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R Markdown: Como Automatizar a Geração de Relatórios em R e LaTeX

Resumo

Uma das características mais desejáveis em pesquisa científica e análise de dados é a sua reprodutibilidade. É importante que os métodos estatísticos aplicados sejam auditados independentemente por outras pessoas.

Entretanto, para que o trabalho possa ser lido, compreendido e reproduzido, é fundamental que, além do código, nosso fluxo de pensamento também possa ser documentado. Em alguns casos, apenas os comentários distribuídos com o código podem não ser suficientes para garantir a compreensão do trabalho realizado.

Este minicurso vai mostrar como podemos utilizar a linguagem R Markdown para juntar R e LaTeX, com o intuito de automatizar a geração de relatórios. O pacote knitr vai ser utilizado para inserir, diretamente a partir do R, tabelas e gráficos em um documento. O minicurso será totalmente aplicado, pois os alunos irão aprender R Markdown enquanto praticam os ensinamentos no RStudio.

Minicurso ministrado na Universidade Federal do Rio Grande do Norte, durante a Semana da Estatística 2017, em 25 de outubro. Arquivos atualizados em 19 de janeiro de 2018.

Requisitos do Sistema

Para rodar os exemplos disponíveis neste repositório, é necessário instalar os seguintes programas em seu computador:

  • MikTex (versão 2.9 ou superior)

  • R (versão 3.4.3 ou superior)

  • RStudio (versão 1.1.383 ou superior)

  • Alguns pacotes do R, que podem ser instalados a partir do comando

source("https://raw.githubusercontent.com/mnunes/Curso-RMarkdown/master/markdown-pacotes.R")

a ser rodado dentro do RStudio. É possível que os relatórios possam ser criados com versões mais antigas do MikTex, R, RStudio e dos pacotes sugeridos do R, mas os códigos atuais foram todos testados nas versões relatadas acima.

Organização do Repositório

Este repositório possui as pastas descritas abaixo. Usuários do Windows devem utilizar os arquivos .Rmd com o sufixo windows, para que a acentuação dos caracteres fique correta em seus RStudio.

  • 01.relatorio_pdf: Esta pasta, junto com a pasta 03.slides, é o cerne do curso. Possui um arquivo chamado relatorio.Rmd, que é um relatório em que uma análise de dados é executada a fim de exibir várias das funcionalidades do R Markdown. Caso os acentos deste arquivo apareçam errados em seu computador, abra o arquivo relatorio_windows.Rmd para trabalhar.

  • 02.relatorio_html: Conteúdo quase idêntico ao da pasta 01.relatorio_pdf. A diferença reside no priembulo do documento .Rmd, adaptado para gerar um relatório em html. Este material é ideal para quem não possui LaTeX instalado no seu computador.

  • 03.slides: Esta pasta, junto com a pasta 01.relatorio_pdf, é o cerne do curso. É a apresentação de slides que serve de apoio e motivação ao curso. Utiliza o pacote Beamer do LaTeX.

  • 04.ioslides: É uma apresentação de slides alternativa, feita em HTML. Seu conteúdo é idêntico ao da pasta 03.slides, mas não necessita de LaTeX ou Beamer.

  • 05.revealjs: É uma apresentação de slides alternativa, feita em HTML, utilizando o framework reveal.js. Seu conteúdo é idêntico ao da pasta 03.slides, mas não necessita de LaTeX ou Beamer.

  • 06.exercicios: Respostas dos exercícios propostos no arquivo relatorio.Rmd.

Todas as pastas possuem o arquivo fonte do relatório ou apresentação a que dizem respeito, além do resultado compilado de cada arquivo fonte, bem como o arquivo de dados analisado, quando isto for aplicável.


Fique à vontade para utilizar este material em seus cursos ou aulas. Só não esqueça de me creditar. Mais informações sobre mim podem ser encontradas em meu site pessoal.

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Minicurso ministrado na Universidade Federal do Rio Grande do Norte, durante a Semana da Estatística 2017

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