diff --git a/primerschemes/hav/400/v1.0.0/README.md b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/README.md new file mode 100644 index 0000000..58ed33d --- /dev/null +++ b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/README.md @@ -0,0 +1,51 @@ +# hav 400bp v1.0.0 + +## Description + +A PrimerScheme for Human hepatitis A virus (HAV) + +## Overviews + +![NC_001489.1.png](work/NC_001489.1.png) + +## Details + +```json +{ + "ampliconsize": 400, + "schemeversion": "v1.0.0", + "schemename": "hav", + "primer_bed_md5": "5c8028df8ad1847cfd2cb8d57af15ea0", + "reference_fasta_md5": "06055c7be5786153302d83faa7b5304e", + "status": "draft", + "citations": [], + "authors": [ + "Chris Kent", + "Quick Lab" + ], + "algorithmversion": "primalscheme3:1.1.5", + "species": [ + 208726 + ], + "license": "CC BY-SA 4.0", + "primerclass": "primerschemes", + "infoschema": "v1.3.0", + "articbedversion": "v3.0", + "description": "A PrimerScheme for Human hepatitis A virus (HAV)", + "derivedfrom": null, + "collections": [ + "WHOLE-GENOME", + 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+NC_001489.1 3981 4010 ac7ed843_11_RIGHT_3 2 - CCAATTAGAAAAGCTCTGAGTCCTTAACT +NC_001489.1 3981 4010 ac7ed843_11_RIGHT_4 2 - CCAATTTGAGATACTCTGAGTTCTGAGCT +NC_001489.1 3981 4010 ac7ed843_11_RIGHT_5 2 - CCAGTTAGAAAAACTCTGAGTCCTCAACT +NC_001489.1 3981 4007 ac7ed843_11_RIGHT_6 2 - GTTGGAAAAACTCTGAGTCCTCAACT +NC_001489.1 3981 4005 ac7ed843_11_RIGHT_7 2 - TGGAAAAGCTCTGAGTTCTCAGCT +NC_001489.1 3981 4005 ac7ed843_11_RIGHT_8 2 - TGGAGAAACTCTGTGTCCTCAACT +NC_001489.1 3898 3928 ac7ed843_12_LEFT_0 1 + CTGCTCAGTTATTTCATGTGGTAAAGTTTT +NC_001489.1 3900 3928 ac7ed843_12_LEFT_1 1 + GCTCAGTTATCTCATGTGGCAAAGTTTT +NC_001489.1 3900 3928 ac7ed843_12_LEFT_2 1 + GCTCAGTTATTTCATGTGGCAAAGTTTT +NC_001489.1 3897 3928 ac7ed843_12_LEFT_3 1 + GCTGTTCAGTTATTTCATGTGGTAAAGTTTT +NC_001489.1 3900 3928 ac7ed843_12_LEFT_4 1 + GTTCAGTTATTTCTTGTGGCAAAGTGTT +NC_001489.1 3899 3928 ac7ed843_12_LEFT_5 1 + TGTTCAGTTATTTCATGTGGCAAAGTTTT +NC_001489.1 3899 3928 ac7ed843_12_LEFT_6 1 + TGTTCTGTCATTTCATGTGGTAAAGTGTT +NC_001489.1 4308 4335 ac7ed843_12_RIGHT_0 1 - CTATGCAGTCTCTCAAAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4308 4336 ac7ed843_12_RIGHT_1 1 - GCAATACAGTCTCTAAGAGGGGCTAAAT +NC_001489.1 4308 4336 ac7ed843_12_RIGHT_2 1 - GCAATGCAGTCTCTCAGAGGTGATAAAT +NC_001489.1 4308 4336 ac7ed843_12_RIGHT_3 1 - GCTATACAGTCTCTCAAAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4308 4336 ac7ed843_12_RIGHT_4 1 - GCTATGCAATCTCTAAGAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4308 4336 ac7ed843_12_RIGHT_5 1 - GCTATGCAATCTCTGAGAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4308 4337 ac7ed843_12_RIGHT_6 1 - TGCTATACAATCTCTCAAAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4308 4338 ac7ed843_12_RIGHT_7 1 - TGGCTATACAATCTCTAAGAGGTGACAAAT +NC_001489.1 4225 4256 ac7ed843_13_LEFT_0 2 + ACAGTATCAGAAAGGAGTTGATTTGATACAA +NC_001489.1 4227 4256 ac7ed843_13_LEFT_1 2 + AGTACCAAAAAGGGGTAGATTTGATTCAA +NC_001489.1 4226 4256 ac7ed843_13_LEFT_2 2 + CAGTATCAGAAAGGAGTTGACTTGATACAA +NC_001489.1 4226 4256 ac7ed843_13_LEFT_3 2 + CAGTATCAGAAAGGGGTTGATTTGATACAA +NC_001489.1 4228 4256 ac7ed843_13_LEFT_4 2 + GTATCAGAAAGGGGTTGACTTGATACAA +NC_001489.1 4225 4256 ac7ed843_13_LEFT_5 2 + TCAGTATCAGAAAGGGGTTGATTTAATACAA +NC_001489.1 4665 4691 ac7ed843_13_RIGHT_0 2 - AGAAAAATGACGACCCTTTTCTTCCA +NC_001489.1 4665 4691 ac7ed843_13_RIGHT_1 2 - AGAAAAATGCCTACCCTTCTCCTCAA +NC_001489.1 4665 4692 ac7ed843_13_RIGHT_2 2 - AGGAAAAATGTCTACCCTTCTCCTCAA +NC_001489.1 4665 4690 ac7ed843_13_RIGHT_3 2 - GAAAAATGTCTGCCCTTCTCCTCAA +NC_001489.1 4665 4693 ac7ed843_13_RIGHT_4 2 - GAAGAAAAATGCCTACCCTTCTCTTCAA +NC_001489.1 4665 4695 ac7ed843_13_RIGHT_5 2 - GAGAAGAAAAATGTCTACCTTTCTCCTCAA +NC_001489.1 4589 4614 ac7ed843_14_LEFT_0 1 + AACACAACAGATGAGGATTGGTCAG +NC_001489.1 4590 4614 ac7ed843_14_LEFT_1 1 + ACACAACAGATGAGGACTGGTCAG +NC_001489.1 4586 4614 ac7ed843_14_LEFT_2 1 + CAAAACACAACAGATGAAGATTGGTCAG +NC_001489.1 4585 4614 ac7ed843_14_LEFT_3 1 + CCAAAATACAACAGATGAAGATTGGTCAG +NC_001489.1 4584 4614 ac7ed843_14_LEFT_4 1 + GTCAAAATACAACAGATGAAGATTGGTCTG +NC_001489.1 4585 4614 ac7ed843_14_LEFT_5 1 + TCAAAATACAACAGATGAGGATTGGTCAG +NC_001489.1 4585 4614 ac7ed843_14_LEFT_6 1 + TCAAAATACAACTGATGAGGATTGGTCTG +NC_001489.1 5012 5041 ac7ed843_14_RIGHT_0 1 - AACTCAGCTACTGCACTATCATTATCATC +NC_001489.1 5012 5037 ac7ed843_14_RIGHT_1 1 - CAGCCACTGCACTATCATTGTCATC +NC_001489.1 5012 5037 ac7ed843_14_RIGHT_2 1 - CAGCCACTGCACTGTCATTATCATC +NC_001489.1 5012 5039 ac7ed843_14_RIGHT_3 1 - CTCAGCTACTGCACTATCATTGTCATC +NC_001489.1 5012 5036 ac7ed843_14_RIGHT_4 1 - GGCCACTGCACTGTCATTATCATC +NC_001489.1 5012 5038 ac7ed843_14_RIGHT_5 1 - TCAGCAACTGCACTATCATTGTCATC +NC_001489.1 4755 4784 ac7ed843_15_LEFT_0 2 + AAGCAATTGATCGTAGGCTTCATTTTAAG +NC_001489.1 4756 4784 ac7ed843_15_LEFT_1 2 + AGCCATTGATCGTAGACTCCATTTTAAG +NC_001489.1 4760 4784 ac7ed843_15_LEFT_2 2 + ATTGACCGCAGACTCCATTTCAAG +NC_001489.1 4759 4784 ac7ed843_15_LEFT_3 2 + CATTGACCGTAGACTCCACTTCAAG +NC_001489.1 4758 4784 ac7ed843_15_LEFT_4 2 + CTATTGACCGCAGACTCCACTTTAAG +NC_001489.1 4757 4784 ac7ed843_15_LEFT_5 2 + GCAATTGATCGTAGGCTTCATTTCAAG +NC_001489.1 4753 4784 ac7ed843_15_LEFT_6 2 + GGAAGCAATTGATCGTAGACTTCATTTTAAG +NC_001489.1 4756 4784 ac7ed843_15_LEFT_7 2 + GGCTATTGATCGTAGACTCCATTTCAAA +NC_001489.1 4762 4784 ac7ed843_15_LEFT_8 2 + TGACCGCAGACTCCACTTCAAG +NC_001489.1 5173 5199 ac7ed843_15_RIGHT_0 2 - CTCTGCGAGAGAAATGCTTATACACG +NC_001489.1 5173 5201 ac7ed843_15_RIGHT_1 2 - CTCTTTGTGGGAGAAATGCTTATACACA +NC_001489.1 5173 5202 ac7ed843_15_RIGHT_2 2 - CTTGCTTCTTTGTAAAATGCTTGTAGACA +NC_001489.1 5173 5195 ac7ed843_15_RIGHT_3 2 - GCGGGAGAAATGCTTGTACACA +NC_001489.1 5173 5195 ac7ed843_15_RIGHT_4 2 - GCGGGAGAAATGCTTGTACACG +NC_001489.1 5173 5203 ac7ed843_15_RIGHT_5 2 - TCCTCTTTTCGAGAAAAATGTTTGTAGACA +NC_001489.1 5173 5200 ac7ed843_15_RIGHT_6 2 - TCTTTGCGGGAAAAATGCTTATACACA +NC_001489.1 5173 5200 ac7ed843_15_RIGHT_7 2 - TCTTTGCGTGAGAAATGTTTGTACACA +NC_001489.1 5173 5197 ac7ed843_15_RIGHT_8 2 - TTGCGGGAGAAATGTTTGTACACA +NC_001489.1 5173 5198 ac7ed843_15_RIGHT_9 2 - TTTGCGGGAGAAATGCTTATACACA +NC_001489.1 5097 5125 ac7ed843_16_LEFT_0 1 + AGTCAGTTACTAATCACAAATGGGTTGC +NC_001489.1 5101 5125 ac7ed843_16_LEFT_1 1 + AGTTACCAATCACAAGTGGGTTGC +NC_001489.1 5095 5125 ac7ed843_16_LEFT_2 1 + CCAATCTGTTACTAATCATAAATGGGTTGC +NC_001489.1 5095 5125 ac7ed843_16_LEFT_3 1 + CCAATCTGTTACTAATCATAAGTGGGTTGC +NC_001489.1 5099 5125 ac7ed843_16_LEFT_4 1 + TCTGTTACTAATCACAAGTGGGTTGC +NC_001489.1 5101 5125 ac7ed843_16_LEFT_5 1 + TGTCACTAATCACAAGTGGGTTGC +NC_001489.1 5519 5548 ac7ed843_16_RIGHT_0 1 - ACAACATCTTGAAATCCCACATCTAAAGA +NC_001489.1 5519 5545 ac7ed843_16_RIGHT_1 1 - ACATCCTGAAATCCCACATCCAAAGA +NC_001489.1 5519 5548 ac7ed843_16_RIGHT_2 1 - ACCACATCCTGAAATCCTACATCTAAAGA +NC_001489.1 5519 5543 ac7ed843_16_RIGHT_3 1 - ATCCTGGAATCCCACATCCAAAGA +NC_001489.1 5519 5547 ac7ed843_16_RIGHT_4 1 - CAACATCTTGAAACCCCACATCTAAAGA +NC_001489.1 5519 5544 ac7ed843_16_RIGHT_5 1 - CATCTTGAAACCCCACATCCAAAGA +NC_001489.1 5519 5547 ac7ed843_16_RIGHT_6 1 - CCACATCCTGAAAACCAACATCTAAAGA +NC_001489.1 5289 5315 ac7ed843_17_LEFT_0 2 + AGTCAACTTTGGAAATAGCAGGACTG +NC_001489.1 5292 5315 ac7ed843_17_LEFT_1 2 + CAACACTGGAGATAGCTGGCTTG +NC_001489.1 5286 5315 ac7ed843_17_LEFT_2 2 + CCCAGTCAACTCTAGAAATAGCAGGATTA +NC_001489.1 5290 5315 ac7ed843_17_LEFT_3 2 + GTCAACTTTGGAAGTAGCAGGACTG +NC_001489.1 5284 5315 ac7ed843_17_LEFT_4 2 + GTCTCAGTCAACTTTAGAAATAGCAGGATTA +NC_001489.1 5285 5315 ac7ed843_17_LEFT_5 2 + TCACAATCAACTTTAGAAATTGCTGGTTTG +NC_001489.1 5287 5315 ac7ed843_17_LEFT_6 2 + TCAGTCAACTTTAGAAATAGCAGGACTG +NC_001489.1 5287 5315 ac7ed843_17_LEFT_7 2 + TCAGTCAACTTTGGAAATAGCTGGATTG +NC_001489.1 5696 5723 ac7ed843_17_RIGHT_0 2 - AACATAAGTGGCTTTTTCCTCCATCTT +NC_001489.1 5696 5721 ac7ed843_17_RIGHT_1 2 - CATAGGTGGCCTTTTCCTCCATTTT +NC_001489.1 5696 5729 ac7ed843_17_RIGHT_2 2 - CTTATGAACATAAGTAGCTTTCTCTTCCATTTT +NC_001489.1 5696 5724 ac7ed843_17_RIGHT_3 2 - GAACATAAGTAGCCTTCTCCTCCATTTT +NC_001489.1 5696 5726 ac7ed843_17_RIGHT_4 2 - GTGAACATAAGTGGCTTTTTCTTCCATTTT +NC_001489.1 5696 5728 ac7ed843_17_RIGHT_5 2 - TTATGAACATAAGTAGCTTTCTCTTCCATCTT +NC_001489.1 5555 5583 ac7ed843_18_LEFT_0 1 + AAAGTGCCCACAATTCCAAAATTTAGAG +NC_001489.1 5555 5583 ac7ed843_18_LEFT_1 1 + AAGGTTCCTACAATTCCCAAGTTTAGAG +NC_001489.1 5552 5583 ac7ed843_18_LEFT_2 1 + ATGAAGGTTCCTACAATTCCTAAGTTTAGAG +NC_001489.1 5553 5583 ac7ed843_18_LEFT_3 1 + TGAAAGTTCCTACAATTCCCAAGTTTAGAG +NC_001489.1 5553 5583 ac7ed843_18_LEFT_4 1 + TGAAGGTTCCTACAATTCCAAAGTTTAGAG +NC_001489.1 5553 5583 ac7ed843_18_LEFT_5 1 + TGAAGGTTCCTACAATTCCCAAATTTAGAG +NC_001489.1 5991 6019 ac7ed843_18_RIGHT_0 1 - GGACTCTTTCTAAAAAGCGTTTTGGAGA +NC_001489.1 5991 6019 ac7ed843_18_RIGHT_1 1 - GGACTCTTTTTAAAAAGCGTTTTGGAGA +NC_001489.1 5991 6018 ac7ed843_18_RIGHT_2 1 - GGCTCTTTTTAAAAAGCGTTTTGGAGA +NC_001489.1 5868 5897 ac7ed843_19_LEFT_0 2 + CTGGAGGAAATTCAATTCTAGTTGCAAAA +NC_001489.1 5868 5897 ac7ed843_19_LEFT_1 2 + CTGGAGGAAATTCAATTCTTGTAGCAAAG +NC_001489.1 5867 5897 ac7ed843_19_LEFT_2 2 + GCTGGAGGTAATTCAATTCTTGTTGCTAAA +NC_001489.1 5870 5897 ac7ed843_19_LEFT_3 2 + GGAGGAAATTCAATTCTTGTGGCAAAG +NC_001489.1 5870 5897 ac7ed843_19_LEFT_4 2 + GGAGGAAATTCAATTCTTGTTGCGAAA +NC_001489.1 5869 5897 ac7ed843_19_LEFT_5 2 + TGGAGGAAATTCAATTCTTGTTGCAAAA +NC_001489.1 5869 5897 ac7ed843_19_LEFT_6 2 + TGGTGGAAATTCAATTTTGGTTGCTAAG +NC_001489.1 6268 6296 ac7ed843_19_RIGHT_0 2 - AACATAAGGAAATCCAGGAGATGAATCC +NC_001489.1 6268 6295 ac7ed843_19_RIGHT_1 2 - ACATAAGGAAATCCAGGAGATGAGTCC +NC_001489.1 6268 6295 ac7ed843_19_RIGHT_2 2 - ACATAAGGATATCCAGGGGAAGAATCC +NC_001489.1 6268 6294 ac7ed843_19_RIGHT_3 2 - CATAAGGAAACCCAGGAGATGAATCC +NC_001489.1 6268 6296 ac7ed843_19_RIGHT_4 2 - GACATAAGGAAATCCAGGAGATGAATCC +NC_001489.1 6187 6211 ac7ed843_20_LEFT_0 1 + AGGCAAGACTCAGCTAGTTGATGA +NC_001489.1 6187 6211 ac7ed843_20_LEFT_1 1 + AGGCAAGACTCAGTTGGTTGATGA +NC_001489.1 6187 6211 ac7ed843_20_LEFT_2 1 + AGGCAAGGCTCAGTTAGTTGATGA +NC_001489.1 6184 6211 ac7ed843_20_LEFT_3 1 + AGTAGGCAAGACTCAGTTAGTTGATGA +NC_001489.1 6184 6211 ac7ed843_20_LEFT_4 1 + AGTGGGTAAGACTCAGTTAGTTGATGA +NC_001489.1 6188 6211 ac7ed843_20_LEFT_5 1 + GGCAAGGCTCAGTTGGTTGATGA +NC_001489.1 6187 6211 ac7ed843_20_LEFT_6 1 + GGGGAAGAGCATTTTGGTTGATGA +NC_001489.1 6571 6595 ac7ed843_20_RIGHT_0 1 - ACACCTGTATGGAACCCTGGATTC +NC_001489.1 6571 6597 ac7ed843_20_RIGHT_1 1 - CAACACCTGTATGAAACCCTGGATTC +NC_001489.1 6571 6597 ac7ed843_20_RIGHT_2 1 - CAACACCTGTATGGAAACCTGGATTC +NC_001489.1 6571 6594 ac7ed843_20_RIGHT_3 1 - CACCTGTGTGAAACCCTGGATTC +NC_001489.1 6571 6598 ac7ed843_20_RIGHT_4 1 - GCAACACCAGTATGAAAACCAGGATTT +NC_001489.1 6521 6549 ac7ed843_21_LEFT_0 2 + ACAATTCTATGTCGAATGTATTGGGGTC +NC_001489.1 6521 6549 ac7ed843_21_LEFT_1 2 + ACAATTTTATGTCGAATGTACTGGGGTC +NC_001489.1 6521 6549 ac7ed843_21_LEFT_2 2 + ACAATTTTATGTCGGATGTATTGGGGTC +NC_001489.1 6521 6549 ac7ed843_21_LEFT_3 2 + ACAATTTTGTGTAGAATGTACTGGGGTC +NC_001489.1 6524 6549 ac7ed843_21_LEFT_4 2 + ATTTTATGCCGAATGTACTGGGGTC +NC_001489.1 6524 6549 ac7ed843_21_LEFT_5 2 + ATTTTGTGTCGAATGTACTGGGGTC +NC_001489.1 6522 6549 ac7ed843_21_LEFT_6 2 + CAATTCTATGTCGGATGTATTGGGGTC +NC_001489.1 6522 6549 ac7ed843_21_LEFT_7 2 + CAATTTTGTGTCGAATGTATTGGGGTC +NC_001489.1 6526 6549 ac7ed843_21_LEFT_8 2 + TTTGTGCCGAATGTATTGGGGTC +NC_001489.1 6933 6961 ac7ed843_21_RIGHT_0 2 - ACAGCATCACAAAAGAAAACTGGAGATT +NC_001489.1 6933 6959 ac7ed843_21_RIGHT_1 2 - AGCTTGACAAAAGAAAACTGGAGACT +NC_001489.1 6933 6958 ac7ed843_21_RIGHT_2 2 - GCCTGACAAAAGAAAACTGGAGACT +NC_001489.1 6933 6958 ac7ed843_21_RIGHT_3 2 - GCTTGACTGAAAAACACAGGAGACT +NC_001489.1 6854 6877 ac7ed843_22_LEFT_0 1 + GGGTCCCCTTGTACAGCTTTGTT +NC_001489.1 6854 6877 ac7ed843_22_LEFT_1 1 + GGGTCTCCTTGTACAGCTTTGCT +NC_001489.1 6855 6877 ac7ed843_22_LEFT_2 1 + GGTCTCCTTGCACAGCTTTGCT +NC_001489.1 6855 6877 ac7ed843_22_LEFT_3 1 + GGTCTCCTTGCACAGCTTTGTT +NC_001489.1 6853 6877 ac7ed843_22_LEFT_4 1 + TGGGTCTCCTTGTACAGCTTTGTT +NC_001489.1 7268 7299 ac7ed843_22_RIGHT_0 1 - TCTGATAAAACTCAAAACCATGCATAAAAGC +NC_001489.1 7268 7299 ac7ed843_22_RIGHT_1 1 - TCTGATAAAACTCATAACCATGCATAAAAGC +NC_001489.1 7268 7297 ac7ed843_22_RIGHT_2 1 - TGATAAAACTCATAGCCATGCATAAAAGC +NC_001489.1 7268 7297 ac7ed843_22_RIGHT_3 1 - TGATAGAACTCATAGCCATGCATAAAAGC +NC_001489.1 7268 7300 ac7ed843_22_RIGHT_4 1 - TGTTGGTAAAATTCATATCCATGCATAAAAGC \ No newline at end of file diff --git a/primerschemes/hav/400/v1.0.0/reference.fasta b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/reference.fasta new file mode 100644 index 0000000..d8bc2f6 --- /dev/null +++ b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/reference.fasta @@ -0,0 +1,126 @@ +>NC_001489.1 +TTCAAGAGGGGTCTCCGGGAATTTCCGGAGTCCCTCTTGGAAGTCCATGGTGAGGGGACT +TGATACCTCACCGCCGTTTGCCTAGGCTATAGGCTAAATTTTCCCTTTCCCTTTTCCCTT +TCCTATTCCCTTTGTTTTGCTTGTAAATATTAATTCCTGCAGGTTCAGGGTTCTTAAATC +TGTTTCTCTATAAGAACACTCATTTTTCACGCTTTCTGTCTTCTTTCTTCCAGGGCTCTC +CCCTTGCCCTAGGCTCTGGCCGTTGCGCCCGGCGGGGTCAACTCCATGATTAGCATGGAG +CTGTAGGAGTCTAAATTGGGGACACAGATGTTTGGAACGTCACCTTGCAGTGTTAACTTG +GCTTTCATGAATCTCTTTGATCTTCCACAAGGGGTAGGCTACGGGTGAAACCTCTTAGGC +TAATACTTCTATGAAGAGATGCCTTGGATAGGGTAACAGCGGCGGATATTGGTGAGTTGT +TAAGACAAAAACCATTCAACGCCGGAGGACTGACTCTCATCCAGTGGATGCATTGAGTGG 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+ + \ No newline at end of file diff --git a/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/NC_001489.1.png b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/NC_001489.1.png new file mode 100644 index 0000000..0ec4e5b Binary files /dev/null and b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/NC_001489.1.png differ diff --git a/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/all.align.fasta b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/all.align.fasta new file mode 100644 index 0000000..d9d7a66 --- /dev/null +++ b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/all.align.fasta @@ -0,0 +1,49700 @@ +>NC_001489.1 |Hepatitis A virus, complete genome +----------------ttcaagaggggtctccgggaatttc--cggagtccctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaattttccctt---t--cccttttc-cctttcctat-tccc-tttgttttg------- +--------c--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------tta-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ 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+------------------------------------- +>MN746031.1 |Human hepatitis A virus isolate HAV/Iran/Ahvaz/IB/2018 polyprotein gene, partial cds +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +----------------------ctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgactagcatggagctgtaggagtctaaattggggacacaaatgtt- +-tggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaatctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcagg 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+------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +----------------------------cctttcctat-tccc-tttgttttg------- +--------t--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------tta-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataaa-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-atttttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgactagcatggagctgtaggagtctaaattggggacacaaatgtt- +-tggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaatctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcagg +gctgtctctaggcttaat---tcc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-tcatttg +gccttaa---atgggattctgtgagaggggat-ccctccattgactgctggactgttctt +tggg-gccttatg--tggtgttt------gcctgtgaggtactcggggtcatttggg-tt 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gene for polyprotein, complete cds, strain: 1403-12190-KagsmP-4HA7 +------------------------------------------------------------ +--------tgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaa-tttccctt---t--ccctgtcc-ttcccctatt-tcct-tttgttttg------- +--------t--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctcaatttttcacgctttctgtc +-t-cc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcgccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaacctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttcaatgaagagatgcc +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactggctctcatccagtggatgcattgagggaattgat-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---ctc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-ctatttg +gccttaa---atgggatcctgtgagagggggt-ccctccattgacagctggactgttctt 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isolate R0A polyprotein gene, complete cds +-----------------------------------------------gtccctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaattttccctt---t--cccttttc-cctttcctat-tccc-tttgttttgtttgtaa +atgttga-t--------------ttgtaaatattgattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------tta-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-a--tttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacacagatgtt- +-tggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaatctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgcc +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcggg +gctgtctttaggcttaat---tcc-agacctctctgtgcttggggcaaa-ca-tcatttg +gccttaa---atgggattctgtgagaggggat-ccctccattgacagctggactgttctt 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genomic RNA, complete genome, isolate: MakassarA07-R18 +----------------ttcaagaggggtttccggagttttc--cggagcccctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaa-tttccctt---t--ccctgtcc-ttaccccctt-cccc-ttcgtttta------- +--------t--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-acctttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcgccttgca-gt------gttaacttggct-ctcatgaacctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgcc +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtgaattgat-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---ctc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-ctatttg +gccttaa---atgggatcctgtgagagggggt-ccctccattgacagctggactgttctt 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gene for polyprotein, complete cds, isolate: HAJTS-SinKan11 +----------------------------------------------------------ga +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaa-tttccctt---t--ccctgtcc-ttcccctatt-cccc-tttgttttg------- +--------g--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-acctttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcgccttgca-gt------gttaacttggct-ctcatgaacctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgcc +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtgaattgat-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---ctc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-tcatttg +gccttaa---atgggatcctgtgagagggggt-ccctccattgacagctggactgttctt 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gene for polyprotein, complete cds, isolate: HA12-0938 +----------------ttcaagaggggtctccggagttttc--cggagcctctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaa-cctccctt---t--ccctgccc-tccccctatt-tccc-tttgttttg------- +--------t--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-cttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-aattttcacgctttctgtc +-t-cc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaacctctttgatct +tccataaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactggctctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---ctc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-ctatttg +gccttaa---atgggatcctgtgagagggggt-ccctccattgacagctggactgttctt 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2000512841-A/1: Simian-human HAV having a chimeric 2C protein +----------------ttcaagaggggtctccgggaatttc--cggagtccctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaattttccctt---t--cccttttc-cctttcctat-tccc-tttgttttg------- +--------c--------------ttgtaaatattaattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------tta-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-atttttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacacagatgtt- +-tggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaatctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgcc +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcagg +gctgtctttaggcttaat---tcc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-tcatttg +gccttaa---atgggattctgtgagaggggat-ccctccattgacagctggactgttctt 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isolate SIM27 polyprotein gene, complete cds +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------------gtaaatattaattcctgcaggttcagg-tctc--- +---------ttg-----------gat-------------------------t-tgttcca +ctttatg-gaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-a--tttcacgctttctgtc +-tgct-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-gggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaagctttttgatct +tccacaagaggtaggctacgggtgaaacctcttaagctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gtt-t--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggacgggctctcatccagtggatgcattaagtggattgtc-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---tcc-tgacctctctgtgcttagggcaaa-ca-aaatttg +gccttaa---atgaggtcctgtgagaggggac-ctcgccattgaatgctggacatttctt 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strain MB-7/4647, complete genome +----------------ttcaagaggggtctccggaggtttc--cggagcccctcttggaa +gtccatggtgagggg--actt--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaa-tttccctt---t--ccctgtcc-ttcccttatt-tccc-tttgttttg------- +--------cttgtaaatattga-ttgtaaatattgattcctgcaggttcagg-gttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------catgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-aattttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ctcatgaacctctttgatct +tccacaaggggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactggctctcatccagtggatgcattgagtggattgat-tgtcagg +gctgtctctaggtttaat---ctcaagacctctctgtgcttagggcaaa-ca-ccatttg +gccttaa---atgggatcctgtgagagggggtcccctccattgacagctggactgttctt 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strain H2K30 polyprotein gene, complete cds +------------------------------------------------------------ +--------tataggg--a-----gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctataggc- +taaattttccctt---t--ccccttcc-cctt----------c-cttgttttg------- +--------a--------------ttgtaaatataaattcctgcaggttcagg-gttcttt +aaattggcattg-----------aat-------------------------t-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-a-ttttcacgctttctgtc +-t-tc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacacagatgtt- +-tggaacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ttcatgaatctctttgatct +tccacaagaggtaggctacgggtgaaacctcttaggctaatacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacca +ttcaacgccggaggactgactctcatccagtggatgcattgagtggattgac-tgtcagg +gctgtctctaggcttaat---tcc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-tcatttg +gccttaa---aaggggttctgtgagaggggat-ccctccattaacagctggactgttctt 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+------------------------------------- +>AY644670.1 |Hepatitis A virus strain SLF88, complete genome +-------------------------------------------------ccctcttggaa +gtccactgtga-ggg--acct--gatacctcaccgccg--tttgcctag-gctttaggc- +t-atttttccctt---t--ccctttcc-cctgttttg----------------------- +------------------------tgtaaatattaattcctgcaggttcagg-tttc--- +---------ttt-----------aat-------------------------c-tgtttct +ctataag-aaca------------------------------------------------ +-------------------------------------ctc-a-ttttcacgctttctgtc +-t-gc-t-t--t-cttccagggctctccccttgccctaggctctggccgttgcgcccggc +ggggtcaactccatgattagcatggagctgtaggagtctaaattggggacgcagatgtt- +-tgggacgtcaccttgca-gt------gttaacttggct-ctcatgaagctctttgatct +tccacaagaggtaggctacgggtgaaacctcttaagctagtacttctatgaagagatgct +ttggatagggtaacagcggcggatattggt-----gagtt--gttaa--gacaaaaacct +ttcaacgccggaggactggctctcatccagtggatgcattgagtggattgtt-tgtcagg +gctgtctctaggcttaat---ctc-agacctctctgtgcttagggcaaa-ca-ctacttg 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Binary files /dev/null and b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/plotdata.json.gz differ diff --git a/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/primertrim.amplicon.bed b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/primertrim.amplicon.bed new file mode 100644 index 0000000..2184254 --- /dev/null +++ b/primerschemes/hav/400/v1.0.0/work/primertrim.amplicon.bed @@ -0,0 +1,23 @@ +NC_001489.1 112 523 ac7ed843_0 1 +NC_001489.1 458 868 ac7ed843_1 2 +NC_001489.1 799 1214 ac7ed843_2 1 +NC_001489.1 1140 1549 ac7ed843_3 2 +NC_001489.1 1496 1872 ac7ed843_4 1 +NC_001489.1 1826 2218 ac7ed843_5 2 +NC_001489.1 2152 2548 ac7ed843_6 1 +NC_001489.1 2420 2816 ac7ed843_7 2 +NC_001489.1 2759 3106 ac7ed843_8 1 +NC_001489.1 3014 3376 ac7ed843_9 2 +NC_001489.1 3314 3714 ac7ed843_10 1 +NC_001489.1 3590 3980 ac7ed843_11 2 +NC_001489.1 3928 4307 ac7ed843_12 1 +NC_001489.1 4256 4664 ac7ed843_13 2 +NC_001489.1 4614 5011 ac7ed843_14 1 +NC_001489.1 4784 5172 ac7ed843_15 2 +NC_001489.1 5125 5518 ac7ed843_16 1 +NC_001489.1 5315 5695 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