1.764232 0.458357 0.610885 0.219036 2.282234 0.347131 0.000000 21.233897 +0.095359 0.448136 0.390840 0.000000 0.000000 1.688249 0.985432 0.000000 0.000000 0.000000 3.532209 0.000000 0.000000 0.000000 0.153060 0.285654 0.000000 0.000000 0.431492 0.183953 0.000000 0.770997 0.225006 0.208561 0.000000 0.020922 3.887695 0.000000 0.014578 0.000000 0.029792 0.130489 0.310164 0.222473 2.579923 0.000000 0.006457 0.000000 3.987643 0.765572 58.548571 19.497275 +0.027388 0.310643 0.000000 0.095622 0.060460 0.000000 0.006577 0.203578 0.000000 0.000000 0.240123 2.403076 0.188588 0.071722 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.175975 0.121440 0.041025 0.389425 0.000000 0.000000 0.376751 0.165425 0.218142 0.000000 0.000000 0.000000 0.071363 0.000000 0.204550 0.000000 0.580710 0.129068 0.000000 0.039864 0.729593 14.539872 31.246112 20.652534 +0.207410 0.000000 0.033833 0.141152 1.797225 0.358117 0.429069 0.000000 0.273201 0.154393 0.000000 0.000000 8.600236 0.827320 0.758821 0.292609 0.165898 0.062135 0.000000 0.000000 0.000000 0.175716 0.000000 0.573440 0.070858 0.000000 0.124088 0.000000 1.680901 1.547508 0.323719 0.621556 0.516150 0.000000 0.076676 0.014377 4.021073 0.000000 0.000000 0.303957 0.142697 0.171286 0.909555 0.000000 +0.000000 0.593534 0.108717 0.000000 0.000000 1.297648 0.000000 0.313229 0.000000 0.800027 0.000000 0.000000 0.541970 5.837924 0.000000 1.181059 0.000000 0.000000 0.254773 0.192650 0.000000 0.000000 1.170849 0.000000 0.159523 0.000000 0.000000 0.246581 0.884189 2.232994 1.683233 0.000000 0.214697 0.229985 0.000000 0.108241 0.214938 2.331261 0.096801 0.207652 0.000000 0.240941 0.412811 0.009712 14.297408 +0.090486 0.165946 0.068338 0.000000 0.792196 0.000000 2.444380 0.000000 0.000000 0.000000 0.423463 0.070000 2.438833 0.000000 2.577749 0.568614 0.022860 0.000000 0.204827 0.016758 0.000000 0.596930 0.327958 0.214064 0.010888 0.111986 0.000000 0.000000 0.069180 0.293073 1.723185 1.120367 0.088987 0.000000 0.697477 0.000000 0.000000 0.285306 6.784114 0.000000 0.547546 0.000000 0.000000 0.036953 40.639291 21.481324 +0.034290 0.000000 0.013382 0.307393 0.000000 0.292293 0.000000 0.969271 0.000000 0.000000 0.031346 0.442067 0.483278 1.356857 0.000000 4.146653 0.066357 0.199970 0.000000 0.000000 0.378033 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.545784 0.127831 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.214617 0.000000 0.110261 0.331540 0.177800 0.175719 0.228170 0.237924 1.373525 0.185112 0.088704 0.000000 0.102844 14.663966 33.108782 16.892095 +0.886628 0.646899 0.515932 0.247176 0.083186 0.000000 0.000000 0.000000 0.063306 0.554063 0.000000 0.003250 0.650818 0.349594 0.027112 0.000000 6.981227 0.000000 0.000000 0.137770 0.766745 0.000000 0.000000 0.000000 5.302647 0.000000 0.029797 0.000000 0.000000 0.057130 0.000000 0.015138 1.441951 0.303182 0.000000 0.000000 0.239458 0.210965 0.163587 0.000000 0.606056 0.211722 0.097119 0.000000 0.489901 0.397413 0.236327 0.000000 +0.084336 0.498741 0.000000 0.000000 0.034532 0.120610 0.021158 0.034849 0.015844 0.379120 0.000000 0.000000 0.051024 0.000000 0.031396 0.059221 0.084293 3.513888 0.152216 0.000000 0.000000 0.061043 0.040112 0.000000 0.000000 1.410304 0.129854 0.000000 0.000000 0.028949 0.001850 0.214896 0.001822 0.336081 0.072220 0.000000 0.043623 0.059941 0.032237 0.045128 0.000000 0.210611 0.000000 0.000000 0.013692 0.000000 0.057039 0.078064 0.587740 +0.960921 0.250810 0.474287 0.692960 0.000000 0.000000 0.034693 0.000000 0.000000 0.172164 1.269599 0.548721 0.200360 0.000000 0.111537 0.230672 0.000000 0.965801 14.234842 0.140443 0.000000 0.000000 1.841766 0.000000 2.459291 1.785422 10.091001 0.000000 1.583833 0.000000 1.218662 0.000000 0.000000 0.000000 2.888922 0.138947 0.161138 0.000000 0.276271 0.136482 0.499417 0.000000 0.699368 0.000000 0.500526 0.000000 0.329900 0.186302 486.412169 2.684468 +0.000000 0.000000 0.034368 0.492827 0.025758 0.018903 0.055829 0.093677 0.000000 0.000000 0.040647 0.238821 0.003243 0.071543 0.032339 0.039721 0.109106 0.000000 0.116193 2.380201 0.000000 0.047225 0.000000 0.059261 0.273288 0.000000 0.034783 0.446094 0.356646 0.247371 0.052196 0.000000 0.041847 0.000000 0.002442 0.244748 0.027902 0.066161 0.058467 0.040985 0.044615 0.000000 0.045401 0.060115 0.043970 0.103019 0.024720 0.015502 2.245816 37.140983 1.783312 +0.174660 0.105661 0.120582 0.150751 2.654171 0.316747 0.239080 0.220325 0.030904 0.557200 0.000000 0.226196 0.000000 0.116552 0.162299 0.000000 0.245453 0.088307 0.191545 0.031558 3.285822 0.000000 0.000000 0.055485 1.232935 0.297499 0.000000 0.000000 0.724705 0.488099 0.381352 0.647326 0.138114 0.000000 0.102226 0.071339 2.546651 0.148625 0.456219 0.299769 0.000000 0.272685 0.000000 0.158932 0.120549 0.232446 0.000000 0.239668 2.633689 0.000000 0.838252 0.102140 +0.076290 0.222235 0.091728 0.126827 0.435155 2.568649 0.112151 0.216897 0.000000 0.922295 0.247360 1.059574 0.196550 0.000000 0.027697 0.204131 0.000000 0.065786 0.279558 0.234001 0.143670 6.273089 0.000000 0.000000 0.000000 0.180281 0.000000 0.143620 0.000000 4.435553 0.000000 0.000000 0.075017 0.480922 0.000000 0.000000 0.503215 4.046132 0.234913 0.000000 0.396891 0.000000 0.387623 0.194181 0.527405 0.000000 0.039654 0.220256 0.229124 0.420790 0.000000 0.014856 12.802339 +0.112591 0.170737 0.152960 0.118820 0.409862 0.023975 4.040695 0.434860 0.000000 0.137047 0.210743 0.563215 0.000000 0.000000 0.280330 0.111136 0.076451 0.042725 0.328045 0.139056 0.000000 0.203348 8.116849 0.000000 0.000000 0.000000 2.227129 0.000000 0.000000 0.728749 0.000000 0.844170 0.087893 0.165974 0.176141 0.000000 0.654636 0.540798 4.066529 0.016221 0.000000 0.000000 0.240944 0.206063 0.000000 0.306564 0.039927 0.134277 0.412406 0.104584 3.983463 0.000000 42.416576 19.141427 +0.075938 0.161257 0.080334 0.179790 0.221106 0.308403 0.449379 1.633883 0.032948 1.017172 0.000000 0.879498 0.304811 0.212739 0.000000 0.000000 0.088776 0.352034 0.000000 0.200678 0.000000 0.000000 0.930661 3.330835 0.000000 0.284515 0.000000 0.186103 0.478359 0.000000 1.095536 0.593863 0.016012 0.000000 0.106686 0.234584 0.486522 0.000000 0.586732 2.194112 0.208192 0.648705 0.175287 0.000000 0.067774 0.263861 0.353851 0.000000 0.032511 0.005846 0.303390 0.421322 13.025586 29.255618 13.712447 +0.423497 0.150552 0.000000 0.361415 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.671338 0.662016 1.770083 0.747868 0.478512 0.000000 0.121256 0.159343 0.000000 0.006066 4.940797 0.000000 0.594209 0.000000 1.341997 0.046355 13.055068 2.249021 2.828416 1.182330 1.540525 0.427894 0.759690 0.000000 0.216479 0.000000 0.982736 0.000000 0.452749 0.000000 0.191647 0.028696 3.153440 0.002316 1.034944 0.120343 0.247372 0.000000 0.000000 0.353709 423.207339 0.558197 209.336485 0.000000 3.322661 0.224165 1.624617 0.668449 +0.167846 0.593887 0.000000 0.000000 0.033474 0.379160 0.111165 0.000000 0.000000 2.734169 0.414991 0.264326 0.081819 0.626054 0.040304 0.000000 0.046298 0.000000 0.221687 0.810484 0.000000 0.194011 0.218109 0.082335 0.193604 7.605495 0.000000 0.000000 0.000000 0.025548 0.000000 0.587455 0.000000 0.433385 0.889536 0.000000 0.198213 0.440281 0.046882 0.086429 0.000000 1.155222 0.348591 0.065344 0.000000 0.817450 0.208139 0.000000 0.000000 2.954758 1.420488 0.000000 0.202105 1.914725 0.429550 0.273775 6.909055 +0.015444 0.000965 0.029316 0.002769 0.026030 0.017431 0.058191 0.004839 0.000000 0.041495 0.216275 0.016229 0.048090 0.021558 0.059608 0.015619 0.004252 0.085617 0.099629 0.025858 0.017249 0.008373 0.072950 0.000000 0.118416 0.050120 3.265562 0.000000 0.043810 0.081384 0.135791 0.003276 0.000900 0.007199 0.027115 0.008059 0.022075 0.003495 0.073267 0.000000 0.046231 0.011252 0.409717 0.000000 0.041895 0.004284 0.048473 0.009314 0.000000 0.180511 3.575284 0.193517 0.058504 0.000000 0.423116 0.000000 7.963153 0.516820 +0.000000 0.000000 0.077798 0.272073 0.058593 0.001869 0.085667 0.175545 0.000000 0.000000 0.000000 1.126982 0.000000 0.000000 0.045010 0.251098 0.090385 0.658032 0.000000 0.000000 0.025499 0.066118 0.000000 0.121227 0.063344 0.000000 0.361418 1.744951 0.161152 0.545267 0.188062 0.086206 0.219463 0.000000 0.000000 0.172792 0.110211 0.116180 0.165967 0.286618 0.185170 0.184486 0.000000 0.319763 0.170665 0.000000 0.034537 0.363201 0.330882 0.000000 0.000000 1.537824 0.079165 0.126285 0.054285 0.958372 4.001877 98.188238 0.241872 +0.057473 0.262884 0.005060 0.000000 0.085291 0.031113 0.000000 0.130545 0.039827 0.124990 0.051355 0.000000 1.143533 0.000000 0.560616 0.438764 0.181176 0.000000 0.000000 0.021100 0.000000 1.297757 0.851549 0.000000 0.301899 0.000000 0.000000 0.346638 29.700775 7.007735 10.452363 5.270753 0.000000 0.000000 0.108007 0.235866 0.079923 0.000000 0.000000 0.327583 0.059397 0.000000 0.033672 0.046509 0.978196 0.000000 0.175446 0.511700 1.202017 0.000000 0.905227 0.218817 1.207795 1.004379 0.139326 0.000000 1.949425 0.162242 0.064332 0.107138 +0.000000 0.000000 0.077123 0.105725 0.000000 0.228748 0.004437 0.000000 0.051380 0.000000 0.000000 0.046525 0.000000 0.693290 0.140976 0.000000 0.165638 0.000000 0.000000 0.213329 0.000000 0.448879 0.179594 0.037935 0.213165 0.000000 0.000000 0.159334 1.148017 5.554200 0.667162 0.000000 0.000000 0.000000 0.020986 0.103900 0.000000 0.528857 0.057361 0.000000 0.028700 0.072115 0.044128 0.051650 0.000000 1.043061 0.027150 0.000000 1.266404 1.181732 0.000000 0.972926 0.000000 1.059611 0.000000 0.050903 0.000000 0.436223 0.153078 0.183917 0.677572 +0.000000 0.136851 0.071342 0.000000 0.000000 0.110783 0.136471 0.081232 0.033349 0.130757 0.000000 0.000000 0.528313 0.070096 1.137683 0.070841 0.085511 0.266065 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.066063 0.072512 0.116559 0.229946 0.000000 6.158381 5.774936 25.210182 7.048552 0.043426 0.057664 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.056143 0.163533 0.020904 0.076903 0.051841 0.000000 0.000000 0.000000 0.826724 0.231042 0.977674 0.367270 0.260490 0.000000 0.000000 0.127730 1.868945 0.022373 0.159692 0.269767 0.254645 0.034510 19.970821 0.000000 +0.052141 0.102223 0.000000 0.000000 0.001868 0.000000 0.010455 0.155385 0.016960 0.075331 0.061180 0.000000 0.155947 0.000000 0.174958 0.499488 0.000000 0.299579 0.335970 0.000000 0.037930 0.000000 0.000000 0.296135 0.000000 0.487602 0.211727 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 3.126326 0.004730 0.166950 0.000000 0.000000 0.030902 0.000000 0.000000 0.237758 0.033598 0.062251 0.024403 0.052678 0.122858 0.000000 0.044946 0.582508 0.000000 1.033681 1.250157 1.407673 0.000000 0.000000 0.036481 0.736912 0.997027 0.382341 0.145731 0.278208 0.221501 27.533240 1.044282 + +0.042558 0.024513 0.030138 0.036293 0.017995 0.012479 0.008171 0.020108 0.020893 0.010055 0.009439 0.014649 0.018597 0.016947 0.020770 0.030135 0.026648 0.007776 0.012271 0.013887 0.017633 0.006954 0.005409 0.013514 0.003213 0.002707 0.001910 0.006327 0.013506 0.005776 0.010752 0.012711 0.045143 0.020107 0.019335 0.037538 0.016269 0.012098 0.006217 0.020106 0.011230 0.009807 0.006088 0.022349 0.012260 0.011228 0.010804 0.021456 0.001050 0.014490 0.000519 0.019166 0.019118 0.014150 0.008827 0.023470 0.000684 0.005011 0.010397 0.008147 0.026476 0.018304 0.026556 0.026866 + + +AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT +CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT +GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT +TTA TTC TTG TTT diff --git a/PhyloCSF_Parameters/7yeast_noncoding.ECM b/PhyloCSF_Parameters/7yeast_noncoding.ECM new file mode 100644 index 0000000..742619b --- /dev/null +++ b/PhyloCSF_Parameters/7yeast_noncoding.ECM @@ -0,0 +1,71 @@ +2.324407 +5.962122 3.040942 +2.256750 8.559818 2.532988 +2.208606 0.338020 0.569290 0.223004 +0.194704 3.381941 0.361955 0.548933 4.271863 +0.458150 0.292858 3.323939 0.164416 12.506413 4.242540 +0.169551 0.717897 0.259557 2.615209 3.866647 12.050782 3.559946 +5.973296 0.649046 2.021627 0.561768 3.049419 0.355052 0.681852 0.174647 +0.461336 11.709968 0.635177 1.265431 0.247099 4.311997 0.257091 0.719617 3.036520 +0.982077 0.637142 10.269136 0.470801 0.457233 0.205056 3.944384 0.180281 11.505158 3.394517 +0.386140 1.860537 0.686900 8.797010 0.218806 0.720942 0.159702 3.906770 2.873188 11.782237 2.868772 +1.687118 0.141238 0.363387 0.215444 7.441212 0.379155 1.419727 0.413761 2.274873 0.190507 0.417736 0.133822 +0.299153 2.811613 0.158702 0.440753 0.603727 12.776732 0.642330 2.120747 0.225787 3.042437 0.205748 0.650356 2.050079 +0.391130 0.122774 2.861442 0.204874 1.996865 0.505968 13.289501 0.556748 0.710216 0.207778 3.556385 0.311511 6.473629 2.343011 +0.181757 0.418659 0.169061 3.211784 0.381006 1.249844 0.516703 8.797010 0.169081 0.440641 0.161571 2.615209 2.245018 7.961551 2.513706 +2.151990 0.134365 0.491035 0.207198 0.344995 0.020501 0.088779 0.000000 0.569979 0.094390 0.177883 0.070105 0.201108 0.004930 0.019463 0.026898 +0.190323 3.825897 0.264889 0.387180 0.000000 0.447622 0.000267 0.073626 0.055905 0.644423 0.053499 0.145995 0.010824 0.180006 0.016375 0.032724 3.329486 +0.448221 0.309883 3.067708 0.154420 0.103292 0.000000 0.268859 0.000880 0.235131 0.000000 0.675979 0.093081 0.000000 0.021493 0.238278 0.000000 12.730795 4.707491 +0.127873 0.432397 0.204286 2.513706 0.008358 0.046201 0.000000 0.311511 0.017107 0.205212 0.056293 0.556748 0.000000 0.035734 0.000000 0.204874 3.147806 13.310792 3.312749 +0.181568 0.002177 0.064850 0.000000 2.953057 0.215776 0.562076 0.253099 0.476138 0.000000 0.000000 0.000000 0.459821 0.107577 0.065128 0.015793 3.806558 0.330231 1.027034 0.486971 +0.046002 0.181727 0.025544 0.010971 0.214639 4.726145 0.188341 0.618189 0.028326 0.335803 0.104064 0.000000 0.055231 0.662613 0.052215 0.118075 0.266652 3.812014 0.266344 0.939899 4.925549 +0.079769 0.051154 0.201256 0.000000 0.497431 0.153531 3.103795 0.151780 0.000000 0.014474 0.174257 0.000000 0.153935 0.000000 0.506560 0.056497 0.632818 0.186783 4.713201 0.087262 16.287053 5.562184 +0.000000 0.000000 0.000000 0.161571 0.158046 0.726461 0.271934 2.868772 0.302376 0.032063 0.344330 0.180281 0.000000 0.115267 0.056293 0.470801 0.239875 0.636928 0.308562 3.556385 5.411464 13.293379 3.884500 +0.438502 0.010521 0.019381 0.000000 0.181355 0.000000 0.082372 0.018379 3.799372 0.219070 0.461596 0.098140 0.093033 0.000000 0.036558 0.031271 11.889462 0.643402 2.490261 1.168067 3.705557 0.154285 0.712664 0.026706 +0.086976 0.560662 0.013895 0.106465 0.015927 0.216114 0.000000 0.028597 0.223984 3.783832 0.194473 0.485357 0.000000 0.132853 0.037948 0.000000 0.628055 14.640486 0.901107 1.565545 0.398095 3.384437 0.229982 0.629663 2.897752 +0.153908 0.023634 0.512032 0.056497 0.146588 0.000000 0.404211 0.000000 0.507959 0.167209 3.884500 0.151780 0.000000 0.000000 0.087262 0.000000 1.265981 0.732359 15.722741 0.506560 0.374262 0.352749 7.995371 0.174257 12.608393 4.796047 +0.028599 0.081084 0.093894 0.516703 0.042617 0.000000 0.066557 0.159702 0.345823 0.574329 0.271934 3.559946 0.000000 0.056190 0.000000 0.164416 0.497133 2.416779 0.666037 13.289501 0.169248 0.672368 0.404211 3.944384 4.231405 14.011435 3.103795 +0.170195 0.000000 0.004770 0.001044 0.527406 0.069575 0.000000 0.061904 0.250662 0.000000 0.005784 0.000000 2.519033 0.206246 0.506508 0.121568 3.504833 0.232716 0.560706 0.208361 12.362144 0.645175 1.145372 0.544169 3.272380 0.203660 0.624662 0.221225 +0.015586 0.263770 0.000193 0.021390 0.067747 0.710565 0.103890 0.159402 0.000000 0.423672 0.000000 0.120499 0.184056 3.319312 0.237641 0.492826 0.270518 4.623787 0.513097 0.597353 1.069439 15.615980 0.542086 2.448074 0.398072 3.737469 0.152753 0.772862 3.002685 +0.025803 0.000000 0.318242 0.000000 0.150496 0.065861 0.666037 0.093081 0.152673 0.000000 0.308562 0.000880 0.358873 0.276039 3.312749 0.154420 0.444014 0.183456 8.257091 0.238278 2.837205 0.498558 15.722741 0.675979 1.111261 0.277676 4.713201 0.268859 13.849203 4.453129 +0.000000 0.068988 0.017976 0.169061 0.036191 0.070118 0.093894 0.686900 0.000000 0.000000 0.000000 0.259557 0.199837 0.478074 0.204286 2.532988 0.234932 0.491223 0.318242 2.861442 0.442068 1.437359 0.512032 10.269136 0.215597 0.678751 0.201256 3.323939 2.920270 9.876393 3.067708 +6.066180 0.545878 1.250639 0.410996 0.538680 0.011173 0.125129 0.022686 1.888143 0.107031 0.477734 0.101776 0.472466 0.000000 0.138775 0.023892 2.727391 0.142361 0.501729 0.144271 0.285770 0.038141 0.114032 0.000000 0.660296 0.002575 0.128851 0.050622 0.099986 0.070559 0.000000 0.008867 +0.468203 11.765145 0.517703 1.149969 0.043004 0.714212 0.000000 0.142267 0.216362 2.870469 0.178801 0.393730 0.004871 0.930034 0.034381 0.099841 0.294193 3.944502 0.201500 0.533914 0.003802 0.250199 0.049017 0.061995 0.000000 0.816188 0.126163 0.114579 0.000000 0.432236 0.000000 0.000000 3.325879 +1.092821 0.611306 9.876393 0.492826 0.134467 0.108471 0.772862 0.120499 0.459028 0.163502 2.448074 0.159402 0.180545 0.042462 0.597353 0.021390 0.567990 0.235266 4.453129 0.237641 0.000000 0.088322 0.152753 0.000000 0.155879 0.015089 0.542086 0.103890 0.001578 0.107236 0.513097 0.000193 11.058420 4.596102 +0.344283 1.196335 0.478074 7.961551 0.033517 0.106160 0.056190 0.650356 0.220343 0.413226 0.115267 2.120747 0.000000 0.125243 0.035734 0.440753 0.164928 0.471084 0.276039 2.343011 0.018960 0.000000 0.000000 0.205748 0.000000 0.230805 0.000000 0.642330 0.022480 0.042462 0.021493 0.158702 2.759894 14.822309 3.319312 +0.514815 0.062248 0.120075 0.007875 11.581393 0.583265 1.923544 0.682361 0.603673 0.000000 0.222957 0.018508 1.213080 0.366791 0.318448 0.143685 0.325010 0.016418 0.042760 0.000000 3.761923 0.100322 0.986593 0.175640 0.184398 0.037337 0.042107 0.071044 0.607281 0.000000 0.241647 0.019144 2.750504 0.528912 0.744032 0.163718 +0.014902 0.717449 0.097225 0.191490 0.630737 17.119583 0.762597 1.792175 0.018091 1.005233 0.000000 0.180473 0.195637 1.854669 0.146478 0.297353 0.004545 0.201857 0.000000 0.019515 0.347305 4.815561 0.000000 0.617947 0.079491 0.389772 0.000000 0.016985 0.000000 0.783456 0.000000 0.165714 0.222612 3.545221 0.268690 0.445661 4.912857 +0.094498 0.000000 0.678751 0.000000 1.454000 0.537272 14.011435 0.485357 0.093574 0.061815 0.629663 0.028597 0.040994 0.230805 1.565545 0.106465 0.000000 0.009403 0.277676 0.037948 0.557911 0.141818 4.796047 0.194473 0.000000 0.039214 0.229982 0.000000 0.081275 0.015089 0.901107 0.013895 0.561364 0.189587 3.737469 0.132853 14.559531 4.409233 +0.069707 0.148494 0.000000 0.440641 0.646167 2.099605 0.574329 11.782237 0.027776 0.290184 0.032063 0.719617 0.050361 0.413226 0.205212 1.265431 0.000000 0.068010 0.000000 0.207778 0.237402 0.760630 0.167209 3.394517 0.031612 0.061815 0.014474 0.257091 0.107389 0.163502 0.000000 0.635177 0.277160 0.853104 0.423672 3.042437 5.386236 14.630832 3.783832 +1.069311 0.000000 0.316129 0.095453 0.424773 0.088287 0.103428 0.025947 11.354807 0.760572 2.075004 0.434427 0.328215 0.000000 0.100618 0.014867 0.424424 0.050598 0.156398 0.007582 0.144511 0.000000 0.000000 0.029353 3.681274 0.234045 1.032541 0.103750 0.263771 0.000000 0.008329 0.475651 9.699932 0.949413 2.590234 0.666111 3.114821 0.336870 0.790763 0.066661 +0.084409 1.463345 0.165714 0.297353 0.082861 1.058255 0.016985 0.180473 0.395159 14.630832 0.617947 1.792175 0.053084 0.445661 0.019515 0.191490 0.035867 0.627362 0.000000 0.146478 0.000000 0.324910 0.000000 0.000000 0.269245 4.409233 0.000000 0.762597 0.000000 0.268690 0.000000 0.097225 0.644754 16.902753 0.783456 1.854669 0.328968 4.428067 0.389772 1.005233 3.847067 +0.293672 0.095694 1.437359 0.118075 0.197102 0.000000 0.672368 0.000000 1.343693 0.760630 13.293379 0.618189 0.062743 0.000000 0.939899 0.010971 0.194953 0.172995 0.498558 0.052215 0.000000 0.167039 0.352749 0.104064 0.616539 0.141818 5.562184 0.188341 0.000000 0.088322 0.266344 0.025544 1.334178 0.603882 15.615980 0.662613 0.639705 0.324910 3.384437 0.335803 14.454682 4.815561 +0.085002 0.477770 0.070118 1.249844 0.000000 0.306148 0.000000 0.720942 1.098018 2.099605 0.726461 12.050782 0.000000 0.106160 0.046201 0.548933 0.000000 0.142205 0.065861 0.505968 0.000000 0.000000 0.000000 0.205056 0.170265 0.537272 0.153531 4.242540 0.027300 0.108471 0.000000 0.361955 0.589166 2.483203 0.710565 12.776732 0.197608 1.058255 0.216114 4.311997 4.268825 17.119583 4.726145 +0.433922 0.003863 0.091103 0.024584 1.761890 0.131150 0.717644 0.118446 0.560620 0.015130 0.100109 0.045358 8.008245 0.470856 1.419918 0.418982 0.167154 0.000000 0.043497 0.022479 0.610887 0.136082 0.140137 0.030274 0.276852 0.031150 0.000000 0.000000 3.551489 0.192400 0.615431 0.144818 2.401197 0.187603 0.554096 0.444879 10.636410 0.653142 1.726857 0.636154 2.472373 0.155034 0.632402 0.276836 +0.030716 0.468415 0.000000 0.099841 0.220392 2.483203 0.114579 0.393730 0.096474 0.853104 0.061995 0.142267 0.360878 14.822309 0.533914 1.149969 0.029624 0.122648 0.000000 0.034381 0.000000 0.603882 0.126163 0.178801 0.000000 0.189587 0.049017 0.000000 0.337383 4.596102 0.201500 0.517703 0.144571 5.499667 0.432236 0.930034 0.925138 16.902753 0.816188 2.870469 0.313563 3.545221 0.250199 0.714212 3.026253 +0.071532 0.038107 0.491223 0.032724 0.313495 0.142205 2.416779 0.145995 0.101294 0.068010 0.636928 0.073626 1.248076 0.471084 13.310792 0.387180 0.008855 0.038103 0.183456 0.016375 0.116443 0.172995 0.732359 0.053499 0.021628 0.009403 0.186783 0.000267 0.574404 0.235266 4.707491 0.264889 0.512042 0.122648 4.623787 0.180006 2.777846 0.627362 14.640486 0.644423 0.707086 0.201857 3.812014 0.447622 12.383165 3.944502 +0.028382 0.162046 0.068988 0.418659 0.078765 0.477770 0.081084 1.860537 0.097296 0.148494 0.000000 0.717897 0.385668 1.196335 0.432397 8.559818 0.000000 0.038107 0.000000 0.122774 0.000000 0.095694 0.023634 0.637142 0.000000 0.000000 0.051154 0.292858 0.201824 0.611306 0.309883 3.040942 0.222689 0.468415 0.263770 2.811613 0.559221 1.463345 0.560662 11.709968 0.257598 0.717449 0.181727 3.381941 3.269345 11.765145 3.825897 +2.089064 0.233093 0.478814 0.269245 0.195050 0.000000 0.047544 0.000000 0.432400 0.034146 0.086453 0.013423 0.194587 0.025218 0.013976 0.000000 8.134336 0.553060 1.353221 0.390192 0.536449 0.097213 0.061899 0.064969 1.364475 0.064845 0.188713 0.155485 0.393981 0.000000 0.110918 0.006106 2.281797 0.166841 0.635614 0.206970 0.206045 0.006253 0.000000 0.000000 0.512882 0.013184 0.102436 0.018054 0.185537 0.047379 0.005868 0.000000 +0.228275 3.269345 0.144818 0.418982 0.026173 0.276836 0.000000 0.045358 0.000000 0.636154 0.030274 0.118446 0.000000 0.444879 0.022479 0.024584 0.598557 12.383165 0.615431 1.419918 0.031183 0.632402 0.000000 0.100109 0.129967 1.726857 0.140137 0.717644 0.060396 0.554096 0.043497 0.091103 0.183731 3.026253 0.192400 0.470856 0.033775 0.155034 0.031150 0.015130 0.032331 0.653142 0.136082 0.131150 0.000000 0.187603 0.000000 0.003863 2.740877 +0.319599 0.201824 2.920270 0.121568 0.000000 0.027300 0.221225 0.000000 0.097230 0.107389 0.544169 0.061904 0.017887 0.022480 0.208361 0.001044 1.698169 0.574404 13.849203 0.506508 0.087418 0.000000 0.624662 0.005784 0.634432 0.081275 1.145372 0.000000 0.204326 0.001578 0.560706 0.004770 0.435176 0.337383 3.002685 0.206246 0.010500 0.000000 0.203660 0.000000 0.077766 0.000000 0.645175 0.069575 0.060396 0.000000 0.232716 0.000000 8.940934 3.551489 +0.163865 0.385668 0.199837 2.245018 0.000000 0.000000 0.000000 0.133822 0.037364 0.050361 0.000000 0.413761 0.000000 0.000000 0.000000 0.215444 0.359474 1.248076 0.358873 6.473629 0.029346 0.062743 0.000000 0.417736 0.031728 0.040994 0.153935 1.419727 0.017887 0.180545 0.000000 0.363387 0.168738 0.360878 0.184056 2.050079 0.000000 0.053084 0.000000 0.190507 0.000000 0.195637 0.055231 0.379155 0.000000 0.004871 0.010824 0.141238 2.549084 8.008245 2.519033 +0.217496 0.012716 0.012216 0.000000 2.997394 0.157543 0.543970 0.152524 0.282436 0.000000 0.000000 0.004911 0.370348 0.045159 0.102552 0.003404 0.871800 0.064755 0.083848 0.010846 12.587816 0.692645 1.639998 0.490214 0.625169 0.013799 0.092718 0.000000 1.899125 0.281827 0.543734 0.156916 0.182961 0.000000 0.070560 0.000000 3.103071 0.264927 0.480320 0.167141 0.183069 0.000000 0.003234 0.023419 0.637527 0.089945 0.100345 0.033439 2.133385 0.298441 0.548139 0.184395 +0.000000 0.257598 0.475651 0.014867 0.290482 4.268825 0.103750 0.434427 0.000000 0.066661 0.029353 0.025947 0.000000 0.666111 0.007582 0.095453 0.000000 0.707086 0.008329 0.100618 0.628368 14.454682 1.032541 2.075004 0.056886 0.790763 0.000000 0.103428 0.077766 2.590234 0.156398 0.316129 0.000000 0.313563 0.000000 0.000000 0.420242 3.847067 0.234045 0.760572 0.057675 0.336870 0.000000 0.088287 0.032331 0.949413 0.050598 0.000000 0.144212 2.472373 0.263771 0.328215 3.253683 +0.000000 0.000000 0.215597 0.031271 0.392144 0.170265 4.231405 0.098140 0.000000 0.031612 0.026706 0.018379 0.031728 0.000000 1.168067 0.000000 0.070551 0.021628 1.111261 0.036558 2.040859 0.616539 12.608393 0.461596 0.256677 0.000000 0.712664 0.082372 0.634432 0.155879 2.490261 0.019381 0.024351 0.000000 0.398072 0.000000 0.429724 0.269245 2.897752 0.219070 0.056886 0.079491 0.154285 0.000000 0.129967 0.000000 0.643402 0.010521 0.524203 0.276852 3.272380 0.093033 13.578799 3.681274 +0.005796 0.097296 0.000000 0.169081 0.171488 1.098018 0.345823 2.873188 0.038277 0.027776 0.302376 0.174647 0.037364 0.220343 0.017107 0.561768 0.025642 0.101294 0.152673 0.710216 0.497041 1.343693 0.507959 11.505158 0.000000 0.093574 0.000000 0.681852 0.097230 0.459028 0.235131 2.021627 0.000000 0.096474 0.000000 0.225787 0.248102 0.395159 0.223984 3.036520 0.000000 0.018091 0.028326 0.355052 0.000000 0.216362 0.055905 0.649046 0.154919 0.560620 0.250662 2.274873 3.246394 11.354807 3.799372 +0.419797 0.033439 0.156916 0.003404 0.101743 0.023419 0.000000 0.004911 3.246394 0.167141 0.490214 0.152524 0.184395 0.000000 0.010846 0.000000 1.754706 0.100345 0.543734 0.102552 0.597093 0.003234 0.092718 0.000000 13.578799 0.480320 1.639998 0.543970 0.548139 0.070560 0.083848 0.012216 0.647307 0.089945 0.281827 0.045159 0.180010 0.000000 0.013799 0.000000 3.253683 0.264927 0.692645 0.157543 0.298441 0.000000 0.064755 0.012716 7.777208 0.637527 1.899125 0.370348 2.663792 0.183069 0.625169 0.282436 +0.052225 0.559221 0.019144 0.143685 0.001785 0.197608 0.071044 0.018508 0.248102 5.386236 0.175640 0.682361 0.000000 0.163718 0.000000 0.007875 0.205316 2.777846 0.241647 0.318448 0.031147 0.639705 0.042107 0.222957 0.429724 14.559531 0.986593 1.923544 0.010500 0.744032 0.042760 0.120075 0.085855 0.925138 0.000000 0.366791 0.116327 0.328968 0.037337 0.000000 0.420242 4.912857 0.100322 0.583265 0.033775 0.528912 0.016418 0.062248 0.510721 10.636410 0.607281 1.213080 0.180010 3.114821 0.184398 0.603673 3.103071 +0.097865 0.000000 0.442068 0.015793 0.000000 0.000000 0.169248 0.000000 0.497041 0.237402 5.411464 0.253099 0.029346 0.018960 0.486971 0.000000 0.407388 0.116443 2.837205 0.065128 0.208501 0.000000 0.374262 0.000000 2.040859 0.557911 16.287053 0.562076 0.087418 0.000000 1.027034 0.064850 0.081318 0.000000 1.069439 0.107577 0.031147 0.000000 0.398095 0.000000 0.628368 0.347305 4.925549 0.215776 0.031183 0.003802 0.330231 0.002177 1.234860 0.610887 12.362144 0.459821 0.597093 0.144511 3.705557 0.476138 12.587816 3.761923 +0.026685 0.078765 0.036191 0.381006 0.030430 0.000000 0.042617 0.218806 0.171488 0.646167 0.158046 3.866647 0.000000 0.033517 0.008358 0.223004 0.083765 0.313495 0.150496 1.996865 0.000000 0.197102 0.146588 0.457233 0.392144 1.454000 0.497431 12.506413 0.000000 0.134467 0.103292 0.569290 0.035870 0.220392 0.067747 0.603727 0.001785 0.082861 0.015927 0.247099 0.290482 0.630737 0.214639 4.271863 0.026173 0.043004 0.000000 0.338020 0.460213 1.761890 0.527406 7.441212 0.101743 0.424773 0.181355 3.049419 2.997394 11.581393 2.953057 +0.168521 0.000000 0.006106 0.000000 0.460213 0.018054 0.155485 0.013423 0.154919 0.000000 0.064969 0.000000 2.549084 0.206970 0.390192 0.269245 0.416540 0.005868 0.110918 0.013976 1.234860 0.102436 0.188713 0.086453 0.524203 0.000000 0.061899 0.047544 8.940934 0.635614 1.353221 0.478814 0.230860 0.047379 0.000000 0.025218 0.510721 0.013184 0.064845 0.034146 0.144212 0.006253 0.097213 0.000000 2.740877 0.166841 0.553060 0.233093 2.995600 0.185537 0.393981 0.194587 7.777208 0.512882 1.364475 0.432400 2.133385 0.206045 0.536449 0.195050 +0.000000 0.222689 0.008867 0.023892 0.035870 0.589166 0.050622 0.101776 0.000000 0.277160 0.000000 0.022686 0.168738 2.759894 0.144271 0.410996 0.062013 0.512042 0.000000 0.138775 0.081318 1.334178 0.128851 0.477734 0.024351 0.561364 0.114032 0.125129 0.435176 11.058420 0.501729 1.250639 0.075276 0.144571 0.070559 0.000000 0.085855 0.644754 0.002575 0.107031 0.000000 0.222612 0.038141 0.011173 0.183731 3.325879 0.142361 0.545878 0.230860 2.401197 0.099986 0.472466 0.647307 9.699932 0.660296 1.888143 0.182961 2.750504 0.285770 0.538680 2.281797 +0.048050 0.000000 0.234932 0.026898 0.083765 0.000000 0.497133 0.070105 0.025642 0.000000 0.239875 0.000000 0.359474 0.164928 3.147806 0.207198 0.168057 0.008855 0.444014 0.019463 0.407388 0.194953 1.265981 0.177883 0.070551 0.000000 0.632818 0.088779 1.698169 0.567990 12.730795 0.491035 0.062013 0.029624 0.270518 0.004930 0.205316 0.035867 0.628055 0.094390 0.000000 0.004545 0.266652 0.020501 0.598557 0.294193 3.329486 0.134365 0.416540 0.167154 3.504833 0.201108 1.754706 0.424424 11.889462 0.569979 0.871800 0.325010 3.806558 0.344995 8.134336 2.727391 +0.017579 0.028382 0.000000 0.181757 0.026685 0.085002 0.028599 0.386140 0.005796 0.069707 0.000000 0.169551 0.163865 0.344283 0.127873 2.256750 0.048050 0.071532 0.025803 0.391130 0.097865 0.293672 0.153908 0.982077 0.000000 0.094498 0.079769 0.458150 0.319599 1.092821 0.448221 5.962122 0.000000 0.030716 0.015586 0.299153 0.052225 0.084409 0.086976 0.461336 0.000000 0.014902 0.046002 0.194704 0.228275 0.468203 0.190323 2.324407 0.168521 0.433922 0.170195 1.687118 0.419797 1.069311 0.438502 5.973296 0.217496 0.514815 0.181568 2.208606 2.089064 6.066180 2.151990 + +0.050652 0.017255 0.021160 0.032474 0.018026 0.008973 0.008527 0.015506 0.018850 0.010325 0.010458 0.015506 0.035649 0.014782 0.017158 0.032474 0.019614 0.010055 0.009977 0.017158 0.010003 0.006173 0.005336 0.010458 0.008072 0.006082 0.005336 0.008527 0.014070 0.009981 0.009977 0.021160 0.022403 0.007536 0.009981 0.014782 0.011453 0.006492 0.006082 0.010325 0.010352 0.006492 0.006173 0.008973 0.016223 0.007536 0.010055 0.017255 0.028967 0.016223 0.014070 0.035649 0.017417 0.010352 0.008072 0.018850 0.017417 0.011453 0.010003 0.018026 0.028967 0.022403 0.019614 0.050652 + + +AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT +CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT +GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT +TTA TTC TTG TTT