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ValElevationAPIGeoNames_ValElevacionAPIGeoNames.txt
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Rutinas del SiB Colombia para la limpieza y estandarización de datos primarios
de Biodiversidad en OPEN REFINE
Nombre rutina: Validación y recuperación de elevaciones a partir del API de Geonames
Languaje: GREL 'General Refine Expression Language'
Fecha creación: 2019-04-26
Fecha última Actualización: 2020-02-17
Autor: Ricardo Ortiz
Explicación de la rutina:
1-Se crea un elemento no DwC *uniqueDecimalCoordinates* a partir del cuál se establecerán pares únicos de coordenadas (decimalLatitude y decimalLongitude) a partir de las cuales se hará un llamado al API de Geonames.
2-A partir del elemento *uniqueDecimalCoordinates*, se hace una petición al servicio de elevaciones de GeoNames, para este script se usa el servicio SRTM1, sin embargo el usuario puede usar otro modelo de elevación disponible. Como resultado se creara el elemento no DwC *elevationGeonames*.
Modelos de elevación disponibles en Geonames:
-- Elevation - SRTM3: api.geonames.org/srtm3JSON?lat=```decimalLatitude```&lng=```decimalLatitude```&username=demo
-- Elevation - Aster Global Digital Elevation Model V2 2011: http://api.geonames.org/astergdem?llat=```decimalLatitude```&lng=```decimalLatitude```&username=demo
-- Elevation - GTOPO30: http://api.geonames.org/gtopo30?```decimalLatitude```&lng=```decimalLatitude```&username=demo
3- Se crea el elemento *elevationValidation* a partir de las elevación documentada en minimunElevationInMeters y la elevación obtenida a partir del API de Geonames. A partir de la diferencia de las elevaciones se designa un valor booleano:
-- 1: La diferencia entre la elevación en *minimumElevationInMeters* y *elevationGeonames* es menor a 100 m.s.n.m.
-- 0: La diferencia entre la elevación en *minimumElevationInMeters* y *elevationGeonames* es mayor a 100 m.s.n.m.
blank: No hay elevación mínima documentada.
4. Si la elevación se encuentra documentanda en rangos (*minimumElevationInMetres* y *maximumElevationInMeters*) se crea un elemento *elevationRangeValidation* que evalua si la elevationGeonames se encuentra entre el rango de elevaciones.
-- 1: Se encuentra entre el rango de elevaciones.
-- 0: No se encuentra dentro del rango de elevaciones.
blank: No hay elevación máxima documentada
Requerimientos para utilizar la rutina
1- El registro del cual se quiere obtener la elevación debe contar con coordenadas en grados decimales (Ejemplo: 4.7585, -74.5821)
2- Las coordenadas deben estar documentadas como elementos Darwin Core. (decimalLatitude, decimalLongitude)
3- Se debe **crear un usuario en geonames**. El usuario debe ser incluido en el script para que se realice la validación.
4- Si se quiere usar el servicio usando el modo "Demo" como usuario, este solo permite hasta 20000 consultas diarias(mundiales) por lo que no siempre esta disponible en este modo. Si es el caso recibirá el siguiente mensaje de error:
~~~
ERR:18:the daily limit of 20000 credits for demo has been exceeded. Please use an application specific account. Do not use the demo account for your application.
~~~
Advertencias
El límite del servicio con usuario en GeoNames es de 2000 registros diarios. Se recomienda hacer la consulta sobre valores únicos de coordenadas y no sobre el total de los registros.
Para crear una cuenta en GeoNames, diríjanse al siguiente link:http://www.geonames.org/login y diligencien el cuadro create a new user account. El "Username" es muy importante pues es el que usarán para correr el script.
Para reemplazar su nombre de usario en este script, use CTRL-B y busque "demo", remplacelo por su nombre de usuario (ej: "rartizget")
Para mas información sobre los servicios de GeoNames, diríjase a. http://www.geonames.org/export/web-services.html
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[
{
"op": "core/column-addition",
"description": "Create column uniqueDecimalCoordinates at index 20 based on column decimalLatitude using expression grel:cells['decimalLatitude'].value+\" | \"+cells['decimalLongitude'].value",
"engineConfig": {
"facets": [],
"mode": "row-based"
},
"newColumnName": "uniqueDecimalCoordinates",
"columnInsertIndex": 2,
"baseColumnName": "decimalLatitude",
"expression": "grel:cells['decimalLatitude'].value+\" | \"+cells['decimalLongitude'].value",
"onError": "set-to-blank"
},
{
"op": "core/row-reorder",
"description": "Reorder rows",
"mode": "record-based",
"sorting": {
"criteria": [
{
"errorPosition": 1,
"caseSensitive": false,
"valueType": "string",
"column": "uniqueDecimalCoordinates",
"blankPosition": 2,
"reverse": false
}
]
}
},
{
"op": "core/blank-down",
"description": "Blank down cells in column uniqueDecimalCoordinates",
"engineConfig": {
"facets": [],
"mode": "row-based"
},
"columnName": "uniqueDecimalCoordinates"
},
{
"op": "core/column-addition-by-fetching-urls",
"description": "Create column elevationSuggested at index 3 by fetching URLs based on column uniqueDecimalCoordinates",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"newColumnName": "elevationSuggested",
"columnInsertIndex": 3,
"baseColumnName": "uniqueDecimalCoordinates",
"urlExpression": "grel:\"http://api.geonames.org/srtm1?lat=\"+cells['uniqueDecimalCoordinates'].value.split(\" | \")[0]+\"&lng=\"+cells['uniqueDecimalCoordinates'].value.split(\" | \")[1]+\"&username=demo\"",
"onError": "set-to-blank",
"delay": 250,
"cacheResponses": true,
"httpHeadersJson": [
{
"name": "authorization",
"value": ""
},
{
"name": "user-agent",
"value": "OpenRefine 3.0 [TRUNK]"
},
{
"name": "accept",
"value": "*/*"
}
]
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column elevationSuggested using expression grel:value.trim().replace(/\\u00A0/,' ').replace(/\\s+/,' ')",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "elevationSuggested",
"expression": "grel:value.trim().replace(/\\u00A0/,' ').replace(/\\s+/,' ')",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/fill-down",
"description": "Fill down cells in column elevationSuggested",
"engineConfig": {
"facets": [],
"mode": "row-based"
},
"columnName": "elevationSuggested"
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column elevationSuggested using expression value.toNumber()",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "elevationSuggested",
"expression": "value.toNumber()",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column minimumElevationInMeters using expression value.toNumber()",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "minimumElevationInMeters",
"expression": "value.toNumber()",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column elevationSuggested using expression value.toNumber()",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "elevationSuggested",
"expression": "value.toNumber()",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column minimumElevationInMeters using expression value.toNumber()",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "minimumElevationInMeters",
"expression": "value.toNumber()",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/text-transform",
"description": "Text transform on cells in column maximumElevationInMeters using expression value.toNumber()",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"columnName": "maximumElevationInMeters",
"expression": "value.toNumber()",
"onError": "keep-original",
"repeat": false,
"repeatCount": 10
},
{
"op": "core/column-addition",
"description": "Create column elevationValidation at index 4 based on column elevationSuggested using expression grel:if(abs(value - cells['minimumElevationInMeters'].value) <= 100,'1','0')",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"newColumnName": "elevationValidation",
"columnInsertIndex": 4,
"baseColumnName": "elevationSuggested",
"expression": "grel:if(abs(value - cells['minimumElevationInMeters'].value) <= 100,'1','0')",
"onError": "set-to-blank"
},
{
"op": "core/column-addition",
"description": "Create column elevationRangeValidation at index 5 based on column elevationSuggested using expression grel:if(cells[minimumElevationInMeters].value != '',if(cells[maximumElevationInMeters].value != '',if(value >= cells['minimumElevationInMeters'].value,if(value <= cells['maximumElevationInMeters'].value,'1','0'),'0'),''),'')",
"engineConfig": {
"mode": "row-based",
"facets": []
},
"newColumnName": "elevationRangeValidation",
"columnInsertIndex": 5,
"baseColumnName": "elevationSuggested",
"expression": "grel:if(cells[minimumElevationInMeters].value != '',if(cells[maximumElevationInMeters].value != '',if(value >= cells['minimumElevationInMeters'].value,if(value <= cells['maximumElevationInMeters'].value,'1','0'),'0'),''),'')",
"onError": "set-to-blank"
},
{
"op": "core/column-removal",
"description": "Remove column uniqueDecimalCoordinates",
"columnName": "uniqueDecimalCoordinates"
},
{
"op": "core/column-move",
"description": "Move column maximumElevationInMeters to position 2",
"columnName": "maximumElevationInMeters",
"index": 2
},
{
"op": "core/column-move",
"description": "Move column minimumElevationInMeters to position 2",
"columnName": "minimumElevationInMeters",
"index": 2
}
]