Anaconda的安装及conda的使用

[Qingquan-Li]

开发环境：

• macOS Sierra 版本 10.12.6
• Python

一、安装Anaconda

Anaconda 是一个包管理器，一个环境管理器，一个 Python／R 数据科学发行版（平台），以及超过 1500 多个开源软件包（anaconda-2019.03-py37_0）的集合。

Anaconda 包含 1500多个 Python／R 数据科学包（data science packages）。使用 Conda 管理库（libraries），依赖项（dependencies）和环境（environments）。

可以简单理解为：Anaconda 是自带很多软件包的 Python 发行版，Conda 是包管理器（类似 pip ）。

Miniconda（Miniconda is a free minimal installer for conda.）官网下载：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

1. 安装Anaconda

安装 Anaconda ，使用图形化（非命令行）界面安装即可，也是官方推荐的安装方式。

2. 验证安装

• 输入如下命令。如果Anaconda已安装并正常工作，则会显示已安装软件包及其版本的列表。conda list （新建或重启终端后， conda 才会生效。）
• 输入命令python。此命令运行Python shell。如果安装并运行Anaconda，它启动时显示的版本信息将包括“Anaconda”。要退出Python shell，请输入命令quit()。
• 使用命令打开Anaconda Navigator anaconda-navigator。如果Anaconda安装正确，将打开图形程序Anaconda Navigator。

3. bash／zsh 切换

• bash 切换到 zsh （一般要新建或重启终端后才生效）：

  • (base) fatli@fatli:~$ chsh -s /bin/zsh

• zsh 切换到 bash （前提是已经安装zsh，一般要新建或重启终端后才生效）：

  • ➜ /Users/fatli > chsh -s /bin/bash

• ~ 目录是你当前的用户目录（ /Users/username ），这里是 /Users/fatli 。

• / 目录是根目录。根目录是 Uers 目录的上一级目录。

bash

三项验证成功。

(base) fatli@fatli:~$ conda list
# packages in environment at /anaconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_ipyw_jlab_nb_ext_conf    0.1.0                    py37_0
alabaster                 0.7.12                   py37_0
# 省略……

(base) fatli@fatli:~$ python
Python 3.7.3 (default, Mar 27 2019, 16:54:48)
[Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()

(base) fatli@fatli:~$ anaconda-navigator
/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/anaconda_navigator/api/conda_api.py:1364: YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.
# 省略……

zsh

三项验证都失败。

➜  /Users/fatli > conda list
zsh: command not found: conda
➜  /Users/fatli > python
Python 2.7.10 (default, Feb  7 2017, 00:08:15)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 8.0.0 (clang-800.0.34)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()
➜  /Users/fatli > anaconda-navigator
zsh: command not found: anaconda-navigator

➜  /Users/fatli > export PATH="/anaconda3/bin:$PATH"
# 导入Anaconda路径后，3项验证成功。然而每次新建终端（zsh模式下）都要导入一次。

原因：安装 Anaconda 时，默认将 Anaconda 的 bin 路径安装到 bash 模式下，可见 ~/.bash_profile 文件。

zsh模式下，不能验证 Anaconda 的解决方案：在 ~/.zshrc 文件下添加 Anaconda 路径：

export PATH="/anaconda3/bin:$PATH"

此时可能：conda will not modify your shell scripts at all. In order to initialize after the installation process is done, first run source<path to conda>/bin/activate and then run conda init.

附：(base)出现在Terminal提示符前

完成以上配置后，(base) 可能会默认出现在 Terminal 命令提示符前，如下：

(base) ➜  /Users/fatli >

这有可能是因为 auto_activate_base 被设置为 True 导致的，可以通过以下命令查看并进行修改：

(base) ➜  /Users/fatli > conda config --show | grep auto_activate_base
auto_activate_base: True
(base) ➜  /Users/fatli > conda config --set auto_activate_base False
(base) ➜  /Users/fatli > conda config --show | grep auto_activate_base
auto_activate_base: False

此时重新打开 Terminal ，命令提示符前的 (base) 便会消失。

二、conda管理环境

Conda 是一个开源包管理系统和环境管理系统，可在 Windows，macOS 和 Linux 上运行。Conda 可以快速安装，运行和更新软件包及其依赖项。Conda 可以轻松地在本地计算机上的环境之间创建，保存，加载和切换。它是为 Python 程序创建的，但它可以为任何语言打包和分发软件。

Anaconda 包含 1500+ 的 Python / R 数据科学包。这些包一部分已经内置安装，如 beautifulsoup4 ；一部分需要 $ conda install PACKAGENAME 手动安装，如 Scrapy 。

Tip: You can abbreviate many frequently used command options that are preceded by 2 dashes (--) to just 1 dash and the first letter of the option. So --name and -n are the same, and --envs and -e are the same.

参考：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html

# 创建环境
# myenv为新环境的名称
conda create --name myenv
# 此操作新建一个干净的环境，不会安装任何包，环境中Python版本同系统Python版本(不推荐)
# 安装指定Python版本的环境（推荐）：
conda create --name py36_env python=3.6

# 激活环境
conda activate myenv
# 停用环境（Conda从系统命令中删除当前活动环境的路径名）
conda deactivate

# "conda activate" and "conda deactivate" only work on conda 4.6 and later versions.
# For conda versions prior to 4.6, run: "source activate" or "source deactivate"

# 查看环境信息
conda info --envs # 或者使用：conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /anaconda3
myenv                    /anaconda3/envs/myenv

# 克隆环境
# myclone为新环境的名称，myenv为要复制的现有环境的名称
conda create --name myclone --clone myenv

# 删除环境（并删除所有包）
conda remove --name myenv --all # 或者使用：conda env remove --name myenv

三、conda管理Python

参考：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-python.html

# 查看可用的Python版本 
conda search python

# 安装指定Python版本的环境（推荐，速度快）
conda create --name py36_env python=3.6
# 此操作会安装python3.6以外，还会安装以下包：
# ca-certificates、certifi、libcxx、libcxxabi、libedit、libffi、ncurses、openssl、pip、python、readline、setuptools、sqlite、tk、wheel、xz、zlib

# 安装指定Anaconda Python版本的环境（不推荐，速度慢）
conda create --name py37_env python=3.7 anaconda
# anaconda是包含Anaconda发行版在内的所有Python包的元数据包。
# 此操作会安装python3.7以外，还会安装anaconda附带安装的包（非常多）：https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/py3.7_osx-64/

# 更新python 
# 更新当前分支中的最新版本。例如python3.6.7升级到python3.6.8
conda update python
# 更新python到另一个分支。例如python3.6分支升级到python3.7分支
conda install python=3.7

四、conda管理包

参考：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-pkgs.html

# 搜索软件包，以确定安装渠道

# 查看指定包（scipy）能否直接使用conda安装。能查找到则可直接使用conda安装
conda search scipy

# 查看指定包（scipy）能否从Anaconda.org获取安装
conda search --override-channels --channel defaults scipy

# 查看指定包（iminuit）是否存在于指定渠道，以从指定渠道获取安装
conda search --override-channels --channel http://conda.anaconda.org/mutirri iminuit
# 查看指定包（scrapy）是否存在于指定渠道，以从指定渠道获取安装
conda search --override-channels --channel conda-forge scrapy

# 添加软件包安装渠道
# 以下命令将渠道“conda-forge”添加到渠道列表的顶部，使其成为最高优先级
# 执行此命名后，conda会默认从conda-forge中获取安装包
# 参考：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-channels.html
conda config --add channels conda-forge
# 应用场景：例如Ubuntu16.04 TLS中，通过安装Miniconda的形式安装conda，并没有conda-forge这个channel。
然而，原有的channels中可能没有提供某些第三方库（例如python-dotenv、uwsgi），此时则需要添加conda-forge这个channel。
否则，只能 指定channel进行第三方库的安装，例如 `$ conda install --channel conda-forge python-dotenv` 。


# 删除channels：conda-forge
conda config --remove channels conda-forge

# 查看当前软件包的安装渠道
conda config --show-sources

# 使用conda安装软件包

# 查看指定包（scipy）能否直接使用conda安装。能查找到则可直接使用conda安装
conda search scipy

# 安装指定包（scipy）到指定环境（myenv）中
conda install --name myenv scipy

# 安装指定包到当前环境中
conda install scipy
# 安装指定版本的包
conda install scipy=0.15.0
# 一次安装多个包（最好一次安装所有软件包，以便同时安装所有依赖项）
conda install scipy curl
conda install scipy=0.15.0 curl=7.26.0

# 安装指定包版本和python版本的包（例如PhantomJS已经暂停开发，新版本的网络数据采集工具Selenium不再对其提供支持，所以需要安装旧版本的Selenium）：
# 此处不指定软件包selenium=3.0.1的python版本，则会默认下载selenium=3.0.1=py27_0
conda install selenium=3.0.1=py35_0

# 从Anaconda.org安装软件包

# 使用conda无法安装的软件包，可以从Anaconda.org渠道获取安装
# 查看指定包（scipy）能否从Anaconda.org获取安装
conda search --override-channels --channel defaults scipy
# 或者，在https://anaconda.org中搜索需要的包，根据提示进行安装，例如：
conda install --channel pandas bottleneck

# 验证安装
conda list | grep bottleneck
bottleneck                1.2.1            py36h1d22016_1

# 安装非conda包（使用pip安装软件包）

# 如果无法从conda或Anaconda.org获得软件包，可以使用其它软件包管理器（如pip）查找并安装软件包
# 以安装软件包see为实例：
conda install see
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

conda search see
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels

conda search --override-channels --channel defaults see
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels

# 使用pip查找并安装软件包
pip search see
pip install see
# 注意：使用conda create --name myenv创建的干净的环境（不安装任何软件包），没有安装pip，需要手动安装pip
# 否则将会使用系统默认的pip进行安装软件包
conda install pip # 安装最新版本的pip及其依赖，并安装最新的Python版本

# 验证安装
conda list | grep see
see                       1.4.1                    pypi_0    pypi

# 删除软件包

# 要在当前环境中删除SciPy软件包
conda remove scipy
# 要一次删除多个包，例如SciPy和cURL
conda remove scipy curl

# 如果使用pip安装的包，则要使用pip删除
pip uninstall see

# 更新软件包

# 更新指定的包
conda update biopython

# 更新Python
conda update python

# 更新conda本身（前提是已经在当前环境中安装conda，未安装执行conda install conda进行安装）
conda update conda

# 更新Anaconda元数据包
conda update conda
conda update anaconda

# 防止软件包更新

# 在当前环境的conda-meta目录下，添加一个名为pinned的文件，写入不想更新的软件包列表：
# 示例：强制NumPy保留1.7系列的版本，即以1.7开头的版本。强制SciPy保持在0.13.3版本
numpy 1.7.*
scipy ==0.13.3
# 此时，使用conda update numpy更新命令将使NumPy版本被限制在1.7.1（1.7系列的最高版本）
# 此时，使用conda install scipy=0.15.0安装另一个版本的Scipy将报错

# 使用--no-pin标志可以覆盖（override）包的更新限制，即忽略pinned文件规则强制更新
conda update numpy --no-pin
# 由于pinned的规则包含在每次的conda安装中，因此后续的conda update命令没有--no-pin，将使NumPy恢复至1.7系列的版本