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ATENCION
Esta version paraleliza completamente
los lanzamientos creando hilos dentro
de cada trabajo.
Actualmente el resto del programa no
esta preprado para que los resultados
se produzcan de manera desordenada
##########################
variable_a = [x * 1.0 for x in range(15, 60)]
variable_b = [x * 0.05 for x in range(0, 20)]
#variable_a = ['40','38.3','36.5', '35', '33.3', '31.6', '30', '28.3', '26.6', '25', '23.3', '21.6', '20']
#variable_b = ['0.0','0.01','0.02','0.03','0.04','0.05','0.06','0.07','0.08','0.09','0.1']
#exp_code = 'NEW_6jun19_KK_1'
exp_code = 'Exp0000'
#entrada = 'data_in/2019y_6m_6d/16h_57m_39s_data.txt'
entrada = 'data_in/2019y_3m_14d/17h_25m_23s_data.txt'
xml = 'xml_in/'+exp_code+'/xml_'+exp_code+'_'#+something
salida = 'data_out/'+exp_code+'/res_'+exp_code+'_'#+something
file_R2 = 'result/'+exp_code+'/parcial_'
f_exec = open('launch.sh', 'w')
num_qsub = 0
contador_qsub = 0
f_exec.write("echo -e '#!/bin/bash\n#$ -N RTHy_mono\n#$ -cwd\n#$ -o jobs/RTHY_mono_"+exp_code+"_"+str(num_qsub)+".out\n#$ -e jobs/RTHY_mono_"+exp_code+"_"+str(num_qsub)+".err\n\n/bin/echo Estoy corriendo en el nodo `hostname`\n\n/bin/echo Empiezo a las `date`\n\n")
tam = len(variable_a)*len(variable_b)
tam_i = 0
for var_a in variable_a:
for var_b in variable_b:
tam_i +=1
var_a = "{0:.2f}".format(float(var_a))
var_b = "{0:.2f}".format(float(var_b))
# XML name
name = xml+var_a+'_'+var_b+'.xml'
salida_file = salida+var_a+'_'+var_b+'.txt'
# Annotation
f = open(name, 'w', newline='\n')
# Execute order
f_exec.write("nohup ./RTHybrid -xml "+name+" && ")
# Invariant
f_exec.write("python invariante.py -f "+salida_file+" -n1 "+var_a+" -n2 "+var_b+" -n "+file_R2+str(num_qsub)+".txt &\n")
f_exec.write("BACK_PID_"+str(num_qsub)+"_"+str(contador_qsub)+"=$!\n\n")
jobs_per_job = 10 # N debe de ser multiplo de var_a*var_b // Si no habra que apañar ultimo envio
if contador_qsub == jobs_per_job-1:
for ii in range(jobs_per_job):
f_exec.write("wait $BACK_PID_"+str(num_qsub)+"_"+str(ii)+"\n")
contador_qsub = 0
num_qsub+=1
f_exec.write("\n/bin/echo Termino a las `date`' | qsub\n\n")
if tam_i < tam:
f_exec.write("echo -e '#!/bin/bash\n#$ -N RTHy_mono\n#$ -cwd\n#$ -o jobs/RTHY_mono_"+exp_code+"_"+str(num_qsub)+".out\n#$ -e jobs/RTHY_mono_"+exp_code+"_"+str(num_qsub)+".err\n/bin/echo Estoy corriendo en el nodo `hostname`\n/bin/echo Empiezo a las `date`\n\n")
else:
contador_qsub += 1
# XML struct
f.write('<clamp>\n\n')
# IZHIKEVICH
'''
f.write(' <neuron type="1">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <v val="30.24"/>\n')
f.write(' <u val="-5.5"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <a val="0.02"/>\n')
f.write(' <b val="0.2"/>\n')
f.write(' <c val="-50.0"/>\n')
f.write(' <d val="2.0"/>\n')
f.write(' <i val="10.0"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n\n')
'''
# K-K
f.write(' <neuron type="6">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <V val="-55.0"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <i val="0.0"/>\n')
f.write(' <Cm val="0.02"/>\n')
f.write(' <g_na val="0.0231"/>\n')
f.write(' <g_k val="0.25"/>\n')
f.write(' <g_b val="0.165"/>\n')
f.write(' <g_na_v val="0.11"/>\n')
f.write(' <V_k val="-70.0"/>\n')
f.write(' <V_b val="-58.0"/>\n')
f.write(' <V_na val="40.0"/>\n')
f.write(' <g_na_ttx val="400.0"/>\n')
f.write(' <g_ca val="1.5"/>\n')
f.write(' <k_beta val="15000.0"/>\n')
f.write(' <g_k_tea val="10.0"/>\n')
f.write(' <V_ca val="150.0"/>\n')
f.write(' <beta val="0.00004"/>\n')
f.write(' <g_ca_ca val="0.02"/>\n')
f.write(' <k_s val="50.0"/>\n')
f.write(' <rho val="0.002"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n\n')
# G-H
'''
f.write(' <neuron type="4">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <v val="30.24"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <gca val="4.4"/>\n')
f.write(' <eca val="120"/>\n')
f.write(' <vthca val="-1.2"/>\n')
f.write(' <kca val="0.11"/>\n')
f.write(' <gk val="9"/>\n')
f.write(' <ek val="-80"/>\n')
f.write(' <vthk val="2.0"/>\n')
f.write(' <kk val="0.2"/>\n')
f.write(' <gks val="0.25"/>\n')
f.write(' <vthks val="-27"/>\n')
f.write(' <kks val="0.8"/>\n')
f.write(' <gl val="2.0"/>\n')
f.write(' <el val="-60"/>\n')
f.write(' <c val="1.2"/>\n')
f.write(' <epsilon val="4.9"/>\n')
f.write(' <delta val="0.052"/>\n')
f.write(' <i val="35.6"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n')
'''
# SYNAPSE
f.write(' <synapse_ltom type="2">\n')
f.write(' <g_slow val="0"/>\n')
f.write(' <vth_slow val="40"/>\n')
f.write(' <s_slow val="1.0"/>\n')
f.write(' <k1_slow val="1.0"/>\n')
f.write(' <k2_slow val="0.03"/>\n\n')
f.write(' <g_fast val="'+var_b+'"/>\n')
f.write(' <vth_fast val="'+var_a+'"/>\n')
f.write(' <s_fast val="5.0"/>\n')
f.write(' </synapse_ltom>\n\n')
#f.write(' <synapse_mtol type="1">\n')
#f.write(' <g val="0.4"/>\n')
#f.write(' <antiphase val="1"/>\n')
#f.write(' </synapse_mtol>\n\n')
f.write(' <calib type="0"> </calib>\n\n')
f.write(' <freq val="10000"/>\n\n')
f.write(' <times>\n')
f.write(' <before val="10"/>\n')
f.write(' <duration val="180"/>\n')
f.write(' <after val="10"/>\n')
f.write(' <observation val="10"/>\n')
f.write(' </times>\n\n')
f.write(' <output_channels val="0"/>\n')
f.write(' <input_channels val="0"/>\n')
f.write(' <input_factor val="100"/>\n')
f.write(' <output_factor val="10"/>\n')
f.write(' <imp val="0"/>\n')
f.write(' <drift val="1"/>\n')
f.write(' <sec_per_burst val="0.7"/>\n\n') #-1
f.write(' <file val="' +entrada+ '"/>\n')
f.write(' <file_out val="' +salida_file+ '"/>\n\n')
f.write('</clamp>\n')
f.close()
f_exec.close()
print("Creados "+str(num_qsub)+" trabajos")
print(str(jobs_per_job) + " tareas por trabajo")