meeting5 openspace log

Toshiaki Katayama edited this page Mar 25, 2017 · 1 revision

第5回オープンバイオ研究会へ参加してくださったみなさま、ありがとうございました。このページを中心に、まとめを行いましょう。セッション決定の様子(写真)

全体

  • ホワイトボード等の設備のせいだと思いますが、今回、一度に並行できるセッションは2つが限界のようでした。
  • 1時間の区切りを3回、合計6セッション(2セッションx3回)開催することができました
  • 基本的に各セッションで利用したのは、椅子 + イーゼルパッド/ホワイトボード (利用できる場合にはプロジェクター)、でした。
  • 机は、各セッションに1台程度しか利用しませんでした。この結果、話しやすくなったと思います
  • プロジェクターが一台しかなかったのですが、もう一台(セッション毎に一台)あった方がよかった、という声がありました
  • 新しい試みとして、「ポジションペーパーっぽい自己紹介をポストイットに書いて、名札に貼る」ということを行ってみました。でもあまり、目がいってなかったかな...? 「セッション開始時に、ポジションペーパー/ポストイットを読み上げてみる」ということをすれば、よりスムースに議論に入れたかもしれません。

各セッションごとの詳細

Catalyst

目的: Ruby on Rails と Catalyst の違いを理解したい.まとめ写真

Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベースCatalystとGD::Graph::linesで作った遺伝子発現データが参考になると思います.(itoshi)

リソースリスト (yayamamo)

注:まるごとPerl!がGoogle Book Searchでまるごと閲覧できたのは過去のことのようです。

BioRuby shell on Rails

目的:2006/12 に NESCent にて開催された Phyloinformatics Hackathon で開発した BioRuby シェルの Ruby on Rails プラグイン (generator) のデモと要望の収集

開発開始から1週間ということで追加したい機能などはまだ色々とあるが、とりあえず敷居が下がりそう、ビジュアルな結果も返せるようになりそう、ワークフローのマネージメントもできそう、実習とか楽になりそう、みたいな気がします。(katayama)

会場から頂いた要望:

  • RDoc のボタン(済:クラス名、モジュール名からのリンクをつけました)
  • クラス一覧表示機能(RDoc のページに行けばいいかな?)
  • AAseq + AAindex で色とかグラフとか
  • リンクを埋め込む(特に keggapi の結果などに含まれる db:entry)
  • リードオンリーモード
  • コマンド名補完(AJAX かなぁ、、とりあえず irb モード使って。)
    • DB名補完
  • グラフなど画像の出力 output(:svg)
  • パスワードはナシで(つけるべきだという声はユーザではなく開発者から)
  • デフォルト localhost のみに絞る(Webrick でこれどうやるの?)
  • 結果を表示している <div> に、出力結果をファイルに保存とか閉じるとか別ウィンドウで開くとかボタンいろいろ

Workflow

目的: 社内のマイクロアレイ解析をワークフロー化してユーザにやらせたい.まとめの写真Open-jACOBを見てhttp://www.gliffy.com/というサービスを思い出しました.(itoshi)

Tavernaはユーザには難しそう。Open-jACOB Draw2Dで使いやすいインターフェースが作れたらなと思います. (tadakado)

Ruby On Rails

目的: なかおさんのRoRのプレゼンを鑑賞する

Ruby On RailsというかActiveRecordで複数のデータベースに接続するのは難しいよね.HowtoUseMultipleDatabases (itoshi)

Rails Receipes のレシピ 15 に「複数のデータベースに接続する」というのが載っています。基本的にはモデル (app/models/*.rb) で establish_connection :database_name を書くだけじゃないかな?(katayama)

E-Cell 3D

Quartz Composer.app + KP3

目的:多次元データのブラウズのための多次元入力デバイスの提案.

DAS2 を調べる

KPT

Keep

  1. ポジションペーパー
  2. オープンスペース
  3. イーゼルパッド
  4. まとめ

Problems

  1. 広報が足りなかったようだ
  2. 参加者の「顔」がみえない

Try

  1. メーリングリストで広報
  2. セッション毎に軽くでも自己紹介
  3. 参加者全員で最後にKPT
  4. 参加者のメールアドレスを聞き出しメーリングリストへ入れる
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