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Arbo

Pipeline de análise de dados de exames de diagnóstico para arbovírus (RADIM).

Dependências

  1. Docker
  2. Linux ou WSL2 (Windows)

Instalando com Docker

Configurando Postgres

No diretório postgres faça as seguintes alterações:

  1. Crie um arquivo .env e preencha as informações com base no modelo .env.example. Estas serão as credenciais do usuário root do banco.

  2. Crie um arquivo create_database.sql com base no modelo create_database_example.sq e altere as credenciais dos usuários itps_dev e dagster. Este arquivo será executado na criação do banco e irá criar os usuários e as tabelas necessárias para o projeto.

  3. Inicie os contêiners do docker-compose.yml

    docker compose up -d

  4. Acesse a interface do Adminer em localhost:8091 para testar a conexão com o banco. No campo hostname, insira postgresdwitps e porta 5432. Acesse com o usuário de escolha.

Configurando o dbt

No diretório dbt faça as seguintes alterações:

  1. Crie um arquivo profiles.yml com base no modelo profiles_example.yml e insira as credenciais dos usuarios para conexão com o banco.

    1. A seção dev deve ser preenchida com as credenciais do usuário de desenvolvimento e a seção prod com as credenciais do usuário de produção.

    2. Para executar em ambiente produtivo, altere o campo target para prod.

    3. Caso esteja executando em ambiente de desenvolvimento local, para se conectar ao postgres do docker, altere o campo host para o IP da sua máquina, que pode ser obtido com o comando hostname -I (geralmente é o primeiro IP retornado) e a porta para 5433.

Configurando o Dagster

  1. No diretório raiz, crie um arquivo .env com base no modelo .env.example e preencha as variáveis de ambiente com as credenciais do usuário de desenvolvimento.

    • Preencha os campos DB_* com as credenciais do ambiente (dev, prod).

    • Preencha os campos DB_DAGSTER_* com as credenciais do banco de dados onde o dagster irá armazenar os metadados.

    • Preencha os campos DAGSTER_* para configurar o usuário e senha que dará acesso ao Dagster UI.

  2. Inicie os contêiners do docker-compose.yml

    docker compose up -d

  3. Acesse a interface em localhost:80.