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design_onlineRecon_9P.dsn
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design_onlineRecon_9P.dsn
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#!/usr/bin/env bash
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# ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ ☭ #
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# This design file stores the values of all variables required to
# execute a complete neuroimage processing pipeline. You may
# execute the analysis specified in this design file by calling
# (in any v4 or higher bash terminal):
#
# xcpEngine example.dsn
#
# Variables fall into five general categories:
# * ANALYSIS VARIABLES are used at all stages of this analysis.
# * PIPELINE specifies the modules that comprise the analysis.
# * MODULE VARIABLES are used during one stage of the analysis.
# These are typically array variables with array
# indices equal to the index of the module that
# calls them.
# * OUTPUT VARIABLES may be used at all stages of the analysis.
# These are typically array variables with array
# indices equal to the value of the primary
# subject identifier. They will appear only in
# localised design files.
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# ANALYSIS VARIABLES
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analysis=accelerator_$(whoami)
design=/data/joy/BBL/projects/zhouCbfNetworks/zhouCbfNetworksScripts/design_onlineRecon_9P.dsn
sequence=pcasl
standard=PNC%2x2x2
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# PIPELINE
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pipeline=prestats,coreg,cbf,confound,regress,roiquant,fcon,net,norm
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# 1 PRESTATS
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prestats_dvols[1]=0
prestats_stime[1]=none
prestats_sdir[1]=Z
prestats_sptf[1]=susan
prestats_smo[1]=6
prestats_tmpf[1]=elliptic
prestats_tmpf_order[1]=1
prestats_tmpf_pass[1]=2
prestats_tmpf_ripple[1]=0.5
prestats_tmpf_ripple2[1]=20
prestats_hipass[1]=0.01
prestats_lopass[1]=0.08
prestats_fit[1]=0.3
prestats_bbgthr[1]=0.1
prestats_dmdt[1]=2
prestats_censor[1]=none,0.25
prestats_censor_cr[1]=rms
prestats_censor_contig[1]=0
prestats_rerun[1]=1
prestats_cleanup[1]=1
prestats_process[1]=DVO-MPR-MCO-BXT-SPT
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# 2 COREG
###################################################################
coreg_reference[2]=exemplar
coreg_cfunc[2]=bbr
coreg_seg[2]=${segmentation[sub]}
coreg_wm[2]=3
coreg_refwt[2]=NULL
coreg_inwt[2]=NULL
coreg_qacut[2]=0.5,0.5,0.5,0.5
coreg_decide[2]=1
coreg_mask[2]=1
coreg_rerun[2]=1
coreg_cleanup[2]=1
###################################################################
# 3 CBF
###################################################################
cbf_first_tagged[3]=1
cbf_perfusion[3]=pcasl
cbf_m0_scale[3]=10
cbf_lambda[3]=0.9
cbf_pld[3]=1.5
cbf_tau[3]=1.5
cbf_t1blood[3]=1.65
cbf_alpha[3]=0.72
cbf_gm_val[3]=2,4
cbf_rerun[3]=1
cbf_cleanup[3]=0
###################################################################
# 4 CONFOUND
###################################################################
confound_rp[4]=1
confound_rms[4]=0
confound_gm[4]=0
confound_gm_path[4]=${segmentation[sub]}
confound_gm_val[4]=2,4
confound_gm_ero[4]=5
confound_gm_rad[4]=0
confound_wm[4]=mean
confound_wm_path[4]=${segmentation[sub]}
confound_wm_val[4]=3
confound_wm_ero[4]=5
confound_wm_rad[4]=8
confound_csf[4]=mean
confound_csf_path[4]=${segmentation[sub]}
confound_csf_val[4]=1
confound_csf_ero[4]=5
confound_csf_rad[4]=0
confound_gsr[4]=mean
confound_lms_rad[4]=0
confound_cc[4]=0
confound_past[4]=0
confound_dx[4]=0
confound_sq[4]=0
confound_custom[4]=
confound_rerun[4]=1
confound_cleanup[4]=1
###################################################################
# 5 REGRESS
###################################################################
regress_tmpf[5]=none
regress_hipass[5]=0.01
regress_lopass[5]=0.08
regress_tmpf_order[5]=1
regress_tmpf_pass[5]=2
regress_tmpf_ripple[5]=0.5
regress_tmpf_ripple2[5]=20
regress_smo[5]=6
regress_sptf[5]=susan
regress_usan[5]=default
regress_usan_space[5]=
regress_rerun[5]=1
regress_cleanup[5]=0
regress_process[5]=TMP-REG
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# 6 ROIQUANT
###################################################################
roiquant_atlas[6]=/data/jux/BBL/studies/grmpy/processedData/asl/group/atlas.json #${XCPEDIR}/space/PNC/PNC_atlas.json
roiquant_globals[6]=1
roiquant_vol[6]=1
roiquant_rerun[6]=0
roiquant_cleanup[6]=1
###################################################################
# 7 FCON
###################################################################
fcon_atlas[7]=all
fcon_metric[7]=corrcoef
fcon_thr[7]=N
fcon_window[7]=10
fcon_pad[7]=FALSE
fcon_rerun[7]=1
fcon_cleanup[7]=1
###################################################################
# 8 NET
###################################################################
net_atlas[8]=all
net_com[8]=genlouvain
net_gamma[8]=1,1.5,7
net_consensus[8]=1
net_rerun[8]=1
net_cleanup[8]=1
###################################################################
# 9 NORM
###################################################################
norm_rerun[9]=1
norm_cleanup[9]=1