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meeting15
2012年3月23日(金)〜24日(土)にかけて、例年通り、北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST) にて人工知能学会分子生物情報研究会と共催で「第15回オープンバイオ研究会」を開催します。
会場：北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科講義棟２Ｆ中講義室
こちらのセッションでの発表申し込みはSIG-MBI のサイトをご参照ください。
会場：北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科講義棟２Ｆ中講義室
今回は例年の実習室ではなく、２日間とも講義室で行うことにしました（追加で、向かいの部屋をポスター会場としておさえて頂いています）。
オープンバイオ研究会についてはとくに参加申し込みは必要ありません。直接会場にお越しください。会場までのアクセスや宿泊の申し込みは下記のサイトからお願いいたします。
- 「《クリックちゃん》を創るためには何が必要か - G-language Projectのアプローチ」
- 荒川和晴 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
昨年に引き続き参加者全員に「４コマプレゼン」による発表をお願いします。４コマプレゼンは、起承転結４枚のスライドを使ったライトニングトークとそれを印刷したものを貼って行うポスターセッションで、手軽に準備でき活発な議論・交流も促進されるというメリットをもつ、オープンバイオ研究会発の発表形式です。
内容はご自身の研究発表から、下記研究会テーマに関連する技術調査や提案、何でも構いません。スライド４枚で簡潔に用意して頂ければと思います（各自、電子版と印刷版をお持ちください）。
過去の経緯については、第11回,第13回,第14回,TogoWiki,MLの投稿記事などをご参照ください。
事前に発表タイトルが決まっている方は、サンプルにならって各自こちらに追記しておいて頂けると幸いです：
- 「仮題：Semantic TogoDBか何か」
- 片山俊明（東大医科研）
- 「Restauro-G version 2: 対象の遺伝子に関する整理されたアノテーションを提供するブローカーWebサービス」
- 大下和希 荒川和晴 冨田勝 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
- 「情報量を用いたヒストン修飾の細胞種特異性に関する解析」
- 野崎慎 新土優樹 斎藤輪太郎 冨田勝 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
- 「コドン使用頻度に制御された核様体結合サイトの特徴解析」
- 河野暢明、荒川和晴、冨田勝 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
- 「GEMBASSY: G-language SOAPサービス運用のためのEMBASSYパッケージ開発」
- 板谷英駿 大下和希 荒川和晴 冨田勝 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
ここ１〜２年で IBM の人工知能 Watson がクイズ王になり、iPhone に音声検索アシスタント Siri が搭載されるなど、大量情報をベースにしたクラウドのデータ統合処理と、適切な回答にたどり着くための検索のインターフェイスが、急速に進歩し身近になってきました。しかしバイオ分野では、ちょっとした検索フォームをもつだけのデータベースが乱立し、適切な情報に辿りつくための統合的なシステムは、まだまだ開発途上です。
そこで、グランドチャレンジとして「Watson に対抗するバイオ版の Crick を開発する」という想定のもと、いま利用可能な要素技術や集積可能なデータを検討し、さらに専門家の問い合わせに応えるために今後必要となる課題を議論することで、近い将来には簡易版の「クリックちゃん」を、そう遠くない将来には「クリック先生」や何でも答えてくれる「クリック博士」を開発できるような未来を研究会のみなさんと模索できればと思います。
一見すると突拍子も無いテーマに思われるかもしれませんが、これを実現するためには大規模情報処理、クラウドコンピューティング、セマンティックウェブなど意味に基づいたデータの統合や推論、論文からの知識抽出を行うテキストマイニングや、学習セットとしてのアノテーション技術など、バイオインフォマティクスがこれから取り組むべき技術課題が山積しており、開発の過程で様々な途中成果が見込まれるゴール設定ではないかと考えています。
議題（予定）：
- ゴールイメージについてブレインストーミング
- 現在利用可能な技術の洗い出し
- 近未来までに取り組める課題を設定
- 長期的な課題を提言
テーマ決定までの経緯については下記をご参照ください。
前回の第14回研究会では、佐藤先生より「クイズ王に勝った Watson を超える、バイオ版の Crick を作るべし」というご提案がありました（第14回のページ の最後の方に参考 URL のリンクあり）。Siri みたいなものが iPhone のようなデバイスに搭載されてしまった現在、クラウド・RDF・自然言語処理・推論（人工知能）・検索のデザインなどなど、要素技術の開発やデータ統合そしてインターフェイスデザインの方向性として十分検討に値する課題になってきているように思います。私個人的には、これをサブテーマの候補の一つとすることを提案したいなと思います。（片山）
これについて、日程を決めるアンケートにご回答頂いた方々から、下記のような反応を頂きました：
- バイオ版Siri良いですね。
- 呼びたい人を呼んでみる（できるだけ違うメンバーを入れる）。例えば、バイオ版のSiriみたいなのを作りたいとすると、人工知能や機械学習の分野で、バイオに興味をもってそうな人に声をかけてみる。場合によっては、会として招待してもよいのでは？
- バイオ版 Siri やワトソンも面白そうですね。賛成です。議論だけでもいいし、簡易版の実装をしてみてもよいかもしれません。個人的には、NGSデータの統合・比較ツールの開発について発表をしたいです。
あの時の一発ネタが次回の企画になるとは思いもしませんでしたが、興味を持っている人で盛り上げたいなと思います。取り敢えず私が今思っているのは以下のようなことです。
- siri や iris の源流は A.L.I.C.E. とかいうオープンプロジェクトらしいので、オープンな部分はどんどんバイオに取りこんだらいいのかも。http://www.asahi.com/digital/cnet/CNT201111250045.html
- なんていうか、「これこれができたらスゲェ」てきなお題（グランドチャレンジ）を、半分真面目半分不真面目的に募集および融合していくと、みんなが惹かれるゴールができるのかも。ワトソンのクイズだって課題設定は似たようなもんだし。
- 「グーグル先生」みたいに、最終的には「クリック先生」とか「クリック博士」と呼ばれるくらいのものができて欲しい（開発当初はクリックちゃんとかで、成長すると敬称がランクアップするとか）。
まずは WolframAlpha のようなバックエンドのDBを作るというところから入ると面白いかもしれません。
Towards the Open Advancement of Question Answering Systems 自動質問応答システムについては IBM の Research Report が参考になりそう。
まずはクリックちゃんを育てるというのはとても魅力的なコンセプトに思えますが皆さんいかがでしょうか？もちろん、オープンバイオ研究会はいつも通りイノベーションにこだわっていきたいと思いますので、このライン以外での全く違う企画の提案・発表も歓迎です。よろしくお願いします。