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学习笔记:同源基因NGS课程.md

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目录

学习笔记:同源基因NGS课程

学习笔记:同源基因NGS课程

测序原理 目录

FAQ 目录

测序饱和度评估 目录

测序乘数与覆盖率之间的关系

数据质控与预处理 目录

数据质控 目录

数据预处理 目录

短序列比对 目录

比对算法与工具 目录

SAM格式 目录

第二列(FLAG)标记信息:

最后一列比对详细信息:

估计intertsize 目录

将pair-end reads 比对到参考基因组上,根据得到的SAM文件中两端reads定位的位置,计算得到intertsize分布图

基因差异表达计算 目录

表达定量 目录

差异统计分析 目录

p-value的计算:认为P(x)服从泊松分布

p(y|x) 为基因A在两个样本中表达量相等的概率

变异检测 目录

检测插入缺失:

物种组成与丰度分析 目录

物种组成检测的案例:

16s高变区测序 目录

16s测序分析流程 目录