diff --git a/lib/bio/gadget/fq1l.rb b/lib/bio/gadget/fq1l.rb
index ae361c3..7c6dc66 100644
--- a/lib/bio/gadget/fq1l.rb
+++ b/lib/bio/gadget/fq1l.rb
@@ -135,7 +135,7 @@ def trim_3end(sequence)
           end
         ensure
           File.unlink(fifo) if File.exist?(fifo)
-          File.unlink(tmpfile) if File.exist?(tmpfile)
+          File.unlink(tmpfile) if File.exist?(tmpfile) && !options.key?(:trimmed)
         end
       end