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### This is a config-file for PyRod. Please do not modify the original      ###
### version. Create and change a new copy for each run to avoid errors.     ###
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[directory]
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###   Section for defining the path to the output directory. If no path is  ###
### specified, the output will be saved in a directory named pyrod in the   ###
### current working directory.                                              ###
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directory: /home/praveenak/Desktop/Multi/Rv0827c/out

[trajectory analysis parameters]
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###   Section for defining parameters for trajectory analysis. The          ###
### parameters for center and edge lengths (in Angstrom) of the grid can be ###
### determined by using test_grid.cfg. First frame, last frame and step     ###
### size parameters can be used to specify the part of the trajectories to  ###
### analyze. If all three parameters are empty, trajectories will be        ###
### analyzed from beginning to end. Important metals can be specified       ###
### comma-separated as named in the topology file (e.g. FE). By default all ###
### available map formats are written. Multi processing is supported.       ###
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center:        -3,  4,  -5
edge lengths: 34, 42, 30
topology: /home/praveenak/Desktop/Multi/Rv0827c/Rv0827c_tip4pew_1904.pdb
trajectories: /home/praveenak/Desktop/Multi/Rv0827c/Rv0827c_recenter.dcd 
first frame: 1001
last frame:
step size:
metal names:
map formats: cns, xplor, kont
number of processes: 8

[exclusion volume parameters]
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###   Section for defining parameters for exclusion volume generation based ###
### on dmifs. All grid points smaller than shape cutoff will be considered  ###
### for exclusion volume generation. The restrictive parameter can be set   ###
### true to generate a more dense exclusion volume coat.                    ###
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shape cutoff: 1
restrictive: true

[feature parameters]
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###   Section for defining parameters for feature generation based on       ###
### dmifs. Specify the number of features to be generated per feature type. ###
### Multi processing is supported.                                          ###
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number of processes: 8
features per feature type: 20

[pharmacophore parameters]
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###   Section for defining parameters for pharmacophore generation based on ###
### exclusion volumes and features generated above. Currently, pml          ###
### (LigandScout) and pdb like pharmacophores can be saved.                 ###
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pharmacophore formats: pdb, pml