diff --git a/README.md b/README.md index b49035037..cbf5ee448 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -48,6 +48,7 @@ stk.plot3d(structure) * `stk.build.high_index_surface()` * `stk.build.get_high_index_surface_info()` * `stk.build.sqs_structures()` +* `stk.build.pyxtal()` * `stk.build.B2()` * `stk.build.C14()` * `stk.build.C15()` @@ -60,4 +61,11 @@ stk.plot3d(structure) ### Common * `stk.common.ase_to_pymatgen()` * `stk.common.pymatgen_to_ase()` +* `stk.common.pymatgen_read_from_file()` * `stk.common.ase_to_pyscal()` +* `stk.common.apply_strain()` +* `stk.common.center_coordinates_in_unit_cell()` +* `stk.common.get_extended_positions()` +* `stk.common.get_vertical_length()` +* `stk.common.get_wrapped_coordinates()` +* `stk.common.select_index()` diff --git a/structuretoolkit/common/__init__.py b/structuretoolkit/common/__init__.py index b762bac1c..de74fac8f 100644 --- a/structuretoolkit/common/__init__.py +++ b/structuretoolkit/common/__init__.py @@ -7,5 +7,9 @@ get_wrapped_coordinates, select_index, ) -from structuretoolkit.common.pymatgen import ase_to_pymatgen, pymatgen_to_ase +from structuretoolkit.common.pymatgen import ( + ase_to_pymatgen, + pymatgen_read_from_file, + pymatgen_to_ase, +) from structuretoolkit.common.pyscal import ase_to_pyscal diff --git a/structuretoolkit/common/pymatgen.py b/structuretoolkit/common/pymatgen.py index dffea57e4..f0160aed2 100644 --- a/structuretoolkit/common/pymatgen.py +++ b/structuretoolkit/common/pymatgen.py @@ -10,3 +10,9 @@ def pymatgen_to_ase(structure): adapter = AseAtomsAdaptor() return adapter.get_atoms(structure=structure) + + +def pymatgen_read_from_file(*args, **kwargs): + from pymatgen.core import Structure + + return pymatgen_to_ase(structure=Structure.from_file(*args, **kwargs))