meeting2 announce

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

As of Jan 24 2011

第2回オープンバイオ研究会 アナウンス

来たる 2005/12/19-21 にパシフィコ横浜で開催される GIW2005 にて BoF (Birds-of-a-Feather) の会場をお借りして「第2回オープンバイオ研究会」を開催します。

日程

  • 日時:
    • 2005年12月19日 15:00-18:00
  • 場所:
    • パシフィコ横浜3階 315 号室
  • 参加:
    • 無料(ですが、GIW には別途参加して頂く必要があります:)
  • 言語:
    • 日本語(GIW 自体は英語で行なわれる国際会議ですが、日本国内でのオープンバイオ推進という趣旨から研究会は日本語で行ないます)
  • 連絡先:
  • スタッフ:
    • 二階堂@KNOB, 荒川@G-language, 中尾@BioRuby, 片山@BioRuby

事前登録制ではありませんが、部屋の定員が20名とのことなので、満席の場合は、早く来られた方を優先したいと思います。

プログラム

セッション1:プロジェクト紹介

BOSC の talk のようなこのセッションでは、以下のような内容を紹介して頂く予定です:

  • プロジェクトの概要紹介
  • 今年度のアップデート(新規プロジェクトの場合は特徴をアピール)
  • 開発メンバー募集のよびかけ

発表予定プロジェクトのリスト

セッション2:ライトニング

BOSC の lightning talks のようなこのセッションでは、以下のようなメッセージを伝えて頂く予定です:

  • こんなプロジェクトをやっています
  • 誰かこういうの一緒にやりませんか?
  • 昨年も紹介したけどリマインド
  • このプロジェクト有用なのでもっと使ってください!
  • ユースケースの紹介

発表予定のプロジェクトリスト

  • b-src: バイオインフォマティクス専用ソースコード検索サーバ
  • ODB における GBrowse_img の利用
    • 奥田さん(京大化研・BIC)
  • GBrowse の Ajax 化とチュートリアル翻訳
    • 石井さん(首都大学東京)
    • GBrowse のマウスドラッグによる閲覧を可能にした描画システム Ajax 化、その進行形である他のブラウザへの移植について説明を行う。さらに、チュートリアル翻訳によるサイト開設の案内。
  • SayaMatcher
    • 坊農さん(埼玉医科大)
  • MedCD: PubMed Concept Dictionary 〜バイオサイエンスワールドの俯瞰〜
    • 谷内江さん (慶応・先端生命科学研)
    • http://medcd.iab.keio.ac.jp/
    • 生物学におけるキーワード (オブジェクト) 間の関係をバイオインフォマティクスの観点からテキストマイニングによって構築することは,あたらしい生物学モデルを発見するために非常に重要である.MedCD (PubMed Concept Dictionary) はPubMedを生物学における言語資料体 (コーパス) と位置づけ,その概念辞書の構築,検索をウェブアプリケーションとして提供する.MedCDは,これまでのバイオテキストマイニングとは異なり,遺伝子ネットワークや共著者関係の評価のみならず,任意のユーザークエリとリンクする生物学用語 (MeSHタームなど),生物種,遺伝子,著者や所属といった多次元のオブジェクトを複合的に検索し,その概念関係を評価する.これによって,研究者がバイオサイエンスの世界を俯瞰することをガイドし,PubMedでの文献検索を効果的にサポートする.
  • BioPAX
    • 福田さん(産総研・CBRC)

パネルディスカッション

このセッションでは、開発者やユーザーのスキルアップをはかるような情報交換ができればと思います。

  • どう書くどうするオープンバイオ(BioRuby vs. G-language vs. BioPerl vs. ...)
  • 関数/メソッド比較表?

懇親会

今年も懇親会を兼ねた飲み会を開きたいと思います。

TODO

  • 夜の部の予約など(済:thanks > 川路さん)
  • アナウンス第2弾(済)
  • A3 程度のビラ(ポスター作成)(済)
  • プロジェクター2台キープ(済)
  • ロガー、タイムキーパー、場内係(済:おねがいします>後藤さん)
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