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Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 2 revisions

2006/10/31 (火) に JSBi のオントロジー研究会と共催で、東大医科研にて開催しました。

今回のオントロジー研究会では、オントロジーと密接な関係にあるデータベースの構築をテーマとしており、データベースの提供者からの講演をお聞きする予定となっています。

一方、オープンバイオはデータベースやオントロジーを活用する利用者の立場にありますが、

  • これらを利用しやすくするためのライブラリを整備する
  • これらを利用したアプリケーションを開発する
  • これらを利用したウェブサービスなどを提供する

などのアプローチが進んでいます。さらに、文献情報からのデータマイニングやビジュアライゼーションなどについての発表を交えつつ、今後目指すべき方向を検討できればと思います。

今回は GIW と違って会場に余裕がありますので、事前申し込みなどは必要ありません。参加費も無料ですので多数のご参加をお待ちしております。

第3回オントロジー研究会・第4回オープンバイオ研究会プログラム

概要

アブストラクト

第4回オープンバイオ研究会と第3回オントロジー研究会の発表概要です。

スケジュール

  • 10:00—10:15 はじめに
  • 10:15—10:45
    • EzCatDB: A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms
    • http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/
    • 長野希美(産業総合技術研究所生命情報科学研究センター)
  • 10:45—11:15
    • eF-site: electrostatic surface of Functional-site
    • http://ef-site.hgc.jp/
    • 木下賢吾(東京大学医科学研究所)
  • 11:15—11:45
    • DBTSS: Database of Transcriptional Start Site
    • http://dbtss.hgc.jp/
    • 山下理宇(東京大学医科学研究所)
  • 11:45—13:00 昼食
  • 13:00—13:30
  • 13:30—14:00
    • CellMontage: 類似実験検索と細胞解析のための遺伝子発現データベース
    • http://cellmontage.cbrc.jp/
    • 藤渕航(産業総合技術研究所生命情報科学研究センター)
  • 14:00—14:50
    • かずさDNA研究所における生物情報データベースの取り組み
    • 中村保一(かずさDNA研究所)
  • 14:50—15:10 休憩
  • 15:10—15:40
    • ActiveRecord によるバイオデータベースモデリング:UniProtとGO DatabaseとGFFの場合
    • 中尾光輝(かずさDNA研究所・産業総合技術研究所生命情報科学研究センター)
  • 15:40—16:10
    • E-Cell 3D:細胞シミュレーションの新しい見方
    • 荒川和晴(慶応義塾大学先端生命科学研究所)
  • 16:10—16:40
    • BioFlash.org - Flash (Flex) による初級バイオインフォツールの紹介とオープンバイオ化
    • 坂庭真悟(BioFlash.org)
  • 16:40—17:10
    • 文献情報使いますか?
    • 山本泰智(東京大学大学院新領域創成科学研究科)
  • 17:10—17:40
    • DDBJ Web services (DDBJ-XML)の更なる利用向上への取り組みについて
    • 阿部貴志(国立遺伝学研究所)
  • 17:40—18:00 総合討論

第3回オントロジー研究会の開催主旨

オントロジー研究会

  • 主査 京都大学化学研究所・五斗進
  • 副査 産業総合技術研究所・福田賢一郎

ゲノムプロジェクトとそれに続くポストゲノムプロジェクトによって多種多様なデータが大量に得られるようになってきました。これらのデータを収集し解析するために世界中で大小含め様々なデータベースが開発されています。日本でも多くのデータベースが開発されており、これらを効率よく利用できる環境を構築することは重要です。

今回は、日本国内におけるデータベースの開発現状をデータベース作成者・データベース利用者の方々に集まってもらい議論してもらおうと考え、オープンバイオ研究会と共催で研究会を開催します。中規模から小規模レベルでデータベースを構築している研究者および、それらをプログラムからアクセスして解析に用いている研究者に講演をお願いしました。データベース間の相互参照などの観点から作成者・利用者からそれぞれ苦労している点、工夫している点、今後の方向性などを議論して頂く予定です。

演題募集 → 締め切りました

持ち時間は現在調整中ですが、ひとり15-30分くらいの演題を募集しております。発表希望の方は open-bio4@bioruby.org (Cc: ktym@hgc.jp) 宛に、

  • 発表のタイトル
  • お名前
  • 御所属

をメールでご連絡ください。

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