T3-common online tools

[ShixiangWang]

全职学习时间：1-4 周

学习材料

自身了解的一些对初学者有益的生物医学在线生物信息工具：

1. Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。
2. Hiplot (ORG) 是生物医学可视化分析模块池（包含280+分析插件），具有多功能任务插件，如基本统计、回归、聚类、基因组学、转录组学、时间序列、元分析和风险模型。与其他类似平台相比，它提供了更简单的Web和命令行界面，并由openbiox开源社区支持和维护。
3. Galaxy 是一个开源平台，用于数据密集型生物医学研究。Galaxy 经典、稳定、长期维护。用户可以按照教程安装自己的Galaxy，并从Tool Shed的数千个工具中进行选择。
4. GenePattern 是Broad研究所开发的一个长期稳定在线生信分析工具箱，提供了多种经典肿瘤研究分析流程以支持可重复研究。
5. COSMIC 是癌症体细胞突变目录，是世界上探索体细胞突变对人类癌症影响的最大和最全面的资源。
6. cBioPortal 是一个长期维护的肿瘤基因组资源与分析平台，规整化的数据及分类提供了一个非常好的数据选择、下载、探索空间。
7. GEPIA2 是一个流行的在线肿瘤基因表达分析网站，提供了针对单/多基因表达的肿瘤分析功能。
8. TIMER2.0 是系统分析不同癌症类型的免疫浸润的综合资源。该版本提供通过多种免疫反卷积方法估计的免疫浸润剂丰度，并允许用户动态生成高质量的图片，以全面探索肿瘤免疫、临床和基因组特征。
9. Metascape 提供了一个完美的在线基因集注释与富集分析解决方案。
10. 临床生信之家 是科研者之家团队开发的一个肿瘤常见分析的在线平台。
11. TCIA 提供来自TCGA和其他数据源的20种实体癌症的下一代测序数据（NGS）数据的综合免疫基因组分析结果。
12. DepMap 门户网站的目标是通过上千例肿瘤细胞系数据提供对关键癌症依赖性、分析和可视化工具的开放访问，使研究界能够做出与癌症脆弱性相关的发现。
13. HPA 是人类蛋白质的开放获取资源，可用于从不同维度（器官、组织、细胞）探索RNA/蛋白的丰度与分布。
14. TCPA 是用于访问、可视化和分析癌细胞系功能蛋白质组学的综合资源。
15. AlphaFold Protein Structure Database

任务

对上述工具接触、了解下，有兴趣或觉得重要的功能/内容可以考虑写写笔记，有公众号给你们发推文