Switch branches/tags
Nothing to show
Find file History
Fetching latest commit…
Cannot retrieve the latest commit at this time.
Permalink
..
Failed to load latest commit information.
materialy
warsztaty1
warsztaty2
warsztaty3
warsztaty4
warsztaty6
README.md

README.md

Warsztaty Badawcze na MiNI

Motto

Z raportu ,,Przeszłość, teraźniejszość i przyszłość edukacji akademickiej'', z punku widzenia socjologa

Studenci preferują zajęcia nastawione na zdobycie potrzebnych na rynku pracy umiejętności praktycznych, opisywane przez nich często jako „atrakcyjne i łatwe” niż zajęcia „trudne i znojne”, nie zdając sobie sprawy z tego, że do odniesienia sukcesu w konkurencji na globalnym rynku potrzebna jest przede wszystkim sprawność myślenia, a tę kształci się wychodząc poza sferę komfortu.

Cel

Celem naszych zajęć jest praca nad dwoma kompetencjami, ważnymi w pracy badawczej, a słabo rozwijanymi w standardowej edukacji:

  • Iteracyjna praca nad danymi
  • Opisywanie uzyskanych rozwiązań

Aby ten cel zrealizować będziemy pracować nad zadaniem: ,,Identyfikacja czynników różnicujących prognozy w rokowaniach dalszego czasu życia w zależności od tła genetycznego''

Założenia

Pracujemy w małych grupach: 2-3 osoby

Każda grupa wybiera jedną z platform opisujących dane genetyczne (jedną platformę mogą analizować nie więcej niż dwie grupy)

  • Białka (RTCGA.RPPA)
  • Ekspresja genów (RTCGA.mRNA)
  • Ekspresja genów (RTCGA.miRNASeq)
  • Mutacje genów (RTCGA.mutations)
  • Profil metylacji (RTCGA.methylation)
  • Profil duplikacji na genomie (RTCGA.CNV)

Informacje kliniczne znajdują się w pakiecie RTCGA.clinical.

W zadaniu należy

  • Dla zadanej platformy, dla każdego z dużych nowotworów należy zidentyfikować biomarkery (w liczbie 100-200), które korelują z czasem przeżycia (albo stosując regresję logistyczną i 5-letni czas życia albo analizę przeżycia),
  • Należy zbadać jaka jest część wspólna/przecięcie zbioru istotnych biomarkerów pomiędzy nowotworami,
  • Należy zbadać jak wygląda zróżnicowanie pomiędzy nowotworami bazując na określonej sygnaturze,
  • Należy przygotować aplikację shiny pozwalającą na przedstawienie jak przeżycia zależą od wybranego bio-markera dla określonego rodzaju nowotworu,
  • Należy przygotować krótki raport opisujące wykonane obliczenia oraz opracowaną aplikację.

Każdy zespół wybiera sobie nazwę i tworzy katalog w https://github.com/pbiecek/WarsztatyBadawcze. W tym katalogu powinny znajdować się przynajmniej trzy podkatalogi shiny (z aplikacją shiny), report (z raportem w knitrze), biomarkers (z listą biomarkerów uznanych za ważne). Poza nimi można dodawać dowolnie dużo innych plików i katalogów, ale nie należy wgrywać zbyt dużych plików by nie utrudnić pracy innym.

Plan spotkań i ocena

  1. [9 XII] Spotkanie wprowadzające
  2. [16 XII] ??? (ustalić godzinę!) Prezentacja charakterystyki danych z wybranej platformy oraz zidentyfikowanych biomarkerów.
  3. [21 XII]
  4. [13 I]
  5. [20 I]

Aby zwiększyć szansę na indywidualną pracę nad raportem, każde ze spotkań składać się będzie z 2h wspólnego bloku, oraz pozostałego czasu w którym z każdym zespołem porozmawiam o jego obecnym podejściu (średnio 20 min na zespół).

Ocena będzie składała się z trzech części:

  • (językowa) ocena raportu, pod kątem kompletności, klarowności i czytelności,
  • (merytoryczna) ocena listy znalezionych biomarkerów, pod kątem ich sensowności,
  • (inżynierska) jakość aplikacji, wykorzystanego zaplecza statystycznego i narzędzie do prezentacji wyników (np. ggplot2, krzywe przeżycia).

Zbiory danych RTCGA

Terminy spotkań

10:00 - 10:20 p. Sudoł, p. Pytlak

10:20 - 10:40 p. Wyszyńska, p. Rudaś

10:40 - 11:00 p. Jankowiak, p. Fąk

13:00 - 13:20 p. Momotko, p. Śpiewak, p. Waśniewski

13:20 - 13:40 p. Czerwińska, p. Stażyk

13:40 - 14:00 p. Gargas, p. Bielat, p. Dobkowska