/
rmarkdown-basics.html
763 lines (668 loc) · 32.2 KB
/
rmarkdown-basics.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="generator" content="pandoc" />
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EDGE" />
<meta name="author" content="Gabriel Nakamura" />
<meta name="date" content="2023-08-17" />
<title>R markdown</title>
<script src="site_libs/header-attrs-2.17/header-attrs.js"></script>
<script src="site_libs/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<link href="site_libs/bootstrap-3.3.5/css/flatly.min.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script>
<style>h1 {font-size: 34px;}
h1.title {font-size: 38px;}
h2 {font-size: 30px;}
h3 {font-size: 24px;}
h4 {font-size: 18px;}
h5 {font-size: 16px;}
h6 {font-size: 12px;}
code {color: inherit; background-color: rgba(0, 0, 0, 0.04);}
pre:not([class]) { background-color: white }</style>
<script src="site_libs/jqueryui-1.11.4/jquery-ui.min.js"></script>
<link href="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/tabsets.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/codefolding.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/sourceembed.js"></script>
<link href="site_libs/vembedr-0.1.5/css/vembedr.css" rel="stylesheet" />
<style type="text/css">
code{white-space: pre-wrap;}
span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
span.underline{text-decoration: underline;}
div.column{display: inline-block; vertical-align: top; width: 50%;}
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
ul.task-list{list-style: none;}
</style>
<style type="text/css">
code {
white-space: pre;
}
.sourceCode {
overflow: visible;
}
</style>
<style type="text/css" data-origin="pandoc">
pre > code.sourceCode { white-space: pre; position: relative; }
pre > code.sourceCode > span { display: inline-block; line-height: 1.25; }
pre > code.sourceCode > span:empty { height: 1.2em; }
.sourceCode { overflow: visible; }
code.sourceCode > span { color: inherit; text-decoration: inherit; }
div.sourceCode { margin: 1em 0; }
pre.sourceCode { margin: 0; }
@media screen {
div.sourceCode { overflow: auto; }
}
@media print {
pre > code.sourceCode { white-space: pre-wrap; }
pre > code.sourceCode > span { text-indent: -5em; padding-left: 5em; }
}
pre.numberSource code
{ counter-reset: source-line 0; }
pre.numberSource code > span
{ position: relative; left: -4em; counter-increment: source-line; }
pre.numberSource code > span > a:first-child::before
{ content: counter(source-line);
position: relative; left: -1em; text-align: right; vertical-align: baseline;
border: none; display: inline-block;
-webkit-touch-callout: none; -webkit-user-select: none;
-khtml-user-select: none; -moz-user-select: none;
-ms-user-select: none; user-select: none;
padding: 0 4px; width: 4em;
color: #aaaaaa;
}
pre.numberSource { margin-left: 3em; border-left: 1px solid #aaaaaa; padding-left: 4px; }
div.sourceCode
{ background-color: #f8f8f8; }
@media screen {
pre > code.sourceCode > span > a:first-child::before { text-decoration: underline; }
}
code span.al { color: #ef2929; } /* Alert */
code span.an { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Annotation */
code span.at { color: #204a87; } /* Attribute */
code span.bn { color: #0000cf; } /* BaseN */
code span.cf { color: #204a87; font-weight: bold; } /* ControlFlow */
code span.ch { color: #4e9a06; } /* Char */
code span.cn { color: #8f5902; } /* Constant */
code span.co { color: #8f5902; font-style: italic; } /* Comment */
code span.cv { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* CommentVar */
code span.do { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Documentation */
code span.dt { color: #204a87; } /* DataType */
code span.dv { color: #0000cf; } /* DecVal */
code span.er { color: #a40000; font-weight: bold; } /* Error */
code span.ex { } /* Extension */
code span.fl { color: #0000cf; } /* Float */
code span.fu { color: #204a87; font-weight: bold; } /* Function */
code span.im { } /* Import */
code span.in { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Information */
code span.kw { color: #204a87; font-weight: bold; } /* Keyword */
code span.op { color: #ce5c00; font-weight: bold; } /* Operator */
code span.ot { color: #8f5902; } /* Other */
code span.pp { color: #8f5902; font-style: italic; } /* Preprocessor */
code span.sc { color: #ce5c00; font-weight: bold; } /* SpecialChar */
code span.ss { color: #4e9a06; } /* SpecialString */
code span.st { color: #4e9a06; } /* String */
code span.va { color: #000000; } /* Variable */
code span.vs { color: #4e9a06; } /* VerbatimString */
code span.wa { color: #8f5902; font-weight: bold; font-style: italic; } /* Warning */
</style>
<script>
// apply pandoc div.sourceCode style to pre.sourceCode instead
(function() {
var sheets = document.styleSheets;
for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
if (sheets[i].ownerNode.dataset["origin"] !== "pandoc") continue;
try { var rules = sheets[i].cssRules; } catch (e) { continue; }
var j = 0;
while (j < rules.length) {
var rule = rules[j];
// check if there is a div.sourceCode rule
if (rule.type !== rule.STYLE_RULE || rule.selectorText !== "div.sourceCode") {
j++;
continue;
}
var style = rule.style.cssText;
// check if color or background-color is set
if (rule.style.color === '' && rule.style.backgroundColor === '') {
j++;
continue;
}
// replace div.sourceCode by a pre.sourceCode rule
sheets[i].deleteRule(j);
sheets[i].insertRule('pre.sourceCode{' + style + '}', j);
}
}
})();
</script>
<style type="text/css">
#rmd-source-code {
display: none;
}
</style>
<style type = "text/css">
.main-container {
max-width: 940px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
img {
max-width:100%;
}
.tabbed-pane {
padding-top: 12px;
}
.html-widget {
margin-bottom: 20px;
}
button.code-folding-btn:focus {
outline: none;
}
summary {
display: list-item;
}
details > summary > p:only-child {
display: inline;
}
pre code {
padding: 0;
}
</style>
<style type="text/css">
.dropdown-submenu {
position: relative;
}
.dropdown-submenu>.dropdown-menu {
top: 0;
left: 100%;
margin-top: -6px;
margin-left: -1px;
border-radius: 0 6px 6px 6px;
}
.dropdown-submenu:hover>.dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-submenu>a:after {
display: block;
content: " ";
float: right;
width: 0;
height: 0;
border-color: transparent;
border-style: solid;
border-width: 5px 0 5px 5px;
border-left-color: #cccccc;
margin-top: 5px;
margin-right: -10px;
}
.dropdown-submenu:hover>a:after {
border-left-color: #adb5bd;
}
.dropdown-submenu.pull-left {
float: none;
}
.dropdown-submenu.pull-left>.dropdown-menu {
left: -100%;
margin-left: 10px;
border-radius: 6px 0 6px 6px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu anchor
href = window.location.pathname
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1)
if (href === "")
href = "index.html";
var menuAnchor = $('a[href="' + href + '"]');
// mark the anchor link active (and if it's in a dropdown, also mark that active)
var dropdown = menuAnchor.closest('li.dropdown');
if (window.bootstrap) { // Bootstrap 4+
menuAnchor.addClass('active');
dropdown.find('> .dropdown-toggle').addClass('active');
} else { // Bootstrap 3
menuAnchor.parent().addClass('active');
dropdown.addClass('active');
}
// Navbar adjustments
var navHeight = $(".navbar").first().height() + 15;
var style = document.createElement('style');
var pt = "padding-top: " + navHeight + "px; ";
var mt = "margin-top: -" + navHeight + "px; ";
var css = "";
// offset scroll position for anchor links (for fixed navbar)
for (var i = 1; i <= 6; i++) {
css += ".section h" + i + "{ " + pt + mt + "}\n";
}
style.innerHTML = "body {" + pt + "padding-bottom: 40px; }\n" + css;
document.head.appendChild(style);
});
</script>
<!-- tabsets -->
<style type="text/css">
.tabset-dropdown > .nav-tabs {
display: inline-table;
max-height: 500px;
min-height: 44px;
overflow-y: auto;
border: 1px solid #ddd;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active:before, .tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open:before {
content: "\e259";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li.active:before {
content: "\e258";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
border: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active {
display: block;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:focus,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
border: none;
display: inline-block;
border-radius: 4px;
background-color: transparent;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li {
display: block;
float: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li {
display: none;
}
</style>
<!-- code folding -->
<style type="text/css">
.code-folding-btn { margin-bottom: 4px; }
</style>
<style type="text/css">
#TOC {
margin: 25px 0px 20px 0px;
}
@media (max-width: 768px) {
#TOC {
position: relative;
width: 100%;
}
}
@media print {
.toc-content {
/* see https://github.com/w3c/csswg-drafts/issues/4434 */
float: right;
}
}
.toc-content {
padding-left: 30px;
padding-right: 40px;
}
div.main-container {
max-width: 1200px;
}
div.tocify {
width: 20%;
max-width: 260px;
max-height: 85%;
}
@media (min-width: 768px) and (max-width: 991px) {
div.tocify {
width: 25%;
}
}
@media (max-width: 767px) {
div.tocify {
width: 100%;
max-width: none;
}
}
.tocify ul, .tocify li {
line-height: 20px;
}
.tocify-subheader .tocify-item {
font-size: 0.90em;
}
.tocify .list-group-item {
border-radius: 0px;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="container-fluid main-container">
<!-- setup 3col/9col grid for toc_float and main content -->
<div class="row">
<div class="col-xs-12 col-sm-4 col-md-3">
<div id="TOC" class="tocify">
</div>
</div>
<div class="toc-content col-xs-12 col-sm-8 col-md-9">
<div class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-bs-toggle="collapse" data-target="#navbar" data-bs-target="#navbar">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="index.html">Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798</a>
</div>
<div id="navbar" class="navbar-collapse collapse">
<ul class="nav navbar-nav">
<li>
<a href="index.html">Início</a>
</li>
<li>
<a href="intro_ciencia_aberta.html">O que é ciência aberta?</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Dados abertos
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="dados_abertos.html">O que são dados abertos?</a>
</li>
<li>
<a href="metadata_EML.html">Metadados</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="Organizacao_dir_local.html">Organização local</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Versionamento
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="basics_git.html">ABC do versionamento</a>
</li>
<li>
<a href="commits-travel.html">Viajando no tempo</a>
</li>
<li>
<a href="colabs_github.html">Trabalho colaborativo</a>
</li>
<li>
<a href="gitgnore.html">Ignorando arquivos</a>
</li>
<li>
<a href="conflitos.html">Resolvendo conflitos</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Programação letrada
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rmarkdown-basics.html">Rmarkdown</a>
</li>
<li>
<a href="sites-basics.html">Sites</a>
</li>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Avançado
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="rocker-basics.html">Containers</a>
</li>
<li>
<a href="targets_basics.html">Pipelines com Targets</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="publicacoes.html">Acesso aberto</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" data-bs-toggle="dropdown" aria-expanded="false">
Outras tendências
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="pre-registro.html">Pré-registro</a>
</li>
<li>
<a href="revisao-codigo.html">Revisão de código</a>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
<ul class="nav navbar-nav navbar-right">
</ul>
</div><!--/.nav-collapse -->
</div><!--/.container -->
</div><!--/.navbar -->
<div id="header">
<div class="btn-group pull-right float-right">
<button type="button" class="btn btn-default btn-xs btn-secondary btn-sm dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" data-bs-toggle="dropdown" aria-haspopup="true" aria-expanded="false"><span>Code</span> <span class="caret"></span></button>
<ul class="dropdown-menu dropdown-menu-right" style="min-width: 50px;">
<li><a id="rmd-download-source" href="#">Download Rmd</a></li>
</ul>
</div>
<h1 class="title toc-ignore">R markdown</h1>
<h4 class="author">Gabriel Nakamura</h4>
<h4 class="date">2023-08-17</h4>
</div>
<div id="programação-literada-e-r-markdown" class="section level1">
<h1>Programação literada e R markdown</h1>
<p>Programação literada é a tradução livre do termo em inglês
<em>literate programming</em>, que significa criar documentos que são
possíveis de serem lidos tanto por humanos quanto por máquinas
(computadores). No contexto deste curso, programação literada significa
basicamente a possibilidade de misturar em um mesmo documento textos e
pedaços de códigos.</p>
<p>Se ainda é muito abstrato este conceito, um exemplo de textos
produzidos usando programação literada é… este texto que você lê nesse
momento. Ao longo de todo o curso vimos textos misturados com pedaços de
código, de modo que a cada vez que precisasse acessar um código e o
significado do que ele faz você pode encontrar tudo em um mesmo
lugar.</p>
</div>
<div id="r-markdown" class="section level1">
<h1>R markdown</h1>
<p>R markdown é, nas palavras dos próprios criadores, um conjunto de
ferramentas que possibilita produzir documentos que seguem as bases do
literate programming. O R markdown pode ser utilizado tanto para a
simples produção de documentos onde incluímos códigos no meio para nossa
própria conveniência, como para produzir documentos em outros formatos
(html, docx, latex etc) para estender a comunicação dos achados
científicos (ou produzir um blog).</p>
<p>Portanto, podemos dizer, de maneira geral, que o R markdown
possibilita a produção de documentos em linguagens que nós nem sabemos
escrever (e.g. não sei escrever em html, consigo produzir sites a partir
de Rmarkdow). Para quem gosta do famoso Guia do Mochileiro das Galáxias,
o R markdown (juntamente com os pacotes <code>knitr</code>,
<code>pandoc</code>) funciona como o peixe Babel, mesmo que você não
fale uma dada língua, o peixe faz o trabalho de tradução para você. A
vantagem é que com o R markdown não há nenhuma necessidade de colocar
nada desagradável na orelha :)</p>
<div class="figure">
<img src="figs/babelfish.jpeg" alt="R markdown é como um peixe Babel, ele faz você falar uma linguagem mesmo não sabendo" width="220" />
<p class="caption">
R markdown é como um peixe Babel, ele faz você falar uma linguagem mesmo
não sabendo
</p>
</div>
<div id="produzindo-um-documento-r-markdown" class="section level2">
<h2>Produzindo um documento R markdown</h2>
<p>Para produzir um documento R markdown é extremamente simples. Basta
clicar na parte superior do RStudio em File, depois New File e
selecionar R Markdown. Isso vai fazer com que ele abra um documento R
Markdown (.Rmd) numa nova aba do seu RStudio. Agora vamos ver os
componentes de um Rmd</p>
<div id="o-documento-yml" class="section level3">
<h3>o documento yml</h3>
<p>O yml é o regente do seu documento markdown. Nele vamos encontrar
todas as instruções sobre o documento que estamos produzindo, incluindo
o nome, a data, o autor e qual será o documento que será gerado a partir
daquele .Rmd. Nesse caso, como podemos ver na figura abaixo, o yml é bem
simples, e derá origem a um documento no formato .html</p>
<p><img src="figs/rmarkdown-yml.png" width="1277" /></p>
<p>O yml pode ser simples como o que vimos anteriormente, ou pode ser
mais complicado, com mais elementos, tal como o yml que passa as
instruções para construir o site deste material</p>
<p><img src="figs/rmarkdown-yml-morecomplicated.png" width="834" /></p>
<p>De maneira geral, o importante é entender que o yml é o elemento que
rege a forma que o documento será construído. Para sites (o motivo pelo
qual eu mais uso o R markdown), o output no formato
<code>html_document</code> já é suficiente.</p>
</div>
<div id="chuncks-de-código" class="section level3">
<h3>chuncks de código</h3>
<p>A imagem abaixo oferece um bom exemplo do que são
<strong>chunks</strong></p>
<div class="figure">
<img src="figs/chunck-chocolate.jpeg" alt="Um exemplo de chunks, mas não como você está pensando" width="60%" />
<p class="caption">
Um exemplo de chunks, mas não como você está pensando
</p>
</div>
<p>Nesta imagem acima os pedaços de chocolate inseridos no meio da massa
de cookie são chamados em inglês de chunks. Da mesma forma, mas menos
saborosa (ou tão saboroso quanto, não para o estômago), os códigos
embebidos no meio de pedaços de texto são chamados de chunks.</p>
<p>Para gerar chuncks de códigos você pode usar um atalho no teclado que
é <code>Cmd</code> + <code>option</code> + <code>I</code> (nos
computadores Mac), ou <code>Crtl</code> + <code>option</code> +
<code>I</code> (nos computadores Windows)</p>
<p>um chunck como esse vai aparecer</p>
<div class="sourceCode" id="cb1"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb1-1"><a href="#cb1-1" tabindex="-1"></a>knitr<span class="sc">::</span><span class="fu">include_graphics</span>(<span class="st">"figs/rmarkdown-chunck.png"</span>)</span></code></pre></div>
<p><img src="figs/rmarkdown-chunck.png" width="834" /></p>
<p>Os dois pedaços indicados com setas no meio do texto são os chunks de
código, repare que eles apresentam “argumentos” depois da letra
<code>r</code>, esses argumentos são instruções para dizer como o código
vai aparecer no texto final (que será produzido em formato .html neste
caso). Alguns argumentos importantes:</p>
<ul>
<li><p><code>echo</code> é um argumento lógico, se <code>TRUE</code>
indica que o código deve aparecer no documento gerado, se
<code>FALSE</code> indica que o código deve ser ocultado</p></li>
<li><p><code>eval</code> argumento lógico, se <code>TRUE</code> quer
dizer que o chunk deve ser avaliado, se <code>FALSE</code> ele não
rodará</p></li>
</ul>
<p>Estes são os argumentos mais importantes geralmente dentro de um
chunk. Outros argumentos existem, você pode checar eles ao inserir um
chunk e dentro dele apertar a tecla <code>Tab</code> do seu computador
no RStudio. Uma lista com todos os argumentos possíveis vai
aparecer.</p>
</div>
<div id="renderizando" class="section level3">
<h3>Renderizando</h3>
<p>Após finalizado o documento, ou se você quer ver o resultado parcial,
precisamos renderizar o documento. Isso é feito utilizando a função
<code>knit</code> do pacote <code>{knitr}</code>. Isso pode ser feito
através do console</p>
<div class="sourceCode" id="cb2"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb2-1"><a href="#cb2-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">library</span>(knitr)</span>
<span id="cb2-2"><a href="#cb2-2" tabindex="-1"></a><span class="fu">knit</span>()</span></code></pre></div>
<p>Ou ainda pode ser feito direto no RStudio clicando no botão knit na
parte superior do RStudio, como mostrado na figura abaixo</p>
<div class="sourceCode" id="cb3"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb3-1"><a href="#cb3-1" tabindex="-1"></a>knitr<span class="sc">::</span><span class="fu">include_graphics</span>(<span class="st">"figs/rmarkdown-knit-button.png"</span>)</span></code></pre></div>
<p><img src="figs/rmarkdown-knit-button.png" width="1274" /></p>
<p>Ao clicar no botão Knit o RStudio renderizará o documento R Markdown
para o formato estipulado no cabeçalho yml. Uma janela irá se abrir com
a demonstração do documento renderizado.</p>
<p>Documentos em R markdown auxiliam no processo de tornar a pesquisa
mais aberta e reprodutível, pois oferecem a possibilidade de produzir
documentos altamente explicativos com textos e códigos, que podem ser
utilizados posteriormente como suplemento para artigos ou ainda para
comunicar com seus colaboradores durante a elaboração de um estudo. Para
finalizar essa seção, um vídeo lembrando a importância da
reprodutibilidade em pesquisa.</p>
<div class="vembedr">
<div>
<iframe src="https://www.youtube.com/embed/7gYIs7uYbMo" width="533" height="300" frameborder="0" allowfullscreen="" data-external="1"></iframe>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="rmd-source-code">---
title: "R markdown"
author: "Gabriel Nakamura"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Programação literada e R markdown

Programação literada é a tradução livre do termo em inglês *literate programming*, que significa criar documentos que são possíveis de serem lidos tanto por humanos quanto por máquinas (computadores). No contexto deste curso, programação literada significa basicamente a possibilidade de misturar em um mesmo documento textos e pedaços de códigos.

Se ainda é muito abstrato este conceito, um exemplo de textos produzidos usando programação literada é... este texto que você lê nesse momento. Ao longo de todo o curso vimos textos misturados com pedaços de código, de modo que a cada vez que precisasse acessar um código e o significado do que ele faz você pode encontrar tudo em um mesmo lugar.

# R markdown 

R markdown é, nas palavras dos próprios criadores, um conjunto de ferramentas que possibilita produzir documentos que seguem as bases do literate programming. O R markdown pode ser utilizado tanto para a simples produção de documentos onde incluímos códigos no meio para nossa própria conveniência, como para produzir documentos em outros formatos (html, docx, latex etc) para estender a comunicação dos achados científicos (ou produzir um blog).

Portanto, podemos dizer, de maneira geral, que o R markdown possibilita a produção de documentos em linguagens que nós nem sabemos escrever (e.g. não sei escrever em html, consigo produzir sites a partir de Rmarkdow). Para quem gosta do famoso Guia do Mochileiro das Galáxias, o R markdown (juntamente com os pacotes `knitr`, `pandoc`) funciona como o peixe Babel, mesmo que você não fale uma dada língua, o peixe faz o trabalho de tradução para você. A vantagem é que com o R markdown não há nenhuma necessidade de colocar nada desagradável na orelha :)

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="R markdown é como um peixe Babel, ele faz você falar uma linguagem mesmo não sabendo"}
knitr::include_graphics("figs/babelfish.jpeg")
```

## Produzindo um documento R markdown

Para produzir um documento R markdown é extremamente simples. Basta clicar na parte superior do RStudio em File, depois New File e selecionar R Markdown. Isso vai fazer com que ele abra um documento R Markdown (.Rmd) numa nova aba do seu RStudio. Agora vamos ver os componentes de um Rmd

### o documento yml

O yml é o regente do seu documento markdown. Nele vamos encontrar todas as instruções sobre o documento que estamos produzindo, incluindo o nome, a data, o autor e qual será o documento que será gerado a partir daquele .Rmd. Nesse caso, como podemos ver na figura abaixo, o yml é bem simples, e derá origem a um documento no formato .html

```{r echo=FALSE,eval=TRUE}
knitr::include_graphics("figs/rmarkdown-yml.png")
```

O yml pode ser simples como o que vimos anteriormente, ou pode ser mais complicado, com mais elementos, tal como o yml que passa as instruções para construir o site deste material

```{r echo=FALSE,eval=TRUE}
knitr::include_graphics("figs/rmarkdown-yml-morecomplicated.png")
```

De maneira geral, o importante é entender que o yml é o elemento que rege a forma que o documento será construído. Para sites (o motivo pelo qual eu mais uso o R markdown), o output no formato `html_document` já é suficiente.

### chuncks de código

A imagem abaixo oferece um bom exemplo do que são **chunks**

```{r echo=FALSE,eval=TRUE,fig.cap="Um exemplo de chunks, mas não como você está pensando",out.width="60%"}
knitr::include_graphics("figs/chunck-chocolate.jpeg")
```

Nesta imagem acima os pedaços de chocolate inseridos no meio da massa de cookie são chamados em inglês de chunks. Da mesma forma, mas menos saborosa (ou tão saboroso quanto, não para o estômago), os códigos embebidos no meio de pedaços de texto são chamados de chunks. 

Para gerar chuncks de códigos você pode usar um atalho no teclado que é `Cmd` + `option` + `I` (nos computadores Mac), ou `Crtl` + `option` + `I` (nos computadores Windows)

um chunck como esse vai aparecer

```{r echo=TRUE,eval=TRUE}
knitr::include_graphics("figs/rmarkdown-chunck.png")
```

Os dois pedaços indicados com setas no meio do texto são os chunks de código, repare que eles apresentam "argumentos" depois da letra `r`, esses argumentos são instruções para dizer como o código vai aparecer no texto final (que será produzido em formato .html neste caso). Alguns argumentos importantes:

- `echo` é um argumento lógico, se `TRUE` indica que o código deve aparecer no documento gerado, se `FALSE` indica que o código deve ser ocultado

- `eval` argumento lógico, se `TRUE` quer dizer que o chunk deve ser avaliado, se `FALSE` ele não rodará

Estes são os argumentos mais importantes geralmente dentro de um chunk. Outros argumentos existem, você pode checar eles ao inserir um chunk e dentro dele apertar a tecla `Tab` do seu computador no RStudio. Uma lista com todos os argumentos possíveis vai aparecer.

### Renderizando 

Após finalizado o documento, ou se você quer ver o resultado parcial, precisamos renderizar o documento. Isso é feito utilizando a função `knit` do pacote `{knitr}`. Isso pode ser feito através do console

```{r echo=TRUE,eval=FALSE}
library(knitr)
knit()
```

Ou ainda pode ser feito direto no RStudio clicando no botão knit na parte superior do RStudio, como mostrado na figura abaixo

```{r echo=TRUE,eval=TRUE}
knitr::include_graphics("figs/rmarkdown-knit-button.png")
```

Ao clicar no botão Knit o RStudio renderizará o documento R Markdown para o formato estipulado no cabeçalho yml. Uma janela irá se abrir com a demonstração do documento renderizado.

Documentos em R markdown auxiliam no processo de tornar a pesquisa mais aberta e reprodutível, pois oferecem a possibilidade de produzir documentos altamente explicativos com textos e códigos, que podem ser utilizados posteriormente como suplemento para artigos ou ainda para comunicar com seus colaboradores durante a elaboração de um estudo. Para finalizar essa seção, um vídeo lembrando a importância da reprodutibilidade em pesquisa.

```{r echo=FALSE,eval=TRUE}
vembedr::embed_url("https://www.youtube.com/watch?v=7gYIs7uYbMo")
```


</div>
</div>
</div>
</div>
<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.odd').parent('tbody').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- tabsets -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open');
});
});
</script>
<!-- code folding -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.initializeSourceEmbed("rmarkdown-basics.Rmd");
});
</script>
<script>
$(document).ready(function () {
// temporarily add toc-ignore selector to headers for the consistency with Pandoc
$('.unlisted.unnumbered').addClass('toc-ignore')
// move toc-ignore selectors from section div to header
$('div.section.toc-ignore')
.removeClass('toc-ignore')
.children('h1,h2,h3,h4,h5').addClass('toc-ignore');
// establish options
var options = {
selectors: "h1,h2,h3",
theme: "bootstrap3",
context: '.toc-content',
hashGenerator: function (text) {
return text.replace(/[.\\/?&!#<>]/g, '').replace(/\s/g, '_');
},
ignoreSelector: ".toc-ignore",
scrollTo: 0
};
options.showAndHide = true;
options.smoothScroll = true;
// tocify
var toc = $("#TOC").tocify(options).data("toc-tocify");
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML";
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>