meeting3 log network

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

Cytoscape

http://www.cytoscape.org

タッチグラフ

http://www.touchgraph.com/

bio verse viewer

http://bioverse.compbio.washington.edu/viewer/

graphviz

http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/

LGL

http://apropos.icmb.utexas.edu/lgl/

estetic graph

http://search.cpan.org/~thospel/Graph-Layout-Aesthetic-0.12/lib/Graph/Layout/Aesthetic.pm

pajek

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/

タッチグラフ

  • Java opensource
  • 重力関係がノードに与えられる。ので、恣意的にノードの位置最適化が行える。
  • 常に一定の形を採る事が出来る。
  • 同じ事はCytoscapeでもできるかもしれない。

論文データをマイニングしてネットワークを描けないか

graphvizのアルゴリズムを使用してグラフを描くことはできる。

MedCDでは、graphvizをどう使っているか。

配置情報をtxtで吐かせて、それを使用してSVGを描画させている。

編集ができるといい。

  • グラフを描いた時に、位置を微調整する時はCytoscapeが便利です。
  • ネットワークを検討するという目的には、Cytoscapeがよい。プラグインも使用できる。

複雑なネットワークの複雑な部分をインタラクティブにズームしたりして探索することがしたい。

比較

  • 最終的な出力ではgraphviz
  • インタラクティブ性、導入の簡便さではCytoscape
  • Cytoscapeは、情報を視覚的に分かりやすく表示させることが難しい。

Cytoscape -> gmlファイルを出力させて、さらにSVGで綺麗に描画させることも出来る。

Cytoscape2.2では

  • SBMLに対応
  • 疑似3D機能が追加されている。

可視化では、インタラクティブ性が求められる事も多い。

MedCDの場合

  • SVGを動的に動かす為、javascriptを内部で動かしている。

Graph::Layout::estetic

  • パラメータが多すぎるのでサンプルのgloss.plを使うのがいいでしょう。
  • 配置をgnuplotで確認しながらパラメータをいじることができる。

Pajek

  • Windowsにしか対応していない事以外は、最強のネットワーク可視化ソフトウェア。

wema

  • web上のアプリケーションで、wikiのグラフ版のようなもの。
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