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Amber原子选取语法(Atom Mask Selection Syntax)
2016-04-01 01:32:14 -0700
CompCB
Amber CompBiol

在Amber14手册可以参考: 28.2.3. Atom Mask Selection Syntax

首先, 在命令行使用时要使用字符串形式"mask", 在配置文件可以没有.

  • :,@*是保留字符,要注意!
  • 支持通配符*(任意个任意字符),?(单个任意字符).貌似还支持=(和*一样)
  • 可以使用范围匹配符-
  • 可以使用,作为分隔各成分
  • 可以使用逻辑操作符&,|!
  • 对于使用名字, 大小写敏感!

选取残基

主要使用:,后面可以是编号或者残基名

  • :{residue numlist} e.g. [:1-10],[:1,3,5],[:1-3,5,7-9]
  • :{residue namelist} e.g. [:LYS],[:ARG,ALA,GLY]

选取原子

主要使用@,后面可以是原子编号或者原子名. 如果要使用原子类型(就是力场类型一类的), 可以使用@%类型名; 如果要使用元素,使用@/元素名.

  • @{atom numlist} e.g. [@12,17],[@54-85],[@12,54-85,90]
  • @{atom namelist} e.g. [@CA],[@CA,C,O,N,H]
  • @%{atom type name} e.g. [@%CT]
  • @/{atom_element_name} e.g.[@/N]
  • :{residue numlist | namelist}@{atom namelist | numlist} 复合原子表达式,相当于and操作的残基和原子条件均满足. e.g. :ARG@CA

基于距离选取

主要使用<:, >:, <@, >@四种, :@跟距离. :选取的是原子, @选取的是残基. 整体表达式: <mask><distance op><distance>

  • :11-17<@2.4 是选取11-17号残基邻近2.4A内的残基.

对于MD结果ptraj处理时, 可能会用到一种特殊方法, 就是设置reference, 此时会以reference为准则评价每个frame:

reference mol.rst7
trajin mol.rst7
strip !(:4<:3.0)

实例

  • @CA,C,O,N,H 所有主链backbone原子
  • !@CA,C,O,N,H 所有非主链backbone原子 (注意可能包含水,离子,配体,蛋白残基侧链).
  • :5,10@CA 残基5和10的CA原子
  • :*&!@H= 所有残基的非氢原子
  • :1-500@O&!(:WAT|:LYS,ARG) 1-500号残基的非WAT,LYS,ARG的主链氧原子.