Toshiaki Katayama edited this page Feb 23, 2018 · 9 revisions

オープンバイオ研究会

オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進

  • 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group
  • 通称 Open Bio Japan
  • 略称 (O|B|J)

目的

海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック/コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りない状況です。この研究会では、以下のような活動を通じて「オープンバイオ」の国内での普及をはかり、海外へも成果をフィードバックできるようなコミュニティを形成していきたいと思います。

  • ミーティングイベント
  • 情報交換と交流のための研究会を開催 (BOSC 相当)
  • ユーザ向けチュートリアルの開催 (BioCon 相当)
  • ディベロッパ向け開発ミーティングの開催 (BioHackathon 相当)
  • ドキュメントのレポジトリ
  • 解説記事の充実
  • 海外のオープンバイオ関連ドキュメントの翻訳

オープンバイオ研究会編による書籍「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」が発売されています。ぜひご活用ください。

また、日本バイオインフォマティクス学会 (JSBi) のニュースレター第12号に「バイオインフォマティクスコミュニティの新潮流」として、オープンバイオ研究会の活動を含む特集記事が掲載されていますので、ぜひご覧ください。

研究会

ユーザとディベロッパの情報交換や交流を目的とした研究会を年に数回開催することをめざしています。ソフトウェア技術の相互交流や、各種アプリケーションの利用方法だけでなく、開発にあたってのライセンス問題や、共同で取り組むべき課題などについてディスカッションできる場を作りたいと思います。

第22回オープンバイオ研究会

2018年3月9日(金) に、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第22回オープンバイオ研究会」を開催します。3月8日はSIG-MBI、3月9-10日はSIGBIOと連続開催になる予定です。

第21回オープンバイオ研究会

2017年3月25日(土)に、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第21回オープンバイオ研究会」を開催します。

第20回オープンバイオ研究会

2016年3月17日(金)に、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第20回オープンバイオ研究会」を開催します。この日は3月14〜16日に金沢で開催の国内版バイオハッカソン BH15.15の成果報告会と、2015年度オープンサイエンスアワードの表彰式を行い、続く3月18〜19日には第60回 人工知能学会 分子生物情報研究会 (SIG-MBI)第45回 情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO)が連続開催されます。

第19回オープンバイオ研究会

2015年3月20日(金)〜21日(土)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第19回オープンバイオ研究会」を開催します。

第18回オープンバイオ研究会

2014年3月20日(木)〜21日(金)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第18回オープンバイオ研究会」を開催します。

第17回オープンバイオ研究会

2013年3月29日(金)〜30日(土)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第17回オープンバイオ研究会」を開催します。

第16回オープンバイオ研究会

「第16回オープンバイオ研究会」は2012年10月14日(日)〜17日(水)にかけて開催される生命医薬情報学連合大会との合同開催となる予定です。

第15回オープンバイオ研究会

2012年3月23日(金)〜24日(土)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第15回オープンバイオ研究会」を開催します。

第14回オープンバイオ研究会

2011年3月25日(金)〜26日(土)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第14回オープンバイオ研究会」を開催します。

ライフサイエンスバー vol.2

2010年9月3日(金) 18:00- 生命情報科学若手の会とのコラボで、渋谷のAurraにてライフサイエンスバーを開催します。テーマは「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」とのこと。

ライフサイエンスバー vol.1

2010年4月26日(月) 18:00- NBA Jounal Clubとのコラボで、四ツ谷のル・バードにてライフサイエンスバーを開催しました。

オープンなオープンバイオへの転換

第13回オープンバイオ研究会で今後の方向性についての議論があり、より開かれたオープンバイオ研究会を目指して、ライフサイエンスバーなどのコラボ企画を推進していくことになりました。今後ともよろしくお願いします。

第13回オープンバイオ研究会

2010年3月4日(木)〜6日(土)にかけて、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第13回オープンバイオ研究会」を開催します。今回は「第43回人工知能学会分子生物情報研究会 (SIG-MBI)」と「第20回情報処理学会バイオ情報学研究会 (SIG-BIO)」との共催となります。

DBCLS BioHackathon 2010

2008年2月8日(月)〜12日(金)にかけて、3回目の国際開発会議 (BioHackathon) をライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)生命情報工学研究センター(CBRC)の主催で開催します。 第1回目の BioHackathon 2008 ではウェブサービスの標準化と相互運用性を中心に、第2回目の BioHackathon 2009 ではマッシュアップのためのプラットフォーム連携を中心に取り組んできました。第3回目となる BioHackathon 2010 のテーマは Semantic Web で、単なるデータ流通と解析フローの標準化を超え、膨大なデータの中から適切な関連情報を検索し知識として利用するための、オープンな基盤技術開発に取り組みたいと考えています。 みなさまの積極的なご参加をよろしくお願いします。

第12回オープンバイオ研究会

2009年12月14-16日にパシフィコ横浜で開催される JSBi年会,GIW2009 でスペースをお借りし、12月14日(月) に開催しました。

第11回オープンバイオ研究会

2009年3月27日〜28日にかけて、恒例となりました SIG-MBI との共催による3月の研究会を北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて開催しました。

DBCLS BioHackathon 2009

2009年3月16〜20日にかけて、前年に引き続き国際開発会議 (BioHackathon) をライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)沖縄科学技術研究基盤整備機構(OIST)の主催で開催しました。 初日の3月16日は東京大学武田ホールにて、ウェブサービスと各種解析プラットフォームの現状について公開シンポジウムが行われました。2日目以降は沖縄 OIST に会場を移し、グループごとに開発課題に取り組むとともに、ゲノム生物学者の視点から様々なマッシュアップツールの連携、大規模データの取り扱い、可視化などについて議論が交わされました。特に BioMart, GBrowse, Galaxy などの間での相互連携、TogoDB, TogoWS, KEGG, DDBJ, PDBj などを活用したワークフロー、Cytoscape や genoDive によるインタラクティブな可視化、Semantic Web に向けた標準化やテキストマイニングの調査などが行われました。 情報処理学会誌Vol.50 No.9 にて、この成果を中心にとりまとめた小特集「生命情報学が直面する大規模ゲノムデータ時代の課題」が組まれていますのでご参照ください。

第10回オープンバイオ研究会

2008年12月15-16日に千里ライフサイエンスセンターで開催される JSBi年会 でスペースをお借りし、12月16日(火) にオープンスペース形式で開催しました。

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

2008年3月、オープンバイオ研究会編による書籍「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」が発売されました。ぜひご活用ください。

第9回オープンバイオ研究会

2008年3月7日〜8日にかけて、例年どおり北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて SIG-MBI と合同で「第9回オープンバイオ研究会」を開催しました。

DBCLS BioHackathon 2008

2008年2月11〜15日にかけて、国内外のバイオインフォマティクス主要ウェブサービスプロバイダの開発者とオープンバイオ関係のソフトウェア開発者を一堂に会した開発会議 (BioHackathon) をライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)生命情報工学研究センター(CBRC)の主催で開催しました。 初日の2月11日は六本木アカデミーヒルズにて、現状の課題と今後の方向性についてプレゼンテーションとディスカッションが行われました。会場に余裕があったため自由参加での開催で、オープンバイオ研究会のメンバーも参加し、今後のウェブサービスを考えるにあたって必要な情報交換を行いました。2日目以降はお台場 CBRC に会場を移し、グループごとに開発課題に取り組みました。ウェブサービス連携によるワークフローの構築と問題点の解消、BioMoby, BioSQL, BioPerl, BioRuby, BioJava などのシステム開発、糖鎖や相互作用ネットワークのデータ標準化などが行われました。

第8回オープンバイオ研究会

昨年までの GIW に引き続き、12月17-19日に東京お台場で開催される JSBi年会 でスペースをお借りし、12月18日(火) にオープンスペース形式で開催しました。

第7回オープンバイオ研究会

2007年10月17日、アップルストア銀座にて「ビジュアライゼーション特集」ということでテーマを絞った研究会を開催しました。オープンバイオ研究会初の単独開催でしたが、会場が良かったのもあって、平日の夕方にもかかわらず、ほぼ満席の大盛況で無事終えることができました。

BOSC2007

2007年7月19〜20日に、ウィーンにて第8回 Bioinformatics Open Source Conference (BOSC2007) が開催されました。片山と荒川で、日本オープンバイオ研究会の活動や BioRuby 1.1, E-Cell 3D, G-language, KNOB などについて報告してきました。このレポートが 日経BTJ ジャーナル2007年8月号 (No.20 Part2) にて掲載されましたのでぜひご覧下さい。 BOSC2007発表資料:

第6回オープンバイオ研究会

今年も 2007年3月2〜3日、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて SIG-MBI と合同で「第6回オープンバイオ研究会」を開催しました。

第5回オープンバイオ研究会

2006年12月19日、GIW2006 にて開催しました。今年は発表中心ではなくディスカッションと情報交換のためにオープンスペース形式での開催となりました。

第4回オープンバイオ研究会

2006年10月31日 (火) に JSBi オントロジー研究会と共催で、東大医科研にて「第4回オープンバイオ研究会」を開催しました。

第3回オープンバイオ研究会

2006年3月10〜11日に、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて「第3回オープンバイオ研究会」を開催しました。

第2回オープンバイオ研究会

昨年の BoF に続き、2005年12月19日に GIW 2005 の会場をお借りして「第2回オープンバイオ研究会」を開催しました。

ゲノム情報利用ワークショップ

2005年10月11〜12日に、かずさアカデミアホール にて、ゲノム情報利用ワークショップが開催され、オープンバイオ研究会の有志も講演・実習を含め多数参加しました。

第1回オープンバイオ研究会

2005年3月11〜12日に、JAIST にて SIGBMK と共催で「第1回オープンバイオ研究会」を開催しました。

オープンバイオBOF@GIW2004

2004年12月13日に「第0回オープンバイオ研究会(仮)」ということで GIW2004 にて BoF (Birds of a Feather) を開催しました。

リソース

オープンバイオでは、sourceforge.jp の提供するサービスを利用させて頂いています。

プロジェクト概要ページ

「オープンバイオ」プロジェクトのホスティング、ドキュメントのレポジトリ

プロジェクトウェブページ

SourceForge

GitHub

メーリングリスト

open-bio-info メーリングリスト

スタッフ

随時募集中(だいぶ増えてきたけど)。

ヒストリ

  • 2017/3/25
    • GitHub Wiki に過去のコンテンツを rd2markdown でコンバートして収録
  • 2017/2/17
    • GitHub に Wiki を移行 (FrontPage は 2016/9/7 バージョンから移行)
  • 2007/9/15
    • 第7回オープンバイオ研究会の案内と BOSC2007 の項目を掲載
  • 2007/3/2-3
    • 第6回オープンバイオ研究会を開催
  • 2007/1/19
    • 第6回オープンバイオ研究会の案内を掲載
  • 2006/12/20
    • 第5回オープンバイオ研究会サマリ掲載
  • 2006/12/19
    • 第5回オープンバイオ研究会開催
  • 2006/10/16
    • 第4回オープンバイオ研究会アブストラクト掲載
  • 2006/10/10
    • 第4回オープンバイオ研究会プログラム掲載
  • 2006/9/15
    • 第4回オープンバイオ研究会発表募集
  • 2006/3/10-11
    • 第3回オープンバイオ研究会を開催
  • 2006/2/7
    • 第3回オープンバイオ研究会の案内を掲載
  • 2006/1/19
    • 第2回オープンバイオ研究会の議事録、スライド等の資料を掲載
  • 2005/12/19
    • 第2回オープンバイオ研究会@GIW2005を開催
  • 2005/11/16
    • 第2回オープンバイオ研究会の案内を掲載
  • 2005/10/17
    • 2005/10/11-12 のゲノム情報利用ワークショップを記載
  • 2005/3/20
    • 第1回研究会のスライドを掲載
    • スタッフに bonohu, gaou, thecla の3名を追加
  • 2005/3/11-12
    • 第1回オープンバイオ研究会開催
  • 2005/2/22
    • 第1回研究会ハンズオンセミナー参加登録ページ作成 -shackon
  • 2005/2/1
    • 第1回研究会の案内 -shackon
  • 2004/12/24
    • open-bio-info にご招待 -shackon
    • スタッフ用 ML を作成 -shackon
  • 2004/12/23
  • 2004/12/22
    • open-bio.sf.jp コンテンツ作成、写真アップロード -shackon
  • BOF 議事録アップロード -ngoto
    • 2004/12/21
    • open-bio.sourceforge.jp に hiki 設置、トップページ作成 -shackon
    • ruby-gnome2 の設定を参考にさせて頂きました。感謝!
  • 2004/12/20
    • sf.jp のプロジェクトメンバに cortel, itoshi 追加 -shackon
  • 2004/12/19
    • sf.jp 認定
  • 2004/12/18
    • sourceforge.jp に open-bio プロジェクト申請 -shackon
  • 2004/12/15
    • open-bio.jp に仮コンテンツを置く -shackon
  • 2004/12/14
    • open-bio.jp 取得 -shackon
  • 2004/12/13
    • オープンバイオBOF@GIW2004 開催 -cortel, itoshi, shackon
  • 2004/秋
    • GIW2004 に BOF を導入するアイデアを検討 -cortel
  • 2004/夏
    • ゲノム班会議にて「オープンバイオ」の必要性、可能性を検討 -itoshi, shackon
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