И остальные мелкие претензии

[dakone22]

for i in range(1, n + 1)

HasseDiagram/mainWindow.py

Line 157 in 516bd62

for i in range(1, num_A + 1):

HasseDiagram/hasseDiagram.py

Line 47 in 516bd62

for i in range(1, len(levels_dict) + 1):

Вместо for i in range(1, n + 1): i можно использовать for i in range(n): i + 1.
Не забудь в теле цикла i на (i + 1) заменить.

Guard condition

Зачем else, если ты и так выкидываешь ошибку?

if guard_condition:
    raise Exception()

do()

HasseDiagram/mainWindow.py

Lines 130 to 132 in 516bd62

	if len(A) == 0 or len(R) == 0:
	raise IOError("Поля ввода не могут быть пустыми.")
	else:

HasseDiagram/mainWindow.py

Lines 141 to 145 in 516bd62

	raise IOError(
	"Бинарное отношение R не является подмножеством декартова "
	"произведения множества A на себя. Пожалуйста, задайте R ⊆ A^2.")
	else:

HasseDiagram/mainWindow.py

Lines 146 to 151 in 516bd62

	for x in R:
	if len(x) != 2:
	raise IOError(
	"Неверное количество элементов в паре, задающей бинарное отношение.")
	else:
	return [A, R]

(а тут вообще else в неправильном месте висит)

list_unique

HasseDiagram/mainWindow.py

Lines 133 to 138 in 516bd62

	# Уникальные элементы в множестве пар, задающих бинарное отношение
	list_unique = []
	for i in R:
	i = list(i)
	list_unique.extend(i)
	list_unique = list(set(list_unique))

Во-первых, необязательно преобразовывать кортеж (tuple) в список (list), чтобы добавить его через метод extend, потому что extend просто сделает что-то типа:

def extend(self, new_values):
    for value in new_values:
         __values.append(value)

То есть extend пройдётся по переданному через for, а значит нужно понимать, что ему пойдёт любой итерируемый объект. По кортежу тоже можно через for пройти, ведь он тоже итерируемый, поэтому необязательно его преобразовывать в список для добавления.

Кстати, по факту, вызов list тебе сделает что-то типа следующего:

def list(iter_obj):
    new_list = []
    for obj in iter_obj:
        new_list.append(obj)
    return new_list

(для того, чтобы понимать, как это работает; на самом деле, там не совсем так, как я написал)

Во-вторых, можно было бы стразу сделать множество (set), а не список (list), (но да, у него чуть другие методы, чтобы не путать со списком):

unique_values = set()
for i in R:
    unique_values.update(i)

Правдивость списков / Truthiness of List

HasseDiagram/mainWindow.py

Line 130 in 516bd62

if len(A) == 0 or len(R) == 0:

https://stackoverflow.com/questions/39983695/what-is-truthy-and-falsy-how-is-it-different-from-true-and-false

Пустые коллекции сразу возвращают False:

if not A or not R:

Unpacking

HasseDiagram/mainWindow.py

Line 118 in 516bd62

return BinaryRelation(self.input()[0], self.input()[1])

https://stackabuse.com/unpacking-in-python-beyond-parallel-assignment/

можно

return BinaryRelation(*self.input())