/
Down_sampling.sh
38 lines (32 loc) · 1.06 KB
/
Down_sampling.sh
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
#!/bin/sh
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -N PeakC
#$ -pe smp 1
#$ -l h_vmem=25G
#$ -S /bin/bash
mkdir DS_28Nov17
module load samtools/1.5/gcc.4.4.7
samtools view -b -h -s 0.79 Pr_1_final.bam > DS_28Nov17/Pr_1_final.bam
cp Pr_2_final.bam DS_28Nov17/Pr_2_final.bam
samtools view -b -h -s 0.74 Pr_3_final.bam > DS_28Nov17/Pr_3_final.bam
cp Di_1_final.bam DS_28Nov17/Di_1_final.bam
cp Di_2_final.bam DS_28Nov17/Di_2_final.bam
samtools view -b -h -s 0.99 Di_3_final.bam > DS_28Nov17/Di_3_final.bam
cp Ma_1_final.bam DS_28Nov17/Ma_1_final.bam
cp Ma_2_final.bam DS_28Nov17/Ma_2_final.bam
samtools view -b -h -s 0.72 Ma_3_final.bam > DS_28Nov17/Ma_3_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Pr_1_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Pr_2_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Pr_3_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Di_1_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Di_2_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Di_3_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Ma_1_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Ma_2_final.bam
samtools index DS_28Nov17/Ma_3_final.bam
# DS_28Nov17.sh
#
#
# Created by Masako Suzuki on 11/28/17.
#