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单样本DNB网络的并行软件核心算法

测试结果:

1.对于 liver_case_data.txt 数据集

  • 具体的数据集描述:
    • 10729 个特征
    • 5个 sample
    • 5个 采样时间点
  • 采用单进程 运行时间为: 5210.847s
  • 运行多进程 运行时间为: 490.355s
  • 找到的 DNB 分子在五个不同的采样时间点的 CI 值为:

1.61408450851158, 0.048698477853231725, 183.35632335971232, 0.21660262851530532, 0.2537024692682498

多样本样本DNB网络的并行软件核心算法

  1. 写了两个软件(只要修改配置文件就可以运行),分别对应于有控制组的查找和无控制组的查找。
  2. 多进程优化,根据实验测得的结果,至少有10倍的提升,如果机器的核数更多,则优化的结果更好,为大数据集的计算提供了方便。
  3. 根据软件测得的数据显示,DNB子网的存在很明显,在两个数据集中都显示出较大的突变。

测试结果:

  1. 对于 liver_case_data.txt 数据集
  • 具体的数据集描述:
    • 10729 个特征
    • 5个 sample
    • 5个 采样时间点
  • 采用单进程 运行时间为: 2210.847s
  • 运行多进程 运行时间为: 244.355s
  • 找到的 DNB 分子在五个不同的采样时间点的 CI 值为:

0.35883081250218973, 1.7131192380251437, 1.5796586827518977, 95.860459889094926, 9.8820995875867403

  1. 对于 GSE64538_case_data.txt 数据集
  • 具体的数据集描述
    • 30246 个特征
    • 3个 sample
    • 4个 采样时间点
  • 多进程运行时间 using time: 2458.0296s
  • 找到的 DNB 在五个不同的采样时间点的 CI 值为:

0.75463542729576127, 116.21874716665505, 0.61741229946992371, 1.2609393741583383

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