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GO.step04.extract_maf_records
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# GO.step04.extract_maf_records
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# CC-BY Lee Edsall
# email: le49@duke.edu
# Twitter: @LeeEdsall
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# This script was used to analyze data for Edsall et al. 2019 which compared DNase-seq data from 5 primates (human, chimpanzee, gorilla, orangutan, macaque)
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echo ""
echo "==============================================================================================================================================="
echo "STARTED"
date
echo "==============================================================================================================================================="
echo ""
echo ""
echo "==============================================================================================================================================="
echo "Extracting maf records for the DHS sites"
echo "==============================================================================================================================================="
echo ""
~/bin/mafsInRegion all_DHS_sites.before_coverage_filter.bed all_DHS_sites.before_coverage_filter.maf ~/reference_files/ucsc/HCGOM.maf
echo ""
echo "Output is located in all_DHS_sites.before_coverage_filter.maf"
echo ""
echo ""
echo "==============================================================================================================================================="
echo "FINISHED"
date
echo "==============================================================================================================================================="
echo ""