RNA-editing分析实战

获取合适的测试数据

RNA-editing分析实战

获取合适的测试数据 ^目录

我们要找到的数据集要满足以下几个条件：

ribominus建库方法获得的 total RNA-seq
数据量大小为双端至少16G，即单端至少8G
人的样品，最好能与心脏病相关

到ENCODE数据库中寻找，Data->Matrix，在打开的Experiment Matrix页面中设置过滤条件

Assay: total RNA-seq

Organism: Homo sapiens

Biosample type: tissue

Organ: heart

Experiment list

heart
- Homo sapiens heart male adult (34 years) —— GSE87943，一个sample
  
  SRP013565 -> SRR4421689 19.7Gb
- Homo sapiens heart female embryo (19 weeks) and female embryo (28 weeks) —— GSE78567，两个sample
  
  SRP013565 -> SRR3192433 10.9Gb
  
  SRP013565 -> SRR3192434 13.6Gb