diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index d1468d2..b22565e 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -174,7 +174,7 @@ plot_density(input = alm, source = c("counter_total", "crossref_total", Crossref -```{r} +```{r eval=FALSE} crurl <- "http://alm.labs.crossref.org/api/v5/articles" crkey <- getOption("crossrefalmkey") alm_ids(doi='10.1371/journal.pone.0086859', url = crurl, key = crkey) @@ -202,4 +202,4 @@ alm_ids(doi='10.3897/zookeys.88.807', url = psurl, key = pskey) * License: MIT * Get citation information for `alm` in R doing `citation(package = 'alm')` -[![](http://ropensci.org/public_images/github_footer.png)](http://ropensci.org) +[![rofooter](http://ropensci.org/public_images/github_footer.png)](http://ropensci.org) diff --git a/README.md b/README.md index fc2da8b..a69bd05 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -91,22 +91,22 @@ alm_ids(doi = "10.1371/journal.pone.0029797") ## $data ## .id pdf html readers comments likes total ## 1 citeulike NA NA 1 NA NA 1 -## 2 crossref NA NA NA NA NA 8 +## 2 crossref NA NA NA NA NA 7 ## 3 nature NA NA NA NA NA 4 ## 4 pubmed NA NA NA NA NA 2 -## 5 scopus NA NA NA NA NA 8 -## 6 counter 2524 30801 NA NA NA 33443 +## 5 scopus NA NA NA NA NA 9 +## 6 counter 2550 31308 NA NA NA 33980 ## 7 researchblogging NA NA NA NA NA 1 ## 8 wos NA NA NA NA NA 7 ## 9 pmc 78 534 NA NA NA 612 -## 10 facebook NA NA 149 22 60 231 +## 10 facebook NA NA 150 22 60 232 ## 11 mendeley NA NA 80 NA NA 80 ## 12 twitter NA NA NA 12 NA 12 -## 13 wikipedia NA NA NA NA NA 50 +## 13 wikipedia NA NA NA NA NA 49 ## 14 scienceseeker NA NA NA NA NA 0 ## 15 relativemetric NA NA NA NA NA 157436 ## 16 f1000 NA NA NA NA NA 0 -## 17 figshare 0 21 NA NA 0 21 +## 17 figshare 0 25 NA NA 0 25 ## 18 pmceurope NA NA NA NA NA 4 ## 19 pmceuropedata NA NA NA NA NA 49 ## 20 openedition NA NA NA NA NA 0 @@ -117,6 +117,7 @@ alm_ids(doi = "10.1371/journal.pone.0029797") ## 25 articlecoverage NA NA NA 0 NA 0 ## 26 articlecoveragecurated NA NA NA 0 NA 0 ## 27 plos_comments NA NA NA 11 NA 16 +## 28 orcid NA NA 0 NA NA 0 ``` ### Details for a single DOI @@ -134,40 +135,42 @@ alm_ids(doi = "10.1371/journal.pone.0029797", info = "detail") ## ## $data ## $data$info -## doi -## 1 10.1371/journal.pone.0029797 +## id +## 1 doi/10.1371/journal.pone.0029797 ## title ## 1 Ecological Guild Evolution and the Discovery of the World's Smallest Vertebrate -## canonical_url -## 1 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0029797 -## pmid pmcid mendeley_uuid -## 1 22253785 3256195 897fbbd6-5a23-3552-8077-97251b82c1e1 -## update_date issued -## 1 2014-11-12T21:41:48Z 2012-01-11 +## publisher_id doi +## 1 340 10.1371/journal.pone.0029797 +## canonical_url +## 1 http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0029797 +## pmid pmcid scp wos update_date +## 1 22253785 3256195 84855712734 000301355700052 2015-01-06T19:10:32Z +## issued +## 1 2012-01-11 ## ## $data$signposts ## doi viewed saved discussed cited -## 1 10.1371/journal.pone.0029797 34055 81 243 8 +## 1 10.1371/journal.pone.0029797 34592 81 244 9 ## ## $data$totals ## .id pdf html readers comments likes total ## 1 citeulike NA NA 1 NA NA 1 -## 2 crossref NA NA NA NA NA 8 +## 2 crossref NA NA NA NA NA 7 ## 3 nature NA NA NA NA NA 4 ## 4 pubmed NA NA NA NA NA 2 -## 5 scopus NA NA NA NA NA 8 -## 6 counter 2524 30801 NA NA NA 33443 +## 5 scopus NA NA NA NA NA 9 +## 6 counter 2550 31308 NA NA NA 33980 ## 7 researchblogging NA NA NA NA NA 1 ## 8 wos NA NA NA NA NA 7 ## 9 pmc 78 534 NA NA NA 612 -## 10 facebook NA NA 149 22 60 231 +## 10 facebook NA NA 150 22 60 232 ## 11 mendeley NA NA 80 NA NA 80 ## 12 twitter NA NA NA 12 NA 12 -## 13 wikipedia NA NA NA NA NA 50 +## 13 wikipedia NA NA NA NA NA 49 ## 14 scienceseeker NA NA NA NA NA 0 ## 15 relativemetric NA NA NA NA NA 157436 ## 16 f1000 NA NA NA NA NA 0 -## 17 figshare 0 21 NA NA 0 21 +## 17 figshare 0 25 NA NA 0 25 ## 18 pmceurope NA NA NA NA NA 4 ## 19 pmceuropedata NA NA NA NA NA 49 ## 20 openedition NA NA NA NA NA 0 @@ -178,6 +181,7 @@ alm_ids(doi = "10.1371/journal.pone.0029797", info = "detail") ## 25 articlecoverage NA NA NA 0 NA 0 ## 26 articlecoveragecurated NA NA NA 0 NA 0 ## 27 plos_comments NA NA NA 11 NA 16 +## 28 orcid NA NA 0 NA NA 0 ## ## $data$sum_metrics ## .id year month day total X[[1L]] @@ -268,7 +272,7 @@ names(out) # names of sources ## [7] "researchblogging" "pmc" "facebook" ## [10] "mendeley" "twitter" "wikipedia" ## [13] "relativemetric" "figshare" "pmceuropedata" -## [16] "plos_comments" +## [16] "plos_comments" "orcid" ``` @@ -435,27 +439,6 @@ crkey <- getOption("crossrefalmkey") alm_ids(doi='10.1371/journal.pone.0086859', url = crurl, key = crkey) ``` -``` -## $meta -## total total_pages page error -## 1 1 1 1 NA -## -## $data -## .id pdf html readers comments likes total -## 1 crossref NA NA NA NA NA 0 -## 2 mendeley NA NA NA NA NA 0 -## 3 facebook NA NA NA NA NA 0 -## 4 pmc NA NA NA NA NA 0 -## 5 citeulike NA NA NA NA NA 0 -## 6 pubmed NA NA NA NA NA 0 -## 7 wordpress NA NA NA NA NA 0 -## 8 reddit NA NA NA NA NA 0 -## 9 wikipedia NA NA NA NA NA 2 -## 10 datacite NA NA NA NA NA 0 -## 11 pmceurope NA NA NA NA NA 0 -## 12 pmceuropedata NA NA NA NA NA 0 -``` - eLife @@ -472,19 +455,19 @@ alm_ids(doi='10.7554/eLife.00471', url = elifeurl, key = elifekey) ## ## $data ## .id pdf html shares groups comments likes citations total -## 1 pmc 337 884 NA NA NA NA NA 1221 -## 2 crossref NA NA NA NA NA NA 139 139 -## 3 scopus NA NA NA NA NA NA 138 138 +## 1 pmc 485 1109 NA NA NA NA NA 1594 +## 2 crossref NA NA NA NA NA NA 154 154 +## 3 scopus NA NA NA NA NA NA 149 149 ## 4 facebook NA NA 3 NA 0 0 NA 3 ## 5 mendeley NA NA 454 0 NA NA NA 454 ## 6 twitter_search NA NA NA NA 0 NA NA 0 ## 7 citeulike NA NA 1 NA NA NA NA 1 -## 8 pubmed NA NA NA NA NA NA 80 80 +## 8 pubmed NA NA NA NA NA NA 96 96 ## 9 wordpress NA NA NA NA NA NA 0 0 ## 10 reddit NA NA NA NA 0 0 NA 0 -## 11 wikipedia NA NA NA NA NA NA 0 0 +## 11 wikipedia NA NA NA NA NA NA 1 1 ## 12 datacite NA NA NA NA NA NA 0 0 -## 13 pmceurope NA NA NA NA NA NA 135 135 +## 13 pmceurope NA NA NA NA NA NA 144 144 ## 14 pmceuropedata NA NA NA NA NA NA 1 1 ## 15 scienceseeker NA NA NA NA NA NA 0 0 ## 16 nature NA NA NA NA NA NA 0 0 @@ -515,23 +498,23 @@ alm_ids(doi='10.3897/zookeys.88.807', url = psurl, key = pskey) ## $data ## .id pdf html readers comments likes total ## 1 facebook NA NA NA NA NA 0 -## 2 copernicus 0 0 NA NA NA 0 -## 3 wikipedia NA NA NA NA NA 136 -## 4 nature NA NA NA NA NA 0 -## 5 citeulike NA NA 1 NA NA 1 -## 6 crossref NA NA NA NA NA 81 -## 7 datacite NA NA NA NA NA 0 -## 8 pmceuropedata NA NA NA NA NA 0 -## 9 pubmed NA NA NA NA NA 51 -## 10 f1000 NA NA NA NA NA 0 -## 11 scopus NA NA NA NA NA 176 -## 12 figshare NA NA NA NA NA 0 -## 13 counter NA NA NA NA NA 0 -## 14 mendeley NA NA 123 NA NA 123 -## 15 reddit NA NA NA 0 0 0 -## 16 twitter_search NA NA NA 0 NA 0 -## 17 wordpress NA NA NA NA NA 0 -## 18 pmceurope NA NA NA NA NA 52 +## 2 citeulike NA NA 1 NA NA 1 +## 3 mendeley NA NA 123 NA NA 123 +## 4 wikipedia NA NA NA NA NA 136 +## 5 datacite NA NA NA NA NA 0 +## 6 copernicus 0 0 NA NA NA 0 +## 7 nature NA NA NA NA NA 0 +## 8 f1000 NA NA NA NA NA 0 +## 9 pmceuropedata NA NA NA NA NA 0 +## 10 figshare NA NA NA NA NA 0 +## 11 counter NA NA NA NA NA 0 +## 12 crossref NA NA NA NA NA 81 +## 13 reddit NA NA NA 0 0 0 +## 14 twitter_search NA NA NA 0 NA 0 +## 15 wordpress NA NA NA NA NA 0 +## 16 scopus NA NA NA NA NA 176 +## 17 pmceurope NA NA NA NA NA 52 +## 18 pubmed NA NA NA NA NA 51 ``` ## Meta @@ -540,4 +523,4 @@ alm_ids(doi='10.3897/zookeys.88.807', url = psurl, key = pskey) * License: MIT * Get citation information for `alm` in R doing `citation(package = 'alm')` -[![](http://ropensci.org/public_images/github_footer.png)](http://ropensci.org) +[![rofooter](http://ropensci.org/public_images/github_footer.png)](http://ropensci.org) diff --git a/inst/assets/img/unnamed-chunk-11-1.png b/inst/assets/img/unnamed-chunk-11-1.png index a7918d6..5b9dfc4 100644 Binary files a/inst/assets/img/unnamed-chunk-11-1.png and b/inst/assets/img/unnamed-chunk-11-1.png differ diff --git a/inst/assets/img/unnamed-chunk-15-1.png b/inst/assets/img/unnamed-chunk-15-1.png index 3b7ddd3..afd306d 100644 Binary files a/inst/assets/img/unnamed-chunk-15-1.png and b/inst/assets/img/unnamed-chunk-15-1.png differ diff --git a/inst/assets/img/unnamed-chunk-16-1.png b/inst/assets/img/unnamed-chunk-16-1.png index ae8142b..53b52d0 100644 Binary files a/inst/assets/img/unnamed-chunk-16-1.png and b/inst/assets/img/unnamed-chunk-16-1.png differ