TreeContext.cs

using MaterializedPathTreeAPI.DB.Models;
using Microsoft.EntityFrameworkCore;

namespace MaterializedPathTreeAPI.DB
{
    public class TreeContext : DbContext
    {
        public TreeContext(DbContextOptions<TreeContext> options) : base(options) { }
        public DbSet<Tree> Trees { get; set; }
        public DbSet<TreeItem> TreeItems { get; set; }

        protected override void OnModelCreating(ModelBuilder modelBuilder)
        {
            modelBuilder.HasPostgresExtension("ltree");
            base.OnModelCreating(modelBuilder);
            modelBuilder.Entity<TreeItem>()
                .HasIndex(treeItem => treeItem.MaterializedPath)
                .HasMethod("gist"); //тут указываем индекс gist для более удобной работы с Ltree
        }
    }
}