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<!DOCTYPE html>
<html class="writer-html5" lang="en" >
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<meta charset="utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0" />
<title>Python Module Index — molsys 1.0.0 documentation</title>
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<div class="wy-grid-for-nav">
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<div class="wy-side-scroll">
<div class="wy-side-nav-search" >
<a href="index.html" class="icon icon-home"> molsys
</a>
<div class="version">
1.0
</div>
<div role="search">
<form id="rtd-search-form" class="wy-form" action="search.html" method="get">
<input type="text" name="q" placeholder="Search docs" />
<input type="hidden" name="check_keywords" value="yes" />
<input type="hidden" name="area" value="default" />
</form>
</div>
</div>
<div class="wy-menu wy-menu-vertical" data-spy="affix" role="navigation" aria-label="main navigation">
<p class="caption"><span class="caption-text">User Documentation</span></p>
<ul>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="user_quickstart.html">1. Quickstart</a></li>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="user_addon.html">2. Addons</a></li>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="user_util.html">3. Utility Modules</a></li>
</ul>
<p class="caption"><span class="caption-text">Technical Stuff</span></p>
<ul>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="tech_api.html">1. API Documentation</a></li>
</ul>
<p class="caption"><span class="caption-text">File Formats</span></p>
<ul>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="file_io.html">1. File Formats</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</nav>
<section data-toggle="wy-nav-shift" class="wy-nav-content-wrap">
<nav class="wy-nav-top" aria-label="top navigation">
<i data-toggle="wy-nav-top" class="fa fa-bars"></i>
<a href="index.html">molsys</a>
</nav>
<div class="wy-nav-content">
<div class="rst-content">
<div role="navigation" aria-label="breadcrumbs navigation">
<ul class="wy-breadcrumbs">
<li><a href="index.html" class="icon icon-home"></a> »</li>
<li>Python Module Index</li>
<li class="wy-breadcrumbs-aside">
</li>
</ul>
<hr/>
</div>
<div role="main" class="document" itemscope="itemscope" itemtype="http://schema.org/Article">
<div itemprop="articleBody">
<h1>Python Module Index</h1>
<div class="modindex-jumpbox">
<a href="#cap-m"><strong>m</strong></a>
</div>
<table class="indextable modindextable">
<tr class="pcap"><td></td><td> </td><td></td></tr>
<tr class="cap" id="cap-m"><td></td><td>
<strong>m</strong></td><td></td></tr>
<tr>
<td><img src="_static/minus.png" class="toggler"
id="toggle-1" style="display: none" alt="-" /></td>
<td>
<a href="_api/molsys.html#module-molsys"><code class="xref">molsys</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon"><code class="xref">molsys.addon</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.base"><code class="xref">molsys.addon.base</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.bb"><code class="xref">molsys.addon.bb</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.ff"><code class="xref">molsys.addon.ff</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.fragments"><code class="xref">molsys.addon.fragments</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.graph"><code class="xref">molsys.addon.graph</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.molecules"><code class="xref">molsys.addon.molecules</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.addon.html#module-molsys.addon.ric"><code class="xref">molsys.addon.ric</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO"><code class="xref">molsys.fileIO</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.aginp"><code class="xref">molsys.fileIO.aginp</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.array"><code class="xref">molsys.fileIO.array</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.cif"><code class="xref">molsys.fileIO.cif</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.formats"><code class="xref">molsys.fileIO.formats</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.lammpstrj"><code class="xref">molsys.fileIO.lammpstrj</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.mfpx"><code class="xref">molsys.fileIO.mfpx</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.mol2"><code class="xref">molsys.fileIO.mol2</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.plain"><code class="xref">molsys.fileIO.plain</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.turbo"><code class="xref">molsys.fileIO.turbo</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.txyz"><code class="xref">molsys.fileIO.txyz</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.fileIO.html#module-molsys.fileIO.xyz"><code class="xref">molsys.fileIO.xyz</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.html#module-molsys.mol"><code class="xref">molsys.mol</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.html#module-molsys.stow"><code class="xref">molsys.stow</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.html#module-molsys.topo"><code class="xref">molsys.topo</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util"><code class="xref">molsys.util</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.aftypes"><code class="xref">molsys.util.aftypes</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.atomtyper"><code class="xref">molsys.util.atomtyper</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.cell_manipulation"><code class="xref">molsys.util.cell_manipulation</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.cubeIO"><code class="xref">molsys.util.cubeIO</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.elems"><code class="xref">molsys.util.elems</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.fconn_validator"><code class="xref">molsys.util.fconn_validator</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.ff_descriptors"><code class="xref">molsys.util.ff_descriptors</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.ffparameter"><code class="xref">molsys.util.ffparameter</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.fragmentizer"><code class="xref">molsys.util.fragmentizer</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.h5craft"><code class="xref">molsys.util.h5craft</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.images"><code class="xref">molsys.util.images</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.lqg"><code class="xref">molsys.util.lqg</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.misc"><code class="xref">molsys.util.misc</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.parutil"><code class="xref">molsys.util.parutil</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.plotter"><code class="xref">molsys.util.plotter</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.rotations"><code class="xref">molsys.util.rotations</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.slicer"><code class="xref">molsys.util.slicer</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.spacegroups"><code class="xref">molsys.util.spacegroups</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.timing"><code class="xref">molsys.util.timing</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.toper"><code class="xref">molsys.util.toper</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.transformer"><code class="xref">molsys.util.transformer</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.unit_cell"><code class="xref">molsys.util.unit_cell</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
<tr class="cg-1">
<td></td>
<td>   
<a href="_api/molsys.util.html#module-molsys.util.units"><code class="xref">molsys.util.units</code></a></td><td>
<em></em></td></tr>
</table>
</div>
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<p>
© Copyright 2019-2021, Roberto Amabile, Johannes P. Duerholt, Julian Keupp, Rochus Schmid.
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