/
Organizacao_dir_local.html
895 lines (800 loc) · 47 KB
/
Organizacao_dir_local.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="generator" content="pandoc" />
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EDGE" />
<meta name="author" content="Gabriel Nakamura" />
<meta name="date" content="2023-08-17" />
<title>Organizando o seu trabalho localmente</title>
<script src="site_libs/header-attrs-2.17/header-attrs.js"></script>
<script src="site_libs/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<link href="site_libs/bootstrap-3.3.5/css/flatly.min.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script>
<style>h1 {font-size: 34px;}
h1.title {font-size: 38px;}
h2 {font-size: 30px;}
h3 {font-size: 24px;}
h4 {font-size: 18px;}
h5 {font-size: 16px;}
h6 {font-size: 12px;}
code {color: inherit; background-color: rgba(0, 0, 0, 0.04);}
pre:not([class]) { background-color: white }</style>
<script src="site_libs/jqueryui-1.11.4/jquery-ui.min.js"></script>
<link href="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/tabsets.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/codefolding.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/sourceembed.js"></script>
<style type="text/css">
code{white-space: pre-wrap;}
span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
span.underline{text-decoration: underline;}
div.column{display: inline-block; vertical-align: top; width: 50%;}
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
ul.task-list{list-style: none;}
</style>
<style type="text/css">
code {
white-space: pre;
}
.sourceCode {
overflow: visible;
}
</style>
<style type="text/css" data-origin="pandoc">
pre > code.sourceCode { white-space: pre; position: relative; }
pre > code.sourceCode > span { display: inline-block; line-height: 1.25; }
pre > code.sourceCode > span:empty { height: 1.2em; }
.sourceCode { overflow: visible; }
code.sourceCode > span { color: inherit; text-decoration: inherit; }
div.sourceCode { margin: 1em 0; }
pre.sourceCode { margin: 0; }
@media screen {
div.sourceCode { overflow: auto; }
}
@media print {
pre > code.sourceCode { white-space: pre-wrap; }
pre > code.sourceCode > span { text-indent: -5em; padding-left: 5em; }
}
pre.numberSource code
{ counter-reset: source-line 0; }
pre.numberSource code > span
{ position: relative; left: -4em; counter-increment: source-line; }
pre.numberSource code > span > a:first-child::before
{ content: counter(source-line);
position: relative; left: -1em; text-align: right; vertical-align: baseline;
border: none; display: inline-block;
-webkit-touch-callout: none; -webkit-user-select: none;
-khtml-user-select: none; -moz-user-select: none;
-ms-user-select: none; user-select: none;
padding: 0 4px; width: 4em;
color: #aaaaaa;
}
pre.numberSource { margin-left: 3em; border-left: 1px solid #aaaaaa; padding-left: 4px; }
div.sourceCode
{ background-color: #f8f8f8; }
@media screen {
pre > code.sourceCode > span > a:first-child::before { text-decoration: underline; }
}
code span.al { color: #ef2929; } /* Alert */
code span.an { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Annotation */
code span.at { color: #204a87; } /* Attribute */
code span.bn { color: #0000cf; } /* BaseN */
code span.cf { color: #204a87; font-weight: bold; } /* ControlFlow */
code span.ch { color: #4e9a06; } /* Char */
code span.cn { color: #8f5902; } /* Constant */
code span.co { color: #8f5902; font-style: italic; } /* Comment */
code span.cv { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* CommentVar */
code span.do { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Documentation */
code span.dt { color: #204a87; } /* DataType */
code span.dv { color: #0000cf; } /* DecVal */
code span.er { color: #a40000; font-weight: bold; } /* Error */
code span.ex { } /* Extension */
code span.fl { color: #0000cf; } /* Float */
code span.fu { color: #204a87; font-weight: bold; } /* Function */
code span.im { } /* Import */
code span.in { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Information */
code span.kw { color: #204a87; font-weight: bold; } /* Keyword */
code span.op { color: #ce5c00; font-weight: bold; } /* Operator */
code span.ot { color: #8f5902; } /* Other */
code span.pp { color: #8f5902; font-style: italic; } /* Preprocessor */
code span.sc { color: #ce5c00; font-weight: bold; } /* SpecialChar */
code span.ss { color: #4e9a06; } /* SpecialString */
code span.st { color: #4e9a06; } /* String */
code span.va { color: #000000; } /* Variable */
code span.vs { color: #4e9a06; } /* VerbatimString */
code span.wa { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warning */
</style>
<script>
// apply pandoc div.sourceCode style to pre.sourceCode instead
(function() {
var sheets = document.styleSheets;
for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
if (sheets[i].ownerNode.dataset["origin"] !== "pandoc") continue;
try { var rules = sheets[i].cssRules; } catch (e) { continue; }
var j = 0;
while (j < rules.length) {
var rule = rules[j];
// check if there is a div.sourceCode rule
if (rule.type !== rule.STYLE_RULE || rule.selectorText !== "div.sourceCode") {
j++;
continue;
}
var style = rule.style.cssText;
// check if color or background-color is set
if (rule.style.color === '' && rule.style.backgroundColor === '') {
j++;
continue;
}
// replace div.sourceCode by a pre.sourceCode rule
sheets[i].deleteRule(j);
sheets[i].insertRule('pre.sourceCode{' + style + '}', j);
}
}
})();
</script>
<style type="text/css">
#rmd-source-code {
display: none;
}
</style>
<style type = "text/css">
.main-container {
max-width: 940px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
img {
max-width:100%;
}
.tabbed-pane {
padding-top: 12px;
}
.html-widget {
margin-bottom: 20px;
}
button.code-folding-btn:focus {
outline: none;
}
summary {
display: list-item;
}
details > summary > p:only-child {
display: inline;
}
pre code {
padding: 0;
}
</style>
<style type="text/css">
.dropdown-submenu {
position: relative;
}
.dropdown-submenu>.dropdown-menu {
top: 0;
left: 100%;
margin-top: -6px;
margin-left: -1px;
border-radius: 0 6px 6px 6px;
}
.dropdown-submenu:hover>.dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-submenu>a:after {
display: block;
content: " ";
float: right;
width: 0;
height: 0;
border-color: transparent;
border-style: solid;
border-width: 5px 0 5px 5px;
border-left-color: #cccccc;
margin-top: 5px;
margin-right: -10px;
}
.dropdown-submenu:hover>a:after {
border-left-color: #adb5bd;
}
.dropdown-submenu.pull-left {
float: none;
}
.dropdown-submenu.pull-left>.dropdown-menu {
left: -100%;
margin-left: 10px;
border-radius: 6px 0 6px 6px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu anchor
href = window.location.pathname
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1)
if (href === "")
href = "index.html";
var menuAnchor = $('a[href="' + href + '"]');
// mark the anchor link active (and if it's in a dropdown, also mark that active)
var dropdown = menuAnchor.closest('li.dropdown');
if (window.bootstrap) { // Bootstrap 4+
menuAnchor.addClass('active');
dropdown.find('> .dropdown-toggle').addClass('active');
} else { // Bootstrap 3
menuAnchor.parent().addClass('active');
dropdown.addClass('active');
}
// Navbar adjustments
var navHeight = $(".navbar").first().height() + 15;
var style = document.createElement('style');
var pt = "padding-top: " + navHeight + "px; ";
var mt = "margin-top: -" + navHeight + "px; ";
var css = "";
// offset scroll position for anchor links (for fixed navbar)
for (var i = 1; i <= 6; i++) {
css += ".section h" + i + "{ " + pt + mt + "}\n";
}
style.innerHTML = "body {" + pt + "padding-bottom: 40px; }\n" + css;
document.head.appendChild(style);
});
</script>
<!-- tabsets -->
<style type="text/css">
.tabset-dropdown > .nav-tabs {
display: inline-table;
max-height: 500px;
min-height: 44px;
overflow-y: auto;
border: 1px solid #ddd;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active:before, .tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open:before {
content: "\e259";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li.active:before {
content: "\e258";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
border: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active {
display: block;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:focus,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
border: none;
display: inline-block;
border-radius: 4px;
background-color: transparent;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li {
display: block;
float: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li {
display: none;
}
</style>
<!-- code folding -->
<style type="text/css">
.code-folding-btn { margin-bottom: 4px; }
</style>
<style type="text/css">
#TOC {
margin: 25px 0px 20px 0px;
}
@media (max-width: 768px) {
#TOC {
position: relative;
width: 100%;
}
}
@media print {
.toc-content {
/* see https://github.com/w3c/csswg-drafts/issues/4434 */
float: right;
}
}
.toc-content {
padding-left: 30px;
padding-right: 40px;
}
div.main-container {
max-width: 1200px;
}
div.tocify {
width: 20%;
max-width: 260px;
max-height: 85%;
}
@media (min-width: 768px) and (max-width: 991px) {
div.tocify {
width: 25%;
}
}
@media (max-width: 767px) {
div.tocify {
width: 100%;
max-width: none;
}
}
.tocify ul, .tocify li {
line-height: 20px;
}
.tocify-subheader .tocify-item {
font-size: 0.90em;
}
.tocify .list-group-item {
border-radius: 0px;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="container-fluid main-container">
<!-- setup 3col/9col grid for toc_float and main content -->
<div class="row">
<div class="col-xs-12 col-sm-4 col-md-3">
<div id="TOC" class="tocify">
</div>
</div>
<div class="toc-content col-xs-12 col-sm-8 col-md-9">
<div class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-bs-toggle="collapse" data-target="#navbar" data-bs-target="#navbar">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="index.html">Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798</a>
</div>
<div id="navbar" class="navbar-collapse collapse">
<ul class="nav navbar-nav">
<li>
<a href="index.html">Início</a>
</li>
<li>
<a href="intro_ciencia_aberta.html">O que é ciência aberta?</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Dados abertos
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="dados_abertos.html">O que são dados abertos?</a>
</li>
<li>
<a href="metadata_EML.html">Metadados</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="Organizacao_dir_local.html">Organização local</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Versionamento
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="basics_git.html">ABC do versionamento</a>
</li>
<li>
<a href="commits-travel.html">Viajando no tempo</a>
</li>
<li>
<a href="colabs_github.html">Trabalho colaborativo</a>
</li>
<li>
<a href="gitgnore.html">Ignorando arquivos</a>
</li>
<li>
<a href="conflitos.html">Resolvendo conflitos</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Programação letrada
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rmarkdown-basics.html">Rmarkdown</a>
</li>
<li>
<a href="sites-basics.html">Sites</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Avançado
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rocker-basics.html">Containers</a>
</li>
<li>
<a href="targets_basics.html">Pipelines com Targets</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="publicacoes.html">Acesso aberto</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Outras tendências
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="pre-registro.html">Pré-registro</a>
</li>
<li>
<a href="revisao-codigo.html">Revisão de código</a>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
<ul class="nav navbar-nav navbar-right">
</ul>
</div><!--/.nav-collapse -->
</div><!--/.container -->
</div><!--/.navbar -->
<div id="header">
<div class="btn-group pull-right float-right">
<button type="button" class="btn btn-default btn-xs btn-secondary btn-sm dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" data-bs-toggle="dropdown" aria-haspopup="true" aria-expanded="false"><span>Code</span> <span class="caret"></span></button>
<ul class="dropdown-menu dropdown-menu-right" style="min-width: 50px;">
<li><a id="rmd-download-source" href="#">Download Rmd</a></li>
</ul>
</div>
<h1 class="title toc-ignore">Organizando o seu trabalho localmente</h1>
<h4 class="author">Gabriel Nakamura</h4>
<h4 class="date">2023-08-17</h4>
</div>
<div id="organização---questão-de-estilo" class="section level1">
<h1>Organização - questão de estilo?</h1>
<p>“Eu me acho na minha bagunça”, quem já ouviu essa frase, ou já
pronunciou? Provavelmente todos nós. Mas o conceito de
<strong>organização</strong> seria mesmo uma questão pessoal? Podemos
discutir isso durante horas a fio se estivermos falando do seu quarto,
da sua estante ou do seu guarda-roupa, mas quando falamos de ciência, ou
seja, uma atividade coletiva, organização <strong>não</strong> é uma
questão pessoal, justamente por ser coletiva. Sempre trabalhamos em
conjunto, e isso pode ser com um grupo composto por muitas pessoas que
trabalham em um determinado projeto, ou pode ser consigo mesmo, o seu eu
do futuro. Desta maneira, é necessário que tudo que foi utilizado para o
desenvolvimento do seu projeto científico seja de fácil compreensão para
seus colaboradores ou para o seu “eu” do futuro.</p>
</div>
<div id="dados-necessários-para-as-práticas" class="section level1">
<h1>Dados necessários para as práticas</h1>
<p>Nesta seção vamos utilizar os dados do pacote
<code>{palmerpenguins}</code>. Que apesar de estar disponível como
pacote, portanto poderia ser lido automáticamente apenas baixando o
pacote, vamos importar os dados a partir do nosso computador. Vamos
fazer isso pois assim podemos demonstrar boas práticas na leitura de
dados, scripts e organização do nosso repositório local de maneira
geral. Os dados do pacote já estão no repositório que baixaram. Mais
adiante vamos utilizá-lo, mas antes vamos ver esquemas gerais de
organização de repositório local</p>
</div>
<div
id="um-esquema-geral-mas-não-absoluto-para-organização-do-diretório-local"
class="section level1">
<h1>Um esquema geral (mas não absoluto) para organização do diretório
local</h1>
<p>Nessa seção irei mostrar uma proposta de esquema geral para
organização de diretórios. Essa estrutura é baseada nesta proposta do <a
href="https://docs.google.com/presentation/d/1Px9Npa_ANqmmfjCXo9A-eBmWzgUmmkCKd7fBIq_gG6k/edit#slide=id.g62fc6bf72f_0_196">Gustavo
Paterno</a>.</p>
<p>Digo que não é absoluto pois modificações nesse esquema podem ser
feita para ajustar ao conjunto de dados de cada pessoa. A Ecologia é um
campo muito amplo de pesquisa, e nem todos os dados se ajustarão
perfeitamente a esta proposta. O mais importante de tudo é que os dados
estejam organizados de uma maneira <strong>intuitiva</strong> e
<strong>consistente</strong> no diretório, como o na figura
seguinte.</p>
<div class="figure">
<img src="figs/directory_org.jpg" alt="Um diretório minimamente organizado" width="103" />
<p class="caption">
Um diretório minimamente organizado
</p>
</div>
<p>Mas, qual a lógica por trás da organização desse diretório? Seguimos
a proposta presente na figura seguinte <a
href="https://docs.google.com/presentation/d/1Px9Npa_ANqmmfjCXo9A-eBmWzgUmmkCKd7fBIq_gG6k/edit#slide=id.g62fc6bf72f_0_7">(original
pode ser visto aqui)</a>.</p>
<p>Nesta proposta os arquivos dentro de um projeto são organizados em 4
pastas que contemplam quase todos os documentos que geramos ou que
precisamos quando estamos desenvolvendo um projeto científico.</p>
<div class="figure">
<img src="figs/template_general.jpg" alt="Um modelo geral de organização do diretório local" width="366" />
<p class="caption">
Um modelo geral de organização do diretório local
</p>
</div>
<div id="nomeando-arquivos" class="section level2">
<h2>Nomeando arquivos</h2>
<p>Uma boa regra a ser seguida:</p>
<p><strong>Human + Machine redable</strong></p>
<p>Exemplo:</p>
</div>
<div id="nomeando-scripts" class="section level2">
<h2>Nomeando scripts</h2>
<p>Pessoalmente eu utilizo o seguinte esquema</p>
<p><strong>número_letra-maiúscula_descrição.R</strong></p>
<ul>
<li><p>número: usado para indicar a sequência de execução dos
scripts</p></li>
<li><p>letra maiúscula: Código que indica o que o script faz. Uso a
seguinte notação</p>
<ul>
<li><code>C</code> (Clean) leitura e limpeza/processamento de dados</li>
<li><code>D</code> (Do) análises</li>
<li><code>S</code> (Show) gráficos/figuras</li>
</ul></li>
<li><p>descrição: uma breve descrição sobre o que o script faz
especificamente (e.g. glm)</p></li>
</ul>
</div>
<div id="o-readme" class="section level2">
<h2>O README</h2>
<p>O README é uma das partes mais importantes do seu diretório, ele é
escrito em caixa alta justamente para que a pessoa que esteja acesssando
o seu diretório ouça em voz alta <strong>Me leia por
favor!!</strong>.</p>
<p>Neste arquivo de texto você irá encontrar as principais instruções
sobre a estrutura do diretório, incluindo os nomes das pessoas que
montaram o diretório, além de instruções básicas sobre o que contém em
cada pasta. <a href="https://www.makeareadme.com/">Aqui você pode
encontrar dicas de como o README contendo as informações básicas
necessárias que ele deve conter e porque</a>. <a
href="https://github.com/jehna/readme-best-practices/blob/master/README-default.md">Aqui
um template que pode ser adaptado para os seus propósitos</a>. <a
href="https://blog.rocketseat.com.br/como-fazer-um-bom-readme/">Aqui
algumas dicas interessantes em português</a>.</p>
<p>É importante saber que você não irá encontrar o modelo final para o
README perfeito. Os detalhes de cada README vão variar dependendo do
projeto que está desenvolvendo e a forma como ele deve ser apresentado
ao usuário. Por exemplo, se o projeto se trata de um repositório de
arquivos e scripts de um manuscrito, e não de um README de um projeto de
software, não precisa haver alguns campos de explicação, tais como
exemplo de uso ou antigas versões de lançamento. Aqui coloco um <a
href="https://github.com/hackergrrl/art-of-readme/edit/master/README-pt-BR.md"><em>checklist</em>
adaptado</a> de itens que julgo essenciais para um README informativo.
Pense no seu trabalho, adicione ou edite esse checklist de acordo com
seus propósitos.</p>
<p>Minha proposta de checklist:</p>
<ul class="task-list">
<li><input type="checkbox" />Uma linha explicando o propósito do
repositório</li>
<li><input type="checkbox" />Autores do repositório</li>
<li><input type="checkbox" />Ligações e contextualizações necessárias
(por exemplo, se o repositório está linkado a um artigo)</li>
<li><input type="checkbox" />badges (opcional)</li>
<li><input type="checkbox" />Instruções de instalação (ou download se
for um repo)</li>
<li><input type="checkbox" />Exemplo de utilização claro e
<em>executável</em> (se estivermos falando de uma base de dados ou
pacote)</li>
<li><input type="checkbox" />Estrutura de pastas e scripts (o que cada
pasta contém, o que cada script faz)</li>
<li><input type="checkbox" />Status do projeto (finalizado/em
andamento)</li>
<li><input type="checkbox" />Em caso de problema com algo no
repositório, como reportar (Usar o GitHub issues é uma boa ideia)</li>
<li><input type="checkbox" />Licença</li>
</ul>
</div>
<div id="iniciando-o-readme" class="section level2">
<h2>Iniciando o README</h2>
<p>Duas opções para montar o arquivo README. Primeira, montar você
mesmo. O arquivo pode ser montado em um bloco de notas e deve ser
nomeado como <code>README.md</code>. A extensão <code>.md</code> é
importante aqui, ela significa que é um arquivo do tipo
<strong>Markdown</strong>. Neste momento é importante saber que o
arquivo Markdown é apenas uma linguagem de marcação. Vamos abordar em
detalhes como elaborar documentos em Markdown, como este que lê neste
momento, mais adiante. Por hora é relevante saber que o README deve ser
em markdown pois assim o GitHub idenfica corretamente este documento
como sendo o arquivo a ser exibido na página inicial do repositório
remoto, como ilustrado na figura abaixo.</p>
<div class="figure">
<img src="figs/readme-exemplo.png" alt="Arquivo README correspondente ao repositório deste site" width="850" />
<p class="caption">
Arquivo README correspondente ao repositório deste site
</p>
</div>
<p>Na realidade, o arquivo fonte tem essa aparência</p>
<div class="figure">
<img src="figs/readme-source-ex.png" alt="Arquivo fonte para o README acima mostrado" width="1029" />
<p class="caption">
Arquivo fonte para o README acima mostrado
</p>
</div>
<p>Mostro como podemos montar um README <a href="">nesta seção</a>. Por
enquanto vamos fazer o mais simples.</p>
<p>1- Abra um editor de texto (recomendo o <a
href="https://github.blog/2022-06-08-sunsetting-atom/">Atom</a>, mas o
editor nativo do seu computador funciona bem também).</p>
<p>2- Digite qualquer título na primeira linha que se inicie com
<code># Meu Título</code>.</p>
<p>3- Salve o arquivo com o nome de <code>README.md</code> em algum
local do seu computador. Por enquanto é isso.</p>
</div>
</div>
<div id="ferramentas-para-organização-do-diretório-local"
class="section level1">
<h1>Ferramentas para organização do diretório local</h1>
<div id="iniciando-um-projeto-com-o-rstudio" class="section level2">
<h2>Iniciando um projeto com o RStudio</h2>
<p>Como vimos na aula <a href="">teórica</a>, o RStudio possibilita
enraizar o projeto, desta forma não precisamos utilizar caminhos
absolutos, tornando nossa vida mais fácil e o trabalho mais reprodutível
para quem tentar utilizar nosso repositório. Portanto, o primeiro passo
vai ser iniciar um novo projeto com o RStudio. Para isso faça o
seguinte:</p>
<p>1- Abra o RStudio</p>
<p>2- Em <code>Arquivo</code>, selecione <code>Novo Projeto</code>, como
mostrado abaixo</p>
<div class="figure">
<img src="figs/new-project-fig1.png" alt="Iniciando um projeto" width="80%" />
<p class="caption">
Iniciando um projeto
</p>
</div>
<p>3- Na janela que se abriu selecione <code>Novo Diretório</code> para
iniciar o projeto em um diretório novo</p>
<div class="figure">
<img src="figs/new-project-fig2.png" alt="Iniciando um projeto em um novo diretório" width="80%" />
<p class="caption">
Iniciando um projeto em um novo diretório
</p>
</div>
<p>4- Escolha o tipo de projeto, neste caso <code>novo projeto</code>
(se apenas um projeto, ou um pacote ou um aplicativo shiny)</p>
<p><img src="figs/new-project-fig3.png" width="80%" /></p>
<p>5- Por fim escolha o nome para o diretório e onde ele vai estar no
seu computador</p>
<p><img src="figs/new-project-fig4.png" width="80%" /></p>
<p>Pronto, uma nova janela do RStudio se abrirá, indicando que seu
projeto foi iniciado com sucesso. A partir de agora, para abrir o R e
realizar modificações de scripts basta clicar no arquivo
<code>.RProject</code> que leva o nome que deu ao diretório.</p>
</div>
<div id="pacotes-para-inicialização-automática-alternativa"
class="section level2">
<h2>Pacotes para inicialização automática (alternativa)</h2>
<p>Alguns pacotes auxiliam montar automaticamente a organização do seu
diretório local, por exemplo essa <a
href="https://github.com/cboettig/template">ferramenta elaborado pelo
Carl Boettiger</a> e <a href="https://github.com/Pakillo/template">essa
do Francisco Rodriguez-Sanchez</a>.</p>
<p>Vamos explorar um pouco a funcionalidade do pacote
<code>{template}</code>. Para tanto precisamos primeiro instalar o
pacote que está hospedado no GitHub.</p>
<div class="sourceCode" id="cb1"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb1-1"><a href="#cb1-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># install.packages("remotes")</span></span>
<span id="cb1-2"><a href="#cb1-2" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">"Pakillo/template"</span>)</span></code></pre></div>
<p>Em seguida vamos ler o pacote e iniciar um novo projeto</p>
<div class="sourceCode" id="cb2"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb2-1"><a href="#cb2-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">library</span>(<span class="st">"template"</span>)</span>
<span id="cb2-2"><a href="#cb2-2" tabindex="-1"></a><span class="fu">new_project</span>(<span class="at">name =</span> <span class="st">"treegrowth"</span>, <span class="at">path =</span> <span class="st">"caminho/para/diretório"</span>)</span></code></pre></div>
<p>O diretório será iniciado no local indicado pelo argumento
<code>path</code> na função <code>new_project</code>.</p>
</div>
<div id="here" class="section level2">
<h2>Here</h2>
<p>O <code>{here}</code> é o melhor pacote para padronizar caminhos.
Sabe aquele erro de leitura dos dados por conta de um <code>/</code> ou
<code>\</code>, ou por ter esquecido ou errado na digitação daquele
caminho gigantesco para o arquivo desejado? Com o <code>{here}</code>
nada disso vai acontecer.</p>
<p>Para demonstrar o uso do pacote here vamos ler os dados
<code>palmer-penguins.txt</code> para o R. Lembrando, abra o R a partir
do .Rproject dentro do diretório que iniciamos nos passos anteriores</p>
<div class="sourceCode" id="cb3"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb3-1"><a href="#cb3-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># caso não tenha o here instalado ainda</span></span>
<span id="cb3-2"><a href="#cb3-2" tabindex="-1"></a><span class="co"># install.packages("here")</span></span>
<span id="cb3-3"><a href="#cb3-3" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb3-4"><a href="#cb3-4" tabindex="-1"></a><span class="fu">library</span>(here)</span></code></pre></div>
<p>Da forma convencional poderíamos ler esse dado da seguinte forma</p>
<div class="sourceCode" id="cb4"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb4-1"><a href="#cb4-1" tabindex="-1"></a>data_penguins <span class="ot"><-</span> <span class="fu">read.csv</span>(<span class="st">"/Users/gabrielnakamura/OneDrive/Disciplina_Praticas_ferramentas_gestao_dados/USP_reproducibility_BIE5791/data/data-penguins.csv"</span>)</span></code></pre></div>
<p>Será que você consegue reproduzir essa simples leitura de dados
usando o mesmo código acima? Tente..</p>
<p>Após a tentativa fica claro que não é possível realizar essa leitura
de dados. Mas vamos lembrar que temos o projeto que enraiza nossa pasta,
então podemos apenas usar o seguinte código</p>
<div class="sourceCode" id="cb5"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb5-1"><a href="#cb5-1" tabindex="-1"></a>data_penguins <span class="ot"><-</span> <span class="fu">read.csv</span>(<span class="st">"data/data-penguins.csv"</span>)</span></code></pre></div>
<p>Funcionou? Ou apenas para alguns?</p>
<p>Imagino que pode ter funcionado para todos que tem o computador onde
a máquina reconhece <code>/</code> como separador de caminhos, porém,
aqueles que precisa de <code>\</code> para informar a separação dos
caminhos não deve ter tido sucesso. Como resolvemos isso?</p>
<p>Aí entra o here. Com o pacote here podemos usar simplesmente o
seguinte código</p>
<div class="sourceCode" id="cb6"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb6-1"><a href="#cb6-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">library</span>(here)</span>
<span id="cb6-2"><a href="#cb6-2" tabindex="-1"></a>data_penguins <span class="ot"><-</span> <span class="fu">read.csv</span>(<span class="fu">here</span>(<span class="st">"data"</span>, <span class="st">"data-pengins.csv"</span>))</span></code></pre></div>
<p>Note que ao invés de usarmos o caminho, usamos dentro da função
<code>here</code> o nome das pastas que levam até o arquivo que
desejamos abrir, bem como o nome deste arquivo. Garanto que agora isso
irá funcionar com todos</p>
</div>
</div>
<div id="rmd-source-code">---
title: "Organizando o seu trabalho localmente"
author: "Gabriel Nakamura"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Organização - questão de estilo?

"Eu me acho na minha bagunça", quem já ouviu essa frase, ou já pronunciou? Provavelmente todos nós. Mas o conceito de **organização** seria mesmo uma questão pessoal? Podemos discutir isso durante horas a fio se estivermos falando do seu quarto, da sua estante ou do seu guarda-roupa, mas quando falamos de ciência, ou seja, uma atividade coletiva, organização **não** é uma questão pessoal, justamente por ser coletiva. Sempre trabalhamos em conjunto, e isso pode ser com um grupo composto por muitas pessoas que trabalham em um determinado projeto, ou pode ser consigo mesmo, o seu eu do futuro. Desta maneira, é necessário que tudo que foi utilizado para o desenvolvimento do seu projeto científico seja de fácil compreensão para seus colaboradores ou para o seu "eu" do futuro.

# Dados necessários para as práticas 

Nesta seção vamos utilizar os dados do pacote `{palmerpenguins}`. Que apesar de estar disponível como pacote, portanto poderia ser lido automáticamente apenas baixando o pacote, vamos importar os dados a partir do nosso computador. Vamos fazer isso pois assim podemos demonstrar boas práticas na leitura de dados, scripts e organização do nosso repositório local de maneira geral. Os dados do pacote já estão no repositório que baixaram. Mais adiante vamos utilizá-lo, mas antes vamos ver esquemas gerais de organização de repositório local

# Um esquema geral (mas não absoluto) para organização do diretório local

Nessa seção irei mostrar uma proposta de esquema geral para organização de diretórios. Essa estrutura é baseada nesta proposta do [Gustavo Paterno](https://docs.google.com/presentation/d/1Px9Npa_ANqmmfjCXo9A-eBmWzgUmmkCKd7fBIq_gG6k/edit#slide=id.g62fc6bf72f_0_196).

Digo que não é absoluto pois modificações nesse esquema podem ser feita para ajustar ao conjunto de dados de cada pessoa. A Ecologia é um campo muito amplo de pesquisa, e nem todos os dados se ajustarão perfeitamente a esta proposta. O mais importante de tudo é que os dados estejam organizados de uma maneira **intuitiva** e **consistente** no diretório, como o na figura seguinte.

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap= "Um diretório minimamente organizado"}
knitr::include_graphics("figs/directory_org.jpg")
```

Mas, qual a lógica por trás da organização desse diretório? Seguimos a proposta presente na figura seguinte [(original pode ser visto aqui)](https://docs.google.com/presentation/d/1Px9Npa_ANqmmfjCXo9A-eBmWzgUmmkCKd7fBIq_gG6k/edit#slide=id.g62fc6bf72f_0_7). 

Nesta proposta os arquivos dentro de um projeto são organizados em 4 pastas que contemplam quase todos os documentos que geramos ou que precisamos quando estamos desenvolvendo um projeto científico.

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="Um modelo geral de organização do diretório local"}
knitr::include_graphics("figs/template_general.jpg")
```


## Nomeando arquivos

Uma boa regra a ser seguida: 

**Human + Machine redable**

Exemplo:

```{r echo=FALSE,eval=FALSE}
knitr::include_graphics(here::here("figs", "naming-files-data.png"))
```

## Nomeando scripts

Pessoalmente eu utilizo o seguinte esquema

**número_letra-maiúscula_descrição.R**

- número: usado para indicar a sequência de execução dos scripts

- letra maiúscula: Código que indica o que o script faz. Uso a seguinte notação
    + `C` (Clean) leitura e limpeza/processamento de dados
    + `D` (Do) análises
    + `S` (Show) gráficos/figuras

- descrição: uma breve descrição sobre o que o script faz especificamente (e.g. glm)

## O README

O README é uma das partes mais importantes do seu diretório, ele é escrito em caixa alta justamente para que a pessoa que esteja acesssando o seu diretório ouça em voz alta **Me leia por favor!!**.

Neste arquivo de texto você irá encontrar as principais instruções sobre a estrutura do diretório, incluindo os nomes das pessoas que montaram o diretório, além de instruções básicas sobre o que contém em cada pasta. [Aqui você pode encontrar dicas de como o README contendo as informações básicas necessárias que ele deve conter e porque](https://www.makeareadme.com/). [Aqui um template que pode ser adaptado para os seus propósitos](https://github.com/jehna/readme-best-practices/blob/master/README-default.md). [Aqui algumas dicas interessantes em português](https://blog.rocketseat.com.br/como-fazer-um-bom-readme/).

É importante saber que você não irá encontrar o modelo final para o README perfeito. Os detalhes de cada README vão variar dependendo do projeto que está desenvolvendo e a forma como ele deve ser apresentado ao usuário. Por exemplo, se o projeto se trata de um repositório de arquivos e scripts de um manuscrito, e não de um README de um projeto de software, não precisa haver alguns campos de explicação, tais como exemplo de uso ou antigas versões de lançamento. Aqui coloco um [*checklist* adaptado](https://github.com/hackergrrl/art-of-readme/edit/master/README-pt-BR.md) de itens que julgo essenciais para um README informativo. Pense no seu trabalho, adicione ou edite esse checklist de acordo com seus propósitos.

Minha proposta de checklist:

- [ ] Uma linha explicando o propósito do repositório 
- [ ] Autores do repositório
- [ ] Ligações e contextualizações necessárias (por exemplo, se o repositório está linkado a um artigo)
- [ ] badges (opcional)
- [ ] Instruções de instalação (ou download se for um repo)
- [ ] Exemplo de utilização claro e *executável* (se estivermos falando de uma base de dados ou pacote)
- [ ] Estrutura de pastas e scripts (o que cada pasta contém, o que cada script faz)
- [ ] Status do projeto (finalizado/em andamento)
- [ ] Em caso de problema com algo no repositório, como reportar (Usar o GitHub issues é uma boa ideia)
- [ ] Licença

## Iniciando o README

Duas opções para montar o arquivo README. Primeira, montar você mesmo. O arquivo pode ser montado em um bloco de notas e deve ser nomeado como `README.md`. A extensão `.md` é importante aqui, ela significa que é um arquivo do tipo **Markdown**. Neste momento é importante saber que o arquivo Markdown é apenas uma linguagem de marcação. Vamos abordar em detalhes como elaborar documentos em Markdown, como este que lê neste momento, mais adiante. Por hora é relevante saber que o README deve ser em markdown pois assim o GitHub idenfica corretamente este documento como sendo o arquivo a ser exibido na página inicial do repositório remoto, como ilustrado na figura abaixo.

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="Arquivo README correspondente ao repositório deste site"}
knitr::include_graphics("figs/readme-exemplo.png")
```

Na realidade, o arquivo fonte tem essa aparência

```{r echo=FALSE,eval=T,fig.cap="Arquivo fonte para o README acima mostrado"}
knitr::include_graphics("figs/readme-source-ex.png")
```

Mostro como podemos montar um README [nesta seção](). Por enquanto vamos fazer o mais simples.

1- Abra um editor de texto (recomendo o [Atom](https://github.blog/2022-06-08-sunsetting-atom/), mas o editor nativo do seu computador funciona bem também). 

2- Digite qualquer título na primeira linha que se inicie com `# Meu Título`. 

3- Salve o arquivo com o nome de `README.md` em algum local do seu computador. Por enquanto é isso.


# Ferramentas para organização do diretório local

## Iniciando um projeto com o RStudio

Como vimos na aula [teórica](), o RStudio possibilita enraizar o projeto, desta forma não precisamos utilizar caminhos absolutos, tornando nossa vida mais fácil e o trabalho mais reprodutível para quem tentar utilizar nosso repositório. Portanto, o primeiro passo vai ser iniciar um novo projeto com o RStudio. Para isso faça o seguinte:

1- Abra o RStudio

2- Em `Arquivo`, selecione `Novo Projeto`, como mostrado abaixo

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="Iniciando um projeto",out.width="80%"}
knitr::include_graphics("figs/new-project-fig1.png")
```

3- Na janela que se abriu selecione `Novo Diretório` para iniciar o projeto em um diretório novo

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="Iniciando um projeto em um novo diretório",out.width="80%"}
knitr::include_graphics("figs/new-project-fig2.png")
```

4- Escolha o tipo de projeto, neste caso `novo projeto` (se apenas um projeto, ou um pacote ou um aplicativo shiny)

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="80%"}
knitr::include_graphics("figs/new-project-fig3.png")
```

5- Por fim escolha o nome para o diretório e onde ele vai estar no seu computador

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="80%"}
knitr::include_graphics("figs/new-project-fig4.png")
```

Pronto, uma nova janela do RStudio se abrirá, indicando que seu projeto foi iniciado com sucesso. A partir de agora, para abrir o R e realizar modificações de scripts basta clicar no arquivo  `.RProject` que leva o nome que deu ao diretório. 

## Pacotes para inicialização automática (alternativa)

Alguns pacotes auxiliam montar automaticamente a organização do seu diretório local, por exemplo essa [ferramenta elaborado pelo Carl Boettiger](https://github.com/cboettig/template) e [essa do Francisco Rodriguez-Sanchez](https://github.com/Pakillo/template). 

Vamos explorar um pouco a funcionalidade do pacote `{template}`. Para tanto precisamos primeiro instalar o pacote que está hospedado no GitHub.

```{r echo=T,eval=FALSE}
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("Pakillo/template")
```

Em seguida vamos ler o pacote e iniciar um novo projeto

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
library("template")
new_project(name = "treegrowth", path = "caminho/para/diretório")
```

O diretório será iniciado no local indicado pelo argumento `path` na função `new_project`.


## Here

O `{here}` é o melhor pacote para padronizar caminhos. Sabe aquele erro de leitura dos dados por conta de um `/` ou `\`, ou por ter esquecido ou errado na digitação daquele caminho gigantesco para o arquivo desejado? Com o `{here}` nada disso vai acontecer.

Para demonstrar o uso do pacote here vamos ler os dados `palmer-penguins.txt` para o R. Lembrando, abra o R a partir do .Rproject dentro do diretório que iniciamos nos passos anteriores

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
# caso não tenha o here instalado ainda
# install.packages("here")

library(here)

```

Da forma convencional poderíamos ler esse dado da seguinte forma

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
data_penguins <- read.csv("/Users/gabrielnakamura/OneDrive/Disciplina_Praticas_ferramentas_gestao_dados/USP_reproducibility_BIE5791/data/data-penguins.csv")
```

Será que você consegue reproduzir essa simples leitura de dados usando o mesmo código acima? Tente..

Após a tentativa fica claro que não é possível realizar essa leitura de dados. Mas vamos lembrar que temos o projeto que enraiza nossa pasta, então podemos apenas usar o seguinte código

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
data_penguins <- read.csv("data/data-penguins.csv")
```

Funcionou? Ou apenas para alguns?

Imagino que pode ter funcionado para todos que tem o computador onde a máquina reconhece `/` como separador de caminhos, porém, aqueles que precisa de `\` para informar a separação dos caminhos não deve ter tido sucesso. Como resolvemos isso?

Aí entra o here. Com o pacote here podemos usar simplesmente o seguinte código

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
library(here)
data_penguins <- read.csv(here("data", "data-pengins.csv"))
```

Note que ao invés de usarmos o caminho, usamos dentro da função `here` o nome das pastas que levam até o arquivo que desejamos abrir, bem como o nome deste arquivo. Garanto que agora isso irá funcionar com todos

</div>
</div>
</div>
</div>
<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.odd').parent('tbody').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- tabsets -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open');
});
});
</script>
<!-- code folding -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.initializeSourceEmbed("Organizacao_dir_local.Rmd");
});
</script>
<script>
$(document).ready(function () {
// temporarily add toc-ignore selector to headers for the consistency with Pandoc
$('.unlisted.unnumbered').addClass('toc-ignore')
// move toc-ignore selectors from section div to header
$('div.section.toc-ignore')
.removeClass('toc-ignore')
.children('h1,h2,h3,h4,h5').addClass('toc-ignore');
// establish options
var options = {
selectors: "h1,h2,h3",
theme: "bootstrap3",
context: '.toc-content',
hashGenerator: function (text) {
return text.replace(/[.\\/?&!#<>]/g, '').replace(/\s/g, '_');
},
ignoreSelector: ".toc-ignore",
scrollTo: 0
};
options.showAndHide = true;
options.smoothScroll = true;
// tocify
var toc = $("#TOC").tocify(options).data("toc-tocify");
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML";
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>