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LICENSE

@@ -0,0 +1,21 @@
+MIT License
+
+Copyright (c) 2018 Penn BBL
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.

atlas/coor/MNI.sclib

@@ -0,0 +1,3 @@
+SPACE::MNI%1x1x1
+:#ROIName#X,Y,Z#radius
+#PCC8#0,-46,34#8

core/CONSOLE_MODULE_G

@@ -0,0 +1,12 @@
+
+
+
+###################################################################
+#  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  #
+#                                                                 #
+#  ·$(${XCPEDIR}/core/padAndCentreString 59 ${mod_name})·  #
+#                                                                 #
+#  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  ·  #
+###################################################################
+
+

core/Ingress

@@ -0,0 +1,140 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+###################################################################
+#  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  #
+###################################################################
+
+###################################################################
+# PARSER FOR THE INGRESS SYSTEM
+#------------------------------------------------------------------
+# The pipeline's ingress system maps high-level user-defined
+# ingress variables to the standard variables used by the
+# processing system using ingress mappings (.ing files).
+###################################################################
+unset    ing
+
+###################################################################
+# 1. Read the .ing file
+###################################################################
+mapfile  ing < ${XCPEDIR}/core/ingress/${var//\[$sub\]}.ing
+
+###################################################################
+# 2. Verify that the specified variable for ingress exists.
+###################################################################
+if [[ ! -s ${!var} ]]
+   then
+   ################################################################
+   # If it doesn't exist, check for a compressed version and
+   # prepare to extract it.
+   #
+   # The following code block handles the case of the input
+   # directory being provided as a compressed tar archive. It's
+   # currently reliant on some non-builtins.
+   ################################################################
+   var_tar=${!var}.tar.gz
+   var_tgt=${!var}-extract
+   if [[ -s  ${var_tar} ]]
+      then
+      mkdir -p    ${var_tgt}
+      tar   -zxvf ${var_tar} -C ${var_tgt} >/dev/null
+      #############################################################
+      # This convoluted code is here in case the input is
+      # compressed as a subdirectory of the provided tar
+      #############################################################
+      i=(${ing[1]})
+      i[1]=${i[1]//'%ING'/${!var}}
+      i[1]=${i[1]//'%INT'/'*'}
+      try=(          $(find   ${var_tgt}  -name ${i[1]}) )
+      var_untar=$(   dirname  $(abspath   ${try[0]}))
+      rm    -f       ${var_tar}
+      mv    -f       ${var_untar}         ${!var}
+      rm    -rf      ${var_tgt}
+   ################################################################
+   # Sometimes, it just doesn't exist. Abort the stream if this
+   # happens.
+   ################################################################
+   else
+      abort_stream         "Invalid path provided for ${var}"
+   fi
+fi
+
+###################################################################
+# 3. Iterate through the mapping rules for the specified variable.
+###################################################################
+for i in ${!ing[@]}
+   do
+   i=(${ing[i]})
+   i[1]=${i[1]//'%ING'/${!var}}
+
+   case ${i[0]} in
+   ################################################################
+   # Metadata import: spatial
+   ################################################################
+   %SPACE)
+      import_metadata   ${i[1]}   to   ${spaces[sub]}
+      ;;
+
+   ################################################################
+   # Metadata import: derivatives
+   ################################################################
+   %DERIV)
+      import_metadata   ${i[1]}   to   ${aux_imgs[sub]}
+      ;;
+
+   ################################################################
+   # Metadata import: atlas
+   ################################################################
+   %ATLAS)
+      import_metadata   ${i[1]}   to   ${atlas[sub]}
+      ;;
+
+   ################################################################
+   # Define variable
+   ################################################################
+   *)
+      #############################################################
+      # Substitutions
+      # %INT replaced by all matched integers in order
+      #############################################################
+      if contains ${i[1]} '%INT'
+         then
+         unset i_buffer
+         j=0
+         while (( 1 == 1 ))
+            do
+            x=$(abspath ${i[1]//'%INT'/${j}})
+            if [[ -n ${x} ]]
+               then
+               i_buffer="${i_buffer} ${x}"
+            else
+               break
+            fi
+            (( j++ ))
+         done
+         i[1]=${i_buffer}
+      fi
+
+      #############################################################
+      # %OR indicates to try a series of possibilities until one
+      # is matched successfully
+      #############################################################
+
+      [[ -z ${i_buffer} ]] && i[1]=$(abspath ${i[1]})
+      #############################################################
+      # Determine whether the variable should be written to the
+      # design file. ('!' at the beginning of the variable's name
+      # indicates that it's for temporary use only.)
+      #############################################################
+      if ! contains ${i[0]} '^\!'
+         then
+         assign      i[1]  as ${i[0]}[sub]
+         blog=${i[0]}[$sub]
+         cohort_vars+=(${i[0]}[$sub])
+      else
+         i[0]=${i[0]#'!'}
+         assign      i[1]  as ${i[0]}
+      fi
+      ;;
+
+   esac
+done

core/VERSION

@@ -1 +1 @@
-xcpEngine-v0.6.0-accelerator-prerelease
+xcpEngine-v0.7.0-prerelease

core/config/anat.cfg

@@ -137,7 +137,7 @@ menu() {
 
 
 ###################################################################
-# Confound model selection
+# Processing stream selection
 ###################################################################
 menu_process() {
 
@@ -221,9 +221,6 @@ anat_design_build() {
    local exp
    local REPLY
    local response
-
-   local prepstream1
-   local prepstream2=-DMT
 
    case ${anat[stream]} in