/
index.html
689 lines (595 loc) · 27.6 KB
/
index.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="generator" content="pandoc" />
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EDGE" />
<title>Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798</title>
<script src="site_libs/header-attrs-2.17/header-attrs.js"></script>
<script src="site_libs/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<link href="site_libs/bootstrap-3.3.5/css/flatly.min.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script>
<style>h1 {font-size: 34px;}
h1.title {font-size: 38px;}
h2 {font-size: 30px;}
h3 {font-size: 24px;}
h4 {font-size: 18px;}
h5 {font-size: 16px;}
h6 {font-size: 12px;}
code {color: inherit; background-color: rgba(0, 0, 0, 0.04);}
pre:not([class]) { background-color: white }</style>
<script src="site_libs/jqueryui-1.11.4/jquery-ui.min.js"></script>
<link href="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/tabsets.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/codefolding.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/sourceembed.js"></script>
<script src="site_libs/font-awesome-5.13.0/js/script.js"></script>
<style type="text/css">
code{white-space: pre-wrap;}
span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
span.underline{text-decoration: underline;}
div.column{display: inline-block; vertical-align: top; width: 50%;}
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
ul.task-list{list-style: none;}
</style>
<style type="text/css">
#rmd-source-code {
display: none;
}
</style>
<style type = "text/css">
.main-container {
max-width: 940px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
img {
max-width:100%;
}
.tabbed-pane {
padding-top: 12px;
}
.html-widget {
margin-bottom: 20px;
}
button.code-folding-btn:focus {
outline: none;
}
summary {
display: list-item;
}
details > summary > p:only-child {
display: inline;
}
pre code {
padding: 0;
}
</style>
<style type="text/css">
.dropdown-submenu {
position: relative;
}
.dropdown-submenu>.dropdown-menu {
top: 0;
left: 100%;
margin-top: -6px;
margin-left: -1px;
border-radius: 0 6px 6px 6px;
}
.dropdown-submenu:hover>.dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-submenu>a:after {
display: block;
content: " ";
float: right;
width: 0;
height: 0;
border-color: transparent;
border-style: solid;
border-width: 5px 0 5px 5px;
border-left-color: #cccccc;
margin-top: 5px;
margin-right: -10px;
}
.dropdown-submenu:hover>a:after {
border-left-color: #adb5bd;
}
.dropdown-submenu.pull-left {
float: none;
}
.dropdown-submenu.pull-left>.dropdown-menu {
left: -100%;
margin-left: 10px;
border-radius: 6px 0 6px 6px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu anchor
href = window.location.pathname
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1)
if (href === "")
href = "index.html";
var menuAnchor = $('a[href="' + href + '"]');
// mark the anchor link active (and if it's in a dropdown, also mark that active)
var dropdown = menuAnchor.closest('li.dropdown');
if (window.bootstrap) { // Bootstrap 4+
menuAnchor.addClass('active');
dropdown.find('> .dropdown-toggle').addClass('active');
} else { // Bootstrap 3
menuAnchor.parent().addClass('active');
dropdown.addClass('active');
}
// Navbar adjustments
var navHeight = $(".navbar").first().height() + 15;
var style = document.createElement('style');
var pt = "padding-top: " + navHeight + "px; ";
var mt = "margin-top: -" + navHeight + "px; ";
var css = "";
// offset scroll position for anchor links (for fixed navbar)
for (var i = 1; i <= 6; i++) {
css += ".section h" + i + "{ " + pt + mt + "}\n";
}
style.innerHTML = "body {" + pt + "padding-bottom: 40px; }\n" + css;
document.head.appendChild(style);
});
</script>
<!-- tabsets -->
<style type="text/css">
.tabset-dropdown > .nav-tabs {
display: inline-table;
max-height: 500px;
min-height: 44px;
overflow-y: auto;
border: 1px solid #ddd;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active:before, .tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open:before {
content: "\e259";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li.active:before {
content: "\e258";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
border: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active {
display: block;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:focus,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
border: none;
display: inline-block;
border-radius: 4px;
background-color: transparent;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li {
display: block;
float: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li {
display: none;
}
</style>
<!-- code folding -->
<style type="text/css">
.code-folding-btn { margin-bottom: 4px; }
</style>
<style type="text/css">
#TOC {
margin: 25px 0px 20px 0px;
}
@media (max-width: 768px) {
#TOC {
position: relative;
width: 100%;
}
}
@media print {
.toc-content {
/* see https://github.com/w3c/csswg-drafts/issues/4434 */
float: right;
}
}
.toc-content {
padding-left: 30px;
padding-right: 40px;
}
div.main-container {
max-width: 1200px;
}
div.tocify {
width: 20%;
max-width: 260px;
max-height: 85%;
}
@media (min-width: 768px) and (max-width: 991px) {
div.tocify {
width: 25%;
}
}
@media (max-width: 767px) {
div.tocify {
width: 100%;
max-width: none;
}
}
.tocify ul, .tocify li {
line-height: 20px;
}
.tocify-subheader .tocify-item {
font-size: 0.90em;
}
.tocify .list-group-item {
border-radius: 0px;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="container-fluid main-container">
<!-- setup 3col/9col grid for toc_float and main content -->
<div class="row">
<div class="col-xs-12 col-sm-4 col-md-3">
<div id="TOC" class="tocify">
</div>
</div>
<div class="toc-content col-xs-12 col-sm-8 col-md-9">
<div class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-bs-toggle="collapse" data-target="#navbar" data-bs-target="#navbar">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="index.html">Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798</a>
</div>
<div id="navbar" class="navbar-collapse collapse">
<ul class="nav navbar-nav">
<li>
<a href="index.html">Início</a>
</li>
<li>
<a href="intro_ciencia_aberta.html">O que é ciência aberta?</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Dados abertos
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="dados_abertos.html">O que são dados abertos?</a>
</li>
<li>
<a href="metadata_EML.html">Metadados</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="Organizacao_dir_local.html">Organização local</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Versionamento
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="basics_git.html">ABC do versionamento</a>
</li>
<li>
<a href="commits-travel.html">Viajando no tempo</a>
</li>
<li>
<a href="colabs_github.html">Trabalho colaborativo</a>
</li>
<li>
<a href="gitgnore.html">Ignorando arquivos</a>
</li>
<li>
<a href="conflitos.html">Resolvendo conflitos</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Programação letrada
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rmarkdown-basics.html">Rmarkdown</a>
</li>
<li>
<a href="sites-basics.html">Sites</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Avançado
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rocker-basics.html">Containers</a>
</li>
<li>
<a href="targets_basics.html">Pipelines com Targets</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="publicacoes.html">Acesso aberto</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Outras tendências
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="pre-registro.html">Pré-registro</a>
</li>
<li>
<a href="revisao-codigo.html">Revisão de código</a>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
<ul class="nav navbar-nav navbar-right">
</ul>
</div><!--/.nav-collapse -->
</div><!--/.container -->
</div><!--/.navbar -->
<div id="header">
<div class="btn-group pull-right float-right">
<button type="button" class="btn btn-default btn-xs btn-secondary btn-sm dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" data-bs-toggle="dropdown" aria-haspopup="true" aria-expanded="false"><span>Code</span> <span class="caret"></span></button>
<ul class="dropdown-menu dropdown-menu-right" style="min-width: 50px;">
<li><a id="rmd-download-source" href="#">Download Rmd</a></li>
</ul>
</div>
<h1 class="title toc-ignore">Boas Práticas e Ferramentas da Ciência
Aberta na Ecologia - BIE5798</h1>
</div>
<div id="apresentação" class="section level1">
<h1>Apresentação</h1>
<p>Olá!</p>
<p>Obrigado pelo interesse em participar da disciplina “Boas Práticas e
Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798”, que será
ministrada entre os dias <strong>07 e 11 de Agosto de 2023</strong> no
Departamento de Ecologia, IB-USP, São Paulo. Nesta disciplina serão
abordados conceitos teóricos, tendências e ferramentas práticas para
desenvolver pesquisas que vão ao encontro dos princípios e movimento da
ciência aberta.</p>
<p>Este sítio servirá como um guia para nossas aulas. Nele vocês
encontrarão os materiais necessários (<a
href="https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798">dados</a>)
bem como os scripts que utilizaremos durante as aulas para as atividades
práticas. Ah! O site continuará funcionando após o término da
disciplina, portanto, sempre que tiver alguma dúvida é só voltar aqui e
revisitar o que vimos nas aulas.</p>
</div>
<div id="ministrantes" class="section level1">
<h1>Ministrantes</h1>
<p>O curso será ministrado por Melina Leite e Gabriel Nakamura.</p>
<div id="melina" class="section level2">
<h2>Melina</h2>
<p><img src="figs/melina-foto.png" width="20%" /></p>
<p>Sou ecóloga e cientista de dados no departamento de Ecologia da USP.
Tenho graduação em biologia (UFRJ), mestrado (UFRJ) e doutorado em
Ecologia (USP). Acumulei também um MBA em Gestão Ambiental (Poli-USP) e
MBA em Ciência de Dados (ESALQ-USP). Ao longo dos anos trabalhei em
diferentes áreas da ecologia e biologia da conservação como ecologia da
paisagem, de eomunidades, de populações e ecologia aplicada. Tenho
bastante interesse na aplicação métodos estatísticos para descobertas
ecológicas (modelos mistos são meu xodó). Adoro escalada, trilhas e
esportes de aventura no geral! Ah, e sou uma entusiasta do movimento da
<strong>Ciência Aberta</strong>!!</p>
<p>Para me achar e saber mais sobre mim, veja meu <a
href="https://melinaleite.weebly.com/">site</a>.</p>
</div>
<div id="gabriel" class="section level2">
<h2>Gabriel</h2>
<p><img src="figs/gabriel-avatar.jpg" width="20%" /></p>
<p>Gabriel é formado em licenciatura em Ciências Biológicas (apesar da
dúvida entre Ciências Sociais e História), fez algumas andanças de
difícil reprodutibilidade para obter o mestrado (Ecologia e Conservação
UFMS) e doutorado (Ecologia UFRGS). Após um tempo fora (posdoc Texas
A&M University), a saudade do pequi e da guariroba do cerrado
falaram mais alto e atualmente trabalha na Universidade Federal de Goiás
como posdoc do INCT-EECBio. Atualmente vem desenvolvendo métodos e
ferramentas estatísticas em ecologia de comunidades, macroecologia e
macroevolução. Tem interesse também em entender os viéses da dinâmica de
produção científica. <a
href="http://lattes.cnpq.br/2456515948049565">Aqui</a> um pouquinho mais
do que venho desenvolvendo.</p>
</div>
</div>
<div id="cronograma-das-aulas" class="section level1">
<h1>Cronograma das aulas</h1>
<p>Abaixo está o cronograma das aulas que iremos seguir. Algumas coisas
podem mudar (mais ou menos tempo gasto) dependendo do andamento das
atividades práticas.</p>
<table class="gmisc_table" style="border-collapse: collapse; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em;">
<thead>
<tr>
<th style="border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey;">
</th>
<th style="font-weight: 900; border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
7 Ago
</th>
<th style="font-weight: 900; border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey; text-align: center;">
8 Ago
</th>
<th style="font-weight: 900; border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
9 Ago
</th>
<th style="font-weight: 900; border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey; text-align: center;">
10 Ago
</th>
<th style="font-weight: 900; border-bottom: 1px solid grey; border-top: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
11 Ago
</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align: left;">
Manhã 9-12h
</td>
<td style="background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Ciência Aberta + Apresentação da disciplina.
</td>
<td style="text-align: center;">
Organização local de projetos: pastas, scripts limpos, etc
</td>
<td style="background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Git, Github, integração
</td>
<td style="text-align: center;">
Literate programming/ Rmarkdown/ Integração contínua
</td>
<td style="background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Publicação em acesso aberto: Preprints, tipos de acesso aberto
</td>
</tr>
<tr>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; text-align: left;">
Tarde 14-17h
</td>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Dados abertos: plano de gestão, organização, metadados, publicação
</td>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; text-align: center;">
Controle de versão
</td>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Prática em controle de versão/ Ações básicas
</td>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; text-align: center;">
Dockers e Target
</td>
<td style="border-bottom: 2px solid grey; background-color: #e6e6f0; text-align: center;">
Finalização e Feedbacks
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p><strong>OBS 1</strong>: O início das aulas matinais será aberto para
dúvidas e discussões em grupo sobre assuntos de dias anteriores.
<strong>OBS 2</strong>: O fim das aulas vespertinas (16-17h) também
serão livres para discussões e dúvidas de projetos individuais.</p>
</div>
<div id="preparação-pré-aula-e-materiais-para-práticas"
class="section level1">
<h1>Preparação pré-aula e materiais para práticas</h1>
<p>Aqui algumas informações sobre os materiais utilizados durante esta
aula, os pacotes estatísticos necessários para realizar as atividades
práticas e algumas coisas importantes para fazer antes do primeiro dia
de aula.</p>
<div id="programasplatarformas-utilizadas" class="section level2">
<h2>Programas/platarformas utilizadas:</h2>
<p>Você precisará ter instaldo previamente a última versão do <a
href="https://cran.r-project.org/">R</a> e <a
href="https://posit.co/downloads/">Rstudio Desktop</a>, e também deverá
ter uma conta no <a href="https://github.com/pricing">GitHub</a>. Todas
as ferramentas são gratuitas ou têm versão gratuita. Traga seu
computador para as aulas <strong>TODOS OS DIAS</strong>!</p>
</div>
<div id="dados" class="section level2">
<h2>Dados</h2>
<p>Com o intuito de manter o foco na compreensão dos conceitos e
processos que serão ensinados, preferimos utilizar um material único
compartilhado com toda turma. Para tanto vamos utilizar conjuntos de
dados disponíveis em outros tutoriais como o <a
href="https://livingnorway.github.io/LivingNorwayR/articles/LNWorkshopExample_TOV-E.html">Living
Norway Project</a>, os dados do pacote <a
href="https://github.com/ropensci/EML/tree/master/inst/examples">EML</a>
e um conjunto de dados chamado <strong>Palmer Penguins</strong>. Todos
os dados já estão presentes no repositório deste curso, portanto, tudo
que você deve fazer é o download deste repositório para o seu
computador.</p>
<p>Para fazer o download deste repositório é só clicar neste botão</p>
<a href="https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798/archive/refs/heads/master.zip">
<button class="btn btn-danger"><i class="fa fa-save"></i> Download do repositório</button>
</a>
</div>
</div>
<div id="rmd-source-code">---
title: "Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798"
---

# Apresentação

Olá!

Obrigado pelo interesse em participar da disciplina "Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798", que será ministrada entre os dias **07 e 11 de Agosto de 2023** no Departamento de Ecologia, IB-USP, São Paulo. Nesta disciplina serão abordados conceitos teóricos, tendências e ferramentas práticas para desenvolver pesquisas que vão ao encontro dos princípios e movimento da ciência aberta. 

Este sítio servirá como um guia para nossas aulas. Nele vocês encontrarão os materiais necessários ([dados](https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798)) bem como os scripts que utilizaremos durante as aulas para as atividades práticas. Ah! O site continuará funcionando após o término da disciplina, portanto, sempre que tiver alguma dúvida é só voltar aqui e revisitar o que vimos nas aulas.

# Ministrantes

O curso será ministrado por Melina Leite e Gabriel Nakamura.


## Melina

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="20%"}
knitr::include_graphics("figs/melina-foto.png")
```

Sou ecóloga e cientista de dados no departamento de Ecologia da USP. Tenho graduação em biologia (UFRJ), mestrado (UFRJ) e doutorado em Ecologia (USP). Acumulei também um MBA em Gestão Ambiental (Poli-USP) e MBA em Ciência de Dados (ESALQ-USP). Ao longo dos anos trabalhei em diferentes áreas da ecologia e biologia da conservação como ecologia da paisagem, de eomunidades, de populações e ecologia aplicada. Tenho bastante interesse na aplicação métodos estatísticos para descobertas ecológicas (modelos mistos são meu xodó). Adoro escalada, trilhas e esportes de aventura no geral! Ah, e sou uma entusiasta do movimento da **Ciência Aberta**!! 

Para me achar e saber mais sobre mim, veja meu [site](https://melinaleite.weebly.com/).


## Gabriel

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="20%"}
knitr::include_graphics("figs/gabriel-avatar.jpg")
```

Gabriel é formado em licenciatura em Ciências Biológicas (apesar da dúvida entre Ciências Sociais e História), fez algumas andanças de difícil reprodutibilidade para obter o mestrado (Ecologia e Conservação UFMS) e doutorado (Ecologia UFRGS). Após um tempo fora (posdoc Texas A&M University), a saudade do pequi e da guariroba do cerrado falaram mais alto e atualmente trabalha na Universidade Federal de Goiás como posdoc do INCT-EECBio. Atualmente vem desenvolvendo  métodos e ferramentas estatísticas em ecologia de comunidades, macroecologia e macroevolução. Tem interesse também em entender os viéses da dinâmica de produção científica. [Aqui](http://lattes.cnpq.br/2456515948049565) um pouquinho mais do que venho desenvolvendo.


# Cronograma das aulas

Abaixo está o cronograma das aulas que iremos seguir. Algumas coisas podem mudar (mais ou menos tempo gasto) dependendo do andamento das atividades práticas.

```{r, eval=T, echo=FALSE}
crono <- suppressWarnings(read.csv("cronograma.csv", header = T, sep = ","))  
rownames(crono) <- c("Manhã \n 9-12h", "Tarde \n 14-17h")
colnames(crono) <- paste(7:11, ("Ago"), sep = " ")
crono[1, 1] <- c("Ciência Aberta + Apresentação da disciplina. ")
crono[2, 1] <- c("Dados abertos: plano de gestão, organização, metadados, publicação")
crono[1, 2] <- c("Organização local de projetos: pastas, scripts limpos, etc")
crono[2, 2] <- c("Controle de versão")
crono[1, 3] <- c("Git, Github, integração")
#crono[2, 3] <- c("Git, Github, integração - Prática") #foi sobrescrito pela debaixo
crono[2, 3] <- c("Prática em controle de versão/ Ações básicas")
#crono[1, 4] <- c("Prática em controle de versão/ Forks, commits, pull requests")
#crono[2, 4] <- c("Prática em controle de versão/ Forks, commits, pull requests/ Pacotes")
crono[1, 4] <- c("Literate programming/ Rmarkdown/ Integração contínua")
crono[2, 4] <- c("Dockers e Target")
crono[1, 5] <- c("Publicação em acesso aberto: Preprints, tipos de acesso aberto")
crono[2, 5] <- c("Finalização e Feedbacks")

#DT::datatable(crono, editable = "cell")
```

```{r, eval=T, echo=FALSE}
crono |>
  htmlTable::addHtmlTableStyle(col.columns = rep(c("#E6E6F0","none"), 3)) |>
  htmlTable::htmlTable()
```


**OBS 1**: O início das aulas matinais será aberto para dúvidas e discussões em grupo sobre assuntos de dias anteriores. 
**OBS 2**: O fim das aulas vespertinas (16-17h) também serão livres para discussões e dúvidas de projetos individuais.

# Preparação pré-aula e materiais para práticas

Aqui algumas informações sobre os materiais utilizados durante esta aula, os pacotes estatísticos necessários para realizar as atividades práticas e algumas coisas importantes para fazer antes do primeiro dia de aula.

## Programas/platarformas utilizadas:

Você precisará ter instaldo previamente a última versão do [R](https://cran.r-project.org/) e [Rstudio Desktop](https://posit.co/downloads/), e também deverá ter uma conta no [GitHub](https://github.com/pricing). Todas as ferramentas são gratuitas ou têm versão gratuita. Traga seu computador para as aulas **TODOS OS DIAS**! 

## Dados

Com o intuito de manter o foco na compreensão dos conceitos e processos que serão ensinados, preferimos utilizar um material único compartilhado com toda turma. Para tanto vamos utilizar conjuntos de dados disponíveis em outros tutoriais como o [Living Norway Project](https://livingnorway.github.io/LivingNorwayR/articles/LNWorkshopExample_TOV-E.html), os dados do pacote [EML](https://github.com/ropensci/EML/tree/master/inst/examples) e um conjunto de dados chamado **Palmer Penguins**. Todos os dados já estão presentes no repositório deste curso, portanto, tudo que você deve fazer é o download deste repositório para o seu computador.


Para fazer o download deste repositório é só clicar neste botão

```{r echo=FALSE,eval=TRUE}
library(downloadthis)
download_link(
  link = "https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798/archive/refs/heads/master.zip",
  button_label = "Download do repositório",
  button_type = "danger",
  has_icon = TRUE,
  icon = "fa fa-save",
  self_contained = FALSE
)
```


</div>
</div>
</div>
</div>
<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.odd').parent('tbody').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- tabsets -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open');
});
});
</script>
<!-- code folding -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.initializeSourceEmbed("index.Rmd");
});
</script>
<script>
$(document).ready(function () {
// temporarily add toc-ignore selector to headers for the consistency with Pandoc
$('.unlisted.unnumbered').addClass('toc-ignore')
// move toc-ignore selectors from section div to header
$('div.section.toc-ignore')
.removeClass('toc-ignore')
.children('h1,h2,h3,h4,h5').addClass('toc-ignore');
// establish options
var options = {
selectors: "h1,h2,h3",
theme: "bootstrap3",
context: '.toc-content',
hashGenerator: function (text) {
return text.replace(/[.\\/?&!#<>]/g, '').replace(/\s/g, '_');
},
ignoreSelector: ".toc-ignore",
scrollTo: 0
};
options.showAndHide = true;
options.smoothScroll = true;
// tocify
var toc = $("#TOC").tocify(options).data("toc-tocify");
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML";
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>