/
raa.R
142 lines (119 loc) · 4.69 KB
/
raa.R
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
#' ~ PSY - Import des raa
#'
#' Import du fichier raa
#'
#' Formats depuis 2012 pris en charge
#' Structure du nom du fichier attendu (sortie de Pivoine) :
#' \emph{finess.annee.moisc.rpa.txt}
#'
#' \strong{750712184.2016.3.rpa.txt}
#'
#' @param finess Finess du Out a importer : dans le nom du fichier
#' @param annee Annee PMSI (nb) des donnees sur 4 caracteres (2016)
#' @param mois Mois PMSI (nb) des données (janvier : 1, decembre : 12)
#' @param path Localisation du fichier de donnees
#' @param lib Ajout des libelles de colonnes aux tables, par defaut a \code{TRUE} ; necessite le package \code{sjlabelled}
#' @param tolower_names a TRUE les noms de colonnes sont tous en minuscules
#' @param ~... parametres supplementaires a passer
#' dans la fonction \code{\link[readr]{read_fwf}}, par exemple
#' \code{n_max = 1e3} pour lire les 1000 premieres lignes, \code{progress = F, skip = 1e3}
#'
#' @return Une table (data.frame, tibble) contenant les données raa.
#'
#' @examples
#' \dontrun{
#' raa <- iraa('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")
#' }
#'
#' @author G. Pressiat
#'
#' @seealso \code{\link{irpsa}},
#' utiliser un noyau de parametres avec \code{\link{noyau_pmeasyr}}
#' @usage iraa(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)
#' @export iraa
#' @export
iraa <- function(...){
UseMethod('iraa')
}
#' @export
iraa.pm_param <- function(params, ...){
new_par <- list(...)
param2 <- utils::modifyList(params, new_par)
do.call(iraa.default, param2)
}
#' @export
iraa.list <- function(l, ...){
.params <- l
new_par <- list(...)
param2 <- utils::modifyList(.params, new_par)
do.call(iraa.default, param2)
}
#' @export
iraa.default <- function(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...){
if (annee<2012|annee > 2024){
stop('Année PMSI non prise en charge\n')
}
if (mois<1|mois>12){
stop('Mois incorrect\n')
}
op <- options(digits.secs = 6)
un<-Sys.time()
format <- pmeasyr::formats %>% dplyr::filter(champ == 'psy', table == 'raa', an == substr(as.character(annee),3,4))
format$longueur[nrow(format)] <- NA
af <- format$longueur
libelles <- format$libelle
an <- format$nom
vec <- format$type
col_types <- vec
is_character <- vapply(col_types, is.character, logical(1))
col_concise <- function(x) {
switch(x,
"_" = ,
"-" = readr::col_skip(),
"?" = readr::col_guess(),
c = readr::col_character(),
D = readr::col_date(),
d = readr::col_double(),
i = readr::col_integer(),
l = readr::col_logical(),
n = readr::col_number(),
T = readr::col_datetime(),
t = readr::col_time(),
stop("Unknown shortcut: ", x, call. = FALSE)
)
}
col_types[is_character] <- lapply(col_types[is_character], col_concise)
at <- structure(
list(
cols = col_types
),
class = "col_spec"
)
extz <- function(x,pat){unlist(lapply(stringr::str_extract_all(x,pat),toString) )}
suppressWarnings(raa_i <- readr::read_fwf(paste0(path,"/",finess,".",annee,".",mois,".rpa.txt"),
readr::fwf_widths(af,an), col_types = at , na=character()))#, ...))
readr::problems(raa_i) -> synthese_import
raa_i <- raa_i %>%
dplyr::mutate(DP = stringr::str_trim(DP)) %>%
dplyr::mutate_at(dplyr::vars(dplyr::starts_with('DT'), dplyr::starts_with('DATE')), lubridate::dmy, quiet = TRUE) %>%
dplyr::mutate(ID_RAA = dplyr::row_number())
zad <- raa_i %>% dplyr::select(ID_RAA, IPP,DATE_ACTE, NBDA, ZAD) %>% dplyr::mutate(da = ifelse(NBDA>0,ZAD,""),
lda = stringr::str_extract_all(da, '.{1,8}'))
da <- purrr::flatten_chr(zad$lda)
df <- zad %>% dplyr::select(ID_RAA, IPP, DATE_ACTE, NBDA)
df <- as.data.frame(lapply(df, rep, df$NBDA), stringsAsFactors = F) %>% tibble::as_tibble()
da <- dplyr::bind_cols(df,data.frame(DA = stringr::str_trim(da), stringsAsFactors = F) ) %>% tibble::as_tibble() %>% dplyr::select(-NBDA)
raa_i$ZAD[is.na(raa_i$ZAD)] <- ""
raa_i <- raa_i %>% dplyr::mutate(das = extz(ZAD, ".{1,8}")) %>% dplyr::select(-ZAD)
if (lib == T){
raa_i <- raa_i %>% sjlabelled::set_label(c(libelles[-length(libelles)], "Numéro de ligne fichier RAA", "Stream DA ou facteurs associés"))
da <- da %>% sjlabelled::set_label(c("Numéro de ligne fichier RAA", 'N° identifiant permanent du patient',"Date de l'acte", 'Diagnostics et facteurs associés'))
}
if (tolower_names){
names(raa_i) <- tolower(names(raa_i))
names(da) <- tolower(names(da))
}
raa_1 = list(raa = raa_i, das = da)
attr(raa_1,"problems") <- synthese_import
return(raa_1)
}