Merge pull request #399 from a3sha2/master

update testing outputs
PennLINC · Sep 30, 2020 · 30b6bca · 30b6bca
2 parents f4bc64c + cd7ee1c
commit 30b6bca
Show file tree

Hide file tree

Showing 9 changed files with 29 additions and 0 deletions.
diff --git a/testing/mnifc24pgsr_outputs.txt b/testing/mnifc24pgsr_outputs.txt
@@ -101,6 +101,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/mnifcacompcor_outputs.txt b/testing/mnifcacompcor_outputs.txt
@@ -57,6 +57,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/mnifctcompcor_outputs.txt b/testing/mnifctcompcor_outputs.txt
@@ -54,6 +54,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/t1fc36p_outputs.txt b/testing/t1fc36p_outputs.txt
@@ -103,6 +103,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/t1fc36pdespike_outputs.txt b/testing/t1fc36pdespike_outputs.txt
@@ -106,6 +106,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/t1fc36pscrub_outputs.txt b/testing/t1fc36pscrub_outputs.txt
@@ -63,6 +63,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/t1fc36pspkreg_outputs.txt b/testing/t1fc36pspkreg_outputs.txt
@@ -63,6 +63,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/testing/t1fcaromagsr_outputs.txt b/testing/t1fcaromagsr_outputs.txt
@@ -56,6 +56,9 @@ sub-1/prestats/sub-1_coregCrossCorr.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregDice.txt
 sub-1/prestats/sub-1_coregJaccard.txt
 sub-1/prestats/sub-1_fmriconf.tsv
+sub-1/prestats/sub-1_mask.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolumeBrain.nii.gz
+sub-1/prestats/sub-1_referenceVolume.nii.gz
 sub-1/qcfc
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-mean.txt
 sub-1/qcfc/sub-1_dvars-raw.1D

diff --git a/xcpEngine b/xcpEngine
@@ -421,6 +421,11 @@ for sub in ${!cohort[@]}
 
    # remove some data to clean up 
    rm -rf ${out[sub]}/*nii.gz  2>/dev/null
+   rm -rf ${out[sub]}/prestats/*preprocessed.nii.gz 2>/dev/null
+   rm -rf ${out[sub]}/prestats/*segmentation.nii.gz 2>/dev/null
+   rm -rf ${out[sub]}/prestats/*structbrain.nii.gz 2>/dev/null
+   rm -rf ${out[sub]}/prestats/*structmask.nii.gz 2>/dev/null
+   rm -f  ${out[sub]}/prestats/*struct.nii.gz 2>/dev/null
    rm -rf ${out[sub]}/fcon/*referenceVolume.nii.gz 2>/dev/null
    rm -rf ${out[sub]}/fcon/*/*.nii.gz 2>/dev/null
    rm -rf ${out[sub]}/reho/*referenceVolume.nii.gz 2>/dev/null