任务挑战赛-【赛题解读】T2：实现工作流运行任务监控

[yifanchen90]

背景介绍

生物信息学是一个快速发展的领域，其中涉及大量的数据处理和分析。在生物信息学中，流程任务监控是非常重要的，因为它可以帮助研究人员了解数据处理的状态和进度，及时发现和解决问题。Prometheus是一个开源的监控系统，它可以帮助我们实现生物信息流程任务的监控。本次生物信息开发大赛的主题是借助Prometheus开源监控实现生物信息流程任务监控的开发。参赛者需要熟悉Prometheus的基本原理和使用方法，了解生物信息学的流程任务，并能够将两者结合起来，实现对生物信息流程任务的监控。
Bio-OS开源创新大赛分为两种类型，分别为开发类和工具类，其中开发类赛题主要面向具备IT开发和工程化能力的参赛选手，对于本赛题来说，熟悉Go语言开发、Prometheus开源监控实现、Cromwell运行机制等，可以尝试本赛题。

任务介绍

本次生物信息开发大赛的主题是借助 Prometheus 开源监控实现生物信息流程任务监控的开发。该赛题要求参赛团队基于Bio-OS开源项目https://github.com/Bio-OS/bioos
实现Bio-OS平台中工作流任务运行监控能力。参赛者需要完成以下任务：

1. 熟悉 Prometheus 的基本原理和使用方法，掌握其数据采集、存储和查询等功能。
2. 了解生物信息学的流程任务，包括数据处理、分析和可视化等环节，明确监控的指标，如任务资源利用率（CPU/内存/磁盘）、任务开始结束时间等。
3. 设计一个生物信息学流程任务的监控方案，包括监控的指标、采集数据的方式、数据存储的方式等。
4. 实现监控方案，包括编写 Prometheus 的配置文件、编写 exporter 程序、编写 Prometheus 的查询语句等。
5. 展示监控的效果，包括生成各种图表和报表，展示监控的数据和状态等。

提交内容

请将以下提交内容发送到邮箱: bioosopensource@163.com
提交内容

1. 一个名称为"生信挑战-T4-队伍名称"的md或word文件
   （示例文档https://github.com/Bio-OS/bioos/blob/main/docs/static/%E6%96%B9%E6%A1%88%E8%AE%BE%E8%AE%A1%E6%A8%A1%E7%89%88.doc仅作为参考，非必须参照）

• 对整体流程规范扩展的方案设计介绍
• 扩展的工作流功能使用说明
• 包含一个视频链接（如上传到B站或其他网站，附上链接，如视频不大也可以直接发送邮箱）

2. 将源代码提交PR到https://github.com/Bio-OS/bioos中

评分标准

本次比赛的评分标准包括以下几个方面：

1. 难度基础分（权重10%）

• T1：Notebook插件可视化工具集成 --难度基础分6分
• T2：实现工作流运行任务监控 -- 难度基础分8分
• T3：命令行工具实现Bio-OS Notebook使用 -- 难度基础分8分
• T4：Bio-OS流程规范扩展 -- 难度基础分 10分

2. 工具数量：工具的数量，数量越多，评分越高，超过4个工具后此项可得满分 （权重20%）
3. Demo效果：DEMO效果展示，Demo视频中可尽量展示完整的功能以及监控效果。（权重20%）
4. 代码实现：通过提交的源代码进行code review，将从代码质量、可维护性、可读性多个维度进行评分。（权重30%）

• 代码质量：是否正确的实现了预期功能和需求，是否处理了预期的错误情况并提供了清晰地错误消息和处理方式，是否考虑可配置参数
• 可维护性：是否易于修改和维护，包括代码的模块化程度、复用性，是否易于扩展
• 可读性：代码是否易于阅读和理解，包括变量名、函数名、注释等命名是否清晰，代码结构是否合理

5. 文档编写（20%）

• 内容准确性：是否准确、完整、清晰的表达了所需信息
• 文档可读性：文档的结构是否合理，逻辑清晰，是否易于阅读和理解，是否使用了恰当的图表和图片等