meeting3 announce

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

以下の日程で「第3回オープンバイオ研究会」を開催することとなりました。今回も「人工知能学会生命知識研究会(SIG-BMK)」との共催という形で、宿泊つきの研究会にすることができました。GIW で開催しているオープンバイオ研究会では時間が限られるため、発表が中心でディスカッションの時間が十分に取れませんが、本研究会ではじっくりと交流を深めたり、パネルセッション(→オープンスペースのセッションに変更になりました)でフロアからの参加も含め有益なディスカッションが行えると期待しています。

日程

  • 日時:
    • 2006年3月10日(金) 14:00 より 3月11日(土) 14:30 まで
  • 場所:
  • アクセス:
  • 内容:
    • 10日 14:00〜18:00@JAIST
      • SIG-BMKからの研究発表
      • オープンバイオ研究会からのプレゼンテーション
    • 10日 18:00〜夜の部@辰口温泉
      • 旅館に移動してフリーディスカッション、ハック、執筆 etc.
    • 11日 10:00〜14:30@JAIST
      • オープンバイオ研究会のオープンスペースセッション
        • 様々な課題に対するオープンバイオでのソリューションを検討
        • 日々の研究に役立つ技術的な交流
  • 宿泊:
  • 参加費用:
    • 無料(宿泊は別途費用がかかります)

参加登録

発表希望の方、宿泊される方は、事前の参加登録をお願いします。

プログラム

3/10 (金) は SIG-BMK とオープンバイオ研究会からのプレゼンテーションを、3/11 (土) は「オープンスペース」という手法によるディスカッションを中心としたセッションを行います。

SIG-BMK

  • 13:45-14:45
    • タイトル:Initiatives in Ontology Community in the United State
    • 講演者:Barry Smith (State University of New York at Buffalo, Saarland University(IFOMIS))
    • 講演概要:未定(慶応からTV会議システムを通して1時間くらい講演)
    • 参考URL:
  • 14:45-14:50 休憩(5分)
  • 14:50-15:10
    • タイトル:サフィックスアレイを利用したパターンマッチングエンジンの開発
    • 講演者:長谷川亜樹@理研
    • 講演概要:現在開発を行っているパターンマッチングソフトウェアについて、そのシステム構成と、インプリメンテーション、性能実験の結果、および将来の拡張について。
  • 15:10-15:30
    • タイトル:Knoppix によるインスタント・ハイスループットコンピューティング環境構築(InterProScan4.1編)
    • 講演者:小西史一@理研
    • 講演概要:CD1枚で起動するKnoppixの特性を利用し、クラスター計算機環境を簡単に、そして安全に構築することができるシステムを開発した。本発表では、タンパク質機能ドメイン検索アプリケーションであるInterProScan4.1のサービス環境をインスタントに構築することができるように作りこまれたCDに関する報告を行う。
  • 15:30-15:45
    • タイトル:バイオインフォマティクス向け宣言的ワークフローからのWebサービスコールの自動生成に関する研究
    • 講演者:新原敦介@東工大
    • 講演概要:バイオインフォマティクスでは,大規模計算が要求されるため, 柔軟なプログラミングインターフェースと強力な計算資源を提供できるWebサービスが有望視されている. しかし,バイオインフォマティクス研究者である利用者とサービス提供者の意味的ギャップが大きい. そのため, 本研究ではユーザの意図を宣言的ワークフローとして定義し, 宣言的ワークフローから, Webサービスを呼び出すようなワークフローを自動で生成する手法を提案し,実装を紹介する.
  • 15:45-16:00
    • タイトル:三項関係に基づくADMEオントロジー構築法の提案
    • 講演者:有熊威@東工大
    • 講演概要:一貫性と再利用性の高い薬物動態の形式的記述を実現するために,三項関係を基本組立ブロックとしたADMEオントロジー構築法を提案し,その有効性を抗癌剤イリノテカンの薬物動態プロセスの記述を通して確認した.
  • 16:00-16:10 休憩(10分)

オープンバイオ研究会

  • 16:10-16:30
    • タイトル:MedCD: PubMed Concept Dictionary 〜バイオサイエンスワールドの俯瞰〜
    • 講演者:谷内江望@慶應大
  • 16:30-16:50
    • タイトル:Quolf: Quadtree Viewer of Oligonucleotide Frequency 〜AJAX を用いたウェブサービス Quolf の紹介〜
    • 講演者:市瀬夏洋@京大
  • 16:50-17:10
    • タイトル:BUGJA: Bioperl Users Group in Japan 〜活動紹介と今後の展開について〜
    • 講演者:仲里猛留@NEC/阪大院
  • 17:10-17:20 休憩(10分)
  • 17:20-17:40
    • タイトル:GPAC: アノテーション精度に対する解析手法の感受性解析
    • 講演者:荒川和晴@慶應大
  • 17:40-18:00
    • タイトル:KNOB 2.0, WebサービスとKNOB
    • 講演者:二階堂愛@埼玉医科大
  • 18:00-18:20
    • タイトル:BioRuby + ChemRuby 〜未踏の成果と化合物類似性検索の高速アルゴリズム〜
    • 講演者:片山俊明@東大、田中伸也@京大

オープンスペース

  • オープンバイオ対決
  • ビジュアライズの技法
  • ライフハック
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