meeting3 panel visualize

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

データの可視化は理解を助ける重要な手段です。小さなサンプルデータと何らかの実データを準備して、目的に応じたデータフォーマットの変換から図が出来るまで、様々な手法を比較するセッション。日頃自分の使っている便利なツールを紹介し合う機会になればと思います。

オープンスペースにおけるセッションの候補としたいと思います。

お題

とりあえずサンプルのお題を並べてみます。

普通のグラフを描きたい

  • R の場合
  • gnuplot の場合
  • Excel の場合
  • Perl/Ruby の場合

ネットワークを描きたい

  • Cytoscape の場合
  • Graphviz の場合
  • Visant, Pajeck ... の場合

系統樹を描きたい

  • PHYLIP の場合
  • NJplot の場合
  • R (ape) の場合

発現データを可視化したい

  • BioConductor の場合
  • Spotfire の場合
  • KegArray の場合
  • ゲノムに貼る場合
  • パスウェイに貼る場合

化合物を描きたい

  • ChemRuby の場合
  • ISIS の場合
  • KegDraw の場合

アラインメントを描きたい

  • EMBOSS の場合
  • イラレの場合

ゲノムとかスケスケな絵などを自由に描きたい

  • 言語/ライブラリ毎に