Mention somewhere that multiallelic variants need to be expanded with bcftools norm --multiallelics +both if you want to remove overlaps with bcftools +remove-overlaps

[ghuls]

Mention somewhere that multiallelic variants need to be expanded with e.g. bcftools norm --multiallelics +both, if you want to remove overlaps with bcftools +remove-overlaps.

An entry that contain multiple mutations does not seem to be considered as an overlapping one by bcftools +remove-overlaps.

❯  bcftools view -H test_norm.vcf
chr1    29291   .       C       T,G,A   10.85   PASS    F;AN=2;AC=4,3,4 GT:GQ:DP:AF     ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.     ./.:.:.:.        ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.      ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.     ./.:.:.:.        ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.      ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.     ./.:.:.:.        ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.      ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.     ./.:.:.:.        ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.      ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.     ./.:.:.:.        ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./3:.:.:.       ./.:.:.:.       ./1:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.      ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./2:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./3:.:.:.       ./.:.:.:.       0/1:10:6:0.3333 ./.:.:.:.       ./1:.:.:.     ./1:.:.:.        ./2:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./2:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./3:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./.:.:.:.       ./3:.:.:.
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# After collapsing all multiallelic positions, none get removed.
❯  bcftools view test_norm.vcf | bcftools norm --multiallelics +both | bcftools +remove-overlaps -d | bcftools view -H
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