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256-tip tree test

git-svn-id: svn://scit.us/dawg/current@742 7e5b8c5c-87e2-0310-a459-8d91125b37d5
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reedacartwright committed Aug 17, 2013
1 parent d0d908f commit 80478ed53d4921012a5b15e9876bd1c4b2e7ac6a
Showing with 24 additions and 0 deletions.
  1. +13 −0 tests/speed-256-gamma.sh
  2. +11 −0 utils/bal256.R
@@ -0,0 +1,13 @@
#!/bin/sh

dawg=$1

${dawg} -o poo:- - <<EOF > /dev/null
Root.Length = 100000
Tree.Tree = "((((((((s0:1,s1:1):1,(s2:1,s3:1):1):1,((s4:1,s5:1):1,(s6:1,s7:1):1):1):1,(((s8:1,s9:1):1,(sA:1,sB:1):1):1,((sC:1,sD:1):1,(sE:1,sF:1):1):1):1):1,((((s10:1,s11:1):1,(s12:1,s13:1):1):1,((s14:1,s15:1):1,(s16:1,s17:1):1):1):1,(((s18:1,s19:1):1,(s1A:1,s1B:1):1):1,((s1C:1,s1D:1):1,(s1E:1,s1F:1):1):1):1):1):1,(((((s20:1,s21:1):1,(s22:1,s23:1):1):1,((s24:1,s25:1):1,(s26:1,s27:1):1):1):1,(((s28:1,s29:1):1,(s2A:1,s2B:1):1):1,((s2C:1,s2D:1):1,(s2E:1,s2F:1):1):1):1):1,((((s30:1,s31:1):1,(s32:1,s33:1):1):1,((s34:1,s35:1):1,(s36:1,s37:1):1):1):1,(((s38:1,s39:1):1,(s3A:1,s3B:1):1):1,((s3C:1,s3D:1):1,(s3E:1,s3F:1):1):1):1):1):1):1,((((((s40:1,s41:1):1,(s42:1,s43:1):1):1,((s44:1,s45:1):1,(s46:1,s47:1):1):1):1,(((s48:1,s49:1):1,(s4A:1,s4B:1):1):1,((s4C:1,s4D:1):1,(s4E:1,s4F:1):1):1):1):1,((((s50:1,s51:1):1,(s52:1,s53:1):1):1,((s54:1,s55:1):1,(s56:1,s57:1):1):1):1,(((s58:1,s59:1):1,(s5A:1,s5B:1):1):1,((s5C:1,s5D:1):1,(s5E:1,s5F:1):1):1):1):1):1,(((((s60:1,s61:1):1,(s62:1,s63:1):1):1,((s64:1,s65:1):1,(s66:1,s67:1):1):1):1,(((s68:1,s69:1):1,(s6A:1,s6B:1):1):1,((s6C:1,s6D:1):1,(s6E:1,s6F:1):1):1):1):1,((((s70:1,s71:1):1,(s72:1,s73:1):1):1,((s74:1,s75:1):1,(s76:1,s77:1):1):1):1,(((s78:1,s79:1):1,(s7A:1,s7B:1):1):1,((s7C:1,s7D:1):1,(s7E:1,s7F:1):1):1):1):1):1):1):1,(((((((s80:1,s81:1):1,(s82:1,s83:1):1):1,((s84:1,s85:1):1,(s86:1,s87:1):1):1):1,(((s88:1,s89:1):1,(s8A:1,s8B:1):1):1,((s8C:1,s8D:1):1,(s8E:1,s8F:1):1):1):1):1,((((s90:1,s91:1):1,(s92:1,s93:1):1):1,((s94:1,s95:1):1,(s96:1,s97:1):1):1):1,(((s98:1,s99:1):1,(s9A:1,s9B:1):1):1,((s9C:1,s9D:1):1,(s9E:1,s9F:1):1):1):1):1):1,(((((sA0:1,sA1:1):1,(sA2:1,sA3:1):1):1,((sA4:1,sA5:1):1,(sA6:1,sA7:1):1):1):1,(((sA8:1,sA9:1):1,(sAA:1,sAB:1):1):1,((sAC:1,sAD:1):1,(sAE:1,sAF:1):1):1):1):1,((((sB0:1,sB1:1):1,(sB2:1,sB3:1):1):1,((sB4:1,sB5:1):1,(sB6:1,sB7:1):1):1):1,(((sB8:1,sB9:1):1,(sBA:1,sBB:1):1):1,((sBC:1,sBD:1):1,(sBE:1,sBF:1):1):1):1):1):1):1,((((((sC0:1,sC1:1):1,(sC2:1,sC3:1):1):1,((sC4:1,sC5:1):1,(sC6:1,sC7:1):1):1):1,(((sC8:1,sC9:1):1,(sCA:1,sCB:1):1):1,((sCC:1,sCD:1):1,(sCE:1,sCF:1):1):1):1):1,((((sD0:1,sD1:1):1,(sD2:1,sD3:1):1):1,((sD4:1,sD5:1):1,(sD6:1,sD7:1):1):1):1,(((sD8:1,sD9:1):1,(sDA:1,sDB:1):1):1,((sDC:1,sDD:1):1,(sDE:1,sDF:1):1):1):1):1):1,(((((sE0:1,sE1:1):1,(sE2:1,sE3:1):1):1,((sE4:1,sE5:1):1,(sE6:1,sE7:1):1):1):1,(((sE8:1,sE9:1):1,(sEA:1,sEB:1):1):1,((sEC:1,sED:1):1,(sEE:1,sEF:1):1):1):1):1,((((sF0:1,sF1:1):1,(sF2:1,sF3:1):1):1,((sF4:1,sF5:1):1,(sF6:1,sF7:1):1):1):1,(((sF8:1,sF9:1):1,(sFA:1,sFB:1):1):1,((sFC:1,sFD:1):1,(sFE:1,sFF:1):1):1):1):1):1):1):1);"
Tree.Scale = 0.1
Sim.Reps = 20
Subst.Rate.Model = gamma
Subst.Rate.Params = 0.5, 0.0, 16
EOF

@@ -0,0 +1,11 @@
s <- sprintf("s%X", 0:255)
while(length(s) > 1) {
x <- seq(1,length(s),2)
s <- sprintf("(%s:1,%s:1)", s[x],s[x+1])
}
s <- sprintf("%s;", s)
f <- file("balanced256.tree")
write(s,f)
close(f)


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