/
setup.q
151 lines (125 loc) · 11.3 KB
/
setup.q
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
#!/bin/bash
#
cell=(2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78)
Npatterns=18
freq=(185)
stim=(1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 \
2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 \
3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 \
4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 \
5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 \
6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 \
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 \
2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 \
3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 \
4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 \
5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 \
6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 \
7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 \
7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7)
depth_ax=(9e9)
depth_soma=(9e9)
gARN=(0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05)
gBRN=(0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05)
gATin=(0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001)
gBTin=(0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001)
tauK=(25)
gKfactor=(1)
tauKfactor=(0.1)
minc=(0.2)
tau_m=(400)
gKL=(0.00016)
vsh_incr=(0.5)
tau_vsh=(400)
weight=(0.0035)
K5=(0.1)
K6=(0.0003)
tau1=(500)
tau2=(510)
i=1
echo 'i='$i;
while [ $i -lt 351 ]; # 350 sets of parameters
do
# echo "$i";
echo 'i='$i;
mkdir sima"$i"
cp -r master/apc_names.dat sima"$i"/
cp -r master/DBSstim.hoc sima"$i"/
cp -r master/special* sima"$i"/
cp -r master/quit.hoc sima"$i"/
echo ${stim[i-1]} 14000 0.01 ${gARN[i-1]} ${gBRN[i-1]} ${gATin[i-1]} ${gBTin[i-1]} ${cell[i-1]} > sima"$i"/nk
echo ${depth_soma[0]} ${depth_ax[0]} > sima"$i"/depth.txt
echo ${tauK[0]} ${tauKfactor[0]} > sima"$i"/Tauk.txt
echo ${gKfactor[0]} > sima"$i"/gkfactor.txt
echo Stim_"${stim[i-1]}".dat > sima"$i"/stim_files.dat
echo ${K5[0]} ${K6[0]} > sima"$i"/K56.txt
echo ${gKL[0]} ${minc[0]} ${tau_m[0]} > sima"$i"/Lkparams.txt
echo ${vsh_incr[0]} ${tau_vsh[0]} > sima"$i"/vsh.txt
echo ${weight[0]} ${tau1[0]} ${tau2[0]} > sima"$i"/weight.txt
let "i+=1";
done