meeting3 log dataset

提案テーマ

バイオインフォ　入門用　標準データセット / お子様ランチは可能か？

動機

バイオインフォ入門者にとって、用語や概念の壁だけでなく「非冗長で、新しくて、意味のある」データセットを整えるのは、大きな入門障壁ではないか？

• 更新をしない、それなりに権威あるデータセットを作れるか？ (お子様PDB2006, お子様UniProt2006、etc)
• 種類が多すぎても困る。いくつ、何をつくるか？
• 入門用の計算課題も、一緒に提供できるか？
• こんなの、既にどこかにあるのでは？

議論

Rは、とても良いお手本かも

• 若干趣旨は違うが、関数などのサンプル用のデータが、付属している
• Rみたいに、BioRubyに同梱するとよいのでは？
• ライセンス問題
• G-languageも? BioRubyも共通のデータセットを使うと、両方のツールの特徴がわかるし、学習しやすくなるかも。
• ChemRubyも?

解析のベンチマークになるゴールデンスタンダートセット

• この観点のデータも、できればよい。

Done

• G-languageでは、既にマイコプラズマゲノムを同梱

NextActions

• すでにある標準セットのリスト作成 - balibase/MAFTで使っているデータとか、参考になるのでは
• open-bioからBOSCへ提案 - 川路がwiki page作成する ( done )。open-bio.jpのMLへ流すので、議論しよう。
• BioRubyへ同梱? - 片山
• なにが必要? - 配列(DNA/RNA/ゲノム/タンパク質)、化合物、立体構造、マイクロアレイ、ネットワーク

議論のつづき

こちらをご覧ください。