lifescience bar2

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

概要

● コラボレーション:オープンバイオ研究会 × 生命情報科学若手の会 http://bioinfowakate.org/

● メインテーマ:生命情報ツールのマッシュアップ 〜開発者とユーザの視点から〜

今回のライフサイエンスバーは渋谷のバーAurraにて、生命情報科学若手の会とのコラボレーションで開催いたします。心地よい音楽とドリンク・フードがあれば議論や交流がもっともっと盛り上がるのではないか、ということで、「ライフサイエンス・バー」形式での開催です。ツールの使い手と作り手が集まるということで、既存のツールを組み合わせて計算環境を構築するという観点から、特に使い手の視点での議論ができないかと思います。

計算機を使った解析の重要性は増すばかりで、今後、計算機を全く使わない生物学者は存在しなくなるでしょう。各々の生物学者が1からツールを作成することも必要でしょうが、既存のツールの組み合わせで済むならばそれに越したことはありません。ところが各ツールはそれぞれ独自の規格を用いていることから、それらを組み合わせ、結果を大量に比較することは容易ではありません。このツール間の連携を促進し、これからの時代のデータ解析環境を発展させるために、ツールの開発や利用における問題点や解決法について議論したいと思います。

  • トピックス:「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」
  • 日時:2010年9月3日 (金) 18:00〜22:00
  • 場所:渋谷 バーAurra http://hwsa8.gyao.ne.jp/aurra/
  • 地図: http://hwsa8.gyao.ne.jp/aurra/access.htm
  • 会費:3000円(資料・ワンドリンク・フード付)
    • 追加ドリンクは500円から。
  • プログラム:こちらをご覧下さい。(PDF 5.2MB)

http://wi.cb.k.u-tokyo.ac.jp/files/lifesciencebar02.pdf

全体議論のマインドマップはこちらです。 http://www.mindmeister.com/ja/maps/show_public/60485288

参加登録

当日どの時間からの飛び入り参加も可能ですが、人数などを把握したいのでできるだけ登録をお願いします。

こちらから参加登録をお願いいたします。

ライフサイエンスバーという性質上、全員での気軽な議論を可能とするために、参加者全員に1分プレゼン(スライド1枚の自己紹介)をお願いします。同様の内容でればテンプレートを使わずに自由に作っていただいても構いませんが、以下のテンプレートをもとに作成していただけますと助かります。右上のインジケータで「開発者」と「ユーザ」のどちらの立場に近いかを示して下さい。

1分プレゼンスライドは8月31日までにgaou@sfc.keio.ac.jp 宛にお送りください。個人情報を多く含みますので、お送りいただいたスライドは当日のみ使用し、ウェブなどに掲載はいたしません。

プログラム

こちらをご覧下さい。(PDF 5.2MB)http://wi.cb.k.u-tokyo.ac.jp/files/lifesciencebar02.pdf

スケジュール

  • 18:00-18:10 はじめに(荒川)
  • 18:10-18:40 セッション1:1分プレゼン
    • ライフサイエンスバーという性質上、全員での気軽な議論を可能とするために、参加者全員に1分プレゼン(スライド1枚の自己紹介)をお願いします。
  • 18:40-20:10 セッション2:講演(10分+質疑5分 * 6演題)
    • 以降のセッションでの議論のきっかけになる演題を短めの発表(10分)で行います。
  • 20:10-20:15 遅刻者用1分プレゼン
  • 20:15-21:00 セッション3:全体議論「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」
    • マインドマップによる議論の可視化と共に、参加者全員で「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」時の課題・問題点・向うべき方向性、あるべきクールで便利なバイオインフォマティクスソフトウェアとその環境に関して議論していきます。
  • 21:00-22:00 セッション4:自由議論
    • せっかくのお酒と音楽のある「バー」ですので、最後は交流と議論を自由に楽しんでいただきます。遠方からのご来場であまり遅くまでの参加が難しい場合、このセッションで適宜帰宅していただいて構いません。

アブストラクト

18:40-18:55 異なるWebツールを組み合わせる方法

講演者

大林 武(東北大学 大学院情報科学研究科)

講演概要

現在多様なWebツールが続々と公開されており、それらはどのような計算機環境でも利用できる利便性から、幅広い分野で普及が進んでいる。それに伴い、複数のWebツールを組み合わせて利用したい場面が増えてくるが、現状では難しいことが多い(これはExcelやPhotoshopなどの汎用ソフトの組み合わせに頭を悩ますのと同じ)。Webツールを組み合わせる方法について、私の作成しているデータベースに関連した話題を提供したい。

18:55-19:10 データとツール:ライフサイエンス統合データベースセンターのシナリオ

講演者

中尾光輝(ライフサイエンス統合データベースセンター)

講演概要

ライフサイエンス統合データベースセンター(www.dbcls.jp と lifesciencedb.jp)の提供しているデータとツールを紹介します。あたらしいデータとあたらしいツールで、あたらしい研究ライフを提案いたします。

19:10-19:25 それって誰のためですか?

講演者

永野 惇(農業生物資源研究所)

講演概要

演者は完全にwetなラボで5年間学生としてすごした。実験は嫌いだが、PCは嫌いではなかったため、その間、ラボ内でツールの普及に努めていた。そのころの経験から、様々なツールをwetな研究者にもっと使ってもらうために、開発側で意識していただけたらいいな、と思うことをお話しする。ささやかながら議論のお役にたてば幸いである。

19:25-19:40 病原体検出システム:我々はGUI作成も必要か?

講演者

中村 昇太(大阪大学 微生物病研究所)

講演概要

大阪大学微生物病研究所ではメタゲノミクスを応用した病原体検出システムを開発してきた。これまで、多くの病原体検出に取り組んできたが、共同研究者の皆様からのコメントの多くはGUI作成依頼であった。開発者としてはGUIを作る時間よりも、さらなる技術革新のために時間を使いたいと考えている。バイオインフォマティクス分野のGUI作成の必要性と作るのであればユーザビリティをどこまで追求するか議論したい。

19:40-19:55 RNAi実験のためのウェブツール

講演者

内藤 雄樹(東京大学大学院理学系研究科 生物化学専攻)

講演概要

RNA干渉(RNAi)法とは、二本鎖RNAを細胞に導入して遺伝子発現をノックダウンする手法である。演者は、効率よくRNAi実験を行うことができる二本鎖RNAをうまく設計するためのウェブサイトを共同で構築し、自らもそのサイトを活用して実験をおこなっている。これらのウェブサイトの構築と利用に関連する話題を紹介したい。

19:55-21:10 ポスドク in silico 実現のために。

講演者

荒川 和晴(慶應義塾大学先端生命科学研究所)

講演概要

バイオインフォマティクスのツールやデータベースは既にそれぞれ数千以上存在し、これらを組み合わせるだけでもある程度の研究活動が可能である。そこで、ゲノム解析のためのプラットフォーム開発を目指すG-language Projectでは、2021年までにポスドクレベルの研究補助ができるようなソフトウェアツールの実現を目標としたい。非常に大胆な目標ではあるが、十分なセマンティクスの整備によって、問題発見、仮説導出、解析手法の提案、網羅的な解析と特徴の抽出などのある程度の自動化は可能であり、このような「ポスドク in silico」の実現可能性に関して夢を語らせていただきたい。

演題募集 (締め切りました)

「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」について、議論のきかっけになるクールなプレゼンテーションをして頂ける方を募集します。ユーザの視点と開発者の視点それぞれの演題を、若手優先で採択させていただく予定です。ライフサイエンスバーという形式のため、発表は10分と短めの時間で、それ以降の議論に重点をおかせていただく予定です。

発表希望の方は gaou@sfc.keio.ac.jp 宛に「ライフサイエンスバー vol.2 発表希望」と書いたメールに以下の内容を出来るだけ早く(遅くても7月中に)お送りください。

  • 名前
  • 所属
  • タイトル
  • 概要(1パラグラフ程度)
  • ユーザ側・開発者側(該当する物を選んで下さい)
  • 若手かどうか(基準はお任せいたします)
  • 発表をイメージできるクールな画像1枚
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