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Repository for teachers' notebooks during the lessons of graduate school Orléans numeric cheminformatics.
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Plan des cours GSON

Organisation sur 20h des cours chimie informatique sous python :

TP : salle (011), Il y aura 21 étudiants. Cette année, nous nous basons sur le cours Teach Open CADD en gardant quelques éléments du cours GSON de 2019.

Lundi 13 janvier de 8h-12h

  • Introduction

    • Slides Introduction aux cours GSON et à la Chémoinformatique (30 min) PYL
    • Slides Introduction anaconda, python, jupyter (30 min) GP
    • Talktorial Introductif 1 Intro Python, jupyter (40 min) GP
    • Talktorial Introductif 2 Intro chemoinfo - RDKit + notebooks 2 et 3 (1h20) GP
    • Talktorial Introductif 3 Molecule set and similarity (facultatif) GP

Lundi 13 janvier de 13h30-17h30

  • Data Acquisition (1h45-2h)

    • Talktorial 1 Data acquisition from ChEMBL + notebook 5 GP
  • Filtering (1h45-2h)

    • Descripteurs: PM, donneur, accepteur H etc ... (15 min) PYL
    • Univarié multivarié, ACP (45 min) PYL
    • Talktorial 2 Molecular filtering: ADME/Lipinski criteria (1h) PYL

Mardi 14 janvier 13h30-17h30

  • Filtering

    • Talktorial 3 Substructure removal : PAINS (1h45) PYL
  • Ligand based Screening

    • Talktorial 4 Fingerprints and Molecular Similarity (2h) GP
      • Slides 6_1 fingerprints and 6_2 tanimoto, similarity substructure
      • Notebook 6 fingerprint_RDKit

Mercredi 15 janvier 13h30-17h30

  • Clustering

    • Talktorial 5 fusionné avec le 6 : Compound clustering + MCS (pour illustration) (2h) GP
  • Machine Learning

    • Slides machine learning (?)
    • Talktorial 7 Machine Learning (ROC curve) PYL

Jeudi 16 janvier 13h30-17h30

  • Fin des cours précédents (2h)
  • Examen (2h)
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