diff --git a/defaults/clades.tsv b/defaults/clades.tsv index 4437ac305..2dbe6674f 100644 --- a/defaults/clades.tsv +++ b/defaults/clades.tsv @@ -49,31 +49,62 @@ clade gene site alt 20G nuc 28472 T 20G nuc 28869 T -20H/501Y.V2 nuc 1059 T -20H/501Y.V2 nuc 8782 C -20H/501Y.V2 nuc 14408 T -20H/501Y.V2 nuc 23403 G -20H/501Y.V2 nuc 25563 T -20H/501Y.V2 nuc 23063 T -20H/501Y.V2 nuc 23012 A - -20I/501Y.V1 nuc 8782 C -20I/501Y.V1 nuc 14408 T -20I/501Y.V1 nuc 23403 G -20I/501Y.V1 nuc 28881 A -20I/501Y.V1 nuc 28882 A -20I/501Y.V1 nuc 23063 T -20I/501Y.V1 nuc 14676 T -20I/501Y.V1 nuc 15279 T - -20J/501Y.V3 nuc 733 C -20J/501Y.V3 nuc 2749 T -20J/501Y.V3 nuc 3828 T -20J/501Y.V3 nuc 5648 C -20J/501Y.V3 nuc 12778 T -20J/501Y.V3 nuc 13860 T - -21A nuc 22917 G -21A nuc 27638 C -21A nuc 28881 T -21A nuc 29402 T +20H (Beta, V2) nuc 1059 T +20H (Beta, V2) nuc 8782 C +20H (Beta, V2) nuc 14408 T +20H (Beta, V2) nuc 23403 G +20H (Beta, V2) nuc 25563 T +20H (Beta, V2) nuc 23063 T +20H (Beta, V2) nuc 23012 A + +20I (Alpha, V1) nuc 8782 C +20I (Alpha, V1) nuc 14408 T +20I (Alpha, V1) nuc 23403 G +20I (Alpha, V1) nuc 28881 A +20I (Alpha, V1) nuc 28882 A +20I (Alpha, V1) nuc 23063 T +20I (Alpha, V1) nuc 14676 T +20I (Alpha, V1) nuc 15279 T + +20J (Gamma, V3) nuc 733 C +20J (Gamma, V3) nuc 2749 T +20J (Gamma, V3) nuc 3828 T +20J (Gamma, V3) nuc 5648 C +20J (Gamma, V3) nuc 12778 T +20J (Gamma, V3) nuc 13860 T + +21A (Delta) nuc 22917 G +21A (Delta) nuc 22995 A +21A (Delta) nuc 24410 A +21A (Delta) nuc 27638 C +21A (Delta) nuc 28881 T +21A (Delta) nuc 29402 T + +21B (Kappa) nuc 17523 T +21B (Kappa) nuc 22917 G +21B (Kappa) nuc 23012 C +21B (Kappa) nuc 27638 C +21B (Kappa) nuc 28881 T +21B (Kappa) nuc 29402 T + +21C (Epsilon) nuc 17014 T +21C (Epsilon) nuc 21600 T +21C (Epsilon) nuc 22018 T +21C (Epsilon) nuc 22917 G + +21D (Eta) nuc 14407 T +21D (Eta) nuc 21717 G +21D (Eta) nuc 24224 C +21D (Eta) nuc 24748 T + +21E (Theta) nuc 12049 T +21E (Theta) nuc 22356 G +21E (Theta) nuc 23341 C +21E (Theta) nuc 23604 A +21E (Theta) nuc 24187 A +21E (Theta) nuc 24836 A + +21F (Iota) nuc 16500 C +21F (Iota) nuc 20262 G +21F (Iota) nuc 21575 T +21F (Iota) nuc 22320 G