meeting3 panel openbio

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

「こんなときどうする?」ということで、会場から募集したお題をオープンバイオの様々なソフトウェア(G-language, BioRuby, BioPerl, EMBOSS など)を用いて、それぞれどのように解くことができるかを考えるセッション。

オープンスペースにおけるセッションの候補としたいと思います。

お題

とりあえずサンプルの課題を並べてみます。

関数/メソッド比較表

Perl/Ruby (+Python/C/Java/JavaScript) などの各言語で書き方がどのように違うかを(調べつつ)披露する。

  • 文字列
  • 配列
  • ハッシュ

DB や BLAST のパース

  • GenBank をパースし feature table からデータを抽出
  • BLAST などの結果の整理法
  • GFF 化

エントリ取得方法の比較

  • EMBOSS
  • G-language
  • BioRuby
  • BioPerl

ウェブサービス

  • SOAP/WSDL
    • KEGG API
    • DDBJ XML
    • ESOAP

よさげなライブラリ対決

  • XML
  • DBI
  • 画像生成
  • ウェブアプリ開発