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mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html
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<title> 4 Mediciones Morfométricas de 104 zarigueyas capturadas | Introduccion a los Metodos de Análisis Multivariados</title>
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<ul class="summary">
<li><a href="./">Introduccion a los Metodos de Análisis Multivariados</a></li>
<li class="divider"></li>
<li class="chapter" data-level="1" data-path="index.html"><a href="index.html"><i class="fa fa-check"></i><b>1</b> Estadístico T2 Hoteling</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.1" data-path="index.html"><a href="index.html#estadístico-t2-hoteling-para-muestras-independientes"><i class="fa fa-check"></i><b>1.1</b> Estadístico T2 Hoteling para muestras independientes</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.2" data-path="index.html"><a href="index.html#estadístico-t2-hoteling-para-muestras-relacionadas"><i class="fa fa-check"></i><b>1.2</b> Estadístico T2 Hoteling para muestras relacionadas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="2" data-path="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html"><a href="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html"><i class="fa fa-check"></i><b>2</b> Inferencia a partir de la matriz de covarianza</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="2.1" data-path="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html"><a href="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html#contraste-de-igualdad-de-matrices-de-covarianzas-en-dos-poblaciones-normales-multivariantes"><i class="fa fa-check"></i><b>2.1</b> Contraste de igualdad de matrices de covarianzas en dos poblaciones normales multivariantes</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.2" data-path="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html"><a href="inferencia-a-partir-de-la-matriz-de-covarianza.html#contraste-de-igualdad-de-matrices-de-covarianzas-para-varias-poblaciones"><i class="fa fa-check"></i><b>2.2</b> Contraste de igualdad de matrices de covarianzas para varias poblaciones</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="3" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><i class="fa fa-check"></i><b>3</b> Distribution of Tortoises and Freshwater Turtles of the Colombian Caribbean</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="3.1" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#análisis-exploratorio.-distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles"><i class="fa fa-check"></i><b>3.1</b> Análisis exploratorio. Distribution of Tortoises and Freshwater Turtles</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="3.1.1" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#dispersograma-de-los-datos."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.1</b> Dispersograma de los datos.</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.2" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#boxplot-adecuado.-comente-los-resultados."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.2</b> Boxplot adecuado. Comente los resultados.</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.3" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#distancia-de-mahalanobis-entre-los-centroides-de-los-dos-sexos."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.3</b> Distancia de Mahalanobis entre los centroides de los dos sexos.</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.4" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#test-de-kolmogorov-smirnov-y-shapiro-wilk."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.4</b> Test de Kolmogorov-Smirnov y Shapiro-Wilk.</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.5" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#gráfico-qqplot-multinormalidad-de-los-datos."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.5</b> Gráfico QQplot multinormalidad de los datos.</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.6" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#test-de-shapiro-wilk-multivariado-y-mardia"><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.6</b> Test de Shapiro-Wilk multivariado y Mardia</a></li>
<li class="chapter" data-level="3.1.7" data-path="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html"><a href="distribution-of-tortoises-and-freshwater-turtles-of-the-colombian-caribbean.html#diferencias-estadísticas-fuertes-entre-dichos-géneros."><i class="fa fa-check"></i><b>3.1.7</b> Diferencias estadísticas fuertes entre dichos géneros.</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="4" data-path="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Mediciones Morfométricas de 104 zarigueyas capturadas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.1" data-path="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#visualización-de-los-componentes"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Visualización de los componentes</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#modelo-final"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Modelo Final</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.2.1" data-path="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#variables-que-más-contribuyen-al-modelo"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2.1</b> Variables que más contribuyen al modelo</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5" data-path="información-financiera-de-810-sujetos.html"><a href="información-financiera-de-810-sujetos.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Información Financiera de 810 sujetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="6" data-path="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html"><a href="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html"><i class="fa fa-check"></i><b>6</b> Golpes militares y política en África subsahariana</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="6.0.1" data-path="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html"><a href="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html#clúster-análisis."><i class="fa fa-check"></i><b>6.0.1</b> Clúster análisis.</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.1" data-path="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html"><a href="golpes-militares-y-política-en-áfrica-subsahariana.html#bibliografía"><i class="fa fa-check"></i><b>6.1</b> Bibliografía</a></li>
</ul></li>
<li class="divider"></li>
<li><a href="https://github.com/rstudio/bookdown" target="blank">Published with bookdown</a></li>
</ul>
</nav>
</div>
<div class="book-body">
<div class="body-inner">
<div class="book-header" role="navigation">
<h1>
<i class="fa fa-circle-o-notch fa-spin"></i><a href="./">Introduccion a los Metodos de Análisis Multivariados</a>
</h1>
</div>
<div class="page-wrapper" tabindex="-1" role="main">
<div class="page-inner">
<section class="normal" id="section-">
<div id="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas" class="section level1 hasAnchor" number="4">
<h1><span class="header-section-number"> 4</span> Mediciones Morfométricas de 104 zarigueyas capturadas<a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h1>
<p>El marco de datos possum de la librería <strong>DAAG</strong>, contiene mediciones morfométricas en cada
una de 104 zarigueyas capturadas en siete sitios desde el sur hasta el centro de las islas Victoria en Canadá. Realice un <strong>ACP</strong> para crear un índice de varían las caracterısticas morfológicas de las zarigueyas.</p>
<p>Mediciones de Possum</p>
<p>El marco de datos “possum” consiste en nueve medidas morfométricas en cada uno de los 104 possums de cola de cepillo de montaña, atrapados en siete sitios australianos desde el sur de Victoria hasta el centro de Queensland. El marco de datos “fossum” es el subconjunto de “possum” que tiene medidas para las 43 hembras.</p>
<div class="sourceCode" id="cb57"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb57-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Carga el conjunto de datos possum</span></span>
<span id="cb57-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-2" tabindex="-1"></a><span class="fu">data</span>(possum)</span>
<span id="cb57-3"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-3" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb57-4"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-4" tabindex="-1"></a><span class="co"># Omision de datos faltantes</span></span>
<span id="cb57-5"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-5" tabindex="-1"></a>possum <span class="ot"><-</span> <span class="fu">na.omit</span>(possum)</span>
<span id="cb57-6"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-6" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb57-7"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-7" tabindex="-1"></a><span class="co"># Marco de datos tratados</span></span>
<span id="cb57-8"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-8" tabindex="-1"></a>ps <span class="ot"><-</span> <span class="fu">data.frame</span>(<span class="at">site =</span> possum<span class="sc">$</span>site, <span class="at">Pop =</span> possum<span class="sc">$</span>Pop,</span>
<span id="cb57-9"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-9" tabindex="-1"></a> <span class="at">sex =</span> possum<span class="sc">$</span>sex, <span class="at">age =</span> possum<span class="sc">$</span>age, <span class="at">hdlngth =</span> possum<span class="sc">$</span>hdlngth,</span>
<span id="cb57-10"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-10" tabindex="-1"></a> <span class="at">skullw =</span> possum<span class="sc">$</span>skullw, <span class="at">totlngth =</span> possum<span class="sc">$</span>totlngth,</span>
<span id="cb57-11"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-11" tabindex="-1"></a> <span class="at">taill =</span> possum<span class="sc">$</span>taill, <span class="at">footlgth =</span> possum<span class="sc">$</span>footlgth,</span>
<span id="cb57-12"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-12" tabindex="-1"></a> <span class="at">earconch =</span> possum<span class="sc">$</span>earconch, <span class="at">eye =</span> possum<span class="sc">$</span>eye,</span>
<span id="cb57-13"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-13" tabindex="-1"></a> <span class="at">chest =</span> possum<span class="sc">$</span>chest, <span class="at">belly =</span> possum<span class="sc">$</span>belly)</span>
<span id="cb57-14"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-14" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb57-15"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb57-15" tabindex="-1"></a><span class="fu">head</span>(ps) <span class="sc">%>%</span> <span class="fu">kable</span>()</span></code></pre></div>
<table>
<colgroup>
<col width="6%" />
<col width="4%" />
<col width="4%" />
<col width="4%" />
<col width="9%" />
<col width="8%" />
<col width="10%" />
<col width="7%" />
<col width="10%" />
<col width="10%" />
<col width="6%" />
<col width="7%" />
<col width="7%" />
</colgroup>
<thead>
<tr class="header">
<th align="right">site</th>
<th align="left">Pop</th>
<th align="left">sex</th>
<th align="right">age</th>
<th align="right">hdlngth</th>
<th align="right">skullw</th>
<th align="right">totlngth</th>
<th align="right">taill</th>
<th align="right">footlgth</th>
<th align="right">earconch</th>
<th align="right">eye</th>
<th align="right">chest</th>
<th align="right">belly</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">m</td>
<td align="right">8</td>
<td align="right">94.1</td>
<td align="right">60.4</td>
<td align="right">89.0</td>
<td align="right">36.0</td>
<td align="right">74.5</td>
<td align="right">54.5</td>
<td align="right">15.2</td>
<td align="right">28.0</td>
<td align="right">36</td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">f</td>
<td align="right">6</td>
<td align="right">92.5</td>
<td align="right">57.6</td>
<td align="right">91.5</td>
<td align="right">36.5</td>
<td align="right">72.5</td>
<td align="right">51.2</td>
<td align="right">16.0</td>
<td align="right">28.5</td>
<td align="right">33</td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">f</td>
<td align="right">6</td>
<td align="right">94.0</td>
<td align="right">60.0</td>
<td align="right">95.5</td>
<td align="right">39.0</td>
<td align="right">75.4</td>
<td align="right">51.9</td>
<td align="right">15.5</td>
<td align="right">30.0</td>
<td align="right">34</td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">f</td>
<td align="right">6</td>
<td align="right">93.2</td>
<td align="right">57.1</td>
<td align="right">92.0</td>
<td align="right">38.0</td>
<td align="right">76.1</td>
<td align="right">52.2</td>
<td align="right">15.2</td>
<td align="right">28.0</td>
<td align="right">34</td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">f</td>
<td align="right">2</td>
<td align="right">91.5</td>
<td align="right">56.3</td>
<td align="right">85.5</td>
<td align="right">36.0</td>
<td align="right">71.0</td>
<td align="right">53.2</td>
<td align="right">15.1</td>
<td align="right">28.5</td>
<td align="right">33</td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="right">1</td>
<td align="left">Vic</td>
<td align="left">f</td>
<td align="right">1</td>
<td align="right">93.1</td>
<td align="right">54.8</td>
<td align="right">90.5</td>
<td align="right">35.5</td>
<td align="right">73.2</td>
<td align="right">53.6</td>
<td align="right">14.2</td>
<td align="right">30.0</td>
<td align="right">32</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div class="sourceCode" id="cb58"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb58-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb58-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">dim</span>(ps)</span></code></pre></div>
<pre><code>[1] 101 13</code></pre>
<p>El marco de datos contiene las siguientes columnas:</p>
<ul>
<li><p><strong>case</strong>: número de observación</p></li>
<li><p><strong>site</strong>: uno de los siete lugares donde se atraparon los possums. Los sitios fueron, en orden, Cambarville, Bellbird, Whian Whian, Byrangery, Conondale, Allyn River y Bulburin.</p></li>
<li><p><strong>Pop</strong>: un factor que clasifica los sitios como “Vic” (Victoria), “other” (Nueva Gales del Sur) o “Queensland”.</p></li>
<li><p><strong>sex</strong>: un factor con niveles “f” (hembra) y “m” (macho).</p></li>
<li><p><strong>age</strong>: edad</p></li>
<li><p><strong>hdlngth</strong>: longitud de la cabeza</p></li>
<li><p><strong>skullw</strong>: ancho del cráneo</p></li>
<li><p><strong>totlngth</strong>: longitud total</p></li>
<li><p><strong>taill</strong>: longitud de la cola</p></li>
<li><p><strong>footlgth</strong>: longitud del pie</p></li>
<li><p><strong>earconch</strong>: longitud del concho del oído</p></li>
<li><p><strong>eye</strong>: distancia desde el canto medial hasta el canto lateral del ojo derecho</p></li>
<li><p><strong>chest</strong>: circunferencia del pecho (cm)</p></li>
<li><p><strong>belly</strong>: circunferencia del vientre (cm)</p></li>
</ul>
<div id="visualización-de-los-componentes" class="section level2 hasAnchor" number="4.1">
<h2><span class="header-section-number">4.1</span> Visualización de los componentes<a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#visualización-de-los-componentes" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>A continuación proyectaremos un modelo prelimiar para determinar cuales son los componentes principales que mejor explican nuestras variables.</p>
<div class="sourceCode" id="cb60"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb60-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb60-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># análisis de componentes principales</span></span>
<span id="cb60-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb60-2" tabindex="-1"></a>acp <span class="ot"><-</span> <span class="fu">princomp</span>(ps[<span class="dv">4</span><span class="sc">:</span><span class="dv">13</span>], <span class="at">cor =</span> T);acp</span></code></pre></div>
<pre><code>Call:
princomp(x = ps[4:13], cor = T)
Standard deviations:
Comp.1 Comp.2 Comp.3 Comp.4 Comp.5 Comp.6 Comp.7 Comp.8
2.0279097 1.3982973 0.9887222 0.8968449 0.8537841 0.7364381 0.5566443 0.5165434
Comp.9 Comp.10
0.4030841 0.3741786
10 variables and 101 observations.</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb62"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb62-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Gráfico de eigenvalue por cada componente principal</span></span>
<span id="cb62-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-2" tabindex="-1"></a><span class="fu">fviz_eig</span>(acp, </span>
<span id="cb62-3"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-3" tabindex="-1"></a> <span class="at">addlabels =</span> <span class="cn">TRUE</span>, </span>
<span id="cb62-4"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-4" tabindex="-1"></a> <span class="at">choice=</span><span class="st">"eigenvalue"</span>,</span>
<span id="cb62-5"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-5" tabindex="-1"></a> <span class="at">main=</span><span class="st">"Grafico de Sedimentacion"</span>, <span class="at">barfill =</span> <span class="st">"#B7E6A7"</span>) <span class="sc">+</span></span>
<span id="cb62-6"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-6" tabindex="-1"></a> <span class="fu">geom_hline</span>(<span class="at">yintercept=</span><span class="dv">1</span>, </span>
<span id="cb62-7"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-7" tabindex="-1"></a> <span class="at">linetype=</span><span class="st">"dashed"</span>, </span>
<span id="cb62-8"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb62-8" tabindex="-1"></a> <span class="at">color =</span> <span class="st">"red"</span>, <span class="at">lwd =</span> <span class="dv">1</span>)</span></code></pre></div>
<p><img src="Bookdown_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png" width="672" /></p>
<div class="sourceCode" id="cb63"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb63-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb63-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">summary</span>(acp)</span></code></pre></div>
<pre><code>Importance of components:
Comp.1 Comp.2 Comp.3 Comp.4 Comp.5
Standard deviation 2.0279097 1.3982973 0.98872219 0.89684486 0.85378406
Proportion of Variance 0.4112418 0.1955235 0.09775716 0.08043307 0.07289472
Cumulative Proportion 0.4112418 0.6067653 0.70452245 0.78495552 0.85785025
Comp.6 Comp.7 Comp.8 Comp.9 Comp.10
Standard deviation 0.73643813 0.55664434 0.51654344 0.40308406 0.37417860
Proportion of Variance 0.05423411 0.03098529 0.02668171 0.01624768 0.01400096
Cumulative Proportion 0.91208436 0.94306965 0.96975136 0.98599904 1.00000000</code></pre>
<p>Para la selección de las componentes se aplicaran tres criterios:</p>
<ul>
<li><p>Según “el método gráfico del codo”, se sugiere que se seleccionen dos componentes o dimenciones.</p></li>
<li><p>Por el criterio de las varianzas mayor que 1, basados en las varianzas presentadas se observar las componentes 1 y 2, superan el valor de 1. De modo que por este criterio se selecionan dos componentes.</p></li>
<li><p>De acuerdo con el crierio del porcentaje de varianza acumulada se puede apreciar que la componentes en la que se acumula más del <span class="math inline">\(60 \%\)</span>, es hasta la componente 2, por lo tanto se recomienda tomar la componente 1 y la la componente 2 según este criterio.</p></li>
</ul>
</div>
<div id="modelo-final" class="section level2 hasAnchor" number="4.2">
<h2><span class="header-section-number">4.2</span> Modelo Final<a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#modelo-final" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Para este modelo usaremos dos componentes principales en el cual se consideran la variable <em>site</em> como cuantitativa suplementaria y las variables <em>Población y sexo</em> como cualitativas suplementarias.</p>
<div class="sourceCode" id="cb65"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb65-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb65-1" tabindex="-1"></a>acp1 <span class="ot"><-</span> <span class="fu">PCA</span>(ps, <span class="at">ncp =</span> <span class="dv">2</span>, <span class="at">quanti.sup =</span> <span class="dv">1</span>, <span class="at">quali.sup =</span> <span class="dv">2</span><span class="sc">:</span><span class="dv">3</span>, <span class="at">graph =</span> <span class="cn">FALSE</span>)</span>
<span id="cb65-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb65-2" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb65-3"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb65-3" tabindex="-1"></a><span class="co"># correlación entre la nueva componente y las variables</span></span>
<span id="cb65-4"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb65-4" tabindex="-1"></a><span class="fu">dimdesc</span>(acp1,<span class="at">axes=</span><span class="fu">c</span>(<span class="dv">1</span>,<span class="dv">2</span>))</span></code></pre></div>
<pre><code>$Dim.1
Link between the variable and the continuous variables (R-square)
=================================================================================
correlation p.value
hdlngth 0.8567398 3.162480e-30
totlngth 0.8182462 1.532082e-25
chest 0.8101646 1.068921e-24
skullw 0.7620708 2.139445e-20
belly 0.7352997 2.034044e-18
footlgth 0.5876282 1.047095e-10
age 0.4761244 4.842491e-07
eye 0.3814777 8.284820e-05
taill 0.3803196 8.742685e-05
earconch 0.2625526 7.990224e-03
site -0.3784077 9.550428e-05
Link between the variable and the categorical variable (1-way anova)
=============================================
R2 p.value
Pop 0.04302374 0.03740578
Link between variable and the categories of the categorical variables
================================================================
Estimate p.value
Pop=Vic 0.4253494 0.03740578
Pop=other -0.4253494 0.03740578
$Dim.2
Link between the variable and the continuous variables (R-square)
=================================================================================
correlation p.value
earconch 0.8947256 1.966910e-36
footlgth 0.7088977 1.091406e-16
eye -0.3843982 7.227369e-05
taill -0.6569693 8.610681e-14
site -0.7561763 6.132276e-20
Link between the variable and the categorical variable (1-way anova)
=============================================
R2 p.value
Pop 0.8221389 6.662414e-39
Link between variable and the categories of the categorical variables
================================================================
Estimate p.value
Pop=Vic 1.28208 6.662414e-39
Pop=other -1.28208 6.662414e-39</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb67"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb67-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb67-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">fviz_pca_ind</span>(acp1,</span>
<span id="cb67-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb67-2" tabindex="-1"></a> <span class="at">col.ind =</span> <span class="st">"cos2"</span>, <span class="co"># Color by the quality of representation</span></span>
<span id="cb67-3"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb67-3" tabindex="-1"></a> <span class="at">gradient.cols =</span> <span class="fu">c</span>(<span class="st">"#00AFBB"</span>, <span class="st">"#E7B800"</span>, <span class="st">"#FC4E07"</span>),</span>
<span id="cb67-4"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb67-4" tabindex="-1"></a> <span class="at">repel =</span> <span class="cn">TRUE</span> <span class="co"># Avoid text overlapping</span></span>
<span id="cb67-5"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb67-5" tabindex="-1"></a> )</span></code></pre></div>
<p><img src="Bookdown_files/figure-html/unnamed-chunk-21-1.png" width="672" /></p>
<div class="sourceCode" id="cb68"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb68-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb68-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Gráfico de las observaciones y las variables en el espacio de los componentes principales</span></span>
<span id="cb68-2"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb68-2" tabindex="-1"></a>plt <span class="ot"><-</span> <span class="fu">fviz_pca_var</span>(acp1, <span class="at">col.var =</span> <span class="st">"cos2"</span>, <span class="at">col.circle =</span> <span class="st">"black"</span>, <span class="at">lwd =</span> <span class="dv">2</span>,</span>
<span id="cb68-3"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb68-3" tabindex="-1"></a> <span class="at">labelssize =</span> <span class="dv">2</span>, <span class="at">repeler =</span> F)</span>
<span id="cb68-4"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb68-4" tabindex="-1"></a>plt <span class="ot"><-</span> plt <span class="sc">+</span> <span class="fu">ggtitle</span>(<span class="st">"Analisis de componentes principales"</span>);plt</span></code></pre></div>
<p><img src="Bookdown_files/figure-html/unnamed-chunk-21-2.png" width="672" /></p>
<p>De acuerdo con el gráfico de las correlaciones de las componentes respecto a las variables, se puede apreciar que todo las variables se correlaciona positivamente con exepión de la variable site que esta esta correlacionada negativamente con la componente uno. Para la dimención 2 las variables que más correlacionadas son <em>earconch, site, footlgth</em>.</p>
<div id="variables-que-más-contribuyen-al-modelo" class="section level3 hasAnchor" number="4.2.1">
<h3><span class="header-section-number">4.2.1</span> Variables que más contribuyen al modelo<a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#variables-que-más-contribuyen-al-modelo" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<div class="sourceCode" id="cb69"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb69-1"><a href="mediciones-morfométricas-de-104-zarigueyas-capturadas.html#cb69-1" tabindex="-1"></a>acp1<span class="sc">$</span>var<span class="sc">$</span>contrib</span></code></pre></div>
<pre><code> Dim.1 Dim.2
age 5.512438 0.5439869
hdlngth 17.848456 0.2608360
skullw 14.121908 0.9919512
totlngth 16.280616 0.3913602
taill 3.517226 22.0745108
footlgth 8.396687 25.7020701
earconch 1.676237 40.9430990
eye 3.538679 7.5572463
chest 15.960604 0.9598026
belly 13.147150 0.5751369</code></pre>
<p>Podemos corroborar que las variables que más contribuyen a su respectiva dimención corresponden a aquellas que presentaron mayores correlaciones. Entonces procedemos a determinar que representa cada dimención o componente.</p>
<ul>
<li><p>Para la Dimensión 1 (Dim.1), las variables “hdlngth” (longitud de la cabeza), “totlngth” (longitud total) ,“chest” (tamaño del pecho), “skullw” (ancho del cráneo) y “belly” (tamaño del vientre) tienen las mayores contribuciones. Podemos interpretar esta dimensión como la relacionada con las <em>medidas oseas</em> generales del cuerpo de la zarigüeya, como su tamaño y longitudes.</p></li>
<li><p>Para la Dimensión 2 (Dim.2), las variables “taill” (longitud de la cola), “earconch”
(longitud de la oreja), “earconch” (longitud del concho del oído), tienen las mayores contribuciones. Podemos interpretar esta dimensión como relacionada con <em>medidas de los sentidos</em> de la zarigüeya, lo que podría estar relacionado con aspectos como la comunicación o la detección de sonidos y olores en su entorno.</p></li>
</ul>
<p>Podemos concluir de acuerdo a los componentes determinados la existencia de dos indicadores que describen las caracteristicas morfométricas de las zarigüeya, para esto se logró identificar que uno de los indicadores representa las medidas oseas y para el indicador dos corresponde a las medidas de los sentidos. En este sentido podemos determinar que las caracteristica morfométricas están siendo más influenciadas por las medidas oseas que por las medidas de los sentidos.</p>
</div>
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