translation_tables.h

// ==========================================================================
//                 SeqAn - The Library for Sequence Analysis
// ==========================================================================
// Copyright (c) 2006-2024, Knut Reinert, FU Berlin
// All rights reserved.
//
// Redistribution and use in source and binary forms, with or without
// modification, are permitted provided that the following conditions are met:
//
//     * Redistributions of source code must retain the above copyright
//       notice, this list of conditions and the following disclaimer.
//     * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
//       notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
//       documentation and/or other materials provided with the distribution.
//     * Neither the name of Knut Reinert or the FU Berlin nor the names of
//       its contributors may be used to endorse or promote products derived
//       from this software without specific prior written permission.
//
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL KNUT REINERT OR THE FU BERLIN BE LIABLE
// FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
// DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
// SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
// CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
// LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
// OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
// DAMAGE.
//
// ==========================================================================
// Author: Hannes Hauswedell <hauswedell@mi.fu-berlin.de>
// ==========================================================================
// Code for Dna(5) to AminoAcid Translation - Conversion Tables
// ==========================================================================

#ifndef INCLUDE_SEQAN_TRANSLATION_TRANSLATION_TABLES_H_
#define INCLUDE_SEQAN_TRANSLATION_TRANSLATION_TABLES_H_

namespace seqan2 {

// ============================================================================
// Forwards
// ============================================================================

// ============================================================================
// Tags, Classes, Enums
// ============================================================================

/*!
 * @enum GeneticCodeSpec GeneticCode Specs
 * @brief Specialization values for @link GeneticCode @endlink
 * @headerfile <seqan/translation.h>
 *
 * @signature enum class  GeneticCodeSpec : uint8_t { ...};
 *
 * @see translate
 * @see GeneticCode
 *
 * The numeric values of the enums correspond to the genbank transl_table values
 * (see <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi</a>).
 * Some genetic codes have been deprecated, so not all numeric values are available.
 *
 * Please not that this is part of the translation module which requires C++11.
 *
 * @val GeneticCodeSpec CANONICAL = 1
 * @brief The Standard Genetic Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec VERT_MITOCHONDRIAL = 2
 * @brief The Vertebrate Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec YEAST_MITOCHONDRIAL = 3
 * @brief The Yeast Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec MOLD_MITOCHONDRIAL = 4
 * @brief The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec INVERT_MITOCHONDRIAL = 5
 * @brief The Invertebrate Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec CILIATE = 6
 * @brief The CILIATE, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec FLATWORM_MITOCHONDRIAL = 9
 * @brief The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec EUPLOTID = 10
 * @brief The EUPLOTID Nuclear Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec PROKARYOTE = 11
 * @brief The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec ALT_YEAST = 12
 * @brief The Alternative Yeast Nuclear Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL = 13
 * @brief The Ascidian Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec ALT_FLATWORM_MITOCHONDRIAL = 14
 * @brief The Alternative Flatworm Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec BLEPHARISMA = 15
 * @brief BLEPHARISMA Nuclear Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec CHLOROPHYCEAN_MITOCHONDRIAL = 16
 * @brief Chlorophycean Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec TREMATODE_MITOCHONDRIAL = 21
 * @brief Trematode Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec SCENEDESMUS_MITOCHONDRIAL = 22
 * @brief Scenedesmus obliquus mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec THRAUSTOCHYTRIUM_MITOCHONDRIAL = 23
 * @brief Thraustochytrium Mitochondrial Code
 *
 * @val GeneticCodeSpec PTEROBRANCHIA_MITOCHONDRIAL = 24
 * @brief Pterobranchia mitochondrial code
 *
 * @val GeneticCodeSpec GRACILIBACTERIA = 25
 * @brief Candidate Division SR1 and GRACILIBACTERIA Code
 */

enum GeneticCodeSpec
{
    CANONICAL=1,
    VERT_MITOCHONDRIAL,
    YEAST_MITOCHONDRIAL,
    MOLD_MITOCHONDRIAL,
    INVERT_MITOCHONDRIAL,
    CILIATE,
    FLATWORM_MITOCHONDRIAL = 9,
    EUPLOTID,
    PROKARYOTE,
    ALT_YEAST,
    ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL,
    ALT_FLATWORM_MITOCHONDRIAL,
    BLEPHARISMA,
    CHLOROPHYCEAN_MITOCHONDRIAL,
    TREMATODE_MITOCHONDRIAL = 21,
    SCENEDESMUS_MITOCHONDRIAL,
    THRAUSTOCHYTRIUM_MITOCHONDRIAL,
    PTEROBRANCHIA_MITOCHONDRIAL,
    GRACILIBACTERIA
};
// ALERT When modifying the above, also adapt GeneticCodes_ appropriately

// -----------------------------------------------------------------------
// Tag GeneticCode
// -----------------------------------------------------------------------

/*!
 * @tag GeneticCode
 * @brief DNA/RNA to AminoAcid translation code, needs to be spec'ed by one of @link GeneticCodeSpec @endlink.
 * @headerfile <seqan/translation.h>
 * @signature GeneticCode<value>
 *
 * @see translate
 * @see GeneticCodeSpec
 *
 */

template <GeneticCodeSpec spec = CANONICAL>
struct GeneticCode
{};

// -----------------------------------------------------------------------
// TagList GeneticCodes_
// -----------------------------------------------------------------------

typedef TagList<GeneticCode<CANONICAL>,
        TagList<GeneticCode<VERT_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<YEAST_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<MOLD_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<INVERT_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<CILIATE>,
        TagList<GeneticCode<FLATWORM_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<EUPLOTID>,
        TagList<GeneticCode<PROKARYOTE>,
        TagList<GeneticCode<ALT_YEAST>,
        TagList<GeneticCode<ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<ALT_FLATWORM_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<BLEPHARISMA>,
        TagList<GeneticCode<CHLOROPHYCEAN_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<TREMATODE_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<SCENEDESMUS_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<THRAUSTOCHYTRIUM_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<PTEROBRANCHIA_MITOCHONDRIAL>,
        TagList<GeneticCode<GRACILIBACTERIA>
        > > > > > > > > > > > > > > > > > > >  GeneticCodes_;

// -----------------------------------------------------------------------
// struct TranslateTableDnaToAminoAcid_
// -----------------------------------------------------------------------

template <typename TCodeSpec = GeneticCode<CANONICAL>,
          typename TVoidSpec = void>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

/* Tables according to:
 * https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
 */

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<CANONICAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        CANONICAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<VERT_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        VERT_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE [4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { '*', 'S', '*', 'S' }, // ag?
        { 'M', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<YEAST_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        YEAST_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'M', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<MOLD_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        MOLD_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<INVERT_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        INVERT_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // ag?
        { 'M', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<CILIATE>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        CILIATE>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { 'Q', 'Y', 'Q', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<FLATWORM_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        FLATWORM_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'N', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<EUPLOTID>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        EUPLOTID>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'C', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<PROKARYOTE>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        PROKARYOTE>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<ALT_YEAST>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        ALT_YEAST>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'S', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'G', 'S', 'G', 'S' }, // ag?
        { 'M', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<ALT_FLATWORM_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        ALT_FLATWORM_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'N', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { 'Y', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<BLEPHARISMA>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        BLEPHARISMA>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', 'Q', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<CHLOROPHYCEAN_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        CHLOROPHYCEAN_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', 'L', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<TREMATODE_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        TREMATODE_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'N', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // ag?
        { 'M', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<SCENEDESMUS_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        SCENEDESMUS_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', 'L', 'Y' }, // ua?
        { '*', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<THRAUSTOCHYTRIUM_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        THRAUSTOCHYTRIUM_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { '*', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { '*', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<PTEROBRANCHIA_MITOCHONDRIAL>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        PTEROBRANCHIA_MITOCHONDRIAL>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'S', 'S', 'K', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'W', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

template <typename TVoidSpec>
struct TranslateTableDnaToAminoAcid_<GeneticCode<GRACILIBACTERIA>,
                                     TVoidSpec>
{
    static char const VALUE[4][4][4];
};

template <typename TVoidSpec>
char const TranslateTableDnaToAminoAcid_<
    GeneticCode<
        GRACILIBACTERIA>, TVoidSpec>::VALUE[4][4][4] =
{
    { // a??
        { 'K', 'N', 'K', 'N' }, // aa?
        { 'T', 'T', 'T', 'T' }, // ac?
        { 'R', 'S', 'R', 'S' }, // ag?
        { 'I', 'I', 'M', 'I' }  // au?
    }, { // c??
        { 'Q', 'H', 'Q', 'H' }, // ca?
        { 'P', 'P', 'P', 'P' }, // cc?
        { 'R', 'R', 'R', 'R' }, // cg?
        { 'L', 'L', 'L', 'L' }  // cu?
    }, { // g??
        { 'E', 'D', 'E', 'D' }, // ga?
        { 'A', 'A', 'A', 'A' }, // gc?
        { 'G', 'G', 'G', 'G' }, // gg?
        { 'V', 'V', 'V', 'V' }  // gu?
    }, { // u??
        { '*', 'Y', '*', 'Y' }, // ua?
        { 'S', 'S', 'S', 'S' }, // uc?
        { 'G', 'C', 'W', 'C' }, // ug?
        { 'L', 'F', 'L', 'F' }  // uu?
    }
    //     a    c    g    u
};

}

#endif // INCLUDE_SEQAN_TRANSLATION_TRANSLATION_TABLES_H_